src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  25 import jalview.bin.JalviewLite;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.io.AnnotationFile;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileParse;
  33 import jalview.io.IdentifyFile;
  34 import jalview.io.NewickFile;
  35 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;
  36 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  37 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  38 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 import java.awt.BorderLayout;
  42 import java.awt.Button;
  43 import java.awt.Dialog;
  44 import java.awt.Font;
  45 import java.awt.Frame;
  46 import java.awt.Label;
  47 import java.awt.Panel;
  48 import java.awt.TextArea;
  49 import java.awt.event.ActionEvent;
  50 import java.awt.event.ActionListener;
  51 import java.awt.event.MouseEvent;
  52 import java.awt.event.MouseListener;
  53
  54 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  55         MouseListener
  56 {
  57   boolean pdbImport = false;
  58
  59   boolean treeImport = false;
  60
  61   boolean annotationImport = false;
  62
  63   SequenceI seq;
  64
  65   AlignFrame alignFrame;
  66
  67   FileParse source = null;
  68
  69   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  70   {
  71     try
  72     {
  73       jbInit();
  74     } catch (Exception e)
  75     {
  76       e.printStackTrace();
  77     }
  78
  79     this.alignFrame = alignFrame;
  80
  81     if (!forImport)
  82     {
  83       buttonPanel.setVisible(false);
  84     }
  85   }
  86
  87   public String getText()
  88   {
  89     return textarea.getText();
  90   }
  91
  92   public void setText(String text)
  93   {
  94     textarea.setText(text);
  95   }
  96
  97   public void setPDBImport(SequenceI seq)
  98   {
  99     this.seq = seq;
 100     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
 101     addSequences.setVisible(false);
 102     pdbImport = true;
 103   }
 104
 105   public void setTreeImport()
 106   {
 107     treeImport = true;
 108     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
 109     addSequences.setVisible(false);
 110   }
 111
 112   public void setAnnotationImport()
 113   {
 114     annotationImport = true;
 115     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
 116     addSequences.setVisible(false);
 117   }
 118
 119   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 120   {
 121     if (evt.getSource() == accept)
 122     {
 123       ok(true);
 124     }
 125     else if (evt.getSource() == addSequences)
 126     {
 127       ok(false);
 128     }
 129     else if (evt.getSource() == cancel)
 130     {
 131       cancel();
 132     }
 133   }
 134
 135   protected void ok(boolean newWindow)
 136   {
 137     String text = getText();
 138     int length = text.length();
 139     textarea.append("\n");
 140     if (textarea.getText().length() == length)
 141     {
 142       String warning = "\n\n#################################################\n"
 143               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 144               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 145               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 146               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 147               + "\n#################################################\n";
 148       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 149               + warning);
 150
 151       textarea.setCaretPosition(text.length());
 152     }
 153
 154     if (pdbImport)
 155     {
 156       openPdbViewer(text);
 157
 158     }
 159     else if (treeImport)
 160     {
 161       if (!loadTree())
 162       {
 163         return;
 164       }
 165     }
 166     else if (annotationImport)
 167     {
 168       loadAnnotations();
 169     }
 170     else if (alignFrame != null)
 171     {
 172       loadAlignment(text, newWindow, alignFrame.getAlignViewport());
 173     }
 174
 175     // TODO: dialog should indicate if data was parsed correctly or not - see
 176     // JAL-1102
 177     if (this.getParent() instanceof Frame)
 178     {
 179       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 180     }
 181     else
 182     {
 183       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 184     }
 185   }
 186
 187   /**
 188    * Parses text as Newick Tree format, and loads on to the alignment. Returns
 189    * true if successful, else false.
 190    */
 191   protected boolean loadTree()
 192   {
 193     try
 194     {
 195       NewickFile fin = new NewickFile(textarea.getText(), "Paste");
 196
 197       fin.parse();
 198       if (fin.getTree() != null)
 199       {
 200         alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 201         return true;
 202       }
 203     } catch (Exception ex)
 204     {
 205       // TODO: JAL-1102 - should have a warning message in dialog, not simply
 206       // overwrite the broken input data with the exception
 207       textarea.setText(MessageManager.formatMessage(
 208               "label.could_not_parse_newick_file",
 209               new Object[] { ex.getMessage() }));
 210       return false;
 211     }
 212     return false;
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Parse text as an alignment file and add to the current or a new window.
 217    *
 218    * @param text
 219    * @param newWindow
 220    */
 221   protected void loadAlignment(String text, boolean newWindow,
 222           AlignViewport viewport)
 223   {
 224     AlignmentI al = null;
 225
 226     String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 227             AppletFormatAdapter.PASTE);
 228     AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter(alignFrame.alignPanel);
 229     try
 230     {
 231       al = afa.readFile(text, AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 232       source = afa.getAlignFile();
 233     } catch (java.io.IOException ex)
 234     {
 235       ex.printStackTrace();
 236     }
 237
 238     if (al != null)
 239     {
 240       al.setDataset(null); // set dataset on alignment/sequences
 241
 242       /*
 243        * SplitFrame option dependent on applet parameter for now.
 244        */
 245       boolean allowSplitFrame = alignFrame.viewport.applet
 246               .getDefaultParameter("enableSplitFrame", false);
 247       if (allowSplitFrame && openSplitFrame(al, format))
 248       {
 249         return;
 250       }
 251       if (newWindow)
 252       {
 253         AlignFrame af;
 254
 255         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 256         {
 257           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 258                   .getColumnSelection();
 259           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 260                   .getHiddenSequences();
 261           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 262                   .isShowSeqFeatures();
 263           String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 264                   .getGlobalColourScheme();
 265           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 266                   alignFrame.viewport.applet, "Cut & Paste input - "
 267                           + format, false);
 268           af.getAlignViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 269           ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 270                   colourSchemeName, al);
 271           if (cs != null)
 272           {
 273             af.changeColour(cs);
 274           }
 275         }
 276         else
 277         {
 278           af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 279                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 280         }
 281
 282         af.statusBar
 283                 .setText(MessageManager
 284                         .getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 285       }
 286       else
 287       {
 288         alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 289         alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 290                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 291       }
 292     }
 293   }
 294
 295   /**
 296    * Check whether the new alignment could be mapped to the current one as
 297    * cDNA/protein, if so offer the option to open as split frame view. Returns
 298    * true if a split frame view is opened, false if not.
 299    *
 300    * @param al
 301    * @return
 302    */
 303   protected boolean openSplitFrame(AlignmentI al, String format)
 304   {
 305     final AlignmentI thisAlignment = this.alignFrame.getAlignViewport()
 306             .getAlignment();
 307     if (thisAlignment.isNucleotide() == al.isNucleotide())
 308     {
 309       // both nucleotide or both protein
 310       return false;
 311     }
 312     AlignmentI protein = thisAlignment.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 313     AlignmentI dna = thisAlignment.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 314     boolean mapped = AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, dna);
 315     if (!mapped)
 316     {
 317       return false;
 318     }
 319
 320     /*
 321      * A mapping is possible; ask user if they want a split frame.
 322      */
 323     String title = MessageManager.getString("label.open_split_window");
 324     final JVDialog dialog = new JVDialog((Frame) this.getParent(), title,
 325             true, 100, 400);
 326     dialog.ok.setLabel(MessageManager.getString("action.yes"));
 327     dialog.cancel.setLabel(MessageManager.getString("action.no"));
 328     Panel question = new Panel(new BorderLayout());
 329     final String text = MessageManager
 330             .getString("label.open_split_window?");
 331     question.add(new Label(text, Label.CENTER), BorderLayout.CENTER);
 332     dialog.setMainPanel(question);
 333     dialog.setVisible(true);
 334     dialog.toFront();
 335
 336     if (!dialog.accept)
 337     {
 338       return false;
 339     }
 340
 341     /*
 342      * 'align' the added alignment to match the current one
 343      */
 344     al.alignAs(thisAlignment);
 345
 346     /*
 347      * Open SplitFrame with DNA above and protein below, including the alignment
 348      * from textbox and a copy of the original.
 349      */
 350     final JalviewLite applet = this.alignFrame.viewport.applet;
 351     AlignFrame copyFrame = new AlignFrame(
 352             this.alignFrame.viewport.getAlignment(), applet,
 353             alignFrame.getTitle(), false, false);
 354     AlignFrame newFrame = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 355             "Cut & Paste input - " + format, false, false);
 356     AlignFrame dnaFrame = al.isNucleotide() ? newFrame : copyFrame;
 357     AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyFrame : newFrame;
 358     SplitFrame sf = new SplitFrame(dnaFrame, proteinFrame);
 359     sf.addToDisplay(false, applet);
 360     return true;
 361   }
 362
 363   /**
 364    * Parse the text as a TCoffee score file, if successful add scores as
 365    * alignment annotations.
 366    */
 367   protected void loadAnnotations()
 368   {
 369     TCoffeeScoreFile tcf = null;
 370     try
 371     {
 372       tcf = new TCoffeeScoreFile(textarea.getText(),
 373               jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 374       if (tcf.isValid())
 375       {
 376         if (tcf.annotateAlignment(alignFrame.viewport.getAlignment(), true))
 377         {
 378           alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled(true);
 379           alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 380           alignFrame.changeColour(new TCoffeeColourScheme(
 381                   alignFrame.viewport.getAlignment()));
 382           alignFrame.statusBar
 383                   .setText(MessageManager
 384                           .getString("label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment"));
 385         }
 386         else
 387         {
 388           // file valid but didn't get added to alignment for some reason
 389           alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 390                   "label.failed_add_tcoffee_scores",
 391                   new Object[] { (tcf.getWarningMessage() != null ? tcf
 392                           .getWarningMessage() : "") }));
 393         }
 394       }
 395       else
 396       {
 397         tcf = null;
 398       }
 399     } catch (Exception x)
 400     {
 401       tcf = null;
 402     }
 403     if (tcf == null)
 404     {
 405       if (new AnnotationFile().annotateAlignmentView(alignFrame.viewport,
 406               textarea.getText(), jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 407       {
 408         alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 409         alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 410         alignFrame.statusBar
 411                 .setText(MessageManager
 412                         .getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 413
 414       }
 415       else
 416       {
 417         if (!alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 418                 jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 419         {
 420           alignFrame.statusBar
 421                   .setText(MessageManager
 422                           .getString("label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file"));
 423         }
 424       }
 425     }
 426   }
 427
 428   /**
 429    * Open a Jmol viewer (if available), failing that the built-in PDB viewer,
 430    * passing the input text as the PDB file data.
 431    *
 432    * @param text
 433    */
 434   protected void openPdbViewer(String text)
 435   {
 436     PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 437     pdb.setFile(text);
 438
 439     if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 440     {
 441       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new SequenceI[] { seq }, null,
 442               alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 443     }
 444     else
 445     {
 446       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new SequenceI[] { seq }, null,
 447               alignFrame.alignPanel, AppletFormatAdapter.PASTE);
 448     }
 449   }
 450
 451   protected void cancel()
 452   {
 453     textarea.setText("");
 454     if (this.getParent() instanceof Frame)
 455     {
 456       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 457     }
 458     else
 459     {
 460       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 461     }
 462   }
 463
 464   protected TextArea textarea = new TextArea();
 465
 466   Button accept = new Button("New Window");
 467
 468   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 469
 470   Button cancel = new Button("Close");
 471
 472   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 473
 474   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 475
 476   private void jbInit() throws Exception
 477   {
 478     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 479     textarea.setText(MessageManager
 480             .getString("label.paste_your_alignment_file"));
 481     textarea.addMouseListener(this);
 482     this.setLayout(borderLayout1);
 483     accept.addActionListener(this);
 484     addSequences.addActionListener(this);
 485     cancel.addActionListener(this);
 486     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 487     buttonPanel.add(accept, null);
 488     buttonPanel.add(addSequences);
 489     buttonPanel.add(cancel, null);
 490     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 491   }
 492
 493   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 494   {
 495     if (textarea.getText().startsWith(
 496             MessageManager.getString("label.paste_your")))
 497     {
 498       textarea.setText("");
 499     }
 500   }
 501
 502   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 503   {
 504   }
 505
 506   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 507   {
 508   }
 509
 510   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 511   {
 512   }
 513
 514   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 515   {
 516   }
 517 }