src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28 import java.awt.Rectangle;
  29
  30 public class FeatureColourChooser extends Panel implements
  31         ActionListener, AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  32 {
  33   JVDialog frame;
  34   Frame owner;
  35   FeatureRenderer fr;
  36   FeatureSettings fs = null;
  37   // AlignmentPanel ap;
  38
  39   GraduatedColor cs;
  40   Object oldcs;
  41
  42   Hashtable oldgroupColours;
  43
  44
  45   boolean adjusting = false;
  46   private float min,max;
  47   String type=null;
  48
  49   private AlignFrame af=null;
  50   public FeatureColourChooser(AlignFrame af, String type)
  51   {
  52     this.af = af;
  53     init(af.getSeqcanvas().getFeatureRenderer(), type);
  54   }
  55   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  56   {
  57     this.fs = fsettings;
  58     init(fsettings.fr, type);
  59     // this.ap = fsettings.ap;
  60   }
  61   private void init(FeatureRenderer frenderer,String type) {
  62     this.type = type;
  63     fr = frenderer;
  64     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  65     min = mm[0];
  66     max = mm[1];
  67     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  68     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  69     {
  70       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  71     } else {
  72       // promote original color to a graduated color
  73       Color bl = Color.black;
  74       if (oldcs instanceof Color)
  75       {
  76         bl = (Color) oldcs;
  77       }
  78       // original colour becomes the maximum colour
  79       cs = new GraduatedColor(Color.white,bl,mm[0],mm[1]);
  80     }
  81     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
  82     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
  83     colourFromLabel.setState(cs.isColourByLabel());
  84     adjusting = true;
  85
  86     try
  87     {
  88       jbInit();
  89     } catch (Exception ex)
  90     {
  91     }
  92     threshold.select(cs.getThreshType()==AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD ? 0 : cs.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1 : 2);
  93
  94     adjusting = false;
  95     changeColour();
  96     colourFromLabel.addItemListener(this);
  97     slider.addAdjustmentListener(this);
  98     slider.addMouseListener(this);
  99     owner = (af!=null) ? af : fs.frame;
 100     frame = new JVDialog(owner,"Graduated Feature Colour for "+type,true,480,248);
 101     frame.setMainPanel(this);
 102     validate();
 103     frame.setVisible(true);
 104     if (frame.accept) {
 105       changeColour();
 106     } else {
 107       // cancel
 108         reset();
 109         PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 110         frame.setVisible(false);
 111     }
 112   }
 113
 114   public FeatureColourChooser()
 115   {
 116     try
 117     {
 118       jbInit();
 119     } catch (Exception ex)
 120     {
 121       ex.printStackTrace();
 122     }
 123   }
 124
 125   private void jbInit() throws Exception
 126   {
 127     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 128     minColour.setLabel("Min Colour");
 129     minColour.addActionListener(this);
 130
 131     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 132     maxColour.setLabel("Max Colour");
 133     maxColour.addActionListener(this);
 134
 135     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 136
 137     this.setLayout(new GridLayout(4,1));
 138     jPanel1.setLayout(new FlowLayout());
 139     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 140     jPanel3.setLayout(new GridLayout(1,1));
 141     jPanel4.setLayout(new FlowLayout());
 142     jPanel1.setBackground(Color.white);
 143     jPanel2.setBackground(Color.white);
 144     jPanel4.setBackground(Color.white);
 145     threshold.addItemListener(this);
 146     threshold.addItem("No Threshold");
 147     threshold.addItem("Above Threshold");
 148     threshold.addItem("Below Threshold");
 149     thresholdValue.addActionListener(this);
 150     slider.setBackground(Color.white);
 151     slider.setEnabled(false);
 152     slider.setSize(new Dimension(93, 21));
 153     thresholdValue.setEnabled(false);
 154     thresholdValue.setSize(new Dimension(79,22)); //setBounds(new Rectangle(248, 2, 79, 22));
 155     thresholdValue.setColumns(5);
 156     jPanel3.setBackground(Color.white);
 157
 158     colourFromLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 159     colourFromLabel.setLabel("Colour by Label");
 160     colourFromLabel.setSize(new Dimension(139,22));
 161     //threshold.setBounds(new Rectangle(11, 3, 139, 22));
 162     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 163     thresholdIsMin.setLabel("Threshold is min/max");
 164     thresholdIsMin.setSize(new Dimension(135,23));
 165     //thresholdIsMin.setBounds(new Rectangle(328, 3, 135, 23));
 166     jPanel1.add(minColour);
 167     jPanel1.add(maxColour);
 168     jPanel1.add(colourFromLabel);
 169     jPanel2.add(threshold);
 170     jPanel3.add(slider);
 171     jPanel4.add(thresholdValue);
 172     jPanel4.add(thresholdIsMin);
 173     this.add(jPanel1);//, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 174     this.add(jPanel2);//, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 175     this.add(jPanel3);//, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 176     this.add(jPanel4);//, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 177   }
 178
 179   Button minColour = new Button();
 180
 181   Button maxColour = new Button();
 182
 183
 184   Panel jPanel1 = new Panel();
 185
 186   Panel jPanel2 = new Panel();
 187
 188   Choice threshold = new Choice();
 189
 190   Panel jPanel3 = new Panel();
 191   Panel jPanel4 = new Panel();
 192
 193   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 194
 195   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 196
 197
 198 //  BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 199
 200   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 201   Checkbox colourFromLabel = new Checkbox();
 202
 203   private GraphLine threshline;
 204
 205   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 206   {
 207     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 208     {
 209       try
 210       {
 211         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 212         slider.setValue((int) (f * 1000));
 213         adjustmentValueChanged(null);
 214       } catch (NumberFormatException ex)
 215       {
 216       }
 217     }
 218     else if (evt.getSource() == minColour)
 219     {
 220       minColour_actionPerformed(null);
 221     }
 222     else if (evt.getSource() == maxColour)
 223     {
 224       maxColour_actionPerformed(null);
 225     }
 226     else
 227     {
 228       changeColour();
 229     }
 230   }
 231
 232   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 233   {
 234     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 235     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 236     changeColour();
 237   }
 238
 239   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 240   {
 241     if (!adjusting)
 242     {
 243       thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
 244       valueChanged();
 245     }
 246   }
 247   protected void valueChanged() {
 248     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 249     cs.setThresh(threshline.value);
 250     changeColour();
 251     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 252     // ap.paintAlignment(false);
 253   }
 254   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 255   {
 256     if (newCol == null)
 257     {
 258       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this,minColour.getBackground(),owner, "Select Colour for Minimum Value"); // frame.owner,
 259     } else {
 260       minColour.setBackground(newCol);
 261       minColour.repaint();
 262       changeColour();
 263     }
 264
 265   }
 266
 267   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 268   {
 269     if (newCol == null)
 270     {
 271
 272       // UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this, "Select Colour for Maximum Value",maxColour.getBackground(),true);
 273       UserDefinedColours udc = new UserDefinedColours(this, maxColour.getBackground(), owner, "Select Colour for Maximum Value");
 274     } else {
 275       maxColour.setBackground(newCol);
 276       maxColour.repaint();
 277       changeColour();
 278     }
 279   }
 280
 281   void changeColour()
 282   {
 283     // Check if combobox is still adjusting
 284     if (adjusting)
 285     {
 286       return;
 287     }
 288
 289     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 290     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))
 291     {
 292       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 293     }
 294     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))
 295     {
 296       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 297     }
 298
 299     slider.setEnabled(true);
 300     thresholdValue.setEnabled(true);
 301     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(), maxColour.getBackground(), min, max);
 302
 303     acg.setColourByLabel(colourFromLabel.getState());
 304     maxColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 305     minColour.setEnabled(!colourFromLabel.getState());
 306     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 307     {
 308       slider.setEnabled(false);
 309       thresholdValue.setEnabled(false);
 310       thresholdValue.setText("");
 311     }
 312
 313     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 314             && threshline == null)
 315     {
 316       // todo visual indication of feature threshold
 317       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine(
 318                       (max - min) / 2f,
 319                       "Threshold", Color.black);
 320     }
 321
 322     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 323     {
 324       adjusting = true;
 325       acg.setThresh(threshline.value);
 326
 327       float range = max * 1000f
 328               - min * 1000f;
 329
 330       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 331       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 332       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 333       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 334       slider.setEnabled(true);
 335       thresholdValue.setEnabled(true);
 336       adjusting = false;
 337     }
 338
 339     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 340     if (thresholdIsMin.getState() && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 341     {
 342       if (aboveThreshold==AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 343       {
 344         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 345       } else {
 346         acg = new GraduatedColor(acg, min,threshline.value);
 347       }
 348     }
 349
 350     fr.featureColours.put(type,acg);
 351     cs = acg;
 352     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 353     // ap.paintAlignment(false);
 354   }
 355
 356   void reset()
 357   {
 358     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 359     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 360     // ap.paintAlignment(true);
 361
 362   }
 363
 364   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 365   {
 366   }
 367
 368   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 369   {
 370   }
 371
 372   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 373   {
 374     PaintRefresher.Refresh(this, fr.av.getSequenceSetId());
 375     // ap.paintAlignment(true);
 376   }
 377
 378   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 379   {
 380   }
 381
 382   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 383   {
 384   }
 385
 386 }