src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 \r
  27 public class FeatureSettings extends Panel implements ItemListener,\r
  28     MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30   FeatureRenderer fr;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   Frame frame;\r
  34   Panel groupPanel;\r
  35   Panel featurePanel = new Panel();\r
  36   ScrollPane scrollPane;\r
  37   boolean alignmentHasFeatures = false;\r
  38 \r
  39   public FeatureSettings(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)\r
  40   {\r
  41     this.ap = ap;\r
  42     this.av = av;\r
  43     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();\r
  44 \r
  45     setTableData();\r
  46 \r
  47     this.setLayout(new BorderLayout());\r
  48     scrollPane = new ScrollPane();\r
  49     scrollPane.add(featurePanel);\r
  50     if (alignmentHasFeatures)\r
  51       add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
  52 \r
  53     if(groupPanel!=null)\r
  54     {\r
  55       groupPanel.setLayout(\r
  56           new GridLayout( fr.featureGroups.size() / 4 + 1, 4));\r
  57       groupPanel.validate();\r
  58 \r
  59       add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);\r
  60     }\r
  61     frame = new Frame();\r
  62     frame.add(this);\r
  63     int height = featurePanel.getComponentCount()*50 +30;\r
  64 \r
  65     height = Math.max(100, height);\r
  66     height = Math.min(400, height);\r
  67 \r
  68     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Feature Settings", 280,\r
  69                                      height);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public void paint(Graphics g)\r
  73   {\r
  74     g.setColor(Color.black);\r
  75     g.drawString("No Features added to this alignment!!", 10, 20);\r
  76   }\r
  77 \r
  78   void setTableData()\r
  79   {\r
  80     alignmentHasFeatures = false;\r
  81 \r
  82     if(fr.featureGroups==null)\r
  83       fr.featureGroups = new Hashtable();\r
  84 \r
  85     Vector allFeatures = new Vector();\r
  86     Vector allGroups = new Vector();\r
  87     SequenceFeature[] tmpfeatures;\r
  88     String group;\r
  89 \r
  90 \r
  91     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  92     {\r
  93       if (av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)\r
  94         continue;\r
  95 \r
  96       alignmentHasFeatures = true;\r
  97 \r
  98       tmpfeatures = av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();\r
  99       int index = 0;\r
 100       while (index < tmpfeatures.length)\r
 101       {\r
 102         if(tmpfeatures[index].getFeatureGroup()!=null)\r
 103         {\r
 104           group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
 105           if(!allGroups.contains(group))\r
 106            {\r
 107              allGroups.addElement(group);\r
 108 \r
 109              boolean visible = true;\r
 110              if (fr.featureGroups.containsKey(group))\r
 111              {\r
 112                visible = ( (Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue();\r
 113              }\r
 114 \r
 115              fr.featureGroups.put(group, new Boolean(visible));\r
 116 \r
 117              if (groupPanel == null)\r
 118              {\r
 119                groupPanel = new Panel();\r
 120              }\r
 121 \r
 122              Checkbox check = new Checkbox(group, visible);\r
 123              check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));\r
 124              check.addItemListener(this);\r
 125              groupPanel.add(check);\r
 126            }\r
 127         }\r
 128 \r
 129         if (!allFeatures.contains(tmpfeatures[index].getType()))\r
 130         {\r
 131             allFeatures.addElement(tmpfeatures[index].getType());\r
 132         }\r
 133          index ++;\r
 134       }\r
 135     }\r
 136 \r
 137     resetTable(false);\r
 138   }\r
 139 \r
 140  //This routine adds and removes checkboxes depending on\r
 141  //Group selection states\r
 142   void resetTable(boolean groupsChanged)\r
 143   {\r
 144     SequenceFeature [] tmpfeatures;\r
 145     String group=null, type;\r
 146     Vector visibleChecks = new Vector();\r
 147 \r
 148      for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 149      {\r
 150          if (av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)\r
 151            continue;\r
 152 \r
 153          tmpfeatures = av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();\r
 154          int index = 0;\r
 155          while (index < tmpfeatures.length)\r
 156          {\r
 157            group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
 158 \r
 159            if (group==null || fr.featureGroups.get(group)==null ||\r
 160                ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())\r
 161            {\r
 162              type = tmpfeatures[index].getType();\r
 163              if(!visibleChecks.contains(type) )\r
 164              {\r
 165                visibleChecks.addElement(type);\r
 166              }\r
 167            }\r
 168            index++;\r
 169          }\r
 170      }\r
 171 \r
 172        Component[] comps;\r
 173        int cSize = featurePanel.getComponentCount();\r
 174        Checkbox check;\r
 175        //This will remove any checkboxes which shouldn't be\r
 176        //visible\r
 177        for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
 178        {\r
 179          comps = featurePanel.getComponents();\r
 180          check = (Checkbox) comps[i];\r
 181          if (!visibleChecks.contains(check.getLabel()))\r
 182          {\r
 183            featurePanel.remove(i);\r
 184            cSize --;\r
 185            i--;\r
 186          }\r
 187        }\r
 188 \r
 189        if(fr.renderOrder!=null)\r
 190        {\r
 191          //First add the checks in the previous render order,\r
 192          //in case the window has been closed and reopened\r
 193          for(int ro=fr.renderOrder.length-1; ro>-1; ro--)\r
 194          {\r
 195               String item = fr.renderOrder[ro];\r
 196 \r
 197               if(!visibleChecks.contains(item))\r
 198                 continue;\r
 199 \r
 200               visibleChecks.removeElement(item);\r
 201 \r
 202               addCheck(false, item);\r
 203          }\r
 204        }\r
 205 \r
 206        // now add checkboxes which should be visible,\r
 207        // if they have not already been added\r
 208        Enumeration en = visibleChecks.elements();\r
 209        while(en.hasMoreElements())\r
 210        {\r
 211          addCheck(groupsChanged, en.nextElement().toString());\r
 212        }\r
 213 \r
 214 \r
 215    featurePanel.setLayout(new GridLayout(featurePanel.getComponentCount(), 1, 10,5));\r
 216    featurePanel.validate();\r
 217 \r
 218 \r
 219    if(scrollPane!=null)\r
 220      scrollPane.validate();\r
 221 \r
 222    itemStateChanged(null);\r
 223   }\r
 224 \r
 225   void addCheck(boolean groupsChanged, String type)\r
 226   {\r
 227     boolean addCheck;\r
 228     Component [] comps = featurePanel.getComponents();\r
 229     Checkbox check;\r
 230     addCheck = true;\r
 231     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 232     {\r
 233       check = (Checkbox) comps[i];\r
 234       if (check.getLabel().equals(type))\r
 235       {\r
 236         addCheck = false;\r
 237         break;\r
 238       }\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (addCheck)\r
 242     {\r
 243       boolean selected = false;\r
 244       if (groupsChanged || av.featuresDisplayed.containsKey(type))\r
 245       {\r
 246         selected = true;\r
 247       }\r
 248 \r
 249       check = new Checkbox(type, selected);\r
 250       check.addMouseListener(this);\r
 251       check.addMouseMotionListener(this);\r
 252       check.setBackground(fr.getColour(type));\r
 253       check.addItemListener(this);\r
 254       featurePanel.add(check);\r
 255     }\r
 256   }\r
 257 \r
 258   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 259   {\r
 260     if (evt != null)\r
 261     {\r
 262       //Is the source a top level featureGroup?\r
 263       Checkbox source = (Checkbox) evt.getSource();\r
 264       if (fr.featureGroups.containsKey(source.getLabel()))\r
 265       {\r
 266         fr.featureGroups.put(source.getLabel(), new Boolean(source.getState()));\r
 267         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 268         if (ap.overviewPanel != null)\r
 269           ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 270 \r
 271         resetTable(true);\r
 272         return;\r
 273       }\r
 274     }\r
 275 \r
 276       Component[] comps = featurePanel.getComponents();\r
 277       int cSize = comps.length;\r
 278 \r
 279       Object[][] tmp = new Object[cSize][3];\r
 280       int tmpSize = 0;\r
 281       for (int i = 0; i < cSize; i++)\r
 282       {\r
 283         Checkbox check = (Checkbox) comps[i];\r
 284         tmp[tmpSize][0] = check.getLabel();\r
 285         tmp[tmpSize][1] = fr.getColour(check.getLabel());\r
 286         tmp[tmpSize][2] = new Boolean(check.getState());\r
 287         tmpSize++;\r
 288       }\r
 289 \r
 290       Object[][]data = new Object[tmpSize][3];\r
 291       System.arraycopy(tmp, 0, data,0, tmpSize);\r
 292 \r
 293       fr.setFeaturePriority(data);\r
 294       ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 295       if (ap.overviewPanel != null)\r
 296         ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 297   }\r
 298 \r
 299   Checkbox selectedCheck;\r
 300   boolean dragging = false;\r
 301 \r
 302   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 303   {\r
 304     selectedCheck = (Checkbox)evt.getSource();\r
 305   }\r
 306 \r
 307   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 308   {\r
 309       dragging = true;\r
 310   }\r
 311 \r
 312   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 313   {\r
 314     Component comp = null;\r
 315     Checkbox  target = null;\r
 316 \r
 317     int height = evt.getY()+evt.getComponent().getLocation().y;\r
 318 \r
 319     if(height > this.getSize().height)\r
 320      {\r
 321        comp = featurePanel.getComponent(featurePanel.getComponentCount()-1);\r
 322      }\r
 323      else if(height < 0)\r
 324      {\r
 325        comp = featurePanel.getComponent(0);\r
 326      }\r
 327      else\r
 328      {\r
 329        comp = featurePanel.getComponentAt(evt.getX(),\r
 330                                   evt.getY() +\r
 331                                   evt.getComponent().getLocation().y);\r
 332      }\r
 333 \r
 334     if(comp!=null && comp instanceof Checkbox)\r
 335       target = (Checkbox)comp;\r
 336 \r
 337     if (   selectedCheck != null\r
 338         && target != null\r
 339         && selectedCheck != target)\r
 340     {\r
 341       int targetIndex = -1;\r
 342       for(int i=0; i<featurePanel.getComponentCount(); i++)\r
 343       {\r
 344           if(target==featurePanel.getComponent(i))\r
 345           { targetIndex = i; break; }\r
 346       }\r
 347 \r
 348       featurePanel.remove(selectedCheck);\r
 349       featurePanel.add(selectedCheck, targetIndex);\r
 350       featurePanel.validate();\r
 351       itemStateChanged(null);\r
 352     }\r
 353   }\r
 354 \r
 355   public void setUserColour(String feature, Color col)\r
 356   {\r
 357     fr.setColour(feature, col);\r
 358     featurePanel.removeAll();\r
 359     resetTable(false);\r
 360     ap.repaint();\r
 361   }\r
 362 \r
 363   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 364   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 365   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 366   {\r
 367     Checkbox check = (Checkbox) evt.getSource();\r
 368     if(evt.getClickCount()>1)\r
 369     {\r
 370        new UserDefinedColours(this, check.getLabel(),\r
 371                               fr.getColour(check.getLabel()));\r
 372     }\r
 373   }\r
 374   public void mouseMoved(MouseEvent evt){}\r
 375 }\r