src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28
  29 public class Finder
  30     extends Panel implements ActionListener
  31 {
  32   AlignViewport av;
  33   AlignmentPanel ap;
  34   Frame frame;
  35
  36   SearchResults searchResults;
  37
  38   int seqIndex = 0;
  39   int resIndex = 0;
  40   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  41   {
  42     try
  43     {
  44       jbInit();
  45     }
  46     catch (Exception e)
  47     {
  48       e.printStackTrace();
  49     }
  50
  51     this.av = ap.av;
  52     this.ap = ap;
  53     frame = new Frame();
  54     frame.add(this);
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);
  56     frame.repaint();
  57     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  58     {
  59       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  60       {
  61         ap.highlightSearchResults(null);
  62       }
  63     });
  64   }
  65
  66   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  67   {
  68     if (evt.getSource() == textfield)
  69     {
  70       doSearch(false);
  71     }
  72
  73     else if (evt.getSource() == findNext)
  74     {
  75       doSearch(false);
  76     }
  77
  78     else if (evt.getSource() == findAll)
  79     {
  80       resIndex = 0;
  81       seqIndex = 0;
  82       doSearch(true);
  83     }
  84     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
  85     {
  86       createNewGroup_actionPerformed();
  87     }
  88   }
  89
  90   public void createNewGroup_actionPerformed()
  91   {
  92
  93     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, null);
  94     cap.accept.setLabel("Accept");
  95     Dialog dialog = new Dialog(ap.alignFrame, "Enter New Feature Name", true);
  96     dialog.add(cap);
  97
  98     cap.setText(textfield.getText());
  99
 100     dialog.setBounds(frame.getLocation().x + frame.getSize().width + 5,
 101                      frame.getLocation().y + 20, 300, 100);
 102     dialog.show();
 103
 104     String featureName = cap.getText().trim();
 105     if (featureName.length() < 1)
 106     {
 107       return;
 108     }
 109
 110     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 111     {
 112       SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);
 113
 114       SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureName,
 115                                                null, null,
 116                                                searchResults.getResultStart(i),
 117                                                searchResults.getResultEnd(i),
 118                                                "Search Results");
 119
 120       ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(
 121           featureName, new Color(60, 160, 115));
 122       seq.addSequenceFeature(sf);
 123     }
 124
 125     ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().findAllFeatures();
 126     ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 127     av.showSequenceFeatures(true);
 128     ap.highlightSearchResults(null);
 129   }
 130
 131   void doSearch(boolean findAll)
 132   {
 133     if (jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame != null)
 134     {
 135       ap = jalview.bin.JalviewLite.currentAlignFrame.alignPanel;
 136       av = ap.av;
 137     }
 138     createNewGroup.setEnabled(false);
 139     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(av.
 140         getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 141     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 142     finder.setFindAll(findAll);
 143
 144     String searchString = textfield.getText();
 145
 146     finder.find(searchString);
 147     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 148     resIndex = finder.getResIndex();
 149     searchResults = finder.getSearchResults();
 150     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 151
 152     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)
 153     {
 154       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 155     }
 156
 157     if (searchResults.getSize() > 0)
 158     {
 159       createNewGroup.setEnabled(true);
 160
 161     }
 162     else
 163     {
 164       searchResults = null;
 165       resIndex = 0;
 166       seqIndex = 0;
 167     }
 168
 169     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas
 170     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 171
 172     if (findAll)
 173     {
 174       String message = (searchResults == null ? 0 : searchResults.getSize()) +
 175           " matches found.";
 176       ap.alignFrame.statusBar.setText("Search results: " + searchString + " : " +
 177                                       message);
 178     }
 179
 180   }
 181
 182   Label jLabel1 = new Label();
 183   protected TextField textfield = new TextField();
 184   protected Button findAll = new Button();
 185   protected Button findNext = new Button();
 186   Panel jPanel1 = new Panel();
 187   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 188   protected Button createNewGroup = new Button();
 189   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 190
 191   private void jbInit()
 192       throws Exception
 193   {
 194     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 195     jLabel1.setText("Find");
 196     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 197     this.setLayout(null);
 198     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 199     textfield.setText("");
 200     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));
 201     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 202     {
 203       public void keyTyped(KeyEvent e)
 204       {
 205         textfield_keyTyped(e);
 206       }
 207     });
 208     textfield.addActionListener(this);
 209     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 210     findAll.setLabel("Find all");
 211     findAll.addActionListener(this);
 212     findNext.setEnabled(false);
 213     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 214     findNext.setLabel("Find Next");
 215     findNext.addActionListener(this);
 216     jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));
 217     jPanel1.setLayout(gridLayout1);
 218     gridLayout1.setHgap(0);
 219     gridLayout1.setRows(3);
 220     gridLayout1.setVgap(2);
 221     createNewGroup.setEnabled(false);
 222     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 223     createNewGroup.setLabel("New Feature");
 224     createNewGroup.addActionListener(this);
 225     caseSensitive.setLabel("Match Case");
 226     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(40, 49, 126, 23));
 227     jPanel1.add(findNext, null);
 228     jPanel1.add(findAll, null);
 229     jPanel1.add(createNewGroup, null);
 230     this.add(caseSensitive);
 231     this.add(textfield, null);
 232     this.add(jLabel1, null);
 233     this.add(jPanel1, null);
 234   }
 235
 236   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 237   {
 238     findNext.setEnabled(true);
 239   }
 240
 241 }