src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  25 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Font;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.Image;
  31 import java.awt.Panel;
  32 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  33 import java.util.List;
  34
  35 public class IdCanvas extends Panel implements ViewportListenerI
  36 {
  37   protected AlignViewport av;
  38
  39   protected boolean showScores = true;
  40
  41   protected int maxIdLength = -1;
  42
  43   protected String maxIdStr = null;
  44
  45   Image image;
  46
  47   Graphics gg;
  48
  49   int imgHeight = 0;
  50
  51   boolean fastPaint = false;
  52
  53   List<SequenceI> searchResults;
  54
  55   public IdCanvas(AlignViewport av)
  56   {
  57     setLayout(null);
  58     this.av = av;
  59     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  60     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  61   }
  62
  63   public void drawIdString(Graphics gg, boolean hiddenRows, SequenceI s,
  64           int i, int starty, int ypos)
  65   {
  66     int charHeight = av.getCharHeight();
  67
  68     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  69     {
  70       gg.setColor(Color.black);
  71       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  72               charHeight);
  73       gg.setColor(Color.white);
  74     }
  75     else if (av.getSelectionGroup() != null
  76             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  77     {
  78       gg.setColor(Color.lightGray);
  79       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  80               charHeight);
  81       gg.setColor(Color.white);
  82     }
  83     else
  84     {
  85       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  86       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  87               charHeight);
  88       gg.setColor(Color.black);
  89     }
  90
  91     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  92             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  93                     - (charHeight / 5));
  94
  95     if (hiddenRows)
  96     {
  97       drawMarker(i, starty, ypos);
  98     }
  99
 100   }
 101
 102   public void fastPaint(int vertical)
 103   {
 104     if (gg == null || av.getWrapAlignment())
 105     {
 106       repaint();
 107       return;
 108     }
 109
 110     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 111
 112     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0,
 113             -vertical * av.getCharHeight());
 114
 115     int ss = ranges.getStartSeq(), es = ranges.getEndSeq(), transY = 0;
 116     if (vertical > 0) // scroll down
 117     {
 118       ss = es - vertical;
 119       if (ss < ranges.getStartSeq()) // ie scrolling too fast, more than a page
 120                                      // at a
 121       // time
 122       {
 123         ss = ranges.getStartSeq();
 124       }
 125       else
 126       {
 127         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * av.getCharHeight());
 128       }
 129     }
 130     else if (vertical < 0)
 131     {
 132       es = ss - vertical;
 133       if (es > ranges.getEndSeq())
 134       {
 135         es = ranges.getEndSeq();
 136       }
 137     }
 138
 139     gg.translate(0, transY);
 140
 141     drawIds(ss, es);
 142
 143     gg.translate(0, -transY);
 144
 145     fastPaint = true;
 146     repaint();
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public void update(Graphics g)
 151   {
 152     paint(g);
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public void paint(Graphics g)
 157   {
 158     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 159     {
 160       return;
 161     }
 162     if (fastPaint)
 163     {
 164       fastPaint = false;
 165       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 166       return;
 167     }
 168
 169     imgHeight = getSize().height;
 170     imgHeight -= imgHeight % av.getCharHeight();
 171
 172     if (imgHeight < 1)
 173     {
 174       return;
 175     }
 176
 177     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 178     {
 179       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 180       gg = image.getGraphics();
 181       gg.setFont(av.getFont());
 182     }
 183
 184     // Fill in the background
 185     gg.setColor(Color.white);
 186     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,
 187             av.getFont().getSize());
 188     gg.setFont(italic);
 189
 190     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 191     drawIds(av.getRanges().getStartSeq(), av.getRanges().getEndSeq());
 192     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 193   }
 194
 195   /**
 196    * local copy of av.getCharHeight set at top of drawIds
 197    */
 198   private int avcharHeight;
 199
 200   void drawIds(int starty, int endy)
 201   {
 202     avcharHeight = av.getCharHeight();
 203
 204     Color currentColor = Color.white;
 205     Color currentTextColor = Color.black;
 206
 207     final boolean doHiddenCheck = av.isDisplayReferenceSeq()
 208             || av.hasHiddenRows();
 209     boolean hiddenRows = av.hasHiddenRows() && av.getShowHiddenMarkers();
 210
 211     if (av.getWrapAlignment())
 212     {
 213       drawIdsWrapped(starty, doHiddenCheck, hiddenRows);
 214       return;
 215     }
 216
 217     // Now draw the id strings
 218     SequenceI seq;
 219     for (int i = starty; i <= endy; i++)
 220     {
 221       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 222       if (seq == null)
 223       {
 224         continue;
 225       }
 226       // hardwired italic IDs in applet currently
 227       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,
 228               av.getFont().getSize());
 229       gg.setFont(italic);
 230       // boolean isrep=false;
 231       if (doHiddenCheck)
 232       {
 233         // isrep =
 234         setHiddenFont(seq);
 235       }
 236
 237       // Selected sequence colours
 238       if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 239       {
 240         currentColor = Color.black;
 241         currentTextColor = Color.white;
 242       }
 243       else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 244               && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 245       {
 246         currentColor = Color.lightGray;
 247         currentTextColor = Color.black;
 248       }
 249       else
 250       {
 251         currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 252         currentTextColor = Color.black;
 253       }
 254
 255       gg.setColor(currentColor);
 256       // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 257       // different way
 258       gg.fillRect(0, (i - starty) * avcharHeight, getSize().width,
 259               avcharHeight);
 260       gg.setColor(currentTextColor);
 261
 262       gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 263               (((i - starty) * avcharHeight) + avcharHeight)
 264                       - (avcharHeight / 5));
 265
 266       if (hiddenRows)
 267       {
 268         drawMarker(i, starty, 0);
 269       }
 270     }
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Draws sequence ids in wrapped mode
 275    *
 276    * @param starty
 277    * @param doHiddenCheck
 278    * @param hiddenRows
 279    */
 280   protected void drawIdsWrapped(int starty, final boolean doHiddenCheck,
 281           boolean hiddenRows)
 282   {
 283     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 284     int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 285
 286     if (av.hasHiddenColumns())
 287     {
 288       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 289               .absoluteToVisibleColumn(maxwidth) - 1;
 290     }
 291
 292     int annotationHeight = 0;
 293     AnnotationLabels labels = null;
 294
 295     if (av.isShowAnnotation())
 296     {
 297       AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 298       annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 299       labels = new AnnotationLabels(av);
 300     }
 301     int hgap = avcharHeight;
 302     if (av.getScaleAboveWrapped())
 303     {
 304       hgap += avcharHeight;
 305     }
 306
 307     int cHeight = alheight * avcharHeight + hgap + annotationHeight;
 308
 309     int rowSize = av.getRanges().getViewportWidth();
 310
 311     // hardwired italic IDs in applet currently
 312     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,
 313             av.getFont().getSize());
 314     gg.setFont(italic);
 315
 316     /*
 317      * draw repeating sequence ids until out of sequence data or
 318      * out of visible space, whichever comes first
 319      */
 320     int ypos = hgap;
 321     int row = av.getRanges().getStartRes();
 322     while ((ypos <= getHeight()) && (row < maxwidth))
 323     {
 324       for (int i = starty; i < alheight; i++)
 325       {
 326
 327         SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 328         // gg.setFont(italic);
 329         if (doHiddenCheck)
 330         {
 331           setHiddenFont(s);
 332         }
 333         drawIdString(gg, hiddenRows, s, i, 0, ypos);
 334       }
 335
 336       if (labels != null)
 337       {
 338         gg.translate(0, ypos + (alheight * avcharHeight));
 339         labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 340         gg.translate(0, -ypos - (alheight * avcharHeight));
 341       }
 342       ypos += cHeight;
 343       row += rowSize;
 344     }
 345   }
 346
 347   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 348   {
 349     searchResults = list;
 350     repaint();
 351   }
 352
 353   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 354   {
 355     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment()
 356             .getHiddenSequences().hiddenSequences;
 357     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 358     // 3 times.
 359     int hSize = hseqs.length;
 360
 361     int hiddenIndex = i;
 362     int lastIndex = i - 1;
 363     int nextIndex = i + 1;
 364
 365     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 366     {
 367       if (hseqs[j] != null)
 368       {
 369         if (j - 1 < hiddenIndex)
 370         {
 371           hiddenIndex++;
 372         }
 373         if (j - 1 < lastIndex)
 374         {
 375           lastIndex++;
 376         }
 377         if (j - 1 < nextIndex)
 378         {
 379           nextIndex++;
 380         }
 381       }
 382     }
 383
 384     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 385     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 386
 387     gg.setColor(Color.blue);
 388     if (below)
 389     {
 390       gg.fillPolygon(
 391               new int[]
 392               { getSize().width - avcharHeight,
 393                   getSize().width - avcharHeight, getSize().width },
 394               new int[]
 395               { (i - starty) * avcharHeight + yoffset,
 396                   (i - starty) * avcharHeight + yoffset + avcharHeight / 4,
 397                   (i - starty) * avcharHeight + yoffset },
 398               3);
 399     }
 400     if (above)
 401     {
 402       gg.fillPolygon(
 403               new int[]
 404               { getSize().width - avcharHeight,
 405                   getSize().width - avcharHeight, getSize().width },
 406               new int[]
 407               { (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset,
 408                   (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset
 409                           - avcharHeight / 4,
 410                   (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset },
 411               3);
 412
 413     }
 414   }
 415
 416   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 417   {
 418     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,
 419             av.getFont().getSize());
 420
 421     if (av.isReferenceSeq(seq) || av.isHiddenRepSequence(seq))
 422     {
 423       gg.setFont(bold);
 424       return true;
 425     }
 426     return false;
 427   }
 428
 429   /**
 430    * Respond to viewport range changes (e.g. alignment panel was scrolled). Both
 431    * scrolling and resizing change viewport ranges. Scrolling changes both start
 432    * and end points, but resize only changes end values. Here we only want to
 433    * fastpaint on a scroll, with resize using a normal paint, so scroll events
 434    * are identified as changes to the horizontal or vertical start value.
 435    * <p>
 436    * In unwrapped mode, only responds to a vertical scroll, as horizontal scroll
 437    * leaves sequence ids unchanged. In wrapped mode, only vertical scroll is
 438    * provided, but it generates a change of "startres" which does require an
 439    * update here.
 440    */
 441   @Override
 442   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 443   {
 444     String propertyName = evt.getPropertyName();
 445     if (propertyName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ)
 446             || (av.getWrapAlignment()
 447                     && propertyName.equals(ViewportRanges.STARTRES)))
 448     {
 449       fastPaint((int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
 450     }
 451     else if (propertyName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
 452     {
 453       fastPaint(((int[]) evt.getNewValue())[1]
 454               - ((int[]) evt.getOldValue())[1]);
 455     }
 456     else if (propertyName.equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 457     {
 458       repaint();
 459     }
 460   }
 461 }