src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 public class IdCanvas extends Panel\r
  26 {\r
  27   protected AlignViewport av;\r
  28 \r
  29   protected boolean showScores  = true;\r
  30 \r
  31   protected int     maxIdLength = -1;\r
  32   protected String  maxIdStr    = null;\r
  33   Image image;\r
  34   Graphics gg;\r
  35   int imgHeight=0;\r
  36   boolean fastPaint = false;\r
  37 \r
  38   java.util.Vector searchResults;\r
  39 \r
  40   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  41   {\r
  42     setLayout(null);\r
  43     this.av         = av;\r
  44     PaintRefresher.Register(this);\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void drawIdString(Graphics gg,SequenceI s,int i, int starty, int ypos) {\r
  48       int charHeight = av.getCharHeight();\r
  49 \r
  50       if(searchResults!=null && searchResults.contains(s))\r
  51       {\r
  52         gg.setColor(Color.black);\r
  53         gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getSize().width,charHeight);\r
  54         gg.setColor(Color.white);\r
  55       }\r
  56       else if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(s)) {\r
  57           gg.setColor(Color.lightGray);\r
  58           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getSize().width,charHeight);\r
  59           gg.setColor(Color.white);\r
  60       } else {\r
  61           gg.setColor(s.getColor());\r
  62           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getSize().width,charHeight);\r
  63           gg.setColor(Color.black);\r
  64       }\r
  65 \r
  66       String string = s.getName();\r
  67       if(av.getShowFullId())\r
  68         string = s.getDisplayId();\r
  69 \r
  70       gg.drawString(string,0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight) + ypos + charHeight-   (charHeight/5));\r
  71 \r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void fastPaint(int vertical)\r
  75   {\r
  76     if(gg==null)\r
  77     {  repaint(); return;}\r
  78 \r
  79     gg.copyArea( 0,0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical*av.charHeight );\r
  80 \r
  81     int ss=av.startSeq, es=av.endSeq, transY = 0;\r
  82     if (vertical > 0) // scroll down\r
  83      {\r
  84        ss = es - vertical;\r
  85        if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
  86          ss = av.startSeq;\r
  87        else\r
  88          transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
  89      }\r
  90      else if (vertical < 0)\r
  91      {\r
  92        es = ss - vertical;\r
  93        if(es > av.endSeq)\r
  94          es = av.endSeq;\r
  95      }\r
  96 \r
  97 \r
  98 \r
  99         gg.translate(0, transY);\r
 100 \r
 101         drawIds(ss, es);\r
 102 \r
 103         gg.translate( 0, -transY );\r
 104 \r
 105 \r
 106       fastPaint = true;\r
 107       repaint();\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public void update(Graphics g)\r
 111   {\r
 112     paint(g);\r
 113   }\r
 114   public void paint(Graphics g)\r
 115   {\r
 116     if(getSize().height<0 || getSize().width<0)\r
 117       return;\r
 118     if (fastPaint)\r
 119     {\r
 120       fastPaint = false;\r
 121       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 122       return;\r
 123     }\r
 124 \r
 125     imgHeight = getSize().height;\r
 126     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 127 \r
 128     if (imgHeight<1)\r
 129       return;\r
 130 \r
 131     if(image==null || imgHeight!=image.getHeight(this))\r
 132     {\r
 133       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 134       gg = image.getGraphics();\r
 135       gg.setFont(av.getFont());\r
 136     }\r
 137 \r
 138       //Fill in the background\r
 139       gg.setColor(Color.white);\r
 140       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 141                            av.getFont().getSize());\r
 142       gg.setFont(italic);\r
 143 \r
 144     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 145     drawIds( av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 146     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   void drawIds(int starty, int endy)\r
 150   {\r
 151     Color currentColor     = Color.white;\r
 152     Color currentTextColor = Color.black;\r
 153 \r
 154     if (av.getWrapAlignment())\r
 155     {\r
 156 \r
 157           int rowSize =  av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 158           // Draw the rest of the panels\r
 159 \r
 160           for(int ypos=2*av.charHeight, row=av.startRes;\r
 161               ypos <= getSize().height && row<av.alignment.getWidth();\r
 162               ypos += av.chunkHeight, row+=rowSize )\r
 163           {\r
 164             for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 165             {\r
 166               SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 167               drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 168             }\r
 169           }\r
 170 \r
 171 \r
 172     } else\r
 173     {\r
 174 \r
 175       //Now draw the id strings\r
 176       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 177       {\r
 178         // Selected sequence colours\r
 179 \r
 180         if(searchResults!=null && searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 181         {\r
 182           gg.setColor(Color.black);\r
 183           currentColor = Color.black;\r
 184           currentTextColor = Color.white;\r
 185       }\r
 186       else if (av.getSelectionGroup()!= null\r
 187             && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 188         {\r
 189           currentColor = Color.lightGray;\r
 190           currentTextColor = Color.black;\r
 191         }\r
 192         else\r
 193         {\r
 194           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 195           currentTextColor = Color.black;\r
 196         }\r
 197 \r
 198         gg.setColor(currentColor);\r
 199 \r
 200         gg.fillRect(0,\r
 201                     AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 202                     getSize().width,\r
 203                     av.charHeight);\r
 204 \r
 205         gg.setColor(currentTextColor);\r
 206         String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 207         if(av.getShowFullId())\r
 208           string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 209         gg.drawString(string, 0,\r
 210                       AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight) +\r
 211                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 212       }\r
 213 \r
 214       // add a border\r
 215       gg.setColor(Color.white);\r
 216       gg.fillRect(getSize().width-4,0,4,getSize().height);\r
 217     }\r
 218 \r
 219   }\r
 220 \r
 221   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 222   {\r
 223     searchResults = found;\r
 224     repaint();\r
 225   }\r
 226 }\r