src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  41 \r
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     alignPanel = parent;\r
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  47     setLayout(new BorderLayout());\r
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52     String label, url;\r
  53     if(parent.alignFrame.applet!=null)\r
  54     {\r
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
  56       {\r
  57         label = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
  58         url = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
  59 \r
  60         if (label != null && url != null)\r
  61           links.addElement(label + "|" + url);\r
  62 \r
  63       }\r
  64     }\r
  65     if (links.size() < 1)\r
  66     {\r
  67       links = new java.util.Vector();\r
  68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2");\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  73   {}\r
  74 \r
  75   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  76   {\r
  77     mouseDragging = true;\r
  78 \r
  79     int y = e.getY();\r
  80     if (av.getWrapAlignment())\r
  81     {\r
  82       y -= 2 * av.charHeight;\r
  83     }\r
  84     int seq = av.getIndex(y);\r
  85 \r
  86     if (seq < 0)\r
  87     {\r
  88       return;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     if (seq < lastid)\r
  92     {\r
  93       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  94     }\r
  95     else if (seq > lastid)\r
  96     {\r
  97       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     lastid = seq;\r
 101     alignPanel.repaint();\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 105   {\r
 106     if (e.getClickCount() < 2)\r
 107         return;\r
 108 \r
 109     int y = e.getY();\r
 110 \r
 111     if (av.getWrapAlignment())\r
 112     {\r
 113       y -= (2 * av.charHeight);\r
 114     }\r
 115 \r
 116     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 117     int seq = av.getIndex(y);\r
 118     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 119     if (id.indexOf("|") > -1)\r
 120         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 121 \r
 122     String target = links.elementAt(0).toString();\r
 123     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
 124     String url = links.elementAt(0).toString();\r
 125     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 126 \r
 127     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 128     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 129 \r
 130     try\r
 131     {\r
 132 \r
 133       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
 134     }\r
 135     catch (Exception ex)\r
 136     {\r
 137       ex.printStackTrace();\r
 138     }\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 142   {\r
 143     if (scrollThread != null)\r
 144     {\r
 145       scrollThread.running = false;\r
 146     }\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 150   {\r
 151     if (av.getWrapAlignment())\r
 152     {\r
 153       return;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 157     {\r
 158       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 159     }\r
 160 \r
 161     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 162         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 163     {\r
 164       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 165     }\r
 166   }\r
 167 \r
 168   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 169   {\r
 170     if (e.getClickCount() >1 )\r
 171     {\r
 172       return;\r
 173     }\r
 174 \r
 175     int y = e.getY();\r
 176     if (av.getWrapAlignment())\r
 177     {\r
 178       y -= 2 * av.charHeight;\r
 179     }\r
 180 \r
 181     int seq = av.getIndex(y);\r
 182     if (seq == -1)\r
 183     {\r
 184       return;\r
 185     }\r
 186 \r
 187     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 188         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 189     {\r
 190       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
 191       this.add(popup);\r
 192       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 193       return;\r
 194     }\r
 195 \r
 196     if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 197         av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null)\r
 198     {\r
 199 \r
 200       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 201       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 202       selection.setStartRes(0);\r
 203       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 204       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 205       {\r
 206         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 207       }\r
 208 \r
 209       av.setSelectionGroup(selection);\r
 210       return;\r
 211     }\r
 212 \r
 213     if (av.getSelectionGroup() == null ||\r
 214         (!e.isControlDown() && av.getSelectionGroup() != null))\r
 215     {\r
 216       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 217     }\r
 218 \r
 219     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 220     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 221 \r
 222     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 223     {\r
 224       selectSeqs(lastid, seq);\r
 225     }\r
 226     else\r
 227     {\r
 228       selectSeq(seq);\r
 229     }\r
 230 \r
 231     alignPanel.repaint();\r
 232   }\r
 233 \r
 234   void selectSeq(int seq)\r
 235   {\r
 236     lastid = seq;\r
 237     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 238     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 239   }\r
 240 \r
 241   void selectSeqs(int start, int end)\r
 242   {\r
 243 \r
 244     lastid = start;\r
 245     if (end < start)\r
 246     {\r
 247       int tmp = start;\r
 248       start = end;\r
 249       end = tmp;\r
 250       lastid = end;\r
 251     }\r
 252 \r
 253     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 254     {\r
 255       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 256     }\r
 257 \r
 258   }\r
 259 \r
 260   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 261   {\r
 262     if (scrollThread != null)\r
 263     {\r
 264       scrollThread.running = false;\r
 265     }\r
 266 \r
 267     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 268       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 269 \r
 270     mouseDragging = false;\r
 271     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 272   }\r
 273 \r
 274   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 275   {\r
 276     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 277 \r
 278     if (found == null)\r
 279     {\r
 280       return;\r
 281     }\r
 282 \r
 283     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 284 \r
 285     // do we need to scroll the panel?\r
 286     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 287     {\r
 288       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 289     }\r
 290   }\r
 291 \r
 292   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 293   class ScrollThread\r
 294       extends Thread\r
 295   {\r
 296     boolean running = false;\r
 297     boolean up = true;\r
 298     public ScrollThread(boolean up)\r
 299     {\r
 300       this.up = up;\r
 301       start();\r
 302     }\r
 303 \r
 304     public void stopScrolling()\r
 305     {\r
 306       running = false;\r
 307     }\r
 308 \r
 309     public void run()\r
 310     {\r
 311       running = true;\r
 312       while (running)\r
 313       {\r
 314         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 315         {\r
 316           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 317           int seq = av.getStartSeq();\r
 318           if (!up)\r
 319           {\r
 320             seq = av.getEndSeq();\r
 321           }\r
 322 \r
 323           if (seq < lastid)\r
 324           {\r
 325             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 326           }\r
 327           else if (seq > lastid)\r
 328           {\r
 329             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 330           }\r
 331 \r
 332           lastid = seq;\r
 333         }\r
 334         else\r
 335         {\r
 336           running = false;\r
 337         }\r
 338 \r
 339         alignPanel.repaint();\r
 340         try\r
 341         {\r
 342           Thread.sleep(100);\r
 343         }\r
 344         catch (Exception ex)\r
 345         {}\r
 346       }\r
 347     }\r
 348   }\r
 349 \r
 350 }\r