src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsWithHidden;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Panel;
  28 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  29 import java.awt.event.ComponentEvent;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31 import java.awt.event.MouseListener;
  32 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  33
  34 public class OverviewPanel extends Panel implements Runnable,
  35         MouseMotionListener, MouseListener
  36 {
  37   private OverviewDimensionsWithHidden od;
  38
  39   private OverviewCanvas oviewCanvas;
  40
  41   private AlignViewport av;
  42
  43   private AlignmentPanel ap;
  44
  45   private boolean updateRunning = false;
  46
  47   public OverviewPanel(AlignmentPanel alPanel)
  48   {
  49     this.av = alPanel.av;
  50     this.ap = alPanel;
  51     setLayout(null);
  52
  53     od = new OverviewDimensionsWithHidden(av.getRanges(),
  54             (av.isShowAnnotation() && av.getSequenceConsensusHash() != null));
  55
  56     oviewCanvas = new OverviewCanvas(od, av);
  57     setLayout(new BorderLayout());
  58     add(oviewCanvas, BorderLayout.CENTER);
  59
  60     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
  61     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  62     {
  63
  64       @Override
  65       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  66       {
  67         if ((getWidth() != od.getWidth())
  68                 || (getHeight() != (od.getHeight())))
  69         {
  70           updateOverviewImage();
  71         }
  72       }
  73     });
  74
  75     addMouseMotionListener(this);
  76
  77     addMouseListener(this);
  78
  79     updateOverviewImage();
  80
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
  85   {
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public void mouseExited(MouseEvent evt)
  90   {
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
  95   {
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 100   {
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 105   {
 106     mouseAction(evt);
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 111   {
 112     mouseAction(evt);
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 117   {
 118     mouseAction(evt);
 119   }
 120
 121   private void mouseAction(MouseEvent evt)
 122   {
 123     od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(), av.getAlignment()
 124             .getHiddenSequences(), av.getAlignment().getHiddenColumns());
 125     ap.setScrollValues(od.getScrollCol(), od.getScrollRow());
 126     ap.paintAlignment(false);
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated
 131    */
 132   public void updateOverviewImage()
 133   {
 134     if ((getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))
 135     {
 136       od.setWidth(getSize().width);
 137       od.setHeight(getSize().height);
 138     }
 139     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 140
 141     synchronized (this)
 142     {
 143       if (updateRunning)
 144       {
 145         oviewCanvas.restartDraw();
 146         return;
 147       }
 148
 149       updateRunning = true;
 150     }
 151     Thread thread = new Thread(this);
 152     thread.start();
 153     repaint();
 154     updateRunning = false;
 155   }
 156
 157   @Override
 158   public void run()
 159   {
 160     oviewCanvas.draw(av.isShowSequenceFeatures(),
 161             (av.isShowAnnotation() && av
 162                     .getAlignmentConservationAnnotation() != null), ap);
 163     setBoxPosition();
 164   }
 165
 166   /**
 167    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 168    * changed
 169    *
 170    */
 171   public void setBoxPosition()
 172   {
 173     od.setBoxPosition(av.getAlignment()
 174 .getHiddenSequences(), av
 175             .getAlignment().getHiddenColumns());
 176     repaint();
 177   }
 178 }