src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import java.awt.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.appletgui.PaintRefresher;\r
  30 \r
  31 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable, WindowListener\r
  32 {\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34 \r
  35   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  36   float [] redundancy;\r
  37   SequenceI [] originalSequences;\r
  38   Frame frame;\r
  39   Vector redundantSeqs;\r
  40 \r
  41   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     super(ap, 0, false, null);\r
  44 \r
  45     redundantSeqs = new Vector();\r
  46     this.ap = ap;\r
  47     undoButton.setVisible(true);\r
  48     applyButton.setVisible(true);\r
  49     allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  50 \r
  51     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  52     valueField.setText("100");\r
  53 \r
  54     slider.setVisibleAmount(1);\r
  55     slider.setMinimum(0);\r
  56     slider.setMaximum(100+slider.getVisibleAmount());\r
  57     slider.setValue(100);\r
  58 \r
  59     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
  60     {\r
  61       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  62       {\r
  63         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  64         sliderValueChanged();\r
  65       }\r
  66     });\r
  67 \r
  68     frame = new Frame();\r
  69     frame.add(this);\r
  70     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Redundancy threshold selection",\r
  71                                      400, 100);\r
  72 \r
  73     frame.addWindowListener(this);\r
  74 \r
  75     Thread worker = new Thread(this);\r
  76     worker.start();\r
  77   }\r
  78   /**\r
  79    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment\r
  80    * except we dont want to remove redundancy, just calculate once\r
  81    * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences\r
  82    *\r
  83    * @param threshold DOCUMENT ME!\r
  84    * @param sel DOCUMENT ME!\r
  85    *\r
  86    * @return DOCUMENT ME!\r
  87    */\r
  88   public void run()\r
  89   {\r
  90       label.setText("Calculating....");\r
  91 \r
  92       slider.setVisible(false);\r
  93       applyButton.setEnabled(false);\r
  94       valueField.setVisible(false);\r
  95 \r
  96       validate();\r
  97 \r
  98       String[] omitHidden = null;\r
  99 \r
 100       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 101       int height;\r
 102 \r
 103       int start, end;\r
 104 \r
 105       if ( (sg != null) && (sg.getSize(false) >= 1))\r
 106       {\r
 107          originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);\r
 108          start = sg.getStartRes();\r
 109          end = sg.getEndRes();\r
 110       }\r
 111       else\r
 112       {\r
 113         originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();\r
 114         start = 0;\r
 115         end = ap.av.alignment.getWidth();\r
 116       }\r
 117 \r
 118       height = originalSequences.length;\r
 119 \r
 120       redundancy = new float[height];\r
 121       for (int i = 0; i < height; i++)\r
 122       {\r
 123         redundancy[i] = 0f;\r
 124       }\r
 125 \r
 126     //  if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 127       {\r
 128      //   omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();\r
 129       }\r
 130 \r
 131 \r
 132      // long start = System.currentTimeMillis();\r
 133 \r
 134       float pid;\r
 135       String seqi, seqj;\r
 136       for (int i = 0; i < height; i++)\r
 137       {\r
 138           for (int j = 0; j < i; j++)\r
 139           {\r
 140             if(i==j)\r
 141               continue;\r
 142 \r
 143             if(omitHidden==null)\r
 144             {\r
 145               seqi = originalSequences[i].getSequence(start, end);\r
 146               seqj = originalSequences[j].getSequence(start, end);\r
 147             }\r
 148             else\r
 149             {\r
 150               seqi = omitHidden[i];\r
 151               seqj = omitHidden[j];\r
 152             }\r
 153 \r
 154             pid = jalview.util.Comparison.PID( seqi,  seqj );\r
 155 \r
 156             if(seqj.length() < seqi.length())\r
 157               redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);\r
 158             else\r
 159               redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);\r
 160 \r
 161           }\r
 162       }\r
 163 \r
 164 \r
 165       label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
 166       slider.setVisible(true);\r
 167       applyButton.setEnabled(true);\r
 168       valueField.setVisible(true);\r
 169 \r
 170       validate();\r
 171      // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));\r
 172   }\r
 173 \r
 174   void sliderValueChanged()\r
 175   {\r
 176     if(redundancy==null)\r
 177       return;\r
 178 \r
 179     float value = slider.getValue();\r
 180 \r
 181     for(int i=0; i<redundancy.length; i++)\r
 182     {\r
 183       if (value > redundancy[i])\r
 184          redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);\r
 185       else if(!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))\r
 186          redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);\r
 187     }\r
 188 \r
 189     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);\r
 190 \r
 191     PaintRefresher.Refresh(null,ap.av.alignment);\r
 192 \r
 193     }\r
 194   public void applyButton_actionPerformed()\r
 195   {\r
 196     historyList.push(new HistoryItem("Remove redundancy",\r
 197                         ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 198 \r
 199             if ((historyList.size() == 1) ||\r
 200                     !ap.alignFrame.historyList.contains(historyList.firstElement()))\r
 201             {\r
 202                 ap.alignFrame.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());\r
 203                 ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 204             }\r
 205 \r
 206             Vector del = new Vector();\r
 207 \r
 208             undoButton.setEnabled(true);\r
 209 \r
 210             float value = slider.getValue();\r
 211             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 212 \r
 213             for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 214             {\r
 215               if (value <= redundancy[i])\r
 216               {\r
 217                 SequenceI seq = originalSequences[i];\r
 218                 ap.av.alignment.deleteSequence(seq);\r
 219                 del.addElement(seq);\r
 220                 if (sg != null)\r
 221                 {\r
 222                   sg.deleteSequence(seq, false);\r
 223                 }\r
 224               }\r
 225             }\r
 226 \r
 227 \r
 228             // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 229             // actually restore these sequences.\r
 230             if (del.size() > 0)\r
 231             {\r
 232                 for (int i = 0, j = del.size(); i < j; i++)\r
 233                 {\r
 234                     SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 235                     sq.deleteChars(0, sq.getLength());\r
 236                 }\r
 237             }\r
 238 \r
 239         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 240         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 241 \r
 242   }\r
 243 \r
 244   public void undoButton_actionPerformed()\r
 245   {\r
 246     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 247     ap.alignFrame.restoreHistoryItem(hi);\r
 248 \r
 249     if (historyList.size() == 0)\r
 250     {\r
 251       undoButton.setEnabled(false);\r
 252     }\r
 253     ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 254   }\r
 255 \r
 256   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 257   {\r
 258     try\r
 259     {\r
 260       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 261       slider.setValue(i);\r
 262     }\r
 263     catch (Exception ex)\r
 264     {\r
 265       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 266     }\r
 267   }\r
 268 \r
 269 \r
 270   public void windowOpened(WindowEvent evt)\r
 271   {}\r
 272 \r
 273   public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 274   {\r
 275     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);\r
 276   }\r
 277 \r
 278   public void windowClosed(WindowEvent evt)\r
 279   {}\r
 280 \r
 281   public void windowActivated(WindowEvent evt)\r
 282   {}\r
 283   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)\r
 284   {}\r
 285   public void windowIconified(WindowEvent evt)\r
 286   {}\r
 287   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)\r
 288   {}\r
 289 }\r