src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.FontMetrics;
  35 import java.awt.Graphics;
  36 import java.awt.Image;
  37 import java.awt.Panel;
  38 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  39
  40 public class SeqCanvas extends Panel implements ViewportListenerI
  41 {
  42   FeatureRenderer fr;
  43
  44   SequenceRenderer sr;
  45
  46   Image img;
  47
  48   Graphics gg;
  49
  50   int imgWidth;
  51
  52   int imgHeight;
  53
  54   AlignViewport av;
  55
  56   boolean fastPaint = false;
  57
  58   int cursorX = 0;
  59
  60   int cursorY = 0;
  61
  62   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  63   {
  64     this.av = av;
  65     fr = new FeatureRenderer(av);
  66     sr = new SequenceRenderer(av);
  67     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  68     updateViewport();
  69
  70     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  71   }
  72
  73   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  74
  75   private void updateViewport()
  76   {
  77     avcharHeight = av.getCharHeight();
  78     avcharWidth = av.getCharWidth();
  79   }
  80
  81   public AlignmentViewport getViewport()
  82   {
  83     return av;
  84   }
  85
  86   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  87   {
  88     return fr;
  89   }
  90
  91   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  92   {
  93     return sr;
  94   }
  95
  96   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  97   {
  98     updateViewport();
  99     g.setColor(Color.black);
 100     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 101             endx))
 102     {
 103       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 104       if (mpos < 0)
 105       {
 106         continue;
 107       }
 108       String mstring = mark.text;
 109
 110       if (mark.major)
 111       {
 112         if (mstring != null)
 113         {
 114           g.drawString(mstring, mpos * avcharWidth, ypos
 115                   - (avcharHeight / 2));
 116         }
 117         g.drawLine((mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), (ypos + 2)
 118                 - (avcharHeight / 2), (mpos * avcharWidth)
 119                 + (avcharWidth / 2), ypos - 2);
 120       }
 121     }
 122   }
 123
 124   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 125   {
 126     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 127     ypos += avcharHeight;
 128     if (av.hasHiddenColumns())
 129     {
 130       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 131       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 132     }
 133
 134     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 135     if (av.hasHiddenColumns())
 136     {
 137       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 138     }
 139
 140     // WEST SCALE
 141     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 142     {
 143       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 144       int index = startx;
 145       int value = -1;
 146
 147       while (index < endx)
 148       {
 149         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 150         {
 151           index++;
 152
 153           continue;
 154         }
 155
 156         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 157
 158         break;
 159       }
 160
 161       if (value != -1)
 162       {
 163         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 164                 - avcharWidth / 2;
 165         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 166                 - (avcharHeight / 5));
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 172   {
 173     ypos += avcharHeight;
 174
 175     if (av.hasHiddenColumns())
 176     {
 177       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 178     }
 179
 180     SequenceI seq;
 181     // EAST SCALE
 182     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 183     {
 184       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 185       int index = endx;
 186       int value = -1;
 187
 188       while (index > startx)
 189       {
 190         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 191         {
 192           index--;
 193
 194           continue;
 195         }
 196
 197         value = seq.findPosition(index);
 198
 199         break;
 200       }
 201
 202       if (value != -1)
 203       {
 204         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 205                 - (avcharHeight / 5));
 206       }
 207     }
 208   }
 209
 210   int lastsr = 0;
 211
 212   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 213   {
 214     if (fastPaint || gg == null)
 215     {
 216       return;
 217     }
 218
 219     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 220
 221     updateViewport();
 222
 223     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 224     // is faster than it can paint, so this check here catches
 225     // this possibility
 226     if (lastsr + horizontal != ranges.getStartRes())
 227     {
 228       horizontal = ranges.getStartRes() - lastsr;
 229     }
 230
 231     lastsr = ranges.getStartRes();
 232
 233     fastPaint = true;
 234     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 235             - horizontal * avcharWidth,
 236             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 237             -vertical * avcharHeight);
 238
 239     int sr = ranges.getStartRes(), er = ranges.getEndRes(), ss = ranges
 240             .getStartSeq(), es = ranges
 241             .getEndSeq(), transX = 0, transY = 0;
 242
 243     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 244     {
 245       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 246       sr = er - horizontal;
 247     }
 248     else if (horizontal < 0)
 249     {
 250       er = sr - horizontal;
 251     }
 252
 253     else if (vertical > 0) // scroll down
 254     {
 255       ss = es - vertical;
 256       if (ss < ranges.getStartSeq()) // ie scrolling too fast, more than a page
 257                                      // at a
 258                                  // time
 259       {
 260         ss = ranges.getStartSeq();
 261       }
 262       else
 263       {
 264         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * avcharHeight);
 265       }
 266     }
 267     else if (vertical < 0)
 268     {
 269       es = ss - vertical;
 270       if (es > ranges.getEndSeq())
 271       {
 272         es = ranges.getEndSeq();
 273       }
 274     }
 275
 276     gg.translate(transX, transY);
 277
 278     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 279     gg.translate(-transX, -transY);
 280
 281     repaint();
 282
 283   }
 284
 285   /**
 286    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 287    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 288    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 289    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 290    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 291    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 292    */
 293   @Override
 294   public void update(Graphics g)
 295   {
 296     paint(g);
 297   }
 298
 299   @Override
 300   public void paint(Graphics g)
 301   {
 302
 303     if (img != null
 304             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 305                     .getClipBounds().height)))
 306     {
 307       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 308       fastPaint = false;
 309       return;
 310     }
 311
 312     if (fastPaint)
 313     {
 314       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 315       fastPaint = false;
 316       return;
 317     }
 318
 319     updateViewport();
 320     // this draws the whole of the alignment
 321     imgWidth = this.getSize().width;
 322     imgHeight = this.getSize().height;
 323
 324     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 325     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 326
 327     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 328     {
 329       return;
 330     }
 331
 332     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 333             || imgHeight != img.getHeight(this))
 334     {
 335       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 336       gg = img.getGraphics();
 337       gg.setFont(av.getFont());
 338     }
 339
 340     gg.setColor(Color.white);
 341     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 342
 343     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 344
 345     if (av.getWrapAlignment())
 346     {
 347       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, ranges.getStartRes());
 348     }
 349     else
 350     {
 351       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 352               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 353     }
 354
 355     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 356
 357   }
 358
 359   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 360
 361   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 362   {
 363     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 364
 365     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 366
 367     LABEL_EAST = 0;
 368     LABEL_WEST = 0;
 369
 370     if (av.getScaleRightWrapped())
 371     {
 372       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 373     }
 374
 375     if (av.getScaleLeftWrapped())
 376     {
 377       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 378     }
 379
 380     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Generates a string of zeroes.
 385    *
 386    * @return String
 387    */
 388   String getMask()
 389   {
 390     String mask = "0";
 391     int maxWidth = 0;
 392     int tmp;
 393     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 394     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 395     {
 396       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 397       if (tmp > maxWidth)
 398       {
 399         maxWidth = tmp;
 400       }
 401     }
 402
 403     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 404     {
 405       mask += "0";
 406     }
 407     return mask;
 408   }
 409
 410   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 411           int canvasHeight, int startRes)
 412   {
 413     AlignmentI al = av.getAlignment();
 414
 415     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 416
 417     if (av.getScaleRightWrapped())
 418     {
 419       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 420     }
 421
 422     if (av.getScaleLeftWrapped())
 423     {
 424       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 425     }
 426
 427     int hgap = avcharHeight;
 428     if (av.getScaleAboveWrapped())
 429     {
 430       hgap += avcharHeight;
 431     }
 432
 433     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 434     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 435
 436     av.setWrappedWidth(cWidth);
 437
 438     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
 439
 440     int endx;
 441     int ypos = hgap;
 442
 443     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 444
 445     if (av.hasHiddenColumns())
 446     {
 447       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 448     }
 449
 450     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 451     {
 452       endx = startRes + cWidth - 1;
 453
 454       if (endx > maxwidth)
 455       {
 456         endx = maxwidth;
 457       }
 458
 459       g.setColor(Color.black);
 460
 461       if (av.getScaleLeftWrapped())
 462       {
 463         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 464       }
 465
 466       if (av.getScaleRightWrapped())
 467       {
 468         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 469         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 470         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 471       }
 472
 473       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 474
 475       if (av.getScaleAboveWrapped())
 476       {
 477         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 478       }
 479       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 480       {
 481         g.setColor(Color.blue);
 482         int res;
 483         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 484                 .size(); i++)
 485         {
 486           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 487                   - startRes;
 488
 489           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 490           {
 491             continue;
 492           }
 493
 494           gg.fillPolygon(new int[] { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 495               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 496                   new int[] { ypos - (avcharHeight / 2),
 497                       ypos - (avcharHeight / 2),
 498                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 499
 500         }
 501       }
 502
 503       if (g.getClip() == null)
 504       {
 505         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 506       }
 507
 508       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 509       g.setClip(null);
 510
 511       if (av.isShowAnnotation())
 512       {
 513         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 514         if (annotations == null)
 515         {
 516           annotations = new AnnotationPanel(av);
 517         }
 518
 519         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 520         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 521       }
 522       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 523
 524       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 525
 526       startRes += cWidth;
 527     }
 528
 529   }
 530
 531   AnnotationPanel annotations;
 532
 533   int getAnnotationHeight()
 534   {
 535     if (!av.isShowAnnotation())
 536     {
 537       return 0;
 538     }
 539
 540     if (annotations == null)
 541     {
 542       annotations = new AnnotationPanel(av);
 543     }
 544
 545     return annotations.adjustPanelHeight();
 546   }
 547
 548   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 549           int startSeq, int endSeq, int offset)
 550   {
 551
 552     if (!av.hasHiddenColumns())
 553     {
 554       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 555     }
 556     else
 557     {
 558
 559       int screenY = 0;
 560       int blockStart = startRes;
 561       int blockEnd = endRes;
 562
 563       if (av.hasHiddenColumns())
 564       {
 565         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 566         {
 567           int hideStart = region[0];
 568           int hideEnd = region[1];
 569
 570           if (hideStart <= blockStart)
 571           {
 572             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 573             continue;
 574           }
 575
 576           blockEnd = hideStart - 1;
 577
 578           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 579
 580           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 581
 582           if (av.getShowHiddenMarkers())
 583           {
 584             g1.setColor(Color.blue);
 585             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 586                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 587                             - 1, (endSeq - startSeq + 1) * avcharHeight
 588                             + offset);
 589           }
 590
 591           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 592           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 593           blockStart = hideEnd + 1;
 594
 595           if (screenY > (endRes - startRes))
 596           {
 597             // already rendered last block
 598             return;
 599           }
 600         }
 601       }
 602       if (screenY <= (endRes - startRes))
 603       {
 604         // remaining visible region to render
 605         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 606         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 607         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 608
 609         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 610       }
 611     }
 612
 613   }
 614
 615   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 616   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 617   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 618           int offset)
 619   {
 620     g.setFont(av.getFont());
 621     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 622     updateViewport();
 623     SequenceI nextSeq;
 624
 625     // / First draw the sequences
 626     // ///////////////////////////
 627     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 628     {
 629       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 630
 631       if (nextSeq == null)
 632       {
 633         continue;
 634       }
 635
 636       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 637               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 638
 639       if (av.isShowSequenceFeatures())
 640       {
 641         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 642                 + ((i - startSeq) * avcharHeight), false);
 643       }
 644
 645       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 646       // ////////////////////////////////////////////////////////
 647       if (av.hasSearchResults())
 648       {
 649         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 650                 startRes,
 651                 endRes);
 652         if (visibleResults != null)
 653         {
 654           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 655           {
 656             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 657                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 658                             * avcharWidth, offset
 659                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 660           }
 661         }
 662       }
 663
 664       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 665               && cursorX <= endRes)
 666       {
 667         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 668                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 669       }
 670     }
 671
 672     if (av.getSelectionGroup() != null
 673             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 674     {
 675       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 676     }
 677
 678   }
 679
 680   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 681           int startSeq, int endSeq, int offset)
 682   {
 683     //
 684     // ///////////////////////////////////
 685     // Now outline any areas if necessary
 686     // ///////////////////////////////////
 687     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 688
 689     int sx = -1;
 690     int sy = -1;
 691     int ex = -1;
 692     int groupIndex = -1;
 693
 694     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 695     {
 696       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 697       groupIndex = 0;
 698     }
 699
 700     if (group != null)
 701     {
 702       do
 703       {
 704         int oldY = -1;
 705         int i = 0;
 706         boolean inGroup = false;
 707         int top = -1;
 708         int bottom = -1;
 709         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 710
 711         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 712         {
 713           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 714           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 715           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 716
 717           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 718           {
 719             continue;
 720           }
 721
 722           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 723                   && group.getSequences(null).contains(
 724                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 725           {
 726             if ((bottom == -1)
 727                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 728                             .contains(
 729                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 730             {
 731               bottom = sy + avcharHeight;
 732             }
 733
 734             if (!inGroup)
 735             {
 736               if (((top == -1) && (i == 0))
 737                       || !group.getSequences(null).contains(
 738                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 739               {
 740                 top = sy;
 741               }
 742
 743               oldY = sy;
 744               inGroup = true;
 745
 746               if (group == av.getSelectionGroup())
 747               {
 748                 g.setColor(Color.red);
 749               }
 750               else
 751               {
 752                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 753               }
 754             }
 755           }
 756           else
 757           {
 758             if (inGroup)
 759             {
 760               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 761               {
 762                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 763               }
 764
 765               if (sx + ex < imgWidth)
 766               {
 767                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 768               }
 769
 770               if (sx < 0)
 771               {
 772                 ex += sx;
 773                 sx = 0;
 774               }
 775
 776               if (sx + ex > imgWidth)
 777               {
 778                 ex = imgWidth;
 779               }
 780
 781               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 782               {
 783                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 784               }
 785
 786               if (top != -1)
 787               {
 788                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 789                 top = -1;
 790               }
 791
 792               if (bottom != -1)
 793               {
 794                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 795                 bottom = -1;
 796               }
 797
 798               inGroup = false;
 799             }
 800           }
 801         }
 802
 803         if (inGroup)
 804         {
 805           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 806           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 807           {
 808             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 809           }
 810
 811           if (sx + ex < imgWidth)
 812           {
 813             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 814           }
 815
 816           if (sx < 0)
 817           {
 818             ex += sx;
 819             sx = 0;
 820           }
 821
 822           if (sx + ex > imgWidth)
 823           {
 824             ex = imgWidth;
 825           }
 826           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 827           {
 828             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 829           }
 830
 831           if (top != -1)
 832           {
 833             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 834             top = -1;
 835           }
 836
 837           if (bottom != -1)
 838           {
 839             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 840             bottom = -1;
 841           }
 842
 843           inGroup = false;
 844         }
 845
 846         groupIndex++;
 847
 848         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 849         {
 850           break;
 851         }
 852
 853         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 854       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 855
 856     }
 857   }
 858
 859   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 860   {
 861     av.setSearchResults(results);
 862     repaint();
 863   }
 864
 865   @Override
 866   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 867   {
 868     if (!av.getWrapAlignment())
 869     {
 870       if (evt.getPropertyName().equals("startres")
 871               || evt.getPropertyName().equals("endres"))
 872       {
 873         // Make sure we're not trying to draw a panel
 874         // larger than the visible window
 875         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
 876         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
 877         if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
 878         {
 879           scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
 880         }
 881         else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
 882         {
 883           scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
 884         }
 885         fastPaint(scrollX, 0);
 886       }
 887       else if (evt.getPropertyName() == "startseq"
 888               || evt.getPropertyName() == "endseq")
 889       {
 890         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
 891       }
 892     }
 893
 894   }
 895
 896 }