src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class SeqCanvas\r
  27     extends Panel\r
  28 {\r
  29   FeatureRenderer fr;\r
  30   SequenceRenderer sr;\r
  31   Image img;\r
  32   Graphics gg;\r
  33   int imgWidth;\r
  34   int imgHeight;\r
  35 \r
  36   AlignViewport av;\r
  37 \r
  38   SearchResults searchResults = null;\r
  39 \r
  40   boolean fastPaint = false;\r
  41 \r
  42 \r
  43   int cursorX = 0;\r
  44   int cursorY = 0;\r
  45 \r
  46 \r
  47   public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  48   {\r
  49     this.av = av;\r
  50     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  51     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  52     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public AlignViewport getViewport()\r
  56   {\r
  57     return av;\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  61   {\r
  62     return fr;\r
  63   }\r
  64 \r
  65   MCview.AppletPDBCanvas pdbCanvas;\r
  66   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  67   {\r
  68     return sr;\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void setPDBCanvas(MCview.AppletPDBCanvas pc)\r
  72   {\r
  73     pdbCanvas = pc;\r
  74   }\r
  75 \r
  76 \r
  77   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  78   {\r
  79     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  80 \r
  81     g.setColor(Color.black);\r
  82 \r
  83     // NORTH SCALE\r
  84     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  85     {\r
  86       int value = i;\r
  87       if(av.hasHiddenColumns)\r
  88           value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
  89 \r
  90       g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  91           ypos - (av.charHeight / 2));\r
  92 \r
  93       g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
  94           (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
  95           ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
  96                 2);\r
  97     }\r
  98   }\r
  99 \r
 100   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 101   {\r
 102     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 103     ypos += av.charHeight;\r
 104     if (av.hasHiddenColumns)\r
 105     {\r
 106       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 107       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 108     }\r
 109 \r
 110     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 111     if (av.hasHiddenColumns)\r
 112         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 113 \r
 114       // WEST SCALE\r
 115       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 116       {\r
 117         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 118         int index = startx;\r
 119         int value = -1;\r
 120 \r
 121         while (index < endx)\r
 122         {\r
 123           if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 124           {\r
 125             index++;\r
 126 \r
 127             continue;\r
 128           }\r
 129 \r
 130           value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 131 \r
 132           break;\r
 133         }\r
 134 \r
 135         if (value != -1)\r
 136         {\r
 137           int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value)) -\r
 138               av.charWidth / 2;\r
 139           g.drawString(value + "", x,\r
 140                        (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 141         }\r
 142       }\r
 143     }\r
 144   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 145   {\r
 146         ypos += av.charHeight;\r
 147 \r
 148         if(av.hasHiddenColumns)\r
 149                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 150 \r
 151         SequenceI seq;\r
 152         // EAST SCALE\r
 153         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 154         {\r
 155             seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 156             int index = endx;\r
 157             int value = -1;\r
 158 \r
 159             while (index > startx)\r
 160             {\r
 161                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 162                 {\r
 163                     index--;\r
 164 \r
 165                     continue;\r
 166                 }\r
 167 \r
 168                 value = seq.findPosition(index);\r
 169 \r
 170                 break;\r
 171             }\r
 172 \r
 173             if (value != -1)\r
 174             {\r
 175                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 176                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 177             }\r
 178         }\r
 179     }\r
 180 \r
 181   int lastsr=0;\r
 182   void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 183   {\r
 184     if ( fastPaint || gg == null)\r
 185     {\r
 186       return;\r
 187     }\r
 188 \r
 189 \r
 190     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint\r
 191     // is faster than it can paint, so this check here catches\r
 192     // this possibility\r
 193     if(lastsr + horizontal != av.startRes)\r
 194     {\r
 195       horizontal = av.startRes - lastsr;\r
 196     }\r
 197 \r
 198     lastsr = av.startRes;\r
 199 \r
 200     fastPaint = true;\r
 201     gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 202                 vertical * av.charHeight,\r
 203                 imgWidth - horizontal * av.charWidth,\r
 204                 imgHeight - vertical * av.charHeight,\r
 205                 -horizontal * av.charWidth,\r
 206                 -vertical * av.charHeight);\r
 207 \r
 208 \r
 209 \r
 210     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 211         transX = 0, transY = 0;\r
 212 \r
 213     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 214     {\r
 215       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 216       sr = er - horizontal;\r
 217     }\r
 218     else if (horizontal < 0)\r
 219     {\r
 220       er = sr - horizontal;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 224     {\r
 225       ss = es - vertical;\r
 226       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 227       {\r
 228         ss = av.startSeq;\r
 229       }\r
 230       else\r
 231       {\r
 232         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 233       }\r
 234     }\r
 235     else if (vertical < 0)\r
 236     {\r
 237       es = ss - vertical;\r
 238       if (es > av.endSeq)\r
 239       {\r
 240         es = av.endSeq;\r
 241       }\r
 242     }\r
 243 \r
 244     gg.translate(transX, transY);\r
 245 \r
 246     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 247     gg.translate( -transX, -transY);\r
 248 \r
 249     repaint();\r
 250 \r
 251   }\r
 252 \r
 253   /**\r
 254    * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 255    * SMJS This is what I'm working towards!\r
 256    *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 257    *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 258    *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 259    *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 260    * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 261    * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 262    */\r
 263   public void update(Graphics g)\r
 264   {\r
 265     paint(g);\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void paint(Graphics g)\r
 269   {\r
 270 \r
 271     if (img != null && (fastPaint\r
 272                         || (getSize().width != g.getClipBounds().width)\r
 273                         || (getSize().height != g.getClipBounds().height)))\r
 274     {\r
 275       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 276       fastPaint = false;\r
 277       return;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     if (fastPaint)\r
 281     {\r
 282       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 283       fastPaint = false;\r
 284       return;\r
 285     }\r
 286 \r
 287     // this draws the whole of the alignment\r
 288     imgWidth = this.getSize().width;\r
 289     imgHeight = this.getSize().height;\r
 290 \r
 291     imgWidth -= imgWidth % av.charWidth;\r
 292     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 293 \r
 294     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)\r
 295     {\r
 296       return;\r
 297     }\r
 298 \r
 299     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this) ||\r
 300         imgHeight != img.getHeight(this))\r
 301     {\r
 302       img = createImage(imgWidth, imgHeight);\r
 303       gg = img.getGraphics();\r
 304       gg.setFont(av.getFont());\r
 305     }\r
 306 \r
 307     gg.setColor(Color.white);\r
 308     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 309 \r
 310 \r
 311     if (av.getWrapAlignment())\r
 312     {\r
 313       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);\r
 314     }\r
 315     else\r
 316     {\r
 317       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 318     }\r
 319 \r
 320     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 321 \r
 322     if (pdbCanvas != null)\r
 323     {\r
 324       pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 325     }\r
 326   }\r
 327 \r
 328   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 329   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 330   {\r
 331       cwidth -= cwidth % av.charWidth;\r
 332 \r
 333       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 334 \r
 335       LABEL_EAST = 0;\r
 336       LABEL_WEST = 0;\r
 337 \r
 338       if (av.scaleRightWrapped)\r
 339       {\r
 340           LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 341       }\r
 342 \r
 343       if (av.scaleLeftWrapped)\r
 344       {\r
 345           LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 346       }\r
 347 \r
 348       return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 349   }\r
 350 \r
 351 \r
 352   /**\r
 353    * Generates a string of zeroes.\r
 354    * @return String\r
 355    */\r
 356   String getMask()\r
 357   {\r
 358     String mask = "0";\r
 359     int maxWidth = 0;\r
 360     int tmp;\r
 361     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 362     {\r
 363       tmp = av.alignment.getSequenceAt(i).getEnd();\r
 364       if (tmp > maxWidth)\r
 365         maxWidth = tmp;\r
 366     }\r
 367 \r
 368     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)\r
 369     {\r
 370       mask += "0";\r
 371     }\r
 372     return mask;\r
 373   }\r
 374 \r
 375   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 376                                int startRes)\r
 377   {\r
 378     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 379 \r
 380     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 381 \r
 382 \r
 383     if (av.scaleRightWrapped)\r
 384     {\r
 385         LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 386     }\r
 387 \r
 388     if (av.scaleLeftWrapped)\r
 389     {\r
 390         LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 391     }\r
 392 \r
 393     int hgap = av.charHeight;\r
 394     if(av.scaleAboveWrapped)\r
 395       hgap += av.charHeight;\r
 396 \r
 397     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 398     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 399 \r
 400     av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 401 \r
 402     av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 403 \r
 404 \r
 405     int endx;\r
 406     int ypos = hgap;\r
 407 \r
 408     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 409 \r
 410     if(av.hasHiddenColumns)\r
 411           maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth)-1;\r
 412 \r
 413     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))\r
 414     {\r
 415       endx = startRes + cWidth -1;\r
 416 \r
 417       if (endx > maxwidth)\r
 418       {\r
 419         endx = maxwidth;\r
 420       }\r
 421 \r
 422         g.setColor(Color.black);\r
 423 \r
 424         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 425         {\r
 426             drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 427         }\r
 428 \r
 429         if (av.scaleRightWrapped)\r
 430         {\r
 431             g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 432             drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 433             g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 434         }\r
 435 \r
 436         g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 437 \r
 438         if (av.scaleAboveWrapped)\r
 439         {\r
 440           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 441         }\r
 442         if (av.hasHiddenColumns && av.showHiddenMarkers)\r
 443         {\r
 444           g.setColor(Color.blue);\r
 445           int res;\r
 446           for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 447                i++)\r
 448           {\r
 449             res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 450                 startRes;\r
 451 \r
 452             if (res < 0 || res > endx - startRes)\r
 453               continue;\r
 454 \r
 455             gg.fillPolygon(new int[]\r
 456                            {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 457                            res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 458                            res * av.charWidth},\r
 459                            new int[]\r
 460                            {\r
 461                            ypos - (av.charHeight / 2),\r
 462                            ypos - (av.charHeight / 2),\r
 463                            ypos - (av.charHeight / 2) + 8\r
 464             }, 3);\r
 465 \r
 466           }\r
 467         }\r
 468 \r
 469         if(g.getClip()==null)\r
 470           g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 471 \r
 472         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 473          g.setClip(null);\r
 474 \r
 475 \r
 476         if(av.showAnnotation)\r
 477         {\r
 478           g.translate(0, cHeight + ypos+4);\r
 479           if(annotations==null)\r
 480             annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 481 \r
 482           annotations.drawComponent( g, startRes, endx+1 );\r
 483           g.translate(0, -cHeight - ypos-4);\r
 484         }\r
 485         g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 486 \r
 487         ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 488 \r
 489 \r
 490         startRes += cWidth;\r
 491         }\r
 492 \r
 493   }\r
 494 \r
 495   AnnotationPanel annotations;\r
 496   int getAnnotationHeight()\r
 497   {\r
 498     if(!av.showAnnotation)\r
 499       return 0;\r
 500 \r
 501     if(annotations==null)\r
 502       annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 503 \r
 504     return annotations.adjustPanelHeight();\r
 505     }\r
 506 \r
 507     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 508                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 509     {\r
 510       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 511       {\r
 512         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 513       }\r
 514       else\r
 515       {\r
 516         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 517 \r
 518         int screenY = 0;\r
 519         int blockStart = startRes;\r
 520         int blockEnd = endRes;\r
 521 \r
 522         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 523         {\r
 524           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 525           int hideStart = region[0];\r
 526           int hideEnd = region[1];\r
 527 \r
 528           if (hideStart <= blockStart)\r
 529           {\r
 530             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 531             continue;\r
 532           }\r
 533 \r
 534           blockEnd = hideStart - 1;\r
 535 \r
 536           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 537 \r
 538           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 539 \r
 540           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 541           {\r
 542             g1.setColor(Color.blue);\r
 543             g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 544                          0 + offset,\r
 545                          (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 546                          (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 547           }\r
 548 \r
 549           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 550           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 551           blockStart = hideEnd + 1;\r
 552         }\r
 553 \r
 554         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 555         {\r
 556           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 557           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 558           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 559 \r
 560           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 561         }\r
 562       }\r
 563 \r
 564     }\r
 565 \r
 566 \r
 567 \r
 568 \r
 569     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 570     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 571     void draw(Graphics g,\r
 572                    int startRes, int endRes,\r
 573                    int startSeq, int endSeq,\r
 574                    int offset)\r
 575    {\r
 576       g.setFont(av.getFont());\r
 577       sr.prepare(g, av.renderGaps);\r
 578 \r
 579       SequenceI nextSeq;\r
 580 \r
 581         /// First draw the sequences\r
 582         /////////////////////////////\r
 583         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 584         {\r
 585             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 586 \r
 587             if(nextSeq==null)\r
 588               continue;\r
 589 \r
 590             sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 591                             startRes, endRes,\r
 592                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 593 \r
 594             if (av.showSequenceFeatures)\r
 595             {\r
 596                 fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,\r
 597                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));\r
 598             }\r
 599 \r
 600             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 601             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 602             if (searchResults != null)\r
 603             {\r
 604               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 605               if (visibleResults != null)\r
 606                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 607                 {\r
 608                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 609                                          visibleResults[r + 1],\r
 610                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 611                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 612                 }\r
 613             }\r
 614 \r
 615             if(av.cursorMode && cursorY==i\r
 616                && cursorX>=startRes && cursorX<=endRes)\r
 617             {\r
 618               sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * av.charWidth,\r
 619                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 620             }\r
 621           }\r
 622 \r
 623           if(av.getSelectionGroup()!=null || av.alignment.getGroups().size()>0)\r
 624             drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 625 \r
 626    }\r
 627 \r
 628    void drawGroupsBoundaries(Graphics g,\r
 629                    int startRes, int endRes,\r
 630                    int startSeq, int endSeq,\r
 631                    int offset)\r
 632    {\r
 633      //\r
 634      /////////////////////////////////////\r
 635      // Now outline any areas if necessary\r
 636      /////////////////////////////////////\r
 637      SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 638 \r
 639      int sx = -1;\r
 640      int sy = -1;\r
 641      int ex = -1;\r
 642      int groupIndex = -1;\r
 643 \r
 644      if ( (group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 645      {\r
 646        group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 647        groupIndex = 0;\r
 648      }\r
 649 \r
 650      if (group != null)\r
 651      {\r
 652        do\r
 653        {\r
 654          int oldY = -1;\r
 655          int i = 0;\r
 656          boolean inGroup = false;\r
 657          int top = -1;\r
 658          int bottom = -1;\r
 659          int alHeight = av.alignment.getHeight()-1;\r
 660 \r
 661          for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 662          {\r
 663            sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 664            sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 665            ex = ( ( (group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 666                1;\r
 667 \r
 668            if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)\r
 669            {\r
 670              continue;\r
 671            }\r
 672 \r
 673            if ( (sx <= (endRes - startRes) * av.charWidth) &&\r
 674                group.getSequences(false).\r
 675                contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 676            {\r
 677              if ( (bottom == -1) &&\r
 678              (i >= alHeight ||\r
 679                  !group.getSequences(false).contains(\r
 680                      av.alignment.getSequenceAt(i + 1))))\r
 681              {\r
 682                bottom = sy + av.charHeight;\r
 683              }\r
 684 \r
 685              if (!inGroup)\r
 686              {\r
 687                if ( ( (top == -1) && (i == 0)) ||\r
 688                    !group.getSequences(false).contains(\r
 689                        av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 690                {\r
 691                  top = sy;\r
 692                }\r
 693 \r
 694                oldY = sy;\r
 695                inGroup = true;\r
 696 \r
 697                if (group == av.getSelectionGroup())\r
 698                {\r
 699                  g.setColor(Color.red);\r
 700                }\r
 701                else\r
 702                {\r
 703                  g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 704                }\r
 705              }\r
 706            }\r
 707            else\r
 708            {\r
 709              if (inGroup)\r
 710              {\r
 711                if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 712                  g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 713 \r
 714                if (sx + ex < imgWidth)\r
 715                  g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 716 \r
 717                if (sx < 0)\r
 718                {\r
 719                  ex += sx;\r
 720                  sx = 0;\r
 721                }\r
 722 \r
 723                if (sx + ex > imgWidth)\r
 724                  ex = imgWidth;\r
 725 \r
 726                else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 727                  ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 728 \r
 729                if (top != -1)\r
 730                {\r
 731                  g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 732                  top = -1;\r
 733                }\r
 734 \r
 735                if (bottom != -1)\r
 736                {\r
 737                  g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 738                  bottom = -1;\r
 739                }\r
 740 \r
 741                inGroup = false;\r
 742              }\r
 743            }\r
 744          }\r
 745 \r
 746          if (inGroup)\r
 747          {\r
 748            sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 749            if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 750              g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 751 \r
 752            if (sx + ex < imgWidth)\r
 753              g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 754 \r
 755            if (sx < 0)\r
 756            {\r
 757              ex += sx;\r
 758              sx = 0;\r
 759            }\r
 760 \r
 761            if (sx + ex > imgWidth)\r
 762              ex = imgWidth;\r
 763            else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 764              ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 765 \r
 766            if (top != -1)\r
 767            {\r
 768              g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 769              top = -1;\r
 770            }\r
 771 \r
 772            if (bottom != -1)\r
 773            {\r
 774              g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 775              bottom = -1;\r
 776            }\r
 777 \r
 778            inGroup = false;\r
 779          }\r
 780 \r
 781          groupIndex++;\r
 782 \r
 783          if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 784          {\r
 785            break;\r
 786          }\r
 787 \r
 788          group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 789        }\r
 790        while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 791 \r
 792      }\r
 793    }\r
 794 \r
 795   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 796   {\r
 797     searchResults = results;\r
 798 \r
 799     repaint();\r
 800   }\r
 801 \r
 802 }\r