src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqPanel extends Panel\r
  11 {\r
  12 \r
  13   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  14   public    AlignmentPanel    ap;\r
  15 \r
  16   protected int lastres;\r
  17   protected int startseq;\r
  18   int startEdit=-1;\r
  19   int endEdit=-1;\r
  20 \r
  21   protected AlignViewport av;\r
  22 \r
  23   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  24   int seqEditOccurred = -1;\r
  25 \r
  26   ScrollThread scrollThread = null;\r
  27   boolean mouseDragging = false;\r
  28 \r
  29   boolean editingSeqs = false;\r
  30   boolean groupEditing = false;\r
  31 \r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     seqCanvas.addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if( editingSeqs )\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     seqCanvas.addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(editingSeqs)\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72 \r
  73       }\r
  74       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if(av.getWrapAlignment())\r
  77          return;\r
  78         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  79         {\r
  80           if(evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  81             groupEditing = true;\r
  82 \r
  83           editingSeqs = true;\r
  84           doMousePressed(evt);\r
  85         }\r
  86         else\r
  87           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  88       }\r
  89       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  90       {\r
  91         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  92                 return;\r
  93               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  94 \r
  95       }\r
  96       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  97       {\r
  98         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  99           return;\r
 100         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 101       }\r
 102 \r
 103     });\r
 104     seqCanvas.repaint();\r
 105   }\r
 106 \r
 107 \r
 108   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 109 \r
 110     if(seqEditOccurred>-1)\r
 111       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 112 \r
 113     startseq = -1;\r
 114     lastres  = -1;\r
 115     seqEditOccurred = -1;\r
 116     editingSeqs  = false;\r
 117     groupEditing = false;\r
 118     ap.repaint();\r
 119   }\r
 120 \r
 121   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 122     ap.alignFrame.addHistoryItem( new HistoryItem(\r
 123         "Edit Sequence",av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 124     int seq;\r
 125     int res;\r
 126 \r
 127     int x = evt.getX();\r
 128     int y = evt.getY();\r
 129 \r
 130     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 131     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 132 \r
 133     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 134         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 135     {\r
 136       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 137       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 138       // in the alignment\r
 139 \r
 140       startseq = seq;\r
 141       lastres = res;\r
 142     }\r
 143     else\r
 144     {\r
 145       startseq = -1;\r
 146       lastres = -1;\r
 147     }\r
 148 \r
 149     return;\r
 150   }\r
 151 \r
 152   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 153   {\r
 154     int res=0, seq=0;\r
 155     int x = evt.getX();\r
 156     int y = evt.getY();\r
 157     if(av.wrapAlignment)\r
 158     {\r
 159       y -= 2*av.charHeight;\r
 160       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 161 \r
 162 \r
 163       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getSize().width/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 164 \r
 165       y %= chunkHeight;\r
 166       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 167 \r
 168     }\r
 169     else\r
 170     {\r
 171       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 172       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 173     }\r
 174 \r
 175 \r
 176     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 177       return;\r
 178 \r
 179     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 180     if(res>sequence.getLength())\r
 181       return;\r
 182 \r
 183     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 184     String aa = "";\r
 185     if(obj!=null)\r
 186          aa = obj.toString();\r
 187 \r
 188     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 189     if(aa!="")\r
 190       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 191 \r
 192     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 193 \r
 194     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 195     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 196     {\r
 197       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 198       Enumeration e = features.elements();\r
 199       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 200 \r
 201 \r
 202       while (e.hasMoreElements())\r
 203       {\r
 204         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 205         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 206             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 207         {\r
 208           if(sbuffer.length()>0)\r
 209             sbuffer.append("; ");\r
 210           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 211           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 212             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 213         }\r
 214 \r
 215       }\r
 216     }\r
 217 \r
 218 \r
 219   }\r
 220 \r
 221   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 222 \r
 223       // If we're dragging we're editing\r
 224       int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 225       if (res < 0)\r
 226         res = 0;\r
 227 \r
 228       if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 229         return;\r
 230 \r
 231       boolean dragRight = true;\r
 232       if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 233         dragRight = false;\r
 234 \r
 235 \r
 236       if (res != lastres)\r
 237      {\r
 238          // Group editing\r
 239          if (groupEditing)\r
 240          {\r
 241            SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 242            if(sg==null)\r
 243            {\r
 244              lastres=-1;\r
 245              return;\r
 246            }\r
 247 \r
 248              // drag to right\r
 249              if(dragRight)\r
 250                  sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res-lastres));\r
 251 \r
 252              // drag to left\r
 253              else\r
 254              {\r
 255                 /// Are we able to delete?\r
 256                 // ie are all columns blank?\r
 257                 boolean deleteAllowed = false;\r
 258                for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 259                {\r
 260                  SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 261                  for (int j=res; j<lastres; j++)\r
 262                  {\r
 263                    if(seq.getSequence().length()<=j)\r
 264                      continue;\r
 265 \r
 266                    if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 267                    {\r
 268                      // Not a gap, block edit not valid\r
 269                      res=j+1;\r
 270                      deleteAllowed = false;\r
 271                      continue;\r
 272                    }\r
 273                    deleteAllowed = true;\r
 274                  }\r
 275                }\r
 276 \r
 277                if(!deleteAllowed)\r
 278                {\r
 279                  lastres = -1;\r
 280                  return;\r
 281                }\r
 282 \r
 283                sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres-res));\r
 284              }\r
 285 \r
 286 \r
 287              for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 288              {\r
 289                SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 290                int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 291 \r
 292                // drag to right\r
 293                if (dragRight)\r
 294                  for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 295                    insertChar(j, k);\r
 296 \r
 297                // drag to left\r
 298                else\r
 299                {\r
 300                  for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 301                  {\r
 302                    if(s.getLength()>j)\r
 303                      deleteChar(res, k);\r
 304                  }\r
 305                }\r
 306              }\r
 307          }\r
 308          else /////Editing a single sequence///////////\r
 309          {\r
 310            if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 311            {\r
 312              // dragging to the right\r
 313              for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 314                insertChar(j, startseq);\r
 315            }\r
 316            else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 317            {\r
 318              // dragging to the left\r
 319              for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 320              {\r
 321                if( jalview.util.Comparison.isGap(\r
 322                  av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 323 \r
 324                deleteChar(res, startseq);\r
 325                else\r
 326                {\r
 327 \r
 328                  break;\r
 329                }\r
 330              }\r
 331            }\r
 332 \r
 333          }\r
 334      }\r
 335 \r
 336      endEdit = res;\r
 337      lastres = res;\r
 338       seqCanvas.repaint();\r
 339   }\r
 340 \r
 341   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 342     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 343     seqCanvas.repaint();\r
 344   }\r
 345 \r
 346   public void insertChar(int j, int seq)\r
 347   {\r
 348     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 349     seqEditOccurred=seq;\r
 350   }\r
 351 \r
 352   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 353   {\r
 354 \r
 355     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 356     seqEditOccurred=seq;\r
 357     av.alignment.getWidth();\r
 358     repaint();\r
 359   }\r
 360 \r
 361 \r
 362   void editOccurred(int i)\r
 363   {\r
 364     if(endEdit==startEdit)\r
 365     {\r
 366       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 367       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 368     }\r
 369 \r
 370     av.updateConservation();\r
 371     av.updateConsensus();\r
 372 \r
 373     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 374     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 375       cs = ( (ConservationColourScheme) cs).cs;\r
 376 \r
 377     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 378       cs = new ClustalxColourScheme(av.alignment.getSequences(), av.alignment.getWidth());\r
 379 \r
 380     ap.alignFrame.changeColour(cs);\r
 381 \r
 382   }\r
 383 \r
 384 //////////////////////////////////////////\r
 385 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 386 //////////////////////////////////////////\r
 387   int oldSeq = -1;\r
 388   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 389   {\r
 390     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 391     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 392     oldSeq = seq;\r
 393 \r
 394     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 395 \r
 396     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 397       return;\r
 398 \r
 399     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 400 \r
 401     if(stretchGroup == null)\r
 402      {\r
 403        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 404        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 405          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 406        else\r
 407          stretchGroup = null;\r
 408      }\r
 409 \r
 410     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 411             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 412             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 413      {\r
 414        stretchGroup = null;\r
 415 \r
 416        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 417 \r
 418        if (allGroups != null)\r
 419          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 420            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 421                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 422            {\r
 423              stretchGroup = allGroups[i];\r
 424              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 425              break;\r
 426            }\r
 427      }\r
 428 \r
 429     if(stretchGroup==null)\r
 430     {\r
 431       // define a new group here\r
 432       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 433       sg.setStartRes(res);\r
 434       sg.setEndRes(res);\r
 435       sg.addSequence( sequence );\r
 436       av.setSelectionGroup( sg );\r
 437       stretchGroup = sg;\r
 438 \r
 439       if(av.getConservationSelected())\r
 440         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 441       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 442         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 443 \r
 444     }\r
 445 \r
 446     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 447     else if( ( evt.getModifiers() & InputEvent .BUTTON3_MASK ) == InputEvent.BUTTON3_MASK )\r
 448     {\r
 449       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null);\r
 450       this.add(popup);\r
 451       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 452     }\r
 453 \r
 454 \r
 455     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 456       // Edit end res position of selected group\r
 457       changeEndRes = true;\r
 458 \r
 459    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 460       // Edit end res position of selected group\r
 461       changeStartRes = true;\r
 462 \r
 463   }\r
 464 \r
 465   boolean changeEndSeq = false;\r
 466   boolean changeStartSeq = false;\r
 467   boolean changeEndRes = false;\r
 468   boolean changeStartRes = false;\r
 469   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 470 \r
 471   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 472   {\r
 473     mouseDragging = false;\r
 474 \r
 475     if(stretchGroup==null)\r
 476       return;\r
 477 \r
 478     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 479     {\r
 480       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 481       seqCanvas.repaint();\r
 482     }\r
 483 \r
 484     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 485     {\r
 486        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 487        stretchGroup.cs = ccs;\r
 488        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 489 \r
 490        seqCanvas.repaint();\r
 491     }\r
 492     else\r
 493     {\r
 494       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 495       {\r
 496         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 497         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 498       }\r
 499 \r
 500     }\r
 501 \r
 502 \r
 503     changeEndRes = false;\r
 504     changeStartRes = false;\r
 505     stretchGroup = null;\r
 506     ap.repaint();\r
 507   }\r
 508 \r
 509 \r
 510   boolean remove = false;\r
 511   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 512   {\r
 513     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 514     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 515 \r
 516     if(stretchGroup==null)\r
 517       return;\r
 518 \r
 519     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 520       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 521 \r
 522 \r
 523     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 524       // Edit end res position of selected group\r
 525       changeEndRes = true;\r
 526 \r
 527     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 528       // Edit start res position of selected group\r
 529       changeStartRes = true;\r
 530 \r
 531 \r
 532     if(res<av.getStartRes())\r
 533       res = av.getStartRes();\r
 534     else if(res>av.getEndRes())\r
 535       res = av.getEndRes();\r
 536 \r
 537     if(changeEndRes)\r
 538     {\r
 539       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 540         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 541     }\r
 542     else if(changeStartRes)\r
 543     {\r
 544       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 545         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 546     }\r
 547 \r
 548     int dragDirection = 0;\r
 549     if (y > oldSeq)\r
 550       dragDirection = 1;\r
 551     else if (y < oldSeq)\r
 552       dragDirection = -1;\r
 553 \r
 554     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 555     {\r
 556       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 557       // selection is quite slow.\r
 558       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 559 \r
 560       oldSeq += dragDirection;\r
 561       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 562 \r
 563       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 564       {\r
 565         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 566         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 567       }\r
 568       else\r
 569       {\r
 570        if(seq!=null)\r
 571         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 572         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 573       }\r
 574     }\r
 575     oldSeq = y;\r
 576     mouseDragging = true;\r
 577     if(scrollThread!=null)\r
 578       scrollThread.setEvent(evt);\r
 579 \r
 580     seqCanvas.repaint();\r
 581   }\r
 582 \r
 583   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 584   {\r
 585     if (scrollThread != null)\r
 586       scrollThread.running = false;\r
 587   }\r
 588 \r
 589   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 590   {\r
 591     if (av.getWrapAlignment())\r
 592       return;\r
 593 \r
 594     if(mouseDragging)\r
 595       scrollThread = new ScrollThread();\r
 596 \r
 597   }\r
 598   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 599   class ScrollThread extends Thread\r
 600   {\r
 601     MouseEvent evt;\r
 602     boolean running = false;\r
 603     public ScrollThread()\r
 604     {\r
 605       start();\r
 606     }\r
 607 \r
 608     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 609     {\r
 610       evt = e;\r
 611     }\r
 612 \r
 613     public void stopScrolling()\r
 614     {\r
 615       running = false;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     public void run()\r
 619     {\r
 620       running = true;\r
 621       while (running)\r
 622       {\r
 623         if(evt!=null)\r
 624         {\r
 625 \r
 626           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 627             running = ap.scrollUp(true);\r
 628 \r
 629           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 630               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 631             running = ap.scrollUp(false);\r
 632 \r
 633           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 634             running = ap.scrollRight(true);\r
 635 \r
 636           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 637             running = ap.scrollRight(false);\r
 638         }\r
 639 \r
 640         try\r
 641         {\r
 642           Thread.sleep(75);\r
 643         }\r
 644         catch (Exception ex)\r
 645         {}\r
 646       }\r
 647     }\r
 648 }\r
 649 \r
 650 \r
 651 \r
 652 }\r
 653 \r
 654 \r
 655 \r
 656 \r