src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.Vector;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  33 {\r
  34 \r
  35   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  36   public AlignmentPanel ap;\r
  37 \r
  38   protected int lastres;\r
  39   protected int startseq;\r
  40 \r
  41   protected AlignViewport av;\r
  42 \r
  43   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  44   boolean seqEditOccurred = false;\r
  45 \r
  46   ScrollThread scrollThread = null;\r
  47   boolean mouseDragging = false;\r
  48   boolean editingSeqs = false;\r
  49   boolean groupEditing = false;\r
  50 \r
  51   int oldSeq = -1;\r
  52   boolean changeEndSeq = false;\r
  53   boolean changeStartSeq = false;\r
  54   boolean changeEndRes = false;\r
  55   boolean changeStartRes = false;\r
  56   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  57 \r
  58   StringBuffer keyboardNo1;\r
  59   StringBuffer keyboardNo2;\r
  60 \r
  61   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  62   Point lastMousePress;\r
  63 \r
  64   EditCommand editCommand;\r
  65 \r
  66   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  67   {\r
  68     this.av = avp;\r
  69 \r
  70     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  71     setLayout(new BorderLayout());\r
  72     add(seqCanvas);\r
  73 \r
  74     ap = p;\r
  75 \r
  76     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  77     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  78 \r
  79     seqCanvas.repaint();\r
  80   }\r
  81 \r
  82   void endEditing()\r
  83   {\r
  84     if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
  85     {\r
  86       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
  87       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  88                             av.getAlignment().getSequences());\r
  89     }\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     lastres = -1;\r
  93     editingSeqs = false;\r
  94     groupEditing = false;\r
  95     keyboardNo1 = null;\r
  96     keyboardNo2 = null;\r
  97      editCommand = null;\r
  98    }\r
  99 \r
 100    void setCursorRow()\r
 101    {\r
 102      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 103      scrollToVisible();\r
 104    }\r
 105 \r
 106    void setCursorColumn()\r
 107    {\r
 108      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 109      scrollToVisible();\r
 110    }\r
 111 \r
 112    void setCursorRowAndColumn()\r
 113    {\r
 114      if(keyboardNo2==null)\r
 115      {\r
 116        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 117      }\r
 118      else\r
 119      {\r
 120        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 121        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 122        scrollToVisible();\r
 123      }\r
 124    }\r
 125 \r
 126    void setCursorPosition()\r
 127    {\r
 128      SequenceI sequence =\r
 129          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 130 \r
 131      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 132          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 133          );\r
 134      scrollToVisible();\r
 135    }\r
 136 \r
 137    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 138    {\r
 139      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 140      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 141      if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 142      {\r
 143        int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 144        int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 145 \r
 146        while(!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 147              && seqCanvas.cursorX<maxWidth\r
 148              && seqCanvas.cursorX>0)\r
 149        {\r
 150          seqCanvas.cursorX += dx;\r
 151        }\r
 152 \r
 153        if(seqCanvas.cursorX>=maxWidth\r
 154           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX) )\r
 155        {\r
 156          seqCanvas.cursorX = original;\r
 157        }\r
 158       }\r
 159      scrollToVisible();\r
 160    }\r
 161 \r
 162    void scrollToVisible()\r
 163    {\r
 164      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 165        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 166      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 167        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 168 \r
 169      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 170        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 171      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 172        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 173 \r
 174 \r
 175      endEditing();\r
 176      if (av.wrapAlignment)\r
 177      {\r
 178        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 179      }\r
 180      else\r
 181      {\r
 182        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 183        {\r
 184          ap.scrollUp(true);\r
 185        }\r
 186        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 187        {\r
 188          ap.scrollUp(false);\r
 189        }\r
 190        while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 191        {\r
 192 \r
 193          if (!ap.scrollRight(false))\r
 194            break;\r
 195        }\r
 196        while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 197        {\r
 198          if (!ap.scrollRight(true))\r
 199            break;\r
 200        }\r
 201      }\r
 202      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 203                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 204 \r
 205      seqCanvas.repaint();\r
 206    }\r
 207 \r
 208    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 209    {\r
 210      SequenceI sequence =\r
 211          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 212 \r
 213      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 214      {\r
 215        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 216        //Find the top and bottom of this group\r
 217        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 218        for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 219        {\r
 220          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 221          if(index > max)\r
 222            max = index;\r
 223          if(index < min)\r
 224            min = index;\r
 225        }\r
 226 \r
 227        max ++;\r
 228 \r
 229        if(topLeft)\r
 230        {\r
 231          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 232          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 233            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 234 \r
 235          min = seqCanvas.cursorY;\r
 236        }\r
 237        else\r
 238        {\r
 239          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 240          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 241            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 242 \r
 243          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 244        }\r
 245 \r
 246        if(min>max)\r
 247        {\r
 248          // Only the user can do this\r
 249          av.setSelectionGroup(null);\r
 250        }\r
 251        else\r
 252        {\r
 253          // Now add any sequences between min and max\r
 254          sg.getSequences(null).removeAllElements();\r
 255          for (int i = min; i < max; i++)\r
 256          {\r
 257            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 258          }\r
 259        }\r
 260      }\r
 261 \r
 262      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 263      {\r
 264        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 265        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 266        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 267        sg.addSequence(sequence, false);\r
 268        av.setSelectionGroup(sg);\r
 269      }\r
 270 \r
 271 \r
 272      ap.repaint();\r
 273    }\r
 274 \r
 275    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 276    {\r
 277      groupEditing = group;\r
 278      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 279      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 280      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 281      endEditing();\r
 282    }\r
 283 \r
 284    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 285    {\r
 286      groupEditing = group;\r
 287      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 288      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 289      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 290      endEditing();\r
 291    }\r
 292 \r
 293    void numberPressed(char value)\r
 294    {\r
 295      if(keyboardNo1==null)\r
 296        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 297 \r
 298      if(keyboardNo2!=null)\r
 299        keyboardNo2.append(value);\r
 300      else\r
 301        keyboardNo1.append(value);\r
 302    }\r
 303 \r
 304    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 305    {\r
 306      if(kb==null)\r
 307        return 1;\r
 308      else\r
 309        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 310    }\r
 311 \r
 312    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 313    {\r
 314      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 315                                           sequence.getName());\r
 316 \r
 317      Object obj = null;\r
 318      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 319      {\r
 320        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 321                                                   "");\r
 322        if (obj != null)\r
 323          text.append(" Nucleotide: ");\r
 324      }\r
 325      else\r
 326      {\r
 327        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 328        if (obj != null)\r
 329          text.append("  Residue: ");\r
 330      }\r
 331 \r
 332      if (obj != null)\r
 333      {\r
 334 \r
 335        if (obj != "")\r
 336        {\r
 337          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 338                      ")");\r
 339        }\r
 340      }\r
 341 \r
 342      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 343 \r
 344     }\r
 345      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 346      {\r
 347        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 348 \r
 349        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 350        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 351        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 352          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 353        {\r
 354          mouseWheelPressed = true;\r
 355          return;\r
 356        }\r
 357 \r
 358        if (evt.isShiftDown()\r
 359            || evt.isControlDown()\r
 360            || evt.isAltDown())\r
 361        {\r
 362          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 363          {\r
 364            groupEditing = true;\r
 365          }\r
 366          editingSeqs = true;\r
 367        }\r
 368        else\r
 369        {\r
 370          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 371          return;\r
 372        }\r
 373 \r
 374 \r
 375        int seq = findSeq(evt);\r
 376        int res = findRes(evt);\r
 377 \r
 378        if(seq<0 || res<0)\r
 379          return;\r
 380 \r
 381 \r
 382          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 383                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 384          {\r
 385              startseq = seq;\r
 386              lastres = res;\r
 387          }\r
 388          else\r
 389          {\r
 390              startseq = -1;\r
 391              lastres = -1;\r
 392          }\r
 393 \r
 394         return;\r
 395      }\r
 396 \r
 397      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 398 \r
 399 \r
 400   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 401   {\r
 402     mouseDragging = false;\r
 403     mouseWheelPressed = false;\r
 404 \r
 405     if (!editingSeqs)\r
 406     {\r
 407        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 408        return;\r
 409     }\r
 410 \r
 411      endEditing();\r
 412      ap.repaint();\r
 413   }\r
 414 \r
 415   int startWrapBlock=-1;\r
 416   int wrappedBlock=-1;\r
 417   int findRes(MouseEvent evt)\r
 418  {\r
 419    int res = 0;\r
 420    int x = evt.getX();\r
 421 \r
 422   if (av.wrapAlignment)\r
 423   {\r
 424 \r
 425     int hgap = av.charHeight;\r
 426     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 427       hgap += av.charHeight;\r
 428 \r
 429     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 430         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 431 \r
 432       int y = evt.getY();\r
 433       y -= hgap;\r
 434       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 435 \r
 436 \r
 437       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 438       if(cwidth<1)\r
 439         return 0;\r
 440 \r
 441       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 442       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 443 \r
 444       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 445 \r
 446   }\r
 447   else\r
 448   {\r
 449       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   if(av.hasHiddenColumns)\r
 453           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 454 \r
 455   return res;\r
 456 \r
 457  }\r
 458 \r
 459  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 460  {\r
 461 \r
 462    int seq = 0;\r
 463    int y = evt.getY();\r
 464 \r
 465    if (av.wrapAlignment)\r
 466    {\r
 467      int hgap = av.charHeight;\r
 468      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 469        hgap += av.charHeight;\r
 470 \r
 471      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 472          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 473 \r
 474        y -= hgap;\r
 475 \r
 476      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 477                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 478      if(seq<0)\r
 479        seq = 0;\r
 480    }\r
 481    else\r
 482    {\r
 483      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 484                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 485      if(seq<0)\r
 486        seq = 0;\r
 487    }\r
 488 \r
 489    return seq;\r
 490  }\r
 491 \r
 492 \r
 493   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 494   {\r
 495 \r
 496     int seq = findSeq(evt);\r
 497     int res = findRes(evt);\r
 498 \r
 499     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 500         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 501     {\r
 502       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 503       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 504       // in the alignment\r
 505 \r
 506       startseq = seq;\r
 507       lastres = res;\r
 508     }\r
 509     else\r
 510     {\r
 511       startseq = -1;\r
 512       lastres = -1;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     return;\r
 516   }\r
 517 \r
 518   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 519   {\r
 520     int res = findRes(evt);\r
 521     int seq = findSeq(evt);\r
 522 \r
 523     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 524     {\r
 525       return;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 529     if (res > sequence.getLength())\r
 530     {\r
 531       return;\r
 532     }\r
 533 \r
 534     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 535             sequence.getName());\r
 536 \r
 537     Object obj = null;\r
 538     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 539     {\r
 540       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 541           "");\r
 542       if(obj!=null)\r
 543         text.append(" Nucleotide: ");\r
 544     }\r
 545     else\r
 546     {\r
 547       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 548       if(obj!=null)\r
 549         text.append("  Residue: ");\r
 550     }\r
 551 \r
 552     if (obj != null)\r
 553     {\r
 554       if (obj != "")\r
 555       {\r
 556         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 557       }\r
 558     }\r
 559 \r
 560     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 561     {\r
 562       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 563     }\r
 564 \r
 565     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 566 \r
 567     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();\r
 568     SequenceGroup []  groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 569     if(groups!=null)\r
 570     {\r
 571       for(int g=0; g<groups.length; g++)\r
 572       {\r
 573         if(groups[g].getStartRes()<=res && groups[g].getEndRes()>=res)\r
 574         {\r
 575           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 576               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 577             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");\r
 578           if(groups[g].getDescription()!=null)\r
 579             tooltipText.append(groups[g].getDescription());\r
 580           tooltipText.append("\n");\r
 581         }\r
 582       }\r
 583     }\r
 584 \r
 585     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 586     if (av.showSequenceFeatures\r
 587         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 588         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 589     {\r
 590 \r
 591       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 592 \r
 593       int index = 0;\r
 594       while (index < allFeatures.size())\r
 595       {\r
 596         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 597 \r
 598         tooltipText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 599 \r
 600         if (sf.getDescription() != null)\r
 601           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());\r
 602 \r
 603         if (sf.getValue("status") != null )\r
 604         {\r
 605           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 606           if(status.length()>0)\r
 607             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 608         }\r
 609         tooltipText.append("\n");\r
 610 \r
 611         index++;\r
 612       }\r
 613     }\r
 614 \r
 615     if (tooltip == null)\r
 616       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);\r
 617     else\r
 618       tooltip.setTip(tooltipText.toString());\r
 619 \r
 620     tooltip.repaint();\r
 621 \r
 622   }\r
 623 \r
 624   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 625   {\r
 626     Vector allFeatures = new Vector();\r
 627     int index = 0;\r
 628     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 629     {\r
 630       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 631       {\r
 632         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 633         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 634             sf.getEnd() >= res)\r
 635         {\r
 636           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 637           {\r
 638             allFeatures.addElement(sf);\r
 639           }\r
 640         }\r
 641         index++;\r
 642       }\r
 643     }\r
 644     return allFeatures;\r
 645   }\r
 646 \r
 647   Tooltip tooltip;\r
 648 \r
 649   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 650   {\r
 651     if (mouseWheelPressed)\r
 652     {\r
 653       int oldWidth = av.charWidth;\r
 654 \r
 655       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 656       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 657           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 658       {\r
 659         int fontSize = av.font.getSize();\r
 660 \r
 661         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 662         {\r
 663           fontSize--;\r
 664         }\r
 665         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 666         {\r
 667           fontSize++;\r
 668         }\r
 669 \r
 670 \r
 671         if(fontSize<1)\r
 672           fontSize = 1;\r
 673 \r
 674         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 675         av.charWidth = oldWidth;\r
 676       }\r
 677       else\r
 678       {\r
 679         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 680         {\r
 681           av.charWidth--;\r
 682         }\r
 683         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 684         {\r
 685           av.charWidth++;\r
 686         }\r
 687 \r
 688         if(av.charWidth<1)\r
 689         {\r
 690           av.charWidth = 1;\r
 691         }\r
 692       }\r
 693 \r
 694       ap.fontChanged();\r
 695 \r
 696       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 697       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 698 \r
 699       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 700 \r
 701       ap.repaint();\r
 702       ap.annotationPanel.image = null;\r
 703       return;\r
 704       }\r
 705 \r
 706       if (!editingSeqs)\r
 707       {\r
 708         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 709         return;\r
 710       }\r
 711 \r
 712   int res = findRes(evt);\r
 713 \r
 714   if (res < 0)\r
 715   {\r
 716       res = 0;\r
 717   }\r
 718 \r
 719   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 720   {\r
 721       return;\r
 722   }\r
 723 \r
 724   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 725   {\r
 726     // dragLeft, delete gap\r
 727     editSequence(false, res);\r
 728   }\r
 729   else\r
 730     editSequence(true, res);\r
 731 \r
 732   mouseDragging = true;\r
 733   if(scrollThread!=null)\r
 734     scrollThread.setEvent(evt);\r
 735 \r
 736   }\r
 737 \r
 738   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 739   {\r
 740     int fixedLeft = -1;\r
 741     int fixedRight = -1;\r
 742     boolean fixedColumns = false;\r
 743     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 744 \r
 745     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 746 \r
 747       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 748       {\r
 749         if (av.hiddenRepSequences!=null\r
 750             && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 751         {\r
 752           sg = (SequenceGroup)av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 753           groupEditing = true;\r
 754           }\r
 755       }\r
 756 \r
 757       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 758       if (groupEditing)\r
 759       {\r
 760         message.append("Edit group:");\r
 761         if (editCommand == null)\r
 762           editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 763       }\r
 764       else\r
 765        {\r
 766          message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 767          String label = seq.getName();\r
 768          if(label.length()>10)\r
 769            label = label.substring(0,10);\r
 770          if(editCommand==null)\r
 771            editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 772        }\r
 773 \r
 774      if(insertGap)\r
 775        message.append(" insert ");\r
 776      else\r
 777        message.append(" delete ");\r
 778 \r
 779      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 780      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 781 \r
 782 \r
 783       //Are we editing within a selection group?\r
 784       if (groupEditing\r
 785           || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 786       {\r
 787         fixedColumns = true;\r
 788 \r
 789         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 790         //but the sequence represents a group\r
 791         if (sg == null)\r
 792         {\r
 793           sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 794         }\r
 795 \r
 796         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 797         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 798 \r
 799         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 800             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 801             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 802             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 803         {\r
 804           endEditing();\r
 805           return;\r
 806         }\r
 807 \r
 808         if (fixedLeft > startres)\r
 809         {\r
 810           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 811           fixedLeft = 0;\r
 812         }\r
 813         else if (fixedRight < startres)\r
 814         {\r
 815           fixedLeft = fixedRight;\r
 816           fixedRight = -1;\r
 817         }\r
 818       }\r
 819 \r
 820 \r
 821       if(av.hasHiddenColumns )\r
 822       {\r
 823           fixedColumns = true;\r
 824           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 825           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 826 \r
 827           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 828               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 829           {\r
 830             endEditing();\r
 831             return;\r
 832           }\r
 833 \r
 834           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 835           //Selection spans a hidden region\r
 836           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 837           {\r
 838             if(startres>=y2)\r
 839             {\r
 840               fixedLeft = y2;\r
 841             }\r
 842             else\r
 843             {\r
 844              fixedRight = y2 - 1;\r
 845            }\r
 846           }\r
 847       }\r
 848 \r
 849 \r
 850       if (groupEditing)\r
 851       {\r
 852         Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
 853         int g, groupSize = vseqs.size();\r
 854         SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 855         for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 856           groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 857 \r
 858         // drag to right\r
 859         if (insertGap)\r
 860         {\r
 861             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 862             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 863             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 864                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 865                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 866                )\r
 867             {\r
 868               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 869               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 870             }\r
 871 \r
 872           // Is it valid with fixed columns??\r
 873           // Find the next gap before the end\r
 874           // of the visible region boundary\r
 875           boolean blank = false;\r
 876           for (fixedRight = fixedRight;\r
 877                fixedRight > lastres;\r
 878                fixedRight--)\r
 879           {\r
 880             blank = true;\r
 881 \r
 882             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 883             {\r
 884               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 885               {\r
 886                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 887                     groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 888                 {\r
 889                   blank = false;\r
 890                   break;\r
 891                 }\r
 892               }\r
 893             }\r
 894             if (blank)\r
 895               break;\r
 896           }\r
 897 \r
 898           if (!blank)\r
 899           {\r
 900             if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight()  )\r
 901             {\r
 902               if((av.hasHiddenColumns\r
 903                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 904               {\r
 905                 endEditing();\r
 906                 return;\r
 907               }\r
 908 \r
 909               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 910               if(av.hasHiddenRows)\r
 911               {\r
 912                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 913                 if(hwidth>alWidth)\r
 914                   alWidth = hwidth;\r
 915               }\r
 916               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 917               //contains all the sequences\r
 918               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 919               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 920             }\r
 921             else\r
 922             {\r
 923               endEditing();\r
 924               return;\r
 925             }\r
 926           }\r
 927         }\r
 928 \r
 929 \r
 930         // drag to left\r
 931         else if(!insertGap)\r
 932         {\r
 933           /// Are we able to delete?\r
 934           // ie are all columns blank?\r
 935 \r
 936           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 937           {\r
 938             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 939             {\r
 940               if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 941               {\r
 942                 continue;\r
 943               }\r
 944 \r
 945               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 946                   groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 947               {\r
 948                 // Not a gap, block edit not valid\r
 949                 endEditing();\r
 950                 return;\r
 951               }\r
 952             }\r
 953           }\r
 954         }\r
 955 \r
 956           if (insertGap)\r
 957           {\r
 958             // dragging to the right\r
 959             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 960             {\r
 961               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 962               {\r
 963                   insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
 964               }\r
 965             }\r
 966             else\r
 967             {\r
 968               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
 969                                      groupSeqs,\r
 970                                      startres, startres-lastres,\r
 971                                      av.alignment,\r
 972                                      true);\r
 973             }\r
 974           }\r
 975           else\r
 976           {\r
 977             // dragging to the left\r
 978             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 979             {\r
 980               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 981               {\r
 982                 deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
 983               }\r
 984             }\r
 985             else\r
 986               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
 987                                      groupSeqs,\r
 988                                      startres, lastres - startres,\r
 989                                      av.alignment,\r
 990                                      true);\r
 991 \r
 992           }\r
 993       }\r
 994       else /////Editing a single sequence///////////\r
 995       {\r
 996         if (insertGap)\r
 997         {\r
 998           // dragging to the right\r
 999           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1000           {\r
1001             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1002             {\r
1003               insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1004             }\r
1005           }\r
1006           else\r
1007           {\r
1008             editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1009                                    new SequenceI[]\r
1010                                    {seq},\r
1011                                    lastres, startres-lastres,\r
1012                                    av.alignment,\r
1013                                    true);\r
1014           }\r
1015         }\r
1016         else\r
1017         {\r
1018           // dragging to the left\r
1019           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1020           {\r
1021             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1022             {\r
1023               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1024               {\r
1025                 endEditing();\r
1026                 break;\r
1027               }\r
1028               deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1029             }\r
1030           }\r
1031           else\r
1032           {\r
1033             //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1034             int max=0;\r
1035             for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1036             {\r
1037               if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1038                 break;\r
1039               max++;\r
1040             }\r
1041 \r
1042             if (max>0)\r
1043             {\r
1044               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1045                                      new SequenceI[]\r
1046                                      {seq},\r
1047                                      startres, max,\r
1048                                      av.alignment,\r
1049                                      true);\r
1050             }\r
1051           }\r
1052         }\r
1053       }\r
1054 \r
1055       lastres = startres;\r
1056       seqCanvas.repaint();\r
1057   }\r
1058 \r
1059 \r
1060 \r
1061   void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1062   {\r
1063     int blankColumn = fixedColumn;\r
1064     for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1065     {\r
1066       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1067       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1068 \r
1069       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1070       {\r
1071         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1072         {\r
1073           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1074           break;\r
1075         }\r
1076       }\r
1077 \r
1078       if (blankColumn <= j)\r
1079       {\r
1080         blankColumn = fixedColumn;\r
1081         endEditing();\r
1082         return;\r
1083       }\r
1084     }\r
1085 \r
1086     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1087                            seq,\r
1088                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1089 \r
1090     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1091                            seq,\r
1092                            j, 1, av.alignment,\r
1093                            true);\r
1094 \r
1095   }\r
1096 \r
1097   void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1098   {\r
1099 \r
1100     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1101                            seq,\r
1102                            j, 1, av.alignment, true);\r
1103 \r
1104     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1105                            seq,\r
1106                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1107   }\r
1108 \r
1109 \r
1110 //////////////////////////////////////////\r
1111 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1112 //////////////////////////////////////////\r
1113   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1114   {\r
1115     if (scrollThread != null)\r
1116     {\r
1117       scrollThread.running = false;\r
1118       scrollThread = null;\r
1119     }\r
1120 \r
1121     int res = findRes(evt);\r
1122     int seq = findSeq(evt);\r
1123     oldSeq = seq;\r
1124     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1125 \r
1126     if(seq==-1)\r
1127       return;\r
1128 \r
1129     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1130 \r
1131     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1132     {\r
1133       return;\r
1134     }\r
1135 \r
1136     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1137 \r
1138     if (stretchGroup == null)\r
1139     {\r
1140       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1141       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1142           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1143       {\r
1144         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1145       }\r
1146       else\r
1147       {\r
1148         stretchGroup = null;\r
1149       }\r
1150     }\r
1151 \r
1152     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)\r
1153              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1154              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1155     {\r
1156       stretchGroup = null;\r
1157 \r
1158       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1159 \r
1160       if (allGroups != null)\r
1161       {\r
1162         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1163         {\r
1164           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1165               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1166           {\r
1167             stretchGroup = allGroups[i];\r
1168             break;\r
1169           }\r
1170         }\r
1171       }\r
1172       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1173     }\r
1174 \r
1175 \r
1176     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1177     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1178              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1179     {\r
1180       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1181                                                sequence.findPosition(res));\r
1182 \r
1183       Vector links = null;\r
1184       if(allFeatures!=null)\r
1185       {\r
1186         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1187         {\r
1188           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1189           if (sf.links != null)\r
1190           {\r
1191             links = new Vector();\r
1192             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1193             {\r
1194               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1195             }\r
1196           }\r
1197         }\r
1198       }\r
1199       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1200       this.add(popup);\r
1201       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1202       ap.repaint();\r
1203       return;\r
1204     }\r
1205 \r
1206     if (av.cursorMode)\r
1207     {\r
1208       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1209       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1210       seqCanvas.repaint();\r
1211       return;\r
1212     }\r
1213 \r
1214       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1215 \r
1216       if (stretchGroup == null)\r
1217       {\r
1218         // define a new group here\r
1219         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1220         sg.setStartRes(res);\r
1221         sg.setEndRes(res);\r
1222         sg.addSequence(sequence, false);\r
1223         av.setSelectionGroup(sg);\r
1224         stretchGroup = sg;\r
1225 \r
1226         if (av.getConservationSelected())\r
1227         {\r
1228           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1229                                             "Background");\r
1230         }\r
1231         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1232         {\r
1233           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1234                                          "Background");\r
1235         }\r
1236 \r
1237       }\r
1238   }\r
1239 \r
1240   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1241   {\r
1242     if (stretchGroup == null)\r
1243     {\r
1244         return;\r
1245     }\r
1246 \r
1247     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1248     {\r
1249       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1250       {\r
1251         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1252             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1253             stretchGroup.getWidth());\r
1254       }\r
1255 \r
1256       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1257           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1258           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1259           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1260         stretchGroup.recalcConservation();\r
1261 \r
1262 \r
1263       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1264       {\r
1265         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1266                                           stretchGroup.getName());\r
1267         stretchGroup.recalcConservation();\r
1268       }\r
1269       else\r
1270       {\r
1271         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1272                                        stretchGroup.getName());\r
1273       }\r
1274     }\r
1275     changeEndRes = false;\r
1276     changeStartRes = false;\r
1277     stretchGroup = null;\r
1278     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1279     ap.repaint();\r
1280   }\r
1281 \r
1282   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1283   {\r
1284     int res = findRes(evt);\r
1285     int y = findSeq(evt);\r
1286 \r
1287     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1288       return;\r
1289 \r
1290      if (stretchGroup == null)\r
1291      {\r
1292           return;\r
1293      }\r
1294 \r
1295      mouseDragging = true;\r
1296 \r
1297 \r
1298       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1299       {\r
1300         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1301       }\r
1302 \r
1303       if(res>=av.alignment.getWidth())\r
1304         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1305 \r
1306       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1307       {\r
1308           // Edit end res position of selected group\r
1309           changeEndRes = true;\r
1310       }\r
1311       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1312       {\r
1313           // Edit start res position of selected group\r
1314           changeStartRes = true;\r
1315       }\r
1316 \r
1317       if (res < 0)\r
1318       {\r
1319           res = 0;\r
1320       }\r
1321 \r
1322       if (changeEndRes)\r
1323       {\r
1324           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1325           {\r
1326               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1327           }\r
1328       }\r
1329       else if (changeStartRes)\r
1330       {\r
1331           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1332           {\r
1333               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1334           }\r
1335       }\r
1336 \r
1337       int dragDirection = 0;\r
1338 \r
1339       if (y > oldSeq)\r
1340       {\r
1341           dragDirection = 1;\r
1342       }\r
1343       else if (y < oldSeq)\r
1344       {\r
1345           dragDirection = -1;\r
1346       }\r
1347 \r
1348 \r
1349       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1350       {\r
1351           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1352           // selection is quite slow.\r
1353           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1354 \r
1355           oldSeq += dragDirection;\r
1356 \r
1357           if(oldSeq<0)\r
1358             break;\r
1359 \r
1360           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1361 \r
1362           if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1363           {\r
1364               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1365           }\r
1366           else\r
1367           {\r
1368               if (seq != null)\r
1369               {\r
1370                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1371               }\r
1372 \r
1373               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1374           }\r
1375       }\r
1376 \r
1377       if(oldSeq < 0)\r
1378         oldSeq = -1;\r
1379 \r
1380 \r
1381       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1382           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1383       {\r
1384         mouseExited(evt);\r
1385       }\r
1386 \r
1387       if (scrollThread != null)\r
1388       {\r
1389         scrollThread.setEvent(evt);\r
1390       }\r
1391 \r
1392       seqCanvas.repaint();\r
1393     }\r
1394 \r
1395     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1396     {\r
1397       if (oldSeq < 0)\r
1398         oldSeq = 0;\r
1399 \r
1400       if (scrollThread != null)\r
1401       {\r
1402         scrollThread.running = false;\r
1403         scrollThread = null;\r
1404       }\r
1405     }\r
1406 \r
1407   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1408   {\r
1409     if (av.getWrapAlignment())\r
1410     {\r
1411       return;\r
1412     }\r
1413 \r
1414     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1415     {\r
1416       scrollThread = new ScrollThread();\r
1417     }\r
1418   }\r
1419 \r
1420   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1421   {\r
1422     if(evt==null)\r
1423     {\r
1424       if(scrollThread!=null)\r
1425       {\r
1426         scrollThread.running = false;\r
1427         scrollThread = null;\r
1428       }\r
1429       mouseDragging = false;\r
1430     }\r
1431     else\r
1432     {\r
1433       if (scrollThread == null)\r
1434         scrollThread = new ScrollThread();\r
1435 \r
1436       mouseDragging = true;\r
1437       scrollThread.setEvent(evt);\r
1438     }\r
1439 \r
1440     }\r
1441 \r
1442   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1443   class ScrollThread\r
1444       extends Thread\r
1445   {\r
1446     MouseEvent evt;\r
1447     boolean running = false;\r
1448     public ScrollThread()\r
1449     {\r
1450       start();\r
1451     }\r
1452 \r
1453     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1454     {\r
1455       evt = e;\r
1456     }\r
1457 \r
1458     public void stopScrolling()\r
1459     {\r
1460       running = false;\r
1461     }\r
1462 \r
1463     public void run()\r
1464     {\r
1465       running = true;\r
1466       while (running)\r
1467       {\r
1468 \r
1469         if (evt != null)\r
1470         {\r
1471 \r
1472           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1473           {\r
1474             running = ap.scrollUp(true);\r
1475           }\r
1476 \r
1477           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1478               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1479           {\r
1480             running = ap.scrollUp(false);\r
1481           }\r
1482 \r
1483           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1484           {\r
1485             running = ap.scrollRight(false);\r
1486           }\r
1487 \r
1488           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1489           {\r
1490             running = ap.scrollRight(true);\r
1491           }\r
1492         }\r
1493 \r
1494         try\r
1495         {\r
1496           Thread.sleep(75);\r
1497         }\r
1498         catch (Exception ex)\r
1499         {}\r
1500       }\r
1501     }\r
1502   }\r
1503 \r
1504 }\r