src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 public class SeqPanel\r
  29     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  30 {\r
  31 \r
  32   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  33   public AlignmentPanel ap;\r
  34 \r
  35   protected int lastres;\r
  36   protected int startseq;\r
  37 \r
  38   protected AlignViewport av;\r
  39 \r
  40   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  41   boolean seqEditOccurred = false;\r
  42 \r
  43   ScrollThread scrollThread = null;\r
  44   boolean mouseDragging = false;\r
  45   boolean editingSeqs = false;\r
  46   boolean groupEditing = false;\r
  47 \r
  48   int oldSeq = -1;\r
  49   boolean changeEndSeq = false;\r
  50   boolean changeStartSeq = false;\r
  51   boolean changeEndRes = false;\r
  52   boolean changeStartRes = false;\r
  53   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  54 \r
  55   StringBuffer keyboardNo1;\r
  56   StringBuffer keyboardNo2;\r
  57 \r
  58   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  59   Point lastMousePress;\r
  60 \r
  61   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  62   {\r
  63     this.av = avp;\r
  64 \r
  65     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  66     setLayout(new BorderLayout());\r
  67     add(seqCanvas);\r
  68 \r
  69     ap = p;\r
  70 \r
  71     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  72     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  73 \r
  74     seqCanvas.repaint();\r
  75   }\r
  76 \r
  77   void endEditing()\r
  78   {\r
  79     startseq = -1;\r
  80     lastres = -1;\r
  81     seqEditOccurred = false;\r
  82     editingSeqs = false;\r
  83     groupEditing = false;\r
  84     keyboardNo1 = null;\r
  85     keyboardNo2 = null;\r
  86    }\r
  87 \r
  88    void setCursorRow()\r
  89    {\r
  90      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  91      scrollToVisible();\r
  92    }\r
  93 \r
  94    void setCursorColumn()\r
  95    {\r
  96      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  97      scrollToVisible();\r
  98    }\r
  99 \r
 100    void setCursorRowAndColumn()\r
 101    {\r
 102      if(keyboardNo2==null)\r
 103      {\r
 104        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 105      }\r
 106      else\r
 107      {\r
 108        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 109        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 110        scrollToVisible();\r
 111      }\r
 112    }\r
 113 \r
 114    void setCursorPosition()\r
 115    {\r
 116      SequenceI sequence =\r
 117          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 118 \r
 119      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 120          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 121          );\r
 122      scrollToVisible();\r
 123    }\r
 124 \r
 125    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 126    {\r
 127      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 128      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 129      scrollToVisible();\r
 130    }\r
 131 \r
 132    void scrollToVisible()\r
 133    {\r
 134      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 135        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 136      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 137        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 138 \r
 139      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 140        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 141      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 142        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 143 \r
 144 \r
 145      endEditing();\r
 146      if (av.wrapAlignment)\r
 147      {\r
 148        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 149      }\r
 150      else\r
 151      {\r
 152        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 153        {\r
 154          ap.scrollUp(true);\r
 155        }\r
 156        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 157        {\r
 158          ap.scrollUp(false);\r
 159        }\r
 160        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 161        {\r
 162 \r
 163          if (!ap.scrollRight(false))\r
 164            break;\r
 165        }\r
 166        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 167        {\r
 168          if (!ap.scrollRight(true))\r
 169            break;\r
 170        }\r
 171      }\r
 172      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 173                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 174 \r
 175      seqCanvas.repaint();\r
 176    }\r
 177 \r
 178    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 179    {\r
 180      SequenceI sequence =\r
 181          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 182 \r
 183      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 184      {\r
 185        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 186        //Find the top and bottom of this group\r
 187        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 188        for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 189        {\r
 190          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 191          if(index > max)\r
 192            max = index;\r
 193          if(index < min)\r
 194            min = index;\r
 195        }\r
 196 \r
 197        max ++;\r
 198 \r
 199        if(topLeft)\r
 200        {\r
 201          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 202          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 203            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204 \r
 205          min = seqCanvas.cursorY;\r
 206        }\r
 207        else\r
 208        {\r
 209          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 210          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 211            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212 \r
 213          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 214        }\r
 215 \r
 216        if(min>max)\r
 217        {\r
 218          // Only the user can do this\r
 219          av.setSelectionGroup(null);\r
 220        }\r
 221        else\r
 222        {\r
 223          // Now add any sequences between min and max\r
 224          sg.sequences.removeAllElements();\r
 225          for (int i = min; i < max; i++)\r
 226          {\r
 227            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 228          }\r
 229        }\r
 230      }\r
 231 \r
 232      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 233      {\r
 234        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 235        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 236        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 237        sg.addSequence(sequence, false);\r
 238        av.setSelectionGroup(sg);\r
 239      }\r
 240 \r
 241 \r
 242      ap.repaint();\r
 243    }\r
 244 \r
 245    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 246    {\r
 247      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 248                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 249      groupEditing = group;\r
 250      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 251      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 252      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 253      editOccurred();\r
 254    }\r
 255 \r
 256    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 257    {\r
 258      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 259                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 260      groupEditing = group;\r
 261      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 262      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 263      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 264      editOccurred();\r
 265    }\r
 266 \r
 267    void numberPressed(char value)\r
 268    {\r
 269      if(keyboardNo1==null)\r
 270        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 271 \r
 272      if(keyboardNo2!=null)\r
 273        keyboardNo2.append(value);\r
 274      else\r
 275        keyboardNo1.append(value);\r
 276    }\r
 277 \r
 278    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 279    {\r
 280      if(kb==null)\r
 281        return 1;\r
 282      else\r
 283        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 284    }\r
 285 \r
 286    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 287    {\r
 288      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 289                                           sequence.getName());\r
 290 \r
 291      Object obj = null;\r
 292      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 293      {\r
 294        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 295                                                   "");\r
 296        if (obj != null)\r
 297          text.append(" Nucleotide: ");\r
 298      }\r
 299      else\r
 300      {\r
 301        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 302        if (obj != null)\r
 303          text.append("  Residue: ");\r
 304      }\r
 305 \r
 306      if (obj != null)\r
 307      {\r
 308 \r
 309        if (obj != "")\r
 310        {\r
 311          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 312                      ")");\r
 313        }\r
 314      }\r
 315      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 316 \r
 317     }\r
 318      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 319      {\r
 320        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 321 \r
 322        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 323          InputEvent.BUTTON2_MASK)\r
 324        {\r
 325          mouseWheelPressed = true;\r
 326          return;\r
 327        }\r
 328 \r
 329        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 330            evt.isControlDown())\r
 331        {\r
 332          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 333          {\r
 334            groupEditing = true;\r
 335          }\r
 336          editingSeqs = true;\r
 337        }\r
 338        else\r
 339        {\r
 340          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 341          return;\r
 342        }\r
 343 \r
 344 \r
 345        int seq = findSeq(evt);\r
 346        int res = findRes(evt);\r
 347 \r
 348        if(seq<0 || res<0)\r
 349          return;\r
 350 \r
 351        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 352                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 353 \r
 354          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 355                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 356          {\r
 357              startseq = seq;\r
 358              lastres = res;\r
 359          }\r
 360          else\r
 361          {\r
 362              startseq = -1;\r
 363              lastres = -1;\r
 364          }\r
 365 \r
 366         return;\r
 367      }\r
 368 \r
 369      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 370 \r
 371 \r
 372   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 373   {\r
 374     mouseDragging = false;\r
 375     mouseWheelPressed = false;\r
 376 \r
 377     if (!editingSeqs)\r
 378     {\r
 379        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 380        return;\r
 381     }\r
 382 \r
 383      editOccurred();\r
 384 \r
 385      endEditing();\r
 386      ap.repaint();\r
 387   }\r
 388 \r
 389   int startWrapBlock=-1;\r
 390   int wrappedBlock=-1;\r
 391   int findRes(MouseEvent evt)\r
 392  {\r
 393    int res = 0;\r
 394    int x = evt.getX();\r
 395 \r
 396   if (av.wrapAlignment)\r
 397   {\r
 398 \r
 399     int hgap = av.charHeight;\r
 400     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 401       hgap += av.charHeight;\r
 402 \r
 403     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 404         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 405 \r
 406       int y = evt.getY();\r
 407       y -= hgap;\r
 408       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 409 \r
 410 \r
 411       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 412 \r
 413       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 414       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 415 \r
 416       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 417 \r
 418   }\r
 419   else\r
 420   {\r
 421       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 422   }\r
 423 \r
 424   return res;\r
 425 \r
 426  }\r
 427 \r
 428  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 429  {\r
 430 \r
 431    int seq = 0;\r
 432    int y = evt.getY();\r
 433 \r
 434    if (av.wrapAlignment)\r
 435    {\r
 436      int hgap = av.charHeight;\r
 437      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 438        hgap += av.charHeight;\r
 439 \r
 440      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 441          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 442 \r
 443        y -= hgap;\r
 444 \r
 445      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 446    }\r
 447    else\r
 448    {\r
 449      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 450    }\r
 451 \r
 452    return seq;\r
 453  }\r
 454 \r
 455 \r
 456   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 457   {\r
 458     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 459         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 460 \r
 461     int seq = findSeq(evt);\r
 462     int res = findRes(evt);\r
 463 \r
 464     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 465         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 466     {\r
 467       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 468       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 469       // in the alignment\r
 470 \r
 471       startseq = seq;\r
 472       lastres = res;\r
 473     }\r
 474     else\r
 475     {\r
 476       startseq = -1;\r
 477       lastres = -1;\r
 478     }\r
 479 \r
 480     return;\r
 481   }\r
 482 \r
 483   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 484   {\r
 485     int res = findRes(evt);\r
 486     int seq = findSeq(evt);\r
 487 \r
 488     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 489     {\r
 490       return;\r
 491     }\r
 492 \r
 493     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 494     if (res > sequence.getLength())\r
 495     {\r
 496       return;\r
 497     }\r
 498 \r
 499     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 500             sequence.getName());\r
 501 \r
 502     Object obj = null;\r
 503     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 504     {\r
 505       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 506           "");\r
 507       if(obj!=null)\r
 508         text.append(" Nucleotide: ");\r
 509     }\r
 510     else\r
 511     {\r
 512       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 513       if(obj!=null)\r
 514         text.append("  Residue: ");\r
 515     }\r
 516 \r
 517     if (obj != null)\r
 518     {\r
 519 \r
 520       if (obj != "")\r
 521       {\r
 522         text.append(obj + " (" +\r
 523                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 524       }\r
 525     }\r
 526 \r
 527     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 528     {\r
 529       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 530     }\r
 531 \r
 532 \r
 533     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 534     if (av.showSequenceFeatures\r
 535         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 536         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 537     {\r
 538       int index = 0;\r
 539       sequence.getSequenceFeatures();\r
 540       boolean first = true;\r
 541       while (index < sequence.getSequenceFeatures().length)\r
 542       {\r
 543         SequenceFeature sf = sequence.getSequenceFeatures()[index];\r
 544         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 545             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 546         {\r
 547           if(!av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 548            {\r
 549              index++;\r
 550              continue;\r
 551            }\r
 552 \r
 553           if(first)\r
 554           {\r
 555             text.append(" Sequence Feature:");\r
 556             first = false;\r
 557           }\r
 558 \r
 559           text.append(" "+sf.getType());\r
 560 \r
 561           if(sf.getDescription()!=null)\r
 562             text.append(" "+sf.getDescription());\r
 563 \r
 564           if (sf.getStatus()!=null && sf.getStatus().length() > 0)\r
 565           {\r
 566             text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 567           }\r
 568           text.append("; ");\r
 569         }\r
 570 \r
 571         index++;\r
 572 \r
 573       }\r
 574     }\r
 575 \r
 576      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 577 \r
 578   }\r
 579 \r
 580   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 581   {\r
 582     if (mouseWheelPressed)\r
 583     {\r
 584       int oldWidth = av.charWidth;\r
 585 \r
 586       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 587       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 588           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 589       {\r
 590         int fontSize = av.font.getSize();\r
 591 \r
 592         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 593         {\r
 594           fontSize--;\r
 595         }\r
 596         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 597         {\r
 598           fontSize++;\r
 599         }\r
 600 \r
 601 \r
 602         if(fontSize<1)\r
 603           fontSize = 1;\r
 604 \r
 605         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 606         av.charWidth = oldWidth;\r
 607       }\r
 608       else\r
 609       {\r
 610         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 611         {\r
 612           av.charWidth--;\r
 613         }\r
 614         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 615         {\r
 616           av.charWidth++;\r
 617         }\r
 618 \r
 619         if(av.charWidth<1)\r
 620         {\r
 621           av.charWidth = 1;\r
 622         }\r
 623       }\r
 624 \r
 625       ap.fontChanged();\r
 626 \r
 627       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 628       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 629 \r
 630       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 631 \r
 632       ap.repaint();\r
 633       ap.annotationPanel.image = null;\r
 634       return;\r
 635       }\r
 636 \r
 637       if (!editingSeqs)\r
 638       {\r
 639         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 640         return;\r
 641       }\r
 642 \r
 643   int res = findRes(evt);\r
 644 \r
 645   if (res < 0)\r
 646   {\r
 647       res = 0;\r
 648   }\r
 649 \r
 650   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 651   {\r
 652       return;\r
 653   }\r
 654 \r
 655   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 656   {\r
 657     // dragLeft, delete gap\r
 658     editSequence(false, res);\r
 659   }\r
 660   else\r
 661     editSequence(true, res);\r
 662 \r
 663   mouseDragging = true;\r
 664   if(scrollThread!=null)\r
 665     scrollThread.setEvent(evt);\r
 666 \r
 667   }\r
 668 \r
 669   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 670     {\r
 671       int fixedLeft = -1;\r
 672       int fixedRight = -1;\r
 673       boolean fixedColumns = false;\r
 674       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 675 \r
 676       if(groupEditing && sg==null)\r
 677         return;\r
 678 \r
 679         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 680         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 681         if (groupEditing)\r
 682            message.append("Edit group:");\r
 683         else\r
 684             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 685 \r
 686        if(insertGap)\r
 687          message.append(" insert ");\r
 688        else\r
 689          message.append(" delete ");\r
 690 \r
 691        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 692        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 693 \r
 694 \r
 695         //Are we editing within a selection group?\r
 696         if (groupEditing\r
 697             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 698         {\r
 699           fixedColumns = true;\r
 700 \r
 701           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 702           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 703 \r
 704           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 705               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 706               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 707               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 708           {\r
 709             endEditing();\r
 710             return;\r
 711           }\r
 712 \r
 713           if (fixedLeft > startres)\r
 714           {\r
 715             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 716             fixedLeft = 0;\r
 717           }\r
 718           else if (fixedRight < startres)\r
 719           {\r
 720             fixedLeft = fixedRight;\r
 721             fixedRight = -1;\r
 722           }\r
 723         }\r
 724 \r
 725 \r
 726         if (groupEditing)\r
 727         {\r
 728           // drag to right\r
 729           if (insertGap)\r
 730           {\r
 731               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 732               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 733               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 734               {\r
 735                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 736                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 737               }\r
 738 \r
 739             // Is it valid with fixed columns??\r
 740             // Find the next gap before the end\r
 741             // of the visible region boundary\r
 742             boolean blank = false;\r
 743             for (fixedRight = fixedRight;\r
 744                  fixedRight > lastres;\r
 745                  fixedRight--)\r
 746             {\r
 747               blank = true;\r
 748               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 749               {\r
 750                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 751                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 752                 {\r
 753                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 754                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 755                   {\r
 756                     blank = false;\r
 757                     break;\r
 758                   }\r
 759                 }\r
 760               }\r
 761               if (blank)\r
 762                 break;\r
 763             }\r
 764 \r
 765             if (!blank)\r
 766             {\r
 767               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 768               {\r
 769                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 770                 //contains all the sequences\r
 771                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 772                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 773               }\r
 774               else\r
 775               {\r
 776                 endEditing();\r
 777                 return;\r
 778               }\r
 779             }\r
 780           }\r
 781 \r
 782 \r
 783           // drag to left\r
 784           else if(!insertGap)\r
 785           {\r
 786             /// Are we able to delete?\r
 787             // ie are all columns blank?\r
 788 \r
 789             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 790             {\r
 791               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 792 \r
 793               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 794               {\r
 795                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 796                 {\r
 797                   continue;\r
 798                 }\r
 799 \r
 800                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 801                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 802                 {\r
 803                   // Not a gap, block edit not valid\r
 804                   endEditing();\r
 805                   return;\r
 806                 }\r
 807               }\r
 808             }\r
 809           }\r
 810 \r
 811 \r
 812           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 813           {\r
 814             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 815 \r
 816             if (insertGap)\r
 817             {\r
 818               // dragging to the right\r
 819               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 820               {\r
 821                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 822                 {\r
 823                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 824                 }\r
 825                 else\r
 826                   insertChar(j, seq);\r
 827               }\r
 828             }\r
 829             else\r
 830             {\r
 831               // dragging to the left\r
 832               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 833               {\r
 834                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 835                 {\r
 836                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 837                 }\r
 838                 else\r
 839                 {\r
 840                   deleteChar(startres, seq);\r
 841                 }\r
 842               }\r
 843             }\r
 844           }\r
 845         }\r
 846         else /////Editing a single sequence///////////\r
 847         {\r
 848           if (insertGap)\r
 849           {\r
 850             // dragging to the right\r
 851             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 852             {\r
 853               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 854               {\r
 855                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 856                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 857                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 858                 {\r
 859                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 860                   //extend the selection group\r
 861                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 862                   fixedColumns = false;\r
 863                   insertChar(j, seq);\r
 864                 }\r
 865                 else\r
 866                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 867               }\r
 868               else\r
 869                 insertChar(j, seq);\r
 870             }\r
 871           }\r
 872           else\r
 873           {\r
 874             // dragging to the left\r
 875             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 876             {\r
 877               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 878               {\r
 879                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 880               }\r
 881               else\r
 882               {\r
 883                 deleteChar(startres, seq);\r
 884               }\r
 885             }\r
 886           }\r
 887         }\r
 888 \r
 889         lastres = startres;\r
 890         seqCanvas.repaint();\r
 891     }\r
 892 \r
 893 \r
 894     /**\r
 895      * DOCUMENT ME!\r
 896      *\r
 897      * @param j DOCUMENT ME!\r
 898      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 899      */\r
 900     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 901     {\r
 902         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 903         seqEditOccurred = true;\r
 904     }\r
 905 \r
 906     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 907     {\r
 908       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 909       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 910       int blankColumn = fixedColumn;\r
 911       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 912       {\r
 913         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 914         {\r
 915           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 916           break;\r
 917         }\r
 918       }\r
 919 \r
 920       if (blankColumn <= j)\r
 921       {\r
 922         endEditing();\r
 923         return;\r
 924       }\r
 925 \r
 926       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 927       {\r
 928         //Just Checking\r
 929         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 930         return;\r
 931       }\r
 932 \r
 933       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 934       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 935       seqEditOccurred = true;\r
 936     }\r
 937 \r
 938     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 939     {\r
 940       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 941       {\r
 942         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 943             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 944         return;\r
 945       }\r
 946 \r
 947       seq.deleteCharAt(j);\r
 948       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
 949       seqEditOccurred = true;\r
 950     }\r
 951 \r
 952     /**\r
 953      * DOCUMENT ME!\r
 954      *\r
 955      * @param j DOCUMENT ME!\r
 956      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 957      */\r
 958     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 959     {\r
 960       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 961       {\r
 962         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 963             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 964         return;\r
 965       }\r
 966 \r
 967         seq.deleteCharAt(j);\r
 968         seqEditOccurred = true;\r
 969         seqCanvas.repaint();\r
 970     }\r
 971 \r
 972     /**\r
 973      * DOCUMENT ME!\r
 974      *\r
 975      * @param i DOCUMENT ME!\r
 976      */\r
 977     void editOccurred()\r
 978     {\r
 979       if (!seqEditOccurred)\r
 980       {\r
 981         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 982         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 983       }\r
 984 \r
 985       endEditing();\r
 986 \r
 987       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 988 \r
 989     }\r
 990 \r
 991 //////////////////////////////////////////\r
 992 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 993 //////////////////////////////////////////\r
 994   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 995   {\r
 996 \r
 997 \r
 998     if (scrollThread != null)\r
 999     {\r
1000       scrollThread.running = false;\r
1001       scrollThread = null;\r
1002     }\r
1003 \r
1004     int res = findRes(evt);\r
1005     int seq = findSeq(evt);\r
1006     oldSeq = seq;\r
1007     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1008 \r
1009     if(seq==-1)\r
1010       return;\r
1011 \r
1012     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1013 \r
1014     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1015     {\r
1016       return;\r
1017     }\r
1018 \r
1019     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1020 \r
1021     if (stretchGroup == null)\r
1022     {\r
1023       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1024       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1025           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1026       {\r
1027         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1028       }\r
1029       else\r
1030       {\r
1031         stretchGroup = null;\r
1032       }\r
1033     }\r
1034 \r
1035     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
1036              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1037              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1038     {\r
1039       stretchGroup = null;\r
1040 \r
1041       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1042 \r
1043       if (allGroups != null)\r
1044       {\r
1045         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1046         {\r
1047           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1048               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1049           {\r
1050             stretchGroup = allGroups[i];\r
1051             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1052             break;\r
1053           }\r
1054         }\r
1055       }\r
1056     }\r
1057 \r
1058     if (stretchGroup == null)\r
1059     {\r
1060       // define a new group here\r
1061       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1062       sg.setStartRes(res);\r
1063       sg.setEndRes(res);\r
1064       sg.addSequence(sequence, false);\r
1065       av.setSelectionGroup(sg);\r
1066       stretchGroup = sg;\r
1067 \r
1068       if (av.getConservationSelected())\r
1069       {\r
1070         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1071                                           "Background");\r
1072       }\r
1073       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1074       {\r
1075         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1076                                        "Background");\r
1077       }\r
1078 \r
1079     }\r
1080 \r
1081     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1082     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1083              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1084     {\r
1085       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
1086       this.add(popup);\r
1087       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1088     }\r
1089 \r
1090     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1091     {\r
1092       // Edit end res position of selected group\r
1093       changeEndRes = true;\r
1094     }\r
1095 \r
1096     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1097     {\r
1098       // Edit end res position of selected group\r
1099       changeStartRes = true;\r
1100     }\r
1101 \r
1102   }\r
1103 \r
1104   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1105   {\r
1106     if (stretchGroup == null)\r
1107     {\r
1108         return;\r
1109     }\r
1110 \r
1111     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1112     {\r
1113       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1114       {\r
1115         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1116             sequences,\r
1117             stretchGroup.getWidth());\r
1118       }\r
1119 \r
1120       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1121       {\r
1122         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1123                                           stretchGroup.getName());\r
1124         stretchGroup.recalcConservation();\r
1125       }\r
1126       else\r
1127       {\r
1128         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1129                                        stretchGroup.getName());\r
1130       }\r
1131     }\r
1132     changeEndRes = false;\r
1133     changeStartRes = false;\r
1134     stretchGroup = null;\r
1135     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1136     ap.repaint();\r
1137   }\r
1138 \r
1139   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1140   {\r
1141     int res = findRes(evt);\r
1142     int y = findSeq(evt);\r
1143 \r
1144     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1145       return;\r
1146 \r
1147      if (stretchGroup == null)\r
1148      {\r
1149           return;\r
1150      }\r
1151 \r
1152      mouseDragging = true;\r
1153 \r
1154 \r
1155       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1156       {\r
1157         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1158       }\r
1159 \r
1160       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1161         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1162 \r
1163       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1164       {\r
1165           // Edit end res position of selected group\r
1166           changeEndRes = true;\r
1167       }\r
1168       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1169       {\r
1170           // Edit start res position of selected group\r
1171           changeStartRes = true;\r
1172       }\r
1173 \r
1174       if (res < 0)\r
1175       {\r
1176           res = 0;\r
1177       }\r
1178 \r
1179       if (changeEndRes)\r
1180       {\r
1181           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1182           {\r
1183               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1184           }\r
1185       }\r
1186       else if (changeStartRes)\r
1187       {\r
1188           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1189           {\r
1190               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1191           }\r
1192       }\r
1193 \r
1194       int dragDirection = 0;\r
1195 \r
1196       if (y > oldSeq)\r
1197       {\r
1198           dragDirection = 1;\r
1199       }\r
1200       else if (y < oldSeq)\r
1201       {\r
1202           dragDirection = -1;\r
1203       }\r
1204 \r
1205 \r
1206       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1207       {\r
1208           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1209           // selection is quite slow.\r
1210           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1211 \r
1212           oldSeq += dragDirection;\r
1213 \r
1214           if(oldSeq<0)\r
1215             break;\r
1216 \r
1217           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1218 \r
1219           if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1220           {\r
1221               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1222           }\r
1223           else\r
1224           {\r
1225               if (seq != null)\r
1226               {\r
1227                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1228               }\r
1229 \r
1230               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1231           }\r
1232       }\r
1233 \r
1234       if(oldSeq < 0)\r
1235         oldSeq = -1;\r
1236 \r
1237 \r
1238       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1239           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1240       {\r
1241         mouseExited(evt);\r
1242       }\r
1243 \r
1244       if (scrollThread != null)\r
1245       {\r
1246         scrollThread.setEvent(evt);\r
1247       }\r
1248 \r
1249       seqCanvas.repaint();\r
1250     }\r
1251 \r
1252     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1253     {\r
1254       if (oldSeq < 0)\r
1255         oldSeq = 0;\r
1256 \r
1257       if (scrollThread != null)\r
1258       {\r
1259         scrollThread.running = false;\r
1260         scrollThread = null;\r
1261       }\r
1262     }\r
1263 \r
1264   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1265   {\r
1266     if (av.getWrapAlignment())\r
1267     {\r
1268       return;\r
1269     }\r
1270 \r
1271     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1272     {\r
1273       scrollThread = new ScrollThread();\r
1274     }\r
1275   }\r
1276 \r
1277   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1278   class ScrollThread\r
1279       extends Thread\r
1280   {\r
1281     MouseEvent evt;\r
1282     boolean running = false;\r
1283     public ScrollThread()\r
1284     {\r
1285       start();\r
1286     }\r
1287 \r
1288     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1289     {\r
1290       evt = e;\r
1291     }\r
1292 \r
1293     public void stopScrolling()\r
1294     {\r
1295       running = false;\r
1296     }\r
1297 \r
1298     public void run()\r
1299     {\r
1300       running = true;\r
1301       while (running)\r
1302       {\r
1303 \r
1304         if (evt != null)\r
1305         {\r
1306 \r
1307           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1308           {\r
1309             running = ap.scrollUp(true);\r
1310           }\r
1311 \r
1312           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1313               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1314           {\r
1315             running = ap.scrollUp(false);\r
1316           }\r
1317 \r
1318           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1319           {\r
1320             running = ap.scrollRight(true);\r
1321           }\r
1322 \r
1323           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1324           {\r
1325             running = ap.scrollRight(false);\r
1326           }\r
1327         }\r
1328 \r
1329         try\r
1330         {\r
1331           Thread.sleep(75);\r
1332         }\r
1333         catch (Exception ex)\r
1334         {}\r
1335       }\r
1336     }\r
1337   }\r
1338 \r
1339 }\r