src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         doMouseMoved(evt);\r
  68       }\r
  69 \r
  70       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  71       {\r
  72         if (editingSeqs)\r
  73         {\r
  74           doMouseDragged(evt);\r
  75         }\r
  76         else\r
  77         {\r
  78           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  79         }\r
  80       }\r
  81     });\r
  82 \r
  83     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  84     {\r
  85       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  86       {\r
  87         if (editingSeqs)\r
  88         {\r
  89           doMouseReleased(evt);\r
  90         }\r
  91         else\r
  92         {\r
  93           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  94         }\r
  95 \r
  96       }\r
  97 \r
  98       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  99       {\r
 100         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 101         {\r
 102           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 103           {\r
 104             groupEditing = true;\r
 105           }\r
 106 \r
 107           editingSeqs = true;\r
 108           doMousePressed(evt);\r
 109         }\r
 110         else\r
 111         {\r
 112           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115 \r
 116       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 117       {\r
 118         if (editingSeqs)\r
 119         {\r
 120           return;\r
 121         }\r
 122         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 123 \r
 124       }\r
 125 \r
 126       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 127       {\r
 128         if (editingSeqs)\r
 129         {\r
 130           return;\r
 131         }\r
 132         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 133       }\r
 134 \r
 135     });\r
 136     seqCanvas.repaint();\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 140   {\r
 141 \r
 142     if (seqEditOccurred > -1)\r
 143     {\r
 144       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     startseq = -1;\r
 148     lastres = -1;\r
 149     seqEditOccurred = -1;\r
 150     editingSeqs = false;\r
 151     groupEditing = false;\r
 152     ap.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   int startWrapBlock=-1;\r
 156   int wrappedBlock=-1;\r
 157   int findRes(MouseEvent evt)\r
 158  {\r
 159    int res = 0;\r
 160    int x = evt.getX();\r
 161 \r
 162   if (av.wrapAlignment)\r
 163   {\r
 164 \r
 165     int hgap = av.charHeight;\r
 166     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 167       hgap += av.charHeight;\r
 168 \r
 169     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 170         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 171 \r
 172       int y = evt.getY();\r
 173       y -= hgap;\r
 174       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 175 \r
 176 \r
 177       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 178 \r
 179       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 180       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 181 \r
 182       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 183 \r
 184   }\r
 185   else\r
 186   {\r
 187       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 188   }\r
 189 \r
 190   return res;\r
 191 \r
 192  }\r
 193 \r
 194  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 195  {\r
 196 \r
 197    int seq = 0;\r
 198    int y = evt.getY();\r
 199 \r
 200    if (av.wrapAlignment)\r
 201    {\r
 202      int hgap = av.charHeight;\r
 203      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 204        hgap += av.charHeight;\r
 205 \r
 206      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 207          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 208 \r
 209        y -= hgap;\r
 210 \r
 211      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 212    }\r
 213    else\r
 214    {\r
 215      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 216    }\r
 217 \r
 218    return seq;\r
 219  }\r
 220 \r
 221 \r
 222   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 223   {\r
 224     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 225         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 226 \r
 227     int seq = findSeq(evt);\r
 228     int res = findRes(evt);\r
 229 \r
 230     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 231         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 232     {\r
 233       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 234       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 235       // in the alignment\r
 236 \r
 237       startseq = seq;\r
 238       lastres = res;\r
 239     }\r
 240     else\r
 241     {\r
 242       startseq = -1;\r
 243       lastres = -1;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     return;\r
 247   }\r
 248 \r
 249   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 250   {\r
 251     int res = findRes(evt);\r
 252     int seq = findSeq(evt);\r
 253 \r
 254     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 255     {\r
 256       return;\r
 257     }\r
 258 \r
 259     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 260     if (res > sequence.getLength())\r
 261     {\r
 262       return;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 266             sequence.getName());\r
 267 \r
 268     Object obj = null;\r
 269     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 270     {\r
 271       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 272           "");\r
 273       if(obj!=null)\r
 274         text.append(" Nucleotide: ");\r
 275     }\r
 276     else\r
 277     {\r
 278       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 279       if(obj!=null)\r
 280         text.append("  Residue: ");\r
 281     }\r
 282 \r
 283     if (obj != null)\r
 284     {\r
 285 \r
 286       if (obj != "")\r
 287       {\r
 288         text.append(obj + " (" +\r
 289                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 290       }\r
 291     }\r
 292 \r
 293     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 294     {\r
 295       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 296     }\r
 297 \r
 298 \r
 299     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 300     if (av.showSequenceFeatures && sequence.getSequenceFeatures()!=null)\r
 301     {\r
 302       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 303       Enumeration e = features.elements();\r
 304       text.append(" Sequence Feature: ");\r
 305 \r
 306       while (e.hasMoreElements())\r
 307       {\r
 308         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 309         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 310             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 311         {\r
 312           text.append(sf.getDescription());\r
 313           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 314           {\r
 315             text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 316           }\r
 317           text.append("; ");\r
 318         }\r
 319 \r
 320       }\r
 321     }\r
 322 \r
 323      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 324 \r
 325   }\r
 326 \r
 327   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 328   {\r
 329 \r
 330     // If we're dragging we're editing\r
 331     int res = findRes(evt);\r
 332     if (res < 0)\r
 333     {\r
 334       res = 0;\r
 335     }\r
 336 \r
 337     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 338     {\r
 339       return;\r
 340     }\r
 341 \r
 342     boolean dragRight = true;\r
 343     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 344     {\r
 345       dragRight = false;\r
 346     }\r
 347 \r
 348     if (res != lastres)\r
 349     {\r
 350       // Group editing\r
 351       if (groupEditing)\r
 352       {\r
 353         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 354         if (sg == null)\r
 355         {\r
 356           lastres = -1;\r
 357           return;\r
 358         }\r
 359 \r
 360         // drag to right\r
 361         if (dragRight)\r
 362         {\r
 363           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 364         }\r
 365 \r
 366         // drag to left\r
 367         else\r
 368         {\r
 369           /// Are we able to delete?\r
 370           // ie are all columns blank?\r
 371           boolean deleteAllowed = false;\r
 372           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 373           {\r
 374             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 375             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 376             {\r
 377               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 378               {\r
 379                 continue;\r
 380               }\r
 381 \r
 382               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 383               {\r
 384                 // Not a gap, block edit not valid\r
 385                 res = j + 1;\r
 386                 deleteAllowed = false;\r
 387                 continue;\r
 388               }\r
 389               deleteAllowed = true;\r
 390             }\r
 391           }\r
 392 \r
 393           if (!deleteAllowed)\r
 394           {\r
 395             lastres = -1;\r
 396             return;\r
 397           }\r
 398 \r
 399           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 400         }\r
 401 \r
 402         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 403         {\r
 404           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 405           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 406 \r
 407           // drag to right\r
 408           if (dragRight)\r
 409           {\r
 410             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 411             {\r
 412               insertChar(j, k);\r
 413             }\r
 414           }\r
 415 \r
 416           // drag to left\r
 417           else\r
 418           {\r
 419             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 420             {\r
 421               if (s.getLength() > j)\r
 422               {\r
 423                 deleteChar(res, k);\r
 424               }\r
 425             }\r
 426           }\r
 427         }\r
 428       }\r
 429       else /////Editing a single sequence///////////\r
 430       {\r
 431         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 432         {\r
 433           // dragging to the right\r
 434           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 435           {\r
 436             insertChar(j, startseq);\r
 437           }\r
 438         }\r
 439         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 440         {\r
 441           // dragging to the left\r
 442           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 443           {\r
 444             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 445                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 446             {\r
 447 \r
 448               deleteChar(res, startseq);\r
 449             }\r
 450             else\r
 451             {\r
 452 \r
 453               break;\r
 454             }\r
 455           }\r
 456         }\r
 457 \r
 458       }\r
 459     }\r
 460 \r
 461     endEdit = res;\r
 462     lastres = res;\r
 463     seqCanvas.repaint();\r
 464   }\r
 465 \r
 466   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 467   {\r
 468     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 469                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 470     seqCanvas.repaint();\r
 471   }\r
 472 \r
 473   public void insertChar(int j, int seq)\r
 474   {\r
 475     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 476     seqEditOccurred = seq;\r
 477   }\r
 478 \r
 479   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 480   {\r
 481 \r
 482     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 483     seqEditOccurred = seq;\r
 484     av.alignment.getWidth();\r
 485     repaint();\r
 486   }\r
 487 \r
 488   void editOccurred(int i)\r
 489   {\r
 490     if (endEdit == startEdit)\r
 491     {\r
 492         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 493         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 494     }\r
 495 \r
 496     av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 497   }\r
 498 \r
 499 //////////////////////////////////////////\r
 500 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 501 //////////////////////////////////////////\r
 502   int oldSeq = -1;\r
 503   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 504   {\r
 505     int res = findRes(evt);\r
 506     int seq = findSeq(evt);\r
 507     oldSeq = seq;\r
 508     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 509 \r
 510     if(seq==-1)\r
 511       return;\r
 512 \r
 513     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 514 \r
 515     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 516     {\r
 517       return;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 521 \r
 522     if (stretchGroup == null)\r
 523     {\r
 524       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 525       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 526           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 527       {\r
 528         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 529       }\r
 530       else\r
 531       {\r
 532         stretchGroup = null;\r
 533       }\r
 534     }\r
 535 \r
 536     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 537              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 538              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 539     {\r
 540       stretchGroup = null;\r
 541 \r
 542       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 543 \r
 544       if (allGroups != null)\r
 545       {\r
 546         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 547         {\r
 548           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 549               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 550           {\r
 551             stretchGroup = allGroups[i];\r
 552             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 553             break;\r
 554           }\r
 555         }\r
 556       }\r
 557     }\r
 558 \r
 559     if (stretchGroup == null)\r
 560     {\r
 561       // define a new group here\r
 562       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 563       sg.setStartRes(res);\r
 564       sg.setEndRes(res);\r
 565       sg.addSequence(sequence, false);\r
 566       av.setSelectionGroup(sg);\r
 567       stretchGroup = sg;\r
 568 \r
 569       if (av.getConservationSelected())\r
 570       {\r
 571         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 572                                           "Background");\r
 573       }\r
 574       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 575       {\r
 576         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 577                                        "Background");\r
 578       }\r
 579 \r
 580     }\r
 581 \r
 582     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 583     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 584              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 585     {\r
 586       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 587       this.add(popup);\r
 588       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 589     }\r
 590 \r
 591     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 592     {\r
 593       // Edit end res position of selected group\r
 594       changeEndRes = true;\r
 595     }\r
 596 \r
 597     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 598     {\r
 599       // Edit end res position of selected group\r
 600       changeStartRes = true;\r
 601     }\r
 602 \r
 603   }\r
 604 \r
 605   boolean changeEndSeq = false;\r
 606   boolean changeStartSeq = false;\r
 607   boolean changeEndRes = false;\r
 608   boolean changeStartRes = false;\r
 609   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 610 \r
 611   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 612   {\r
 613     if(mouseDragging)\r
 614      {\r
 615        stretchGroup.recalcConservation();\r
 616        mouseDragging = false;\r
 617      }\r
 618 \r
 619     if (stretchGroup == null)\r
 620     {\r
 621       return;\r
 622     }\r
 623 \r
 624     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 625     {\r
 626       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 627       {\r
 628         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 629                                           stretchGroup.getName());\r
 630       }\r
 631       else\r
 632       {\r
 633         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 634                                        stretchGroup.getName());\r
 635       }\r
 636     }\r
 637     changeEndRes = false;\r
 638     changeStartRes = false;\r
 639     stretchGroup = null;\r
 640     seqCanvas.repaint();\r
 641     ap.repaint();\r
 642   }\r
 643 \r
 644   boolean remove = false;\r
 645   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 646   {\r
 647     int res = findRes(evt);\r
 648     int y = findSeq(evt);\r
 649 \r
 650     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 651         return;\r
 652 \r
 653     if(y>=av.alignment.getHeight())\r
 654       y = av.alignment.getHeight()-1;\r
 655 \r
 656     if (stretchGroup == null)\r
 657     {\r
 658       return;\r
 659     }\r
 660 \r
 661     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 662     {\r
 663       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 664     }\r
 665 \r
 666     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 667     {\r
 668       // Edit end res position of selected group\r
 669       changeEndRes = true;\r
 670     }\r
 671 \r
 672     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 673     {\r
 674       // Edit start res position of selected group\r
 675       changeStartRes = true;\r
 676     }\r
 677 \r
 678     if (res < av.getStartRes())\r
 679     {\r
 680       res = av.getStartRes();\r
 681     }\r
 682     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 683     {\r
 684       res = av.getEndRes();\r
 685     }\r
 686 \r
 687     if (changeEndRes)\r
 688     {\r
 689       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 690       {\r
 691         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 692       }\r
 693     }\r
 694     else if (changeStartRes)\r
 695     {\r
 696       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 697       {\r
 698         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 699       }\r
 700     }\r
 701 \r
 702     int dragDirection = 0;\r
 703     if (y > oldSeq)\r
 704     {\r
 705       dragDirection = 1;\r
 706     }\r
 707     else if (y < oldSeq)\r
 708     {\r
 709       dragDirection = -1;\r
 710     }\r
 711 \r
 712     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 713     {\r
 714       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 715       // selection is quite slow.\r
 716       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 717 \r
 718       oldSeq += dragDirection;\r
 719       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 720 \r
 721       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 722       {\r
 723         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 724       }\r
 725       else\r
 726       {\r
 727         if (seq != null)\r
 728         {\r
 729           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 730         }\r
 731         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 732       }\r
 733     }\r
 734     oldSeq = y;\r
 735     mouseDragging = true;\r
 736     if (scrollThread != null)\r
 737     {\r
 738       scrollThread.setEvent(evt);\r
 739     }\r
 740 \r
 741     seqCanvas.repaint();\r
 742   }\r
 743 \r
 744   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 745   {\r
 746     if (scrollThread != null)\r
 747     {\r
 748       scrollThread.running = false;\r
 749     }\r
 750   }\r
 751 \r
 752   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 753   {\r
 754     if (mouseDragging)\r
 755     {\r
 756       scrollThread = new ScrollThread();\r
 757     }\r
 758   }\r
 759 \r
 760   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 761   class ScrollThread\r
 762       extends Thread\r
 763   {\r
 764     MouseEvent evt;\r
 765     boolean running = false;\r
 766     public ScrollThread()\r
 767     {\r
 768       start();\r
 769     }\r
 770 \r
 771     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 772     {\r
 773       evt = e;\r
 774     }\r
 775 \r
 776     public void stopScrolling()\r
 777     {\r
 778       running = false;\r
 779     }\r
 780 \r
 781     public void run()\r
 782     {\r
 783       running = true;\r
 784       while (running)\r
 785       {\r
 786         if (evt != null)\r
 787         {\r
 788 \r
 789           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 790           {\r
 791             running = ap.scrollUp(true);\r
 792           }\r
 793 \r
 794           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 795               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 796           {\r
 797             running = ap.scrollUp(false);\r
 798           }\r
 799 \r
 800           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 801           {\r
 802             running = ap.scrollRight(true);\r
 803           }\r
 804 \r
 805           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 806           {\r
 807             running = ap.scrollRight(false);\r
 808           }\r
 809         }\r
 810 \r
 811         try\r
 812         {\r
 813           Thread.sleep(75);\r
 814         }\r
 815         catch (Exception ex)\r
 816         {}\r
 817       }\r
 818     }\r
 819   }\r
 820 \r
 821 }\r