src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.structure.SelectionListener;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.SequenceListener;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.util.Comparison;
  43 import jalview.util.MappingUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  46
  47 import java.awt.BorderLayout;
  48 import java.awt.Font;
  49 import java.awt.FontMetrics;
  50 import java.awt.Panel;
  51 import java.awt.Point;
  52 import java.awt.event.InputEvent;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54 import java.awt.event.MouseListener;
  55 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  56 import java.util.Collections;
  57 import java.util.List;
  58 import java.util.Vector;
  59
  60 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  61         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  62 {
  63
  64   public SeqCanvas seqCanvas;
  65
  66   public AlignmentPanel ap;
  67
  68   protected int lastres;
  69
  70   protected int startseq;
  71
  72   protected AlignViewport av;
  73
  74   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  75   // conservation
  76   boolean seqEditOccurred = false;
  77
  78   ScrollThread scrollThread = null;
  79
  80   boolean mouseDragging = false;
  81
  82   boolean editingSeqs = false;
  83
  84   boolean groupEditing = false;
  85
  86   int oldSeq = -1;
  87
  88   boolean changeEndSeq = false;
  89
  90   boolean changeStartSeq = false;
  91
  92   boolean changeEndRes = false;
  93
  94   boolean changeStartRes = false;
  95
  96   SequenceGroup stretchGroup = null;
  97
  98   StringBuffer keyboardNo1;
  99
 100   StringBuffer keyboardNo2;
 101
 102   boolean mouseWheelPressed = false;
 103
 104   Point lastMousePress;
 105
 106   EditCommand editCommand;
 107
 108   StructureSelectionManager ssm;
 109
 110   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 111   {
 112     this.av = avp;
 113
 114     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 115     setLayout(new BorderLayout());
 116     add(seqCanvas);
 117
 118     ap = p;
 119
 120     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 121     seqCanvas.addMouseListener(this);
 122     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 123     ssm.addStructureViewerListener(this);
 124     ssm.addSelectionListener(this);
 125
 126     seqCanvas.repaint();
 127   }
 128
 129   void endEditing()
 130   {
 131     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 132     {
 133       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 134       av.firePropertyChange("alignment", null,
 135               av.getAlignment().getSequences());
 136     }
 137
 138     startseq = -1;
 139     lastres = -1;
 140     editingSeqs = false;
 141     groupEditing = false;
 142     keyboardNo1 = null;
 143     keyboardNo2 = null;
 144     editCommand = null;
 145   }
 146
 147   void setCursorRow()
 148   {
 149     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 150     scrollToVisible(true);
 151   }
 152
 153   void setCursorColumn()
 154   {
 155     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 156     scrollToVisible(true);
 157   }
 158
 159   void setCursorRowAndColumn()
 160   {
 161     if (keyboardNo2 == null)
 162     {
 163       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 164     }
 165     else
 166     {
 167       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 168       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 169       scrollToVisible(true);
 170     }
 171   }
 172
 173   void setCursorPosition()
 174   {
 175     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 176
 177     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 178     scrollToVisible(true);
 179   }
 180
 181   void moveCursor(int dx, int dy)
 182   {
 183     seqCanvas.cursorX += dx;
 184     seqCanvas.cursorY += dy;
 185     if (av.hasHiddenColumns() && !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 186             .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187     {
 188       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 189       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 190
 191       while (!av.getAlignment().getHiddenColumns()
 192               .isVisible(seqCanvas.cursorX) && seqCanvas.cursorX < maxWidth
 193               && seqCanvas.cursorX > 0)
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX += dx;
 196       }
 197
 198       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth || !av.getAlignment()
 199               .getHiddenColumns().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 200       {
 201         seqCanvas.cursorX = original;
 202       }
 203     }
 204     scrollToVisible(false);
 205   }
 206
 207   /**
 208    * Scroll to make the cursor visible in the viewport.
 209    *
 210    * @param jump
 211    *          just jump to the location rather than scrolling
 212    */
 213   void scrollToVisible(boolean jump)
 214   {
 215     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 216     {
 217       seqCanvas.cursorX = 0;
 218     }
 219     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 220     {
 221       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 222     }
 223
 224     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 225     {
 226       seqCanvas.cursorY = 0;
 227     }
 228     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 229     {
 230       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 231     }
 232
 233     endEditing();
 234
 235     boolean repaintNeeded = true;
 236     if (jump)
 237     {
 238       // only need to repaint if the viewport did not move, as otherwise it will
 239       // get a repaint
 240       repaintNeeded = !av.getRanges().setViewportLocation(seqCanvas.cursorX,
 241               seqCanvas.cursorY);
 242     }
 243     else
 244     {
 245       if (av.getWrapAlignment())
 246       {
 247         av.getRanges().scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 248       }
 249       else
 250       {
 251         av.getRanges().scrollToVisible(seqCanvas.cursorX,
 252                 seqCanvas.cursorY);
 253       }
 254     }
 255     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 256             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 257
 258     if (repaintNeeded)
 259     {
 260       seqCanvas.repaint();
 261     }
 262   }
 263
 264   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 265   {
 266     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 267
 268     if (av.getSelectionGroup() != null)
 269     {
 270       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 271       // Find the top and bottom of this group
 272       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 273       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 274       {
 275         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 276         if (index > max)
 277         {
 278           max = index;
 279         }
 280         if (index < min)
 281         {
 282           min = index;
 283         }
 284       }
 285
 286       max++;
 287
 288       if (topLeft)
 289       {
 290         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 291         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 292         {
 293           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 294         }
 295
 296         min = seqCanvas.cursorY;
 297       }
 298       else
 299       {
 300         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 301         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 302         {
 303           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 304         }
 305
 306         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 307       }
 308
 309       if (min > max)
 310       {
 311         // Only the user can do this
 312         av.setSelectionGroup(null);
 313       }
 314       else
 315       {
 316         // Now add any sequences between min and max
 317         sg.clear();
 318         for (int i = min; i < max; i++)
 319         {
 320           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 321         }
 322       }
 323     }
 324
 325     if (av.getSelectionGroup() == null)
 326     {
 327       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 328       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 329       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 330       sg.addSequence(sequence, false);
 331       av.setSelectionGroup(sg);
 332     }
 333     ap.paintAlignment(false, false);
 334     av.sendSelection();
 335   }
 336
 337   void insertGapAtCursor(boolean group)
 338   {
 339     groupEditing = group;
 340     startseq = seqCanvas.cursorY;
 341     lastres = seqCanvas.cursorX;
 342     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 343     endEditing();
 344   }
 345
 346   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 347   {
 348     groupEditing = group;
 349     startseq = seqCanvas.cursorY;
 350     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 351     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 352     endEditing();
 353   }
 354
 355   void numberPressed(char value)
 356   {
 357     if (keyboardNo1 == null)
 358     {
 359       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 360     }
 361
 362     if (keyboardNo2 != null)
 363     {
 364       keyboardNo2.append(value);
 365     }
 366     else
 367     {
 368       keyboardNo1.append(value);
 369     }
 370   }
 371
 372   int getKeyboardNo1()
 373   {
 374     try
 375     {
 376       if (keyboardNo1 != null)
 377       {
 378         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 379         keyboardNo1 = null;
 380         return value;
 381       }
 382     } catch (Exception x)
 383     {
 384     }
 385     keyboardNo1 = null;
 386     return 1;
 387   }
 388
 389   int getKeyboardNo2()
 390   {
 391     try
 392     {
 393       if (keyboardNo2 != null)
 394       {
 395         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 396         keyboardNo2 = null;
 397         return value;
 398       }
 399     } catch (Exception x)
 400     {
 401     }
 402     keyboardNo2 = null;
 403     return 1;
 404   }
 405
 406   /**
 407    * Set status message in alignment panel
 408    *
 409    * @param sequence
 410    *          aligned sequence object
 411    * @param column
 412    *          alignment column
 413    * @param seq
 414    *          index of sequence in alignment
 415    */
 416   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int column, int seq)
 417   {
 418     // TODO remove duplication of identical gui method
 419     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 420     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 421     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 422
 423     String residue = null;
 424     /*
 425      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 426      */
 427     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(column));
 428     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 429     {
 430       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 431       if (residue != null)
 432       {
 433         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 434       }
 435     }
 436     else
 437     {
 438       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 439               : ("*".equals(displayChar) ? "STOP"
 440                       : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
 441       if (residue != null)
 442       {
 443         text.append(" Residue: ").append(residue);
 444       }
 445     }
 446
 447     int pos = -1;
 448     if (residue != null)
 449     {
 450       pos = sequence.findPosition(column);
 451       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 452     }
 453
 454     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 459    * search results.
 460    *
 461    * @param results
 462    * @return true if results were matched, false if not
 463    */
 464   private boolean setStatusMessage(SearchResultsI results)
 465   {
 466     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 467     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 468     if (sequenceIndex == -1)
 469     {
 470       return false;
 471     }
 472     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 473     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 474     {
 475       SequenceI seq = m.getSequence();
 476       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 477       {
 478         seq = seq.getDatasetSequence();
 479       }
 480
 481       if (seq == ds)
 482       {
 483         /*
 484          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 485          * index (base 0)
 486          */
 487         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 488         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 489         return true;
 490       }
 491     }
 492     return false;
 493   }
 494
 495   @Override
 496   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 497   {
 498     lastMousePress = evt.getPoint();
 499
 500     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 501     // As the Button2_mask always seems to be true
 502     if ((evt.getModifiers()
 503             & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 504             && !av.MAC)
 505     {
 506       mouseWheelPressed = true;
 507       return;
 508     }
 509
 510     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 511     {
 512       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 513       {
 514         groupEditing = true;
 515       }
 516       editingSeqs = true;
 517     }
 518     else
 519     {
 520       doMousePressedDefineMode(evt);
 521       return;
 522     }
 523
 524     int seq = findSeq(evt);
 525     int res = findColumn(evt);
 526
 527     if (seq < 0 || res < 0)
 528     {
 529       return;
 530     }
 531
 532     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 533             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 534     {
 535       startseq = seq;
 536       lastres = res;
 537     }
 538     else
 539     {
 540       startseq = -1;
 541       lastres = -1;
 542     }
 543
 544     return;
 545   }
 546
 547   @Override
 548   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 549   {
 550     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 551     if (evt.getClickCount() > 1)
 552     {
 553       if (av.getSelectionGroup() != null
 554               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 555               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 556                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 557       {
 558         av.setSelectionGroup(null);
 559       }
 560
 561       int column = findColumn(evt);
 562       List<SequenceFeature> features = findFeaturesAtColumn(sequence,
 563               column + 1);
 564
 565       if (!features.isEmpty())
 566       {
 567         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 568         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(),
 569                 features.get(0).getEnd());
 570         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 571         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 572                 Collections.singletonList(sequence), features, false, ap);
 573         av.setSearchResults(null); // clear highlighting
 574         seqCanvas.repaint(); // draw new/amended features
 575       }
 576     }
 577   }
 578
 579   @Override
 580   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 581   {
 582     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 583     mouseDragging = false;
 584     mouseWheelPressed = false;
 585
 586     if (!editingSeqs)
 587     {
 588       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 589       return;
 590     }
 591
 592     endEditing();
 593
 594   }
 595
 596   int startWrapBlock = -1;
 597
 598   int wrappedBlock = -1;
 599
 600   /**
 601    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 602    * the closest visible one
 603    *
 604    * @param evt
 605    * @return
 606    */
 607   int findColumn(MouseEvent evt)
 608   {
 609     int res = 0;
 610     int x = evt.getX();
 611
 612     int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 613     if (av.getWrapAlignment())
 614     {
 615
 616       int hgap = av.getCharHeight();
 617       if (av.getScaleAboveWrapped())
 618       {
 619         hgap += av.getCharHeight();
 620       }
 621
 622       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 623               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 624
 625       int y = evt.getY();
 626       y -= hgap;
 627       x = Math.max(0, x - seqCanvas.LABEL_WEST);
 628
 629       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 630       if (cwidth < 1)
 631       {
 632         return 0;
 633       }
 634
 635       wrappedBlock = y / cHeight;
 636       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 637       int startOffset = startRes % cwidth; // in case start is scrolled right
 638                                            // from 0
 639       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 640               + +Math.min(cwidth - 1, x / av.getCharWidth());
 641     }
 642     else
 643     {
 644       res = (x / av.getCharWidth()) + startRes;
 645     }
 646
 647     if (av.hasHiddenColumns())
 648     {
 649       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 650               .adjustForHiddenColumns(res);
 651     }
 652
 653     return res;
 654
 655   }
 656
 657   int findSeq(MouseEvent evt)
 658   {
 659     final int sqnum = findAlRow(evt);
 660     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 661   }
 662
 663   /**
 664    *
 665    * @param evt
 666    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 667    */
 668   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 669   {
 670     int seq = 0;
 671     int y = evt.getY();
 672
 673     if (av.getWrapAlignment())
 674     {
 675       int hgap = av.getCharHeight();
 676       if (av.getScaleAboveWrapped())
 677       {
 678         hgap += av.getCharHeight();
 679       }
 680
 681       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 682               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 683
 684       y -= hgap;
 685
 686       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(),
 687               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 688       if (seq < 0)
 689       {
 690         seq = -1;
 691       }
 692     }
 693     else
 694     {
 695       seq = Math.min(
 696               (y / av.getCharHeight()) + av.getRanges().getStartSeq(),
 697               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 698       if (seq < 0)
 699       {
 700         seq = -1;
 701       }
 702     }
 703
 704     return seq;
 705   }
 706
 707   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 708   {
 709
 710     int seq = findSeq(evt);
 711     int res = findColumn(evt);
 712
 713     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 714             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 715     {
 716       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 717       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 718       // in the alignment
 719
 720       startseq = seq;
 721       lastres = res;
 722     }
 723     else
 724     {
 725       startseq = -1;
 726       lastres = -1;
 727     }
 728
 729     return;
 730   }
 731
 732   String lastMessage;
 733
 734   @Override
 735   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 736   {
 737     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 738     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 739     {
 740       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 741     }
 742
 743     lastMessage = tmp;
 744   }
 745
 746   @Override
 747   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 748   {
 749     if (av.isFollowHighlight())
 750     {
 751       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 752       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 753       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 754       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 755       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 756       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 757       {
 758         ap.alignFrame.repaint();
 759       }
 760       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 761     }
 762     setStatusMessage(results);
 763     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 764
 765   }
 766
 767   @Override
 768   public VamsasSource getVamsasSource()
 769   {
 770     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 771   }
 772
 773   @Override
 774   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 775   {
 776     System.out.println("update the seqPanel colours");
 777     // repaint();
 778   }
 779
 780   @Override
 781   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 782   {
 783     final int column = findColumn(evt);
 784     int seq = findSeq(evt);
 785
 786     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || column < 0)
 787     {
 788       if (tooltip != null)
 789       {
 790         tooltip.setTip("");
 791       }
 792       return;
 793     }
 794
 795     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 796     if (column > sequence.getLength())
 797     {
 798       if (tooltip != null)
 799       {
 800         tooltip.setTip("");
 801       }
 802       return;
 803     }
 804
 805     final char ch = sequence.getCharAt(column);
 806     boolean isGapped = Comparison.isGap(ch);
 807     // find residue at column (or nearest if at a gap)
 808     int respos = sequence.findPosition(column);
 809
 810     if (ssm != null && !isGapped)
 811     {
 812       mouseOverSequence(sequence, column, respos);
 813     }
 814
 815     StringBuilder text = new StringBuilder();
 816     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 817             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 818
 819     if (!isGapped)
 820     {
 821       if (av.getAlignment().isNucleotide())
 822       {
 823         String base = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 824         text.append(" Nucleotide: ").append(base == null ? ch : base);
 825       }
 826       else
 827       {
 828         String residue = (ch == 'x' || ch == 'X') ? "X"
 829                 : ResidueProperties.aa2Triplet.get(String.valueOf(ch));
 830         text.append(" Residue: ").append(residue == null ? ch : residue);
 831       }
 832       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 833     }
 834
 835     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 836
 837     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 838     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 839     if (groups != null)
 840     {
 841       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 842       {
 843         if (groups[g].getStartRes() <= column
 844                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 845         {
 846           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 847                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 848           {
 849             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 850           }
 851           if (groups[g].getDescription() != null)
 852           {
 853             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 854           }
 855           tooltipText.append("\n");
 856         }
 857       }
 858     }
 859
 860     /*
 861      * add feature details to tooltip, including any that straddle
 862      * a gapped position
 863      */
 864     if (av.isShowSequenceFeatures())
 865     {
 866       List<SequenceFeature> allFeatures = findFeaturesAtColumn(sequence,
 867               column + 1);
 868       for (SequenceFeature sf : allFeatures)
 869       {
 870         tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 871
 872         if (sf.getDescription() != null)
 873         {
 874           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 875         }
 876
 877         if (sf.getValue("status") != null)
 878         {
 879           String status = sf.getValue("status").toString();
 880           if (status.length() > 0)
 881           {
 882             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 883           }
 884         }
 885         tooltipText.append("\n");
 886       }
 887     }
 888
 889     if (tooltip == null)
 890     {
 891       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 892     }
 893     else
 894     {
 895       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 896     }
 897   }
 898
 899   /**
 900    * Returns features at the specified aligned column on the given sequence.
 901    * Non-positional features are not included. If the column has a gap, then
 902    * enclosing features are included (but not contact features).
 903    *
 904    * @param sequence
 905    * @param column
 906    *          (1..)
 907    * @return
 908    */
 909   List<SequenceFeature> findFeaturesAtColumn(SequenceI sequence, int column)
 910   {
 911     return seqCanvas.getFeatureRenderer().findFeaturesAtColumn(sequence, column);
 912   }
 913
 914   Tooltip tooltip;
 915
 916   /**
 917    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 918    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 919    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 920    * redraws can be applied
 921    */
 922   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 923
 924   @Override
 925   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 926   {
 927     if (mouseWheelPressed)
 928     {
 929       int oldWidth = av.getCharWidth();
 930
 931       // Which is bigger, left-right or up-down?
 932       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math
 933               .abs(evt.getX() - lastMousePress.x))
 934       {
 935         int fontSize = av.font.getSize();
 936
 937         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 938         {
 939           fontSize--;
 940         }
 941         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 942         {
 943           fontSize++;
 944         }
 945
 946         if (fontSize < 1)
 947         {
 948           fontSize = 1;
 949         }
 950
 951         av.setFont(
 952                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 953                 true);
 954         av.setCharWidth(oldWidth);
 955       }
 956       else
 957       {
 958         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 959         {
 960           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 961         }
 962         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 963         {
 964           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 965         }
 966
 967         if (av.getCharWidth() < 1)
 968         {
 969           av.setCharWidth(1);
 970         }
 971       }
 972
 973       ap.fontChanged();
 974
 975       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 976       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 977
 978       lastMousePress = evt.getPoint();
 979
 980       ap.paintAlignment(false, false);
 981       ap.annotationPanel.image = null;
 982       return;
 983     }
 984
 985     if (!editingSeqs)
 986     {
 987       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 988       return;
 989     }
 990
 991     int res = findColumn(evt);
 992
 993     if (res < 0)
 994     {
 995       res = 0;
 996     }
 997
 998     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 999     {
1000       return;
1001     }
1002
1003     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1004     {
1005       // dragLeft, delete gap
1006       editSequence(false, res);
1007     }
1008     else
1009     {
1010       editSequence(true, res);
1011     }
1012
1013     mouseDragging = true;
1014     if (scrollThread != null)
1015     {
1016       scrollThread.setEvent(evt);
1017     }
1018
1019   }
1020
1021   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1022   {
1023     int fixedLeft = -1;
1024     int fixedRight = -1;
1025     boolean fixedColumns = false;
1026     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1027
1028     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1029
1030     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1031     {
1032       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1033       {
1034         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1035         groupEditing = true;
1036       }
1037     }
1038
1039     StringBuffer message = new StringBuffer();
1040     if (groupEditing)
1041     {
1042       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group"))
1043               .append(":");
1044       if (editCommand == null)
1045       {
1046         editCommand = new EditCommand(
1047                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1048       }
1049     }
1050     else
1051     {
1052       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1053               .append(" " + seq.getName());
1054       String label = seq.getName();
1055       if (label.length() > 10)
1056       {
1057         label = label.substring(0, 10);
1058       }
1059       if (editCommand == null)
1060       {
1061         editCommand = new EditCommand(MessageManager
1062                 .formatMessage("label.edit_params", new String[]
1063                 { label }));
1064       }
1065     }
1066
1067     if (insertGap)
1068     {
1069       message.append(" insert ");
1070     }
1071     else
1072     {
1073       message.append(" delete ");
1074     }
1075
1076     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1077     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1078
1079     // Are we editing within a selection group?
1080     if (groupEditing || (sg != null
1081             && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences()).contains(seq)))
1082     {
1083       fixedColumns = true;
1084
1085       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1086       // but the sequence represents a group
1087       if (sg == null)
1088       {
1089         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1090         {
1091           endEditing();
1092           return;
1093         }
1094
1095         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1096       }
1097
1098       fixedLeft = sg.getStartRes();
1099       fixedRight = sg.getEndRes();
1100
1101       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1102               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1103               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1104               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1105       {
1106         endEditing();
1107         return;
1108       }
1109
1110       if (fixedLeft > startres)
1111       {
1112         fixedRight = fixedLeft - 1;
1113         fixedLeft = 0;
1114       }
1115       else if (fixedRight < startres)
1116       {
1117         fixedLeft = fixedRight;
1118         fixedRight = -1;
1119       }
1120     }
1121
1122     if (av.hasHiddenColumns())
1123     {
1124       fixedColumns = true;
1125       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1126               .getHiddenBoundaryLeft(startres);
1127       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1128               .getHiddenBoundaryRight(startres);
1129
1130       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1131               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1132       {
1133         endEditing();
1134         return;
1135       }
1136
1137       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1138       // Selection spans a hidden region
1139       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1140       {
1141         if (startres >= y2)
1142         {
1143           fixedLeft = y2;
1144         }
1145         else
1146         {
1147           fixedRight = y2 - 1;
1148         }
1149       }
1150     }
1151
1152     if (groupEditing)
1153     {
1154       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1155               .toArray(new SequenceI[0]);
1156
1157       // drag to right
1158       if (insertGap)
1159       {
1160         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1161         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1162         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1163                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1164         {
1165           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1166           fixedRight = sg.getEndRes();
1167         }
1168
1169         // Is it valid with fixed columns??
1170         // Find the next gap before the end
1171         // of the visible region boundary
1172         boolean blank = false;
1173         for (; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1174         {
1175           blank = true;
1176
1177           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1178           {
1179             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1180             {
1181               if (!jalview.util.Comparison
1182                       .isGap(gs.getCharAt(fixedRight - j)))
1183               {
1184                 blank = false;
1185                 break;
1186               }
1187             }
1188           }
1189           if (blank)
1190           {
1191             break;
1192           }
1193         }
1194
1195         if (!blank)
1196         {
1197           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1198           {
1199             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1200                     .getHiddenColumns().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1201             {
1202               endEditing();
1203               return;
1204             }
1205
1206             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1207             if (av.hasHiddenRows())
1208             {
1209               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1210                       .getWidth();
1211               if (hwidth > alWidth)
1212               {
1213                 alWidth = hwidth;
1214               }
1215             }
1216             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1217             // contains all the sequences
1218             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1219             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1220           }
1221           else
1222           {
1223             endEditing();
1224             return;
1225           }
1226         }
1227       }
1228
1229       // drag to left
1230       else if (!insertGap)
1231       {
1232         // / Are we able to delete?
1233         // ie are all columns blank?
1234
1235         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1236         {
1237           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1238           {
1239             if (gs.getLength() <= j)
1240             {
1241               continue;
1242             }
1243
1244             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1245             {
1246               // Not a gap, block edit not valid
1247               endEditing();
1248               return;
1249             }
1250           }
1251         }
1252       }
1253
1254       if (insertGap)
1255       {
1256         // dragging to the right
1257         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1258         {
1259           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1260           {
1261             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1262           }
1263         }
1264         else
1265         {
1266           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1267                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1268         }
1269       }
1270       else
1271       {
1272         // dragging to the left
1273         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1274         {
1275           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1276           {
1277             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1278           }
1279         }
1280         else
1281         {
1282           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1283                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1284         }
1285
1286       }
1287     }
1288     else
1289     // ///Editing a single sequence///////////
1290     {
1291       if (insertGap)
1292       {
1293         // dragging to the right
1294         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1295         {
1296           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1297           {
1298             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1299           }
1300         }
1301         else
1302         {
1303           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq },
1304                   lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1305         }
1306       }
1307       else
1308       {
1309         // dragging to the left
1310         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1311         {
1312           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1313           {
1314             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1315             {
1316               endEditing();
1317               break;
1318             }
1319             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1320           }
1321         }
1322         else
1323         {
1324           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1325           int max = 0;
1326           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1327           {
1328             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1329             {
1330               break;
1331             }
1332             max++;
1333           }
1334
1335           if (max > 0)
1336           {
1337             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1338                     new SequenceI[]
1339                     { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1340           }
1341         }
1342       }
1343     }
1344
1345     lastres = startres;
1346     seqCanvas.repaint();
1347   }
1348
1349   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1350   {
1351     int blankColumn = fixedColumn;
1352     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1353     {
1354       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1355       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1356
1357       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1358       {
1359         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1360         {
1361           // Theres a space, so break and insert the gap
1362           break;
1363         }
1364       }
1365
1366       if (blankColumn <= j)
1367       {
1368         blankColumn = fixedColumn;
1369         endEditing();
1370         return;
1371       }
1372     }
1373
1374     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1375             av.getAlignment(), true);
1376
1377     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1378             true);
1379
1380   }
1381
1382   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1383   {
1384
1385     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1386             true);
1387
1388     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1389             av.getAlignment(), true);
1390   }
1391
1392   // ////////////////////////////////////////
1393   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1394   // ////////////////////////////////////////
1395   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1396   {
1397     if (scrollThread != null)
1398     {
1399       scrollThread.threadRunning = false;
1400       scrollThread = null;
1401     }
1402
1403     int column = findColumn(evt);
1404     int seq = findSeq(evt);
1405     oldSeq = seq;
1406     startWrapBlock = wrappedBlock;
1407
1408     if (seq == -1)
1409     {
1410       return;
1411     }
1412
1413     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1414
1415     if (sequence == null || column > sequence.getLength())
1416     {
1417       return;
1418     }
1419
1420     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1421
1422     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, column))
1423     {
1424       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, column);
1425       if (stretchGroup != null)
1426       {
1427         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1428         // focus on
1429         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1430       }
1431     }
1432
1433     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1434     if ((evt.getModifiers()
1435             & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1436     {
1437       List<SequenceFeature> allFeatures = findFeaturesAtColumn(sequence,
1438               sequence.findPosition(column + 1));
1439
1440       Vector<String> links = null;
1441       for (SequenceFeature sf : allFeatures)
1442       {
1443         if (sf.links != null)
1444         {
1445           if (links == null)
1446           {
1447             links = new Vector<>();
1448           }
1449           links.addAll(sf.links);
1450         }
1451       }
1452       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1453       this.add(popup);
1454       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1455       return;
1456     }
1457
1458     if (av.cursorMode)
1459     {
1460       seqCanvas.cursorX = findColumn(evt);
1461       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1462       seqCanvas.repaint();
1463       return;
1464     }
1465
1466     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1467
1468     if (stretchGroup == null)
1469     {
1470       // define a new group here
1471       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1472       sg.setStartRes(column);
1473       sg.setEndRes(column);
1474       sg.addSequence(sequence, false);
1475       av.setSelectionGroup(sg);
1476       stretchGroup = sg;
1477
1478       if (av.getConservationSelected())
1479       {
1480         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1481                 ap.getViewName());
1482       }
1483       if (av.getAbovePIDThreshold())
1484       {
1485         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1486                 ap.getViewName());
1487       }
1488
1489     }
1490   }
1491
1492   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
1493   {
1494     if (stretchGroup == null)
1495     {
1496       return;
1497     }
1498     // always do this - annotation has own state
1499     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1500     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1501     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1502     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
1503             && afterDrag;
1504     if (stretchGroup.cs != null)
1505     {
1506       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1507               av.getHiddenRepSequences());
1508
1509       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1510       {
1511         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1512                 stretchGroup.getName());
1513       }
1514       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1515       {
1516         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1517                 stretchGroup.getName());
1518       }
1519     }
1520     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1521     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate, needOverviewUpdate);
1522     needOverviewUpdate = false;
1523     changeEndRes = false;
1524     changeStartRes = false;
1525     stretchGroup = null;
1526     av.sendSelection();
1527   }
1528
1529   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1530   {
1531     int res = findColumn(evt);
1532     int y = findSeq(evt);
1533
1534     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1535     {
1536       return;
1537     }
1538
1539     if (stretchGroup == null)
1540     {
1541       return;
1542     }
1543
1544     mouseDragging = true;
1545
1546     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1547     {
1548       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1549     }
1550
1551     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1552     {
1553       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1554     }
1555
1556     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1557     {
1558       // Edit end res position of selected group
1559       changeEndRes = true;
1560     }
1561     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1562     {
1563       // Edit start res position of selected group
1564       changeStartRes = true;
1565     }
1566
1567     if (res < 0)
1568     {
1569       res = 0;
1570     }
1571
1572     if (changeEndRes)
1573     {
1574       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1575       {
1576         stretchGroup.setEndRes(res);
1577         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1578       }
1579     }
1580     else if (changeStartRes)
1581     {
1582       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1583       {
1584         stretchGroup.setStartRes(res);
1585         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1586       }
1587     }
1588
1589     int dragDirection = 0;
1590
1591     if (y > oldSeq)
1592     {
1593       dragDirection = 1;
1594     }
1595     else if (y < oldSeq)
1596     {
1597       dragDirection = -1;
1598     }
1599
1600     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1601             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1602     {
1603       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1604       // selection is quite slow.
1605       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1606
1607       oldSeq += dragDirection;
1608
1609       if (oldSeq < 0)
1610       {
1611         break;
1612       }
1613
1614       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1615
1616       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1617       {
1618         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1619         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1620       }
1621       else
1622       {
1623         if (seq != null)
1624         {
1625           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1626         }
1627
1628         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1629         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1630       }
1631     }
1632
1633     if (oldSeq < 0)
1634     {
1635       oldSeq = -1;
1636     }
1637
1638     if (res > av.getRanges().getEndRes()
1639             || res < av.getRanges().getStartRes()
1640             || y < av.getRanges().getStartSeq()
1641             || y > av.getRanges().getEndSeq())
1642     {
1643       mouseExited(evt);
1644     }
1645
1646     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1647     {
1648       scrollThread.setEvent(evt);
1649     }
1650
1651     seqCanvas.repaint();
1652   }
1653
1654   @Override
1655   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1656   {
1657     if (oldSeq < 0)
1658     {
1659       oldSeq = 0;
1660     }
1661
1662     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1663     {
1664       scrollThread.stopScrolling();
1665       scrollThread = null;
1666     }
1667   }
1668
1669   @Override
1670   public void mouseExited(MouseEvent e)
1671   {
1672     if (av.getWrapAlignment())
1673     {
1674       return;
1675     }
1676
1677     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1678     {
1679       scrollThread = new ScrollThread();
1680     }
1681   }
1682
1683   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1684   {
1685     if (evt == null)
1686     {
1687       if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1688       {
1689         scrollThread.stopScrolling();
1690         scrollThread = null;
1691       }
1692       mouseDragging = false;
1693     }
1694     else
1695     {
1696       if (scrollThread == null)
1697       {
1698         scrollThread = new ScrollThread();
1699       }
1700
1701       mouseDragging = true;
1702       scrollThread.setEvent(evt);
1703     }
1704
1705   }
1706
1707   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1708   class ScrollThread extends Thread
1709   {
1710     MouseEvent evt;
1711
1712     private volatile boolean threadRunning = true;
1713
1714     public ScrollThread()
1715     {
1716       start();
1717     }
1718
1719     public void setEvent(MouseEvent e)
1720     {
1721       evt = e;
1722     }
1723
1724     public void stopScrolling()
1725     {
1726       threadRunning = false;
1727     }
1728
1729     public boolean isRunning()
1730     {
1731       return threadRunning;
1732     }
1733
1734     @Override
1735     public void run()
1736     {
1737       while (threadRunning)
1738       {
1739
1740         if (evt != null)
1741         {
1742
1743           if (mouseDragging && evt.getY() < 0
1744                   && av.getRanges().getStartSeq() > 0)
1745           {
1746             av.getRanges().scrollUp(true);
1747           }
1748
1749           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height && av
1750                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq())
1751           {
1752             av.getRanges().scrollUp(false);
1753           }
1754
1755           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1756           {
1757             av.getRanges().scrollRight(false);
1758           }
1759
1760           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1761           {
1762             av.getRanges().scrollRight(true);
1763           }
1764         }
1765
1766         try
1767         {
1768           Thread.sleep(75);
1769         } catch (Exception ex)
1770         {
1771         }
1772       }
1773     }
1774   }
1775
1776   /**
1777    * modify current selection according to a received message.
1778    */
1779   @Override
1780   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1781           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
1782   {
1783     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1784     // handles selection messages...
1785     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1786     // shared between viewports.
1787     if (av != null && (av == source || !av.followSelection
1788             || (source instanceof AlignViewport
1789                     && ((AlignmentViewport) source).getSequenceSetId()
1790                             .equals(av.getSequenceSetId()))))
1791     {
1792       return;
1793     }
1794
1795     /*
1796      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1797      * complement.
1798      */
1799     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
1800     {
1801       return;
1802     }
1803
1804     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1805     // suspect)
1806     /*
1807      * only copy colsel if there is a real intersection between
1808      * sequence selection and this panel's alignment
1809      */
1810     boolean repaint = false;
1811     boolean copycolsel = false;
1812     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1813     {
1814       SequenceGroup sgroup = null;
1815       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1816       {
1817         if (av.getAlignment() == null)
1818         {
1819           System.out.println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1820                   + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1821                   + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1822           return;
1823         }
1824         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1825                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1826         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1827         {
1828           copycolsel = true;
1829         }
1830       }
1831       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1832       {
1833         av.setSelectionGroup(sgroup);
1834       }
1835       else
1836       {
1837         av.setSelectionGroup(null);
1838       }
1839       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1840     }
1841     if (copycolsel && (av.getColumnSelection() == null
1842             || !av.isColSelChanged(true)))
1843     {
1844       // the current selection is unset or from a previous message
1845       // so import the new colsel.
1846       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1847       {
1848         if (av.getColumnSelection() != null)
1849         {
1850           av.getColumnSelection().clear();
1851         }
1852       }
1853       else
1854       {
1855         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1856         if (av.getColumnSelection() == null)
1857         {
1858           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1859         }
1860         else
1861         {
1862           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
1863                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
1864         }
1865       }
1866       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1867     }
1868     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns()
1869             && (av.getColumnSelection() == null))
1870     {
1871       System.err.println("Bad things");
1872     }
1873     if (repaint)
1874     {
1875       ap.scalePanelHolder.repaint();
1876       ap.repaint();
1877     }
1878   }
1879
1880   /**
1881    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1882    *
1883    * @param row
1884    * @param column
1885    */
1886   public void scrollTo(int row, int column)
1887   {
1888
1889     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1890     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1891     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1892   }
1893
1894   /**
1895    * scroll to the given row - or nearest visible location
1896    *
1897    * @param row
1898    */
1899   public void scrollToRow(int row)
1900   {
1901
1902     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1903     ap.scrollTo(ap.av.getRanges().getStartRes(),
1904             ap.av.getRanges().getStartRes(), row, true, true);
1905   }
1906
1907   /**
1908    * scroll to the given column - or nearest visible location
1909    *
1910    * @param column
1911    */
1912   public void scrollToColumn(int column)
1913   {
1914
1915     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1916     ap.scrollTo(column, column, ap.av.getRanges().getStartSeq(), true,
1917             true);
1918   }
1919
1920   /**
1921    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1922    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1923    * returns false.
1924    *
1925    * @param seqsel
1926    * @param colsel
1927    * @param source
1928    */
1929   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1930           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
1931           SelectionSource source)
1932   {
1933     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1934     {
1935       return false;
1936     }
1937     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1938     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1939             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1940     {
1941       return false;
1942     }
1943
1944     /*
1945      * Map sequence selection
1946      */
1947     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1948     av.setSelectionGroup(sg);
1949     av.isSelectionGroupChanged(true);
1950
1951     /*
1952      * Map column selection
1953      */
1954     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1955     // av);
1956     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
1957     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
1958     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
1959     av.setColumnSelection(cs);
1960     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
1961
1962     ap.scalePanelHolder.repaint();
1963     ap.repaint();
1964
1965     return true;
1966   }
1967
1968 }