src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  64     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  65 \r
  66     seqCanvas.repaint();\r
  67   }\r
  68 \r
  69 \r
  70      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  71      {\r
  72        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  73        {\r
  74          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  75          {\r
  76            groupEditing = true;\r
  77          }\r
  78 \r
  79          editingSeqs = true;\r
  80          doMousePressed(evt);\r
  81        }\r
  82        else\r
  83        {\r
  84          doMousePressedDefineMode(evt);\r
  85        }\r
  86      }\r
  87 \r
  88      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
  89 \r
  90 \r
  91   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  92   {\r
  93     if (!editingSeqs)\r
  94     {\r
  95       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  96       return;\r
  97     }\r
  98 \r
  99 \r
 100     if (seqEditOccurred > -1)\r
 101     {\r
 102       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 103     }\r
 104 \r
 105     startseq = -1;\r
 106     lastres = -1;\r
 107     seqEditOccurred = -1;\r
 108     editingSeqs = false;\r
 109     groupEditing = false;\r
 110     ap.repaint();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   int startWrapBlock=-1;\r
 114   int wrappedBlock=-1;\r
 115   int findRes(MouseEvent evt)\r
 116  {\r
 117    int res = 0;\r
 118    int x = evt.getX();\r
 119 \r
 120   if (av.wrapAlignment)\r
 121   {\r
 122 \r
 123     int hgap = av.charHeight;\r
 124     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 125       hgap += av.charHeight;\r
 126 \r
 127     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 128         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 129 \r
 130       int y = evt.getY();\r
 131       y -= hgap;\r
 132       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 133 \r
 134 \r
 135       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 136 \r
 137       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 138       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 139 \r
 140       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 141 \r
 142   }\r
 143   else\r
 144   {\r
 145       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 146   }\r
 147 \r
 148   return res;\r
 149 \r
 150  }\r
 151 \r
 152  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 153  {\r
 154 \r
 155    int seq = 0;\r
 156    int y = evt.getY();\r
 157 \r
 158    if (av.wrapAlignment)\r
 159    {\r
 160      int hgap = av.charHeight;\r
 161      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 162        hgap += av.charHeight;\r
 163 \r
 164      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 165          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 166 \r
 167        y -= hgap;\r
 168 \r
 169      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 170    }\r
 171    else\r
 172    {\r
 173      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 174    }\r
 175 \r
 176    return seq;\r
 177  }\r
 178 \r
 179 \r
 180   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 181   {\r
 182     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 183         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 184 \r
 185     int seq = findSeq(evt);\r
 186     int res = findRes(evt);\r
 187 \r
 188     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 189         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 190     {\r
 191       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 192       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 193       // in the alignment\r
 194 \r
 195       startseq = seq;\r
 196       lastres = res;\r
 197     }\r
 198     else\r
 199     {\r
 200       startseq = -1;\r
 201       lastres = -1;\r
 202     }\r
 203 \r
 204     return;\r
 205   }\r
 206 \r
 207   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 208   {\r
 209     int res = findRes(evt);\r
 210     int seq = findSeq(evt);\r
 211 \r
 212     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 213     {\r
 214       return;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 218     if (res > sequence.getLength())\r
 219     {\r
 220       return;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 224             sequence.getName());\r
 225 \r
 226     Object obj = null;\r
 227     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 228     {\r
 229       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 230           "");\r
 231       if(obj!=null)\r
 232         text.append(" Nucleotide: ");\r
 233     }\r
 234     else\r
 235     {\r
 236       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 237       if(obj!=null)\r
 238         text.append("  Residue: ");\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (obj != null)\r
 242     {\r
 243 \r
 244       if (obj != "")\r
 245       {\r
 246         text.append(obj + " (" +\r
 247                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 248       }\r
 249     }\r
 250 \r
 251     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 252     {\r
 253       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 254     }\r
 255 \r
 256 \r
 257     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 258     if (av.showSequenceFeatures && sequence.getSequenceFeatures()!=null)\r
 259     {\r
 260       int index = 0;\r
 261       sequence.getSequenceFeatures();\r
 262       boolean first = true;\r
 263       while (index < sequence.getSequenceFeatures().length)\r
 264       {\r
 265         SequenceFeature sf = sequence.getSequenceFeatures()[index];\r
 266         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 267             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 268         {\r
 269           if(!av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 270            {\r
 271              index++;\r
 272              continue;\r
 273            }\r
 274 \r
 275           if(first)\r
 276           {\r
 277             text.append(" Sequence Feature:");\r
 278             first = false;\r
 279           }\r
 280 \r
 281           text.append(" "+sf.getType());\r
 282 \r
 283           if(sf.getDescription()!=null)\r
 284             text.append(" "+sf.getDescription());\r
 285 \r
 286           if (sf.getStatus()!=null && sf.getStatus().length() > 0)\r
 287           {\r
 288             text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 289           }\r
 290           text.append("; ");\r
 291         }\r
 292 \r
 293         index++;\r
 294 \r
 295       }\r
 296     }\r
 297 \r
 298      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 299 \r
 300   }\r
 301 \r
 302   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 303   {\r
 304     if (!editingSeqs)\r
 305     {\r
 306       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 307       return;\r
 308     }\r
 309 \r
 310     // If we're dragging we're editing\r
 311     int res = findRes(evt);\r
 312     if (res < 0)\r
 313     {\r
 314       res = 0;\r
 315     }\r
 316 \r
 317     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 318     {\r
 319       return;\r
 320     }\r
 321 \r
 322     boolean dragRight = true;\r
 323     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 324     {\r
 325       dragRight = false;\r
 326     }\r
 327 \r
 328     if (res != lastres)\r
 329     {\r
 330       // Group editing\r
 331       if (groupEditing)\r
 332       {\r
 333         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 334         if (sg == null)\r
 335         {\r
 336           lastres = -1;\r
 337           return;\r
 338         }\r
 339 \r
 340         // drag to right\r
 341         if (dragRight)\r
 342         {\r
 343           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 344         }\r
 345 \r
 346         // drag to left\r
 347         else\r
 348         {\r
 349           /// Are we able to delete?\r
 350           // ie are all columns blank?\r
 351           boolean deleteAllowed = false;\r
 352           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 353           {\r
 354             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 355             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 356             {\r
 357               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 358               {\r
 359                 continue;\r
 360               }\r
 361 \r
 362               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 363               {\r
 364                 // Not a gap, block edit not valid\r
 365                 res = j + 1;\r
 366                 deleteAllowed = false;\r
 367                 continue;\r
 368               }\r
 369               deleteAllowed = true;\r
 370             }\r
 371           }\r
 372 \r
 373           if (!deleteAllowed)\r
 374           {\r
 375             lastres = -1;\r
 376             return;\r
 377           }\r
 378 \r
 379           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 380         }\r
 381 \r
 382         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 383         {\r
 384           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 385           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 386 \r
 387           // drag to right\r
 388           if (dragRight)\r
 389           {\r
 390             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 391             {\r
 392               insertChar(j, k);\r
 393             }\r
 394           }\r
 395 \r
 396           // drag to left\r
 397           else\r
 398           {\r
 399             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 400             {\r
 401               if (s.getLength() > j)\r
 402               {\r
 403                 deleteChar(res, k);\r
 404               }\r
 405             }\r
 406           }\r
 407         }\r
 408       }\r
 409       else /////Editing a single sequence///////////\r
 410       {\r
 411         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 412         {\r
 413           // dragging to the right\r
 414           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 415           {\r
 416             insertChar(j, startseq);\r
 417           }\r
 418         }\r
 419         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 420         {\r
 421           // dragging to the left\r
 422           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 423           {\r
 424             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 425                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 426             {\r
 427 \r
 428               deleteChar(res, startseq);\r
 429             }\r
 430             else\r
 431             {\r
 432 \r
 433               break;\r
 434             }\r
 435           }\r
 436         }\r
 437 \r
 438       }\r
 439     }\r
 440 \r
 441     endEdit = res;\r
 442     lastres = res;\r
 443     seqCanvas.repaint();\r
 444   }\r
 445 \r
 446   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 447   {\r
 448     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,  0);\r
 449     seqCanvas.repaint();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   public void insertChar(int j, int seq)\r
 453   {\r
 454     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 455     seqEditOccurred = seq;\r
 456   }\r
 457 \r
 458   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 459   {\r
 460 \r
 461     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 462     seqEditOccurred = seq;\r
 463     av.alignment.getWidth();\r
 464     repaint();\r
 465   }\r
 466 \r
 467   void editOccurred(int i)\r
 468   {\r
 469     if (endEdit == startEdit)\r
 470     {\r
 471         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 472         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 473     }\r
 474 \r
 475     av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 476   }\r
 477 \r
 478 //////////////////////////////////////////\r
 479 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 480 //////////////////////////////////////////\r
 481   int oldSeq = -1;\r
 482   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 483   {\r
 484     int res = findRes(evt);\r
 485     int seq = findSeq(evt);\r
 486     oldSeq = seq;\r
 487     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 488 \r
 489     if(seq==-1)\r
 490       return;\r
 491 \r
 492     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 493 \r
 494     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 495     {\r
 496       return;\r
 497     }\r
 498 \r
 499     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 500 \r
 501     if (stretchGroup == null)\r
 502     {\r
 503       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 504       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 505           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 506       {\r
 507         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 508       }\r
 509       else\r
 510       {\r
 511         stretchGroup = null;\r
 512       }\r
 513     }\r
 514 \r
 515     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 516              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 517              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 518     {\r
 519       stretchGroup = null;\r
 520 \r
 521       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 522 \r
 523       if (allGroups != null)\r
 524       {\r
 525         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 526         {\r
 527           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 528               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 529           {\r
 530             stretchGroup = allGroups[i];\r
 531             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 532             break;\r
 533           }\r
 534         }\r
 535       }\r
 536     }\r
 537 \r
 538     if (stretchGroup == null)\r
 539     {\r
 540       // define a new group here\r
 541       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 542       sg.setStartRes(res);\r
 543       sg.setEndRes(res);\r
 544       sg.addSequence(sequence, false);\r
 545       av.setSelectionGroup(sg);\r
 546       stretchGroup = sg;\r
 547 \r
 548       if (av.getConservationSelected())\r
 549       {\r
 550         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 551                                           "Background");\r
 552       }\r
 553       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 554       {\r
 555         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 556                                        "Background");\r
 557       }\r
 558 \r
 559     }\r
 560 \r
 561     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 562     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 563              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 564     {\r
 565       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 566       this.add(popup);\r
 567       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 568     }\r
 569 \r
 570     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 571     {\r
 572       // Edit end res position of selected group\r
 573       changeEndRes = true;\r
 574     }\r
 575 \r
 576     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 577     {\r
 578       // Edit end res position of selected group\r
 579       changeStartRes = true;\r
 580     }\r
 581 \r
 582   }\r
 583 \r
 584   boolean changeEndSeq = false;\r
 585   boolean changeStartSeq = false;\r
 586   boolean changeEndRes = false;\r
 587   boolean changeStartRes = false;\r
 588   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 589 \r
 590   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 591   {\r
 592     if(mouseDragging)\r
 593      {\r
 594        stretchGroup.recalcConservation();\r
 595        mouseDragging = false;\r
 596      }\r
 597 \r
 598     if (stretchGroup == null)\r
 599     {\r
 600       return;\r
 601     }\r
 602 \r
 603     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 604     {\r
 605       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 606       {\r
 607         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 608                                           stretchGroup.getName());\r
 609       }\r
 610       else\r
 611       {\r
 612         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 613                                        stretchGroup.getName());\r
 614       }\r
 615     }\r
 616     changeEndRes = false;\r
 617     changeStartRes = false;\r
 618     stretchGroup = null;\r
 619     seqCanvas.repaint();\r
 620     ap.repaint();\r
 621   }\r
 622 \r
 623   boolean remove = false;\r
 624   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 625   {\r
 626     int res = findRes(evt);\r
 627     int y = findSeq(evt);\r
 628 \r
 629     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 630         return;\r
 631 \r
 632     if(y>=av.alignment.getHeight())\r
 633       y = av.alignment.getHeight()-1;\r
 634 \r
 635     if (stretchGroup == null)\r
 636     {\r
 637       return;\r
 638     }\r
 639 \r
 640     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 641     {\r
 642       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 643     }\r
 644 \r
 645     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 646     {\r
 647       // Edit end res position of selected group\r
 648       changeEndRes = true;\r
 649     }\r
 650 \r
 651     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 652     {\r
 653       // Edit start res position of selected group\r
 654       changeStartRes = true;\r
 655     }\r
 656 \r
 657     if (res < av.getStartRes())\r
 658     {\r
 659       res = av.getStartRes();\r
 660     }\r
 661     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 662     {\r
 663       res = av.getEndRes();\r
 664     }\r
 665 \r
 666     if (changeEndRes)\r
 667     {\r
 668       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 669       {\r
 670         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 671       }\r
 672     }\r
 673     else if (changeStartRes)\r
 674     {\r
 675       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 676       {\r
 677         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 678       }\r
 679     }\r
 680 \r
 681     int dragDirection = 0;\r
 682     if (y > oldSeq)\r
 683     {\r
 684       dragDirection = 1;\r
 685     }\r
 686     else if (y < oldSeq)\r
 687     {\r
 688       dragDirection = -1;\r
 689     }\r
 690 \r
 691     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 692     {\r
 693       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 694       // selection is quite slow.\r
 695       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 696 \r
 697       oldSeq += dragDirection;\r
 698       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 699 \r
 700       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 701       {\r
 702         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 703       }\r
 704       else\r
 705       {\r
 706         if (seq != null)\r
 707         {\r
 708           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 709         }\r
 710         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 711       }\r
 712     }\r
 713     oldSeq = y;\r
 714     mouseDragging = true;\r
 715     if (scrollThread != null)\r
 716     {\r
 717       scrollThread.setEvent(evt);\r
 718     }\r
 719 \r
 720     seqCanvas.repaint();\r
 721   }\r
 722 \r
 723   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 724   {\r
 725     if (editingSeqs && scrollThread != null)\r
 726     {\r
 727       scrollThread.running = false;\r
 728     }\r
 729   }\r
 730 \r
 731   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 732   {\r
 733     if (mouseDragging)\r
 734     {\r
 735       scrollThread = new ScrollThread();\r
 736     }\r
 737   }\r
 738 \r
 739   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 740   class ScrollThread\r
 741       extends Thread\r
 742   {\r
 743     MouseEvent evt;\r
 744     boolean running = false;\r
 745     public ScrollThread()\r
 746     {\r
 747       start();\r
 748     }\r
 749 \r
 750     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 751     {\r
 752       evt = e;\r
 753     }\r
 754 \r
 755     public void stopScrolling()\r
 756     {\r
 757       running = false;\r
 758     }\r
 759 \r
 760     public void run()\r
 761     {\r
 762       running = true;\r
 763       while (running)\r
 764       {\r
 765         if (evt != null)\r
 766         {\r
 767 \r
 768           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 769           {\r
 770             running = ap.scrollUp(true);\r
 771           }\r
 772 \r
 773           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 774               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 775           {\r
 776             running = ap.scrollUp(false);\r
 777           }\r
 778 \r
 779           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 780           {\r
 781             running = ap.scrollRight(true);\r
 782           }\r
 783 \r
 784           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 785           {\r
 786             running = ap.scrollRight(false);\r
 787           }\r
 788         }\r
 789 \r
 790         try\r
 791         {\r
 792           Thread.sleep(75);\r
 793         }\r
 794         catch (Exception ex)\r
 795         {}\r
 796       }\r
 797     }\r
 798   }\r
 799 \r
 800 }\r