src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.jbappletgui.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 public class SliderPanel\r
  32     extends GSliderPanel\r
  33 {\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   boolean forConservation = true;\r
  36   ColourSchemeI cs;\r
  37 \r
  38   static Frame conservationSlider;\r
  39   static Frame PIDSlider;\r
  40 \r
  41   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
  42                                           String source)\r
  43   {\r
  44     SliderPanel sp = null;\r
  45 \r
  46     if (conservationSlider == null)\r
  47     {\r
  48       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
  49       conservationSlider = new Frame();\r
  50       conservationSlider.add(sp);\r
  51     }\r
  52     else\r
  53     {\r
  54       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);\r
  55       sp.cs = cs;\r
  56     }\r
  57 \r
  58     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source +\r
  59                                 ")");\r
  60     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
  61     {\r
  62       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
  63     }\r
  64     else\r
  65     {\r
  66       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     return sp.getValue();\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public static void showConservationSlider()\r
  73   {\r
  74     try\r
  75     {\r
  76       PIDSlider.setVisible(false);\r
  77       PIDSlider = null;\r
  78     }\r
  79     catch (Exception ex)\r
  80     {}\r
  81 \r
  82     if (!conservationSlider.isVisible())\r
  83     {\r
  84       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,\r
  85                                        conservationSlider.getTitle(), 420, 100);\r
  86       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  87       {\r
  88         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
  89         {\r
  90           conservationSlider = null;\r
  91         }\r
  92       });\r
  93 \r
  94     }\r
  95 \r
  96   }\r
  97 \r
  98   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
  99                                        String source)\r
 100   {\r
 101     SliderPanel pid = null;\r
 102     if (PIDSlider == null)\r
 103     {\r
 104       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);\r
 105       PIDSlider = new Frame();\r
 106       PIDSlider.add(pid);\r
 107     }\r
 108     else\r
 109     {\r
 110       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);\r
 111       pid.cs = cs;\r
 112     }\r
 113     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 114 \r
 115     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 116     {\r
 117       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 118     }\r
 119     else\r
 120     {\r
 121       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 122     }\r
 123 \r
 124     return pid.getValue();\r
 125 \r
 126   }\r
 127 \r
 128   public static void showPIDSlider()\r
 129   {\r
 130     try\r
 131     {\r
 132       conservationSlider.setVisible(false);\r
 133       conservationSlider = null;\r
 134     }\r
 135     catch (Exception ex)\r
 136     {}\r
 137 \r
 138     if (!PIDSlider.isVisible())\r
 139     {\r
 140       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420,\r
 141                                        100);\r
 142       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 143       {\r
 144         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 145         {\r
 146           PIDSlider = null;\r
 147         }\r
 148       });\r
 149     }\r
 150 \r
 151   }\r
 152 \r
 153   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
 154                      ColourSchemeI cs)\r
 155   {\r
 156     this.ap = ap;\r
 157     this.cs = cs;\r
 158     forConservation = forConserve;\r
 159     undoButton.setVisible(false);\r
 160     applyButton.setVisible(false);\r
 161     if (forConservation)\r
 162     {\r
 163       label.setText("Modify conservation visibility");\r
 164       slider.setMinimum(0);\r
 165       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());\r
 166       slider.setUnitIncrement(1);\r
 167     }\r
 168     else\r
 169     {\r
 170       label.setText("Colour residues above % occurence");\r
 171       slider.setMinimum(0);\r
 172       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());\r
 173       slider.setBlockIncrement(1);\r
 174     }\r
 175 \r
 176     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
 177     {\r
 178       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 179       {\r
 180         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 181         valueChanged(slider.getValue());\r
 182       }\r
 183     });\r
 184 \r
 185     slider.setValue(value);\r
 186     valueField.setText(value + "");\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void valueChanged(int i)\r
 190   {\r
 191     if (cs == null)\r
 192     {\r
 193       return;\r
 194     }\r
 195 \r
 196     ColourSchemeI toChange = null;\r
 197     Vector allGroups = null;\r
 198     int groupIndex = 0;\r
 199 \r
 200     if (allGroupsCheck.getState())\r
 201     {\r
 202       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 203       groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 204     }\r
 205     else\r
 206     {\r
 207       toChange = cs;\r
 208     }\r
 209 \r
 210     while (groupIndex > -1)\r
 211     {\r
 212       if (allGroups != null)\r
 213       {\r
 214         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;\r
 215       }\r
 216 \r
 217       if (forConservation)\r
 218       {\r
 219         toChange.setConservationInc(i);\r
 220       }\r
 221       else\r
 222       {\r
 223         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 224       }\r
 225 \r
 226       groupIndex--;\r
 227     }\r
 228 \r
 229     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 230 \r
 231   }\r
 232 \r
 233   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 234   {\r
 235     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 236   }\r
 237 \r
 238   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 239   {\r
 240     try\r
 241     {\r
 242       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 243       slider.setValue(i);\r
 244     }\r
 245     catch (Exception ex)\r
 246     {\r
 247       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 248     }\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public void setValue(int value)\r
 252   {\r
 253     slider.setValue(value);\r
 254   }\r
 255 \r
 256   public int getValue()\r
 257   {\r
 258     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 259   }\r
 260 \r
 261 }\r