src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   SequenceI[] seq;\r
  34   String type;\r
  35   String pwtype;\r
  36   int start;\r
  37   int end;\r
  38   TreeCanvas treeCanvas;\r
  39   NJTree tree;\r
  40   AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   public NJTree getTree()\r
  43   {\r
  44     return tree;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   /**\r
  48    * Creates a new TreePanel object.\r
  49    *\r
  50    * @param av DOCUMENT ME!\r
  51    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  52    * @param type DOCUMENT ME!\r
  53    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  54    * @param s DOCUMENT ME!\r
  55    * @param e DOCUMENT ME!\r
  56    */\r
  57   public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)\r
  58   {\r
  59     try\r
  60     {\r
  61       jbInit();\r
  62       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  63     }\r
  64     catch (Exception ex)\r
  65     {\r
  66       ex.printStackTrace();\r
  67     }\r
  68 \r
  69     initTreePanel(av, type, pwtype, null);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /**\r
  73    * Creates a new TreePanel object.\r
  74    *\r
  75    * @param av DOCUMENT ME!\r
  76    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  77    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  78    * @param type DOCUMENT ME!\r
  79    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  80    */\r
  81   public TreePanel(AlignViewport av,\r
  82                    String type,\r
  83                    String pwtype,\r
  84                    NewickFile newtree)\r
  85   {\r
  86     try\r
  87     {\r
  88       jbInit();\r
  89       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  90     }\r
  91     catch (Exception e)\r
  92     {\r
  93       e.printStackTrace();\r
  94     }\r
  95 \r
  96     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);\r
  97   }\r
  98 \r
  99 \r
 100   void initTreePanel(AlignViewport av,\r
 101                      String type,\r
 102                      String pwtype,\r
 103                      NewickFile newTree)\r
 104   {\r
 105 \r
 106     this.av = av;\r
 107     this.type = type;\r
 108     this.pwtype = pwtype;\r
 109 \r
 110     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 111     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 112 \r
 113 \r
 114     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 115     tl.start();\r
 116 \r
 117   }\r
 118 \r
 119   void showOriginalData()\r
 120   {\r
 121     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to warrant a new window to be created\r
 122     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions yields unaligned seqs)\r
 123     // or create a selection box around columns in alignment view\r
 124     // test Alignment(SeqCigar[])\r
 125     Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(av.\r
 126         getGapCharacter());\r
 127 \r
 128     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0]!=null)\r
 129      {\r
 130        Alignment al = new Alignment( (SequenceI[]) alAndColsel[0]);\r
 131        AlignFrame af = new AlignFrame(al,\r
 132              av.applet,\r
 133              "Original Data for Tree",\r
 134              false);\r
 135 \r
 136       af.viewport.setHiddenColumns( (ColumnSelection) alAndColsel[1] );\r
 137      }\r
 138   }\r
 139 \r
 140   class TreeLoader extends Thread\r
 141   {\r
 142     NewickFile newtree;\r
 143     jalview.datamodel.AlignmentView odata=null;\r
 144 \r
 145     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 146     {\r
 147       this.newtree = newtree;\r
 148     }\r
 149 \r
 150     public void run()\r
 151     {\r
 152       if(newtree!=null)\r
 153       {\r
 154         if (odata == null)\r
 155           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(),\r
 156                             newtree);\r
 157         else\r
 158           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(), odata, newtree);\r
 159 \r
 160         }\r
 161         else\r
 162         {\r
 163           int start, end;\r
 164           SequenceI [] seqs;\r
 165           AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(av.getSelectionGroup()!=null);\r
 166           if(av.getSelectionGroup()==null)\r
 167           {\r
 168             start = 0;\r
 169             end = av.alignment.getWidth();\r
 170             seqs = av.alignment.getSequencesArray();\r
 171           }\r
 172           else\r
 173           {\r
 174             start = av.getSelectionGroup().getStartRes();\r
 175             end = av.getSelectionGroup().getEndRes()+1;\r
 176             seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);\r
 177           }\r
 178 \r
 179           tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);\r
 180         }\r
 181 \r
 182       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 183       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 184       treeCanvas.setTree(tree);\r
 185       if(newtree!=null)\r
 186       {\r
 187         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 188         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 189         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 190         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 191       }\r
 192 \r
 193 \r
 194       treeCanvas.repaint();\r
 195 \r
 196       av.setCurrentTree(tree);\r
 197 \r
 198     }\r
 199   }\r
 200 \r
 201   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 202   {\r
 203     if(evt.getSource()==newickOutput)\r
 204       newickOutput_actionPerformed();\r
 205     else if(evt.getSource()==fontSize)\r
 206       fontSize_actionPerformed();\r
 207     else if(evt.getSource()==inputData)\r
 208       showOriginalData();\r
 209   }\r
 210 \r
 211   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 212   {\r
 213     if(evt.getSource()==fitToWindow)\r
 214       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 215 \r
 216     else if(evt.getSource()==distanceMenu)\r
 217       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 218 \r
 219     else if(evt.getSource()==bootstrapMenu)\r
 220       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 221 \r
 222     else if(evt.getSource()==placeholdersMenu)\r
 223       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 224 \r
 225     treeCanvas.repaint();\r
 226   }\r
 227 \r
 228 \r
 229   public void newickOutput_actionPerformed()\r
 230   {\r
 231     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 232     String output = fout.print(false, true);\r
 233     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 234     cap.setText(output);\r
 235     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 236     frame.add(cap);\r
 237     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 238   }\r
 239 \r
 240   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 241   {\r
 242     return treeCanvas.font;\r
 243   }\r
 244 \r
 245   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 246   {\r
 247     treeCanvas.font = font;\r
 248     treeCanvas.repaint();\r
 249   }\r
 250 \r
 251   protected void fontSize_actionPerformed()\r
 252   {\r
 253      if( treeCanvas==null )\r
 254         return;\r
 255 \r
 256     new FontChooser(this);\r
 257   }\r
 258 \r
 259 \r
 260 \r
 261 \r
 262   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 263   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 264   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 265   Menu jMenu2 = new Menu();\r
 266   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
 267   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 268   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 269   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 270   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
 271   Menu fileMenu = new Menu();\r
 272   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
 273   MenuItem inputData = new MenuItem();\r
 274 \r
 275   private void jbInit() throws Exception {\r
 276       setLayout(borderLayout1);\r
 277       this.setBackground(Color.white);\r
 278       this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 279       jMenu2.setLabel("View");\r
 280       fontSize.setLabel("Font...");\r
 281       fontSize.addActionListener(this);\r
 282       bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
 283       bootstrapMenu.addItemListener(this);\r
 284       distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
 285       distanceMenu.addItemListener(this);\r
 286       placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
 287       placeholdersMenu.addItemListener(this);\r
 288       fitToWindow.setState(true);\r
 289       fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
 290       fitToWindow.addItemListener(this);\r
 291       fileMenu.setLabel("File");\r
 292       newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
 293       newickOutput.addActionListener(this);\r
 294     inputData.setLabel("Input Data...");\r
 295 \r
 296     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 297       jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 298       jMenuBar1.add(jMenu2);\r
 299       jMenu2.add(fitToWindow);\r
 300       jMenu2.add(fontSize);\r
 301       jMenu2.add(distanceMenu);\r
 302       jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
 303       jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
 304     fileMenu.add(newickOutput);\r
 305     fileMenu.add(inputData);\r
 306     inputData.addActionListener(this);\r
 307   }\r
 308 \r
 309 }\r