src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.renderer.ResidueShader;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  27 import jalview.schemes.FeatureColour;
  28 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  29 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.Button;
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.Component;
  35 import java.awt.Container;
  36 import java.awt.Dialog;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.Frame;
  39 import java.awt.GridLayout;
  40 import java.awt.Label;
  41 import java.awt.Panel;
  42 import java.awt.Rectangle;
  43 import java.awt.Scrollbar;
  44 import java.awt.TextField;
  45 import java.awt.event.ActionEvent;
  46 import java.awt.event.ActionListener;
  47 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  48 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  49 import java.awt.event.FocusEvent;
  50 import java.awt.event.FocusListener;
  51 import java.awt.event.MouseEvent;
  52 import java.util.Vector;
  53
  54 public class UserDefinedColours extends Panel implements ActionListener,
  55         AdjustmentListener, FocusListener
  56 {
  57
  58   AlignmentPanel ap;
  59
  60   SequenceGroup seqGroup;
  61
  62   Button selectedButton;
  63
  64   Vector<Color> oldColours = new Vector<Color>();
  65
  66   ColourSchemeI oldColourScheme;
  67
  68   Frame frame;
  69
  70   MCview.AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  71
  72   AppletJmol jmol;
  73
  74   Dialog dialog;
  75
  76   Object caller;
  77
  78   String originalLabel;
  79
  80   FeatureColourI originalColour;
  81
  82   int R = 0, G = 0, B = 0;
  83
  84   public ColourSchemeI loadDefaultColours()
  85   {
  86     // NOT IMPLEMENTED YET IN APPLET VERSION
  87     return null;
  88   }
  89
  90   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  91   {
  92     this.ap = ap;
  93     seqGroup = sg;
  94
  95     if (seqGroup != null)
  96     {
  97       oldColourScheme = seqGroup.getColourScheme();
  98     }
  99     else
 100     {
 101       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
 102     }
 103
 104     init();
 105   }
 106
 107   public UserDefinedColours(MCview.AppletPDBCanvas pdb)
 108   {
 109     this.pdbcanvas = pdb;
 110     init();
 111   }
 112
 113   public UserDefinedColours(AppletJmol jmol)
 114   {
 115     this.jmol = jmol;
 116     init();
 117   }
 118
 119   public UserDefinedColours(FeatureRenderer fr, Frame alignframe)
 120   {
 121     caller = fr;
 122     originalColour = new FeatureColour(fr.colourPanel.getBackground());
 123     originalLabel = "Feature Colour";
 124     setForDialog("Select Feature Colour", alignframe);
 125     setTargetColour(fr.colourPanel.getBackground());
 126     dialog.setVisible(true);
 127   }
 128
 129   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe)
 130   {
 131     this(caller, col1, alignframe, "Select Colour");
 132   }
 133
 134   /**
 135    * Makes a dialog to choose the colour
 136    *
 137    * @param caller
 138    *          - handles events
 139    * @param col
 140    *          - original colour
 141    * @param alignframe
 142    *          - the parent Frame for the dialog
 143    * @param title
 144    *          - window title
 145    */
 146   public UserDefinedColours(Component caller, Color col, Frame alignframe,
 147           String title)
 148   {
 149     this.caller = caller;
 150     originalColour = new FeatureColour(col);
 151     originalLabel = title;
 152     setForDialog(title, alignframe);
 153     setTargetColour(col);
 154     dialog.setVisible(true);
 155   }
 156
 157   /**
 158    * feature colour chooser
 159    *
 160    * @param caller
 161    * @param label
 162    * @param colour
 163    */
 164   public UserDefinedColours(Object caller, String label, Color colour)
 165   {
 166     this(caller, label, new FeatureColour(colour), colour);
 167   }
 168
 169   /**
 170    * feature colour chooser when changing style to single color
 171    *
 172    * @param me
 173    * @param type
 174    * @param graduatedColor
 175    */
 176   public UserDefinedColours(FeatureSettings me, String type,
 177           FeatureColourI graduatedColor)
 178   {
 179     this(me, type, graduatedColor, graduatedColor.getMaxColour());
 180   }
 181
 182   private UserDefinedColours(Object caller, String label,
 183           FeatureColourI ocolour, Color colour)
 184   {
 185     this.caller = caller;
 186     originalColour = ocolour;
 187     originalLabel = label;
 188     init();
 189     remove(buttonPanel);
 190
 191     setTargetColour(colour);
 192
 193     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 113, 400, 35));
 194     frame.setTitle(MessageManager.getString("label.user_defined_colours")
 195             + " - " + label);
 196     frame.setSize(420, 200);
 197   }
 198
 199   void setForDialog(String title, Container alignframe)
 200   {
 201     init();
 202     frame.setVisible(false);
 203     remove(buttonPanel);
 204     if (alignframe instanceof Frame)
 205     {
 206       dialog = new Dialog((Frame) alignframe, title, true);
 207     }
 208     else
 209     {
 210       // if (alignframe instanceof JVDialog){
 211       // // not 1.1 compatible!
 212       // dialog = new Dialog(((JVDialog)alignframe), title, true);
 213       // } else {
 214       throw new Error(
 215               MessageManager
 216                       .getString("label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme"));
 217     }
 218
 219     dialog.add(this);
 220     this.setSize(400, 123);
 221     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 35));
 222     int height = 160 + alignframe.getInsets().top + getInsets().bottom;
 223     int width = 400;
 224
 225     dialog.setBounds(alignframe.getBounds().x
 226             + (alignframe.getSize().width - width) / 2,
 227             alignframe.getBounds().y
 228                     + (alignframe.getSize().height - height) / 2, width,
 229             height);
 230
 231   }
 232
 233   @Override
 234   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 235   {
 236     final Object source = evt.getSource();
 237     if (source == okButton)
 238     {
 239       okButton_actionPerformed();
 240     }
 241     else if (source == applyButton)
 242     {
 243       applyButton_actionPerformed();
 244     }
 245     else if (source == cancelButton)
 246     {
 247       cancelButton_actionPerformed();
 248     }
 249     else if (source == rText)
 250     {
 251       rText_actionPerformed();
 252     }
 253     else if (source == gText)
 254     {
 255       gText_actionPerformed();
 256     }
 257     else if (source == bText)
 258     {
 259       bText_actionPerformed();
 260     }
 261   }
 262
 263   @Override
 264   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 265   {
 266     if (evt.getSource() == rScroller)
 267     {
 268       rScroller_adjustmentValueChanged();
 269     }
 270     else if (evt.getSource() == gScroller)
 271     {
 272       gScroller_adjustmentValueChanged();
 273     }
 274     else if (evt.getSource() == bScroller)
 275     {
 276       bScroller_adjustmentValueChanged();
 277     }
 278   }
 279
 280   void init()
 281   {
 282     try
 283     {
 284       jbInit();
 285     } catch (Exception e)
 286     {
 287       e.printStackTrace();
 288     }
 289     frame = new Frame();
 290     frame.add(this);
 291     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 292             MessageManager.getString("label.user_defined_colours"), 420,
 293             345);
 294
 295     if (seqGroup != null)
 296     {
 297       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 298     }
 299
 300     for (int i = 0; i < 20; i++)
 301     {
 302       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 303               + "", ResidueProperties.aa[i]);
 304     }
 305
 306     makeButton("B", "B");
 307     makeButton("Z", "Z");
 308     makeButton("X", "X");
 309     makeButton("Gap", "'.','-',' '");
 310
 311     validate();
 312   }
 313
 314   protected void rText_actionPerformed()
 315   {
 316     try
 317     {
 318       int i = Integer.parseInt(rText.getText());
 319       rScroller.setValue(i);
 320       rScroller_adjustmentValueChanged();
 321     } catch (NumberFormatException ex)
 322     {
 323     }
 324   }
 325
 326   protected void gText_actionPerformed()
 327   {
 328     try
 329     {
 330       int i = Integer.parseInt(gText.getText());
 331       gScroller.setValue(i);
 332       gScroller_adjustmentValueChanged();
 333     } catch (NumberFormatException ex)
 334     {
 335     }
 336
 337   }
 338
 339   protected void bText_actionPerformed()
 340   {
 341     try
 342     {
 343       int i = Integer.parseInt(bText.getText());
 344       bScroller.setValue(i);
 345       bScroller_adjustmentValueChanged();
 346     } catch (NumberFormatException ex)
 347     {
 348     }
 349
 350   }
 351
 352   protected void rScroller_adjustmentValueChanged()
 353   {
 354     R = rScroller.getValue();
 355     rText.setText(R + "");
 356     colourChanged();
 357   }
 358
 359   protected void gScroller_adjustmentValueChanged()
 360   {
 361     G = gScroller.getValue();
 362     gText.setText(G + "");
 363     colourChanged();
 364   }
 365
 366   protected void bScroller_adjustmentValueChanged()
 367   {
 368     B = bScroller.getValue();
 369     bText.setText(B + "");
 370     colourChanged();
 371   }
 372
 373   public void colourChanged()
 374   {
 375     Color col = new Color(R, G, B);
 376     target.setBackground(col);
 377     target.repaint();
 378
 379     if (selectedButton != null)
 380     {
 381       selectedButton.setBackground(col);
 382       selectedButton.repaint();
 383     }
 384   }
 385
 386   void setTargetColour(Color col)
 387   {
 388     R = col.getRed();
 389     G = col.getGreen();
 390     B = col.getBlue();
 391
 392     rScroller.setValue(R);
 393     gScroller.setValue(G);
 394     bScroller.setValue(B);
 395     rText.setText(R + "");
 396     gText.setText(G + "");
 397     bText.setText(B + "");
 398     colourChanged();
 399   }
 400
 401   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 402   {
 403     selectedButton = (Button) e.getSource();
 404     setTargetColour(selectedButton.getBackground());
 405   }
 406
 407   void makeButton(String label, String aa)
 408   {
 409     final Button button = new Button();
 410     Color col = Color.white;
 411     if (oldColourScheme != null && oldColourScheme.isSimple())
 412     {
 413       col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), 0, null, null, 0f);
 414     }
 415     button.setBackground(col);
 416     oldColours.addElement(col);
 417     button.setLabel(label);
 418     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 419     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));
 420     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 421     {
 422       @Override
 423       public void mousePressed(MouseEvent e)
 424       {
 425         colourButtonPressed(e);
 426       }
 427     });
 428
 429     buttonPanel.add(button, null);
 430   }
 431
 432   protected void okButton_actionPerformed()
 433   {
 434     applyButton_actionPerformed();
 435     if (dialog != null)
 436     {
 437       dialog.setVisible(false);
 438     }
 439
 440     frame.setVisible(false);
 441   }
 442
 443   public Color getColor()
 444   {
 445     return new Color(R, G, B);
 446   }
 447
 448   protected void applyButton_actionPerformed()
 449   {
 450     if (caller != null)
 451     {
 452       if (caller instanceof FeatureSettings)
 453       {
 454         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel,
 455                 new FeatureColour(getColor()));
 456       }
 457       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 458       {
 459         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 460         {
 461           ((AnnotationColourChooser) caller)
 462                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 463         }
 464         else
 465         {
 466           ((AnnotationColourChooser) caller)
 467                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 468         }
 469       }
 470       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 471       {
 472         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel
 473                 .updateColor(new FeatureColour(getColor()));
 474       }
 475       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 476       {
 477         if (originalLabel.indexOf("inimum") > -1)
 478         {
 479           ((FeatureColourChooser) caller)
 480                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 481         }
 482         else
 483         {
 484           ((FeatureColourChooser) caller)
 485                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 486         }
 487       }
 488
 489       return;
 490     }
 491
 492     Color[] newColours = new Color[24];
 493     for (int i = 0; i < 24; i++)
 494     {
 495       Button button = (Button) buttonPanel.getComponent(i);
 496       newColours[i] = button.getBackground();
 497     }
 498
 499     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 500     // if (ap != null)
 501     // {
 502     // ucs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 503     // }
 504
 505     if (ap != null)
 506     {
 507       if (seqGroup != null)
 508       {
 509         seqGroup.cs = new ResidueShader(ucs);
 510         seqGroup.getGroupColourScheme().setThreshold(0,
 511                 ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 512       }
 513       else
 514       {
 515         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 516         ap.av.getViewportColourScheme().setThreshold(0,
 517                 ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 518       }
 519       ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;
 520       ap.paintAlignment(true);
 521     }
 522     else if (jmol != null)
 523     {
 524       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 525     }
 526     else if (pdbcanvas != null)
 527     {
 528       pdbcanvas.setColours(ucs);
 529     }
 530   }
 531
 532   protected void cancelButton_actionPerformed()
 533   {
 534     if (caller != null)
 535     {
 536       if (caller instanceof FeatureSettings)
 537       {
 538         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel,
 539                 originalColour);
 540       }
 541       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 542       {
 543         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 544         {
 545           ((AnnotationColourChooser) caller)
 546                   .minColour_actionPerformed(originalColour.getColour());
 547         }
 548         else
 549         {
 550           ((AnnotationColourChooser) caller)
 551                   .maxColour_actionPerformed(originalColour.getColour());
 552         }
 553       }
 554       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 555       {
 556         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(originalColour);
 557
 558       }
 559
 560       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 561       {
 562         if (originalLabel.indexOf("inimum") > -1)
 563         {
 564           ((FeatureColourChooser) caller)
 565                   .minColour_actionPerformed(originalColour.getColour());
 566         }
 567         else
 568         {
 569           ((FeatureColourChooser) caller)
 570                   .maxColour_actionPerformed(originalColour.getColour());
 571         }
 572       }
 573       if (dialog != null)
 574       {
 575         dialog.setVisible(false);
 576       }
 577
 578       frame.setVisible(false);
 579       return;
 580     }
 581
 582     Color[] newColours = new Color[24];
 583     for (int i = 0; i < 24; i++)
 584     {
 585       newColours[i] = oldColours.elementAt(i);
 586       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);
 587     }
 588
 589     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 590
 591     if (ap != null)
 592     {
 593       if (seqGroup != null)
 594       {
 595         seqGroup.cs = new ResidueShader(ucs);
 596       }
 597       else
 598       {
 599         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 600       }
 601       ap.paintAlignment(true);
 602     }
 603     else if (jmol != null)
 604     {
 605       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 606     }
 607     else if (pdbcanvas != null)
 608     {
 609       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);
 610     }
 611
 612     frame.setVisible(false);
 613   }
 614
 615   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 616
 617   protected GridLayout gridLayout = new GridLayout();
 618
 619   Panel okcancelPanel = new Panel();
 620
 621   protected Button okButton = new Button();
 622
 623   protected Button applyButton = new Button();
 624
 625   protected Button cancelButton = new Button();
 626
 627   protected Scrollbar rScroller = new Scrollbar();
 628
 629   Label label1 = new Label();
 630
 631   protected TextField rText = new TextField();
 632
 633   Label label4 = new Label();
 634
 635   protected Scrollbar gScroller = new Scrollbar();
 636
 637   protected TextField gText = new TextField();
 638
 639   Label label5 = new Label();
 640
 641   protected Scrollbar bScroller = new Scrollbar();
 642
 643   protected TextField bText = new TextField();
 644
 645   protected Panel target = new Panel();
 646
 647   private void jbInit() throws Exception
 648   {
 649     this.setLayout(null);
 650     buttonPanel.setLayout(gridLayout);
 651     gridLayout.setColumns(6);
 652     gridLayout.setRows(4);
 653     okButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 654     okButton.setLabel(MessageManager.getString("action.ok"));
 655     okButton.addActionListener(this);
 656     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 657     applyButton.setLabel(MessageManager.getString("action.apply"));
 658     applyButton.addActionListener(this);
 659     cancelButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 660     cancelButton.setLabel(MessageManager.getString("action.cancel"));
 661     cancelButton.addActionListener(this);
 662     this.setBackground(new Color(212, 208, 223));
 663     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 265, 400, 35));
 664     buttonPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 142));
 665     rScroller.setMaximum(256);
 666     rScroller.setMinimum(0);
 667     rScroller.setOrientation(0);
 668     rScroller.setUnitIncrement(1);
 669     rScroller.setVisibleAmount(1);
 670     rScroller.setBounds(new Rectangle(36, 27, 119, 19));
 671     rScroller.addAdjustmentListener(this);
 672     label1.setAlignment(Label.RIGHT);
 673     label1.setText("R");
 674     label1.setBounds(new Rectangle(19, 30, 16, 15));
 675     rText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 676     rText.setText("0        ");
 677     rText.setBounds(new Rectangle(156, 27, 53, 19));
 678     rText.addActionListener(this);
 679     rText.addFocusListener(this);
 680     label4.setAlignment(Label.RIGHT);
 681     label4.setText("G");
 682     label4.setBounds(new Rectangle(15, 56, 20, 15));
 683     gScroller.setMaximum(256);
 684     gScroller.setMinimum(0);
 685     gScroller.setOrientation(0);
 686     gScroller.setUnitIncrement(1);
 687     gScroller.setVisibleAmount(1);
 688     gScroller.setBounds(new Rectangle(35, 52, 120, 20));
 689     gScroller.addAdjustmentListener(this);
 690     gText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 691     gText.setText("0        ");
 692     gText.setBounds(new Rectangle(156, 52, 53, 20));
 693     gText.addActionListener(this);
 694     gText.addFocusListener(this);
 695     label5.setAlignment(Label.RIGHT);
 696     label5.setText("B");
 697     label5.setBounds(new Rectangle(14, 82, 20, 15));
 698     bScroller.setMaximum(256);
 699     bScroller.setMinimum(0);
 700     bScroller.setOrientation(0);
 701     bScroller.setUnitIncrement(1);
 702     bScroller.setVisibleAmount(1);
 703     bScroller.setBounds(new Rectangle(35, 78, 120, 20));
 704     bScroller.addAdjustmentListener(this);
 705     bText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 706     bText.setText("0        ");
 707     bText.setBounds(new Rectangle(157, 78, 52, 20));
 708     bText.addActionListener(this);
 709     bText.addFocusListener(this);
 710     target.setBackground(Color.black);
 711     target.setBounds(new Rectangle(229, 26, 134, 79));
 712     this.add(okcancelPanel, null);
 713     okcancelPanel.add(okButton, null);
 714     okcancelPanel.add(applyButton, null);
 715     okcancelPanel.add(cancelButton, null);
 716     this.add(rText);
 717     this.add(gText);
 718     this.add(bText);
 719     this.add(buttonPanel, null);
 720     this.add(target, null);
 721     this.add(gScroller);
 722     this.add(rScroller);
 723     this.add(bScroller);
 724     this.add(label5);
 725     this.add(label4);
 726     this.add(label1);
 727   }
 728
 729   @Override
 730   public void focusGained(FocusEvent e)
 731   {
 732     // noop
 733   }
 734
 735   /**
 736    * This method applies any change to an RGB value if the user tabs out of the
 737    * field instead of pressing Enter
 738    */
 739   @Override
 740   public void focusLost(FocusEvent e)
 741   {
 742     Component c = e.getComponent();
 743     if (c == rText)
 744     {
 745       rText_actionPerformed();
 746     }
 747     else
 748     {
 749       if (c == gText)
 750       {
 751         gText_actionPerformed();
 752       }
 753       else
 754       {
 755         if (c == bText)
 756         {
 757           bText_actionPerformed();
 758         }
 759       }
 760     }
 761   }
 762
 763 }