src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.gui.UserDefinedColours;
  25 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  27 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  28 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  29 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  30 import jalview.util.ColorUtils;
  31 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  32
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.io.BufferedReader;
  35 import java.io.File;
  36 import java.io.FileInputStream;
  37 import java.io.FileOutputStream;
  38 import java.io.InputStream;
  39 import java.io.InputStreamReader;
  40 import java.text.DateFormat;
  41 import java.text.SimpleDateFormat;
  42 import java.util.Collections;
  43 import java.util.Date;
  44 import java.util.Enumeration;
  45 import java.util.Locale;
  46 import java.util.Properties;
  47 import java.util.StringTokenizer;
  48 import java.util.TreeSet;
  49
  50 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  51 import org.apache.log4j.Level;
  52 import org.apache.log4j.Logger;
  53 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  54
  55 /**
  56  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  57  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  58  * are alternative values for a tag. <br>
  59  * <br>
  60  * Current properties include:
  61  * <ul>
  62  * <br>
  63  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  64  * logging level for axis (used for web services) <br>
  65  * </li>
  66  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  67  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  68  * </li>
  69  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  70  * </li>
  71  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  72  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  73  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  74  * <li>SCREEN_X=371</li>
  75  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  76  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  77  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  78  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always
  79  * italic)</li>
  80  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  81  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  82  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  83  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  84  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  85  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  86  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  87  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  88  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  89  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
  90  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
  91  * sequence annotations</li>
  92  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  93  * annotation row</li>
  94  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  95  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  96  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  97  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  98  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  99  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
 100  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
 101  * www.jalview.org</li>
 102  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
 103  * descriptions</li>
 104  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
 105  * suffix to file</li>
 106  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 107  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 108  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 109  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 110  * <li>PROXY_PORT</li>
 111  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 112  * service</li>
 113  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 114  * service</li>
 115  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 116  * collecting usage statistics</li>
 117  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 118  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 119  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 120  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 121  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 122  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 123  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 124  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 125  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 126  * style check</li>
 127  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 128  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 129  * $SEQUENCE_ID$</li>
 130  * <li>STORED_LINKS list of name|url pairs which user has entered but are not
 131  * currently used
 132  * <li>DEFAULT_LINK name of single url to be used when user double clicks a
 133  * sequence id (must be in SEQUENCE_LINKS or STORED_LINKS)
 134  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 135  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 136  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 137  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 138  * (false)</li>
 139  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 140  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 141  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 142  * ID tooltip</li>
 143  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 144  * ID tooltip</li>
 145  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 146  * displayed as '.'</li>
 147  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 148  * order of a newly displayed tree</li>
 149  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 150  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 151  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 152  * alignment.</li>
 153  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 154  * in the alignment.</li>
 155  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 156  * histogram.</li>
 157  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 158  * logo.</li>
 159  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 160  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 161  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 162  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 163  * </li>
 164  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 165  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 166  * warning dialog box is displayed.</li>
 167  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 168  * when shading by annotation</li>
 169  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 170  * when shading by annotation</li>
 171  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 172  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 173  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 174  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 175  * label.</li>
 176  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 177  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 178  * will override this).</li>
 179  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 180  * record</li>
 181  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 182  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 183  * display</li>
 184  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 185  * display</li>
 186  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 187  * display</li>
 188  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 189  * <li>ID_ORG_HOSTURL location of jalview service providing identifiers.org urls
 190  * </li>
 191  *
 192  * </ul>
 193  * Deprecated settings:
 194  * <ul>
 195  * *
 196  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 197  * startup (JWS1 services only)</li>
 198  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 199  * (JWS1 services only)</li>
 200  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 201  * services in the desktop GUI</li>
 202  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 203  * panel in web service preferences</li>
 204  * </ul>
 205  *
 206  * @author $author$
 207  * @version $Revision$
 208  */
 209 public class Cache
 210 {
 211   /**
 212    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 213    */
 214   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 215
 216   /**
 217    * property giving log4j level for AXIS loggers
 218    */
 219   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 220
 221   /**
 222    * property giving log4j level for Jalview Log
 223    */
 224   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 225
 226   /**
 227    * Sifts settings
 228    */
 229   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 230           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
 231           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 232
 233   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 234
 235   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 236
 237   /**
 238    * Identifiers.org download settings
 239    */
 240   private static final String ID_ORG_FILE = System.getProperty("user.home")
 241           + File.separatorChar + ".identifiers.org.ids.json";
 242
 243   /**
 244    * Allowed values are PDB or mmCIF
 245    */
 246   private final static String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = PDBEntry.Type.MMCIF
 247           .toString();
 248
 249   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.StructureParser.JMOL_PARSER
 250           .toString();
 251
 252   /*
 253    * a date formatter using a fixed (rather than the user's) locale;
 254    * this ensures that date properties can be written and re-read successfully
 255    * even if the user changes their locale setting
 256    */
 257   private static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 258           .getDateTimeInstance(SimpleDateFormat.MEDIUM,
 259                   SimpleDateFormat.MEDIUM, Locale.UK);
 260
 261   /**
 262    * Initialises the Jalview Application Log
 263    */
 264   public static Logger log;
 265
 266   /** Jalview Properties */
 267   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 268   {
 269     // override results in properties output in alphabetical order
 270     @Override
 271     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 272     {
 273       return Collections.enumeration(new TreeSet<>(super.keySet()));
 274     }
 275   };
 276
 277   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 278   static String propertiesFile;
 279
 280   private static boolean propsAreReadOnly = false;
 281
 282   public static void initLogger()
 283   {
 284     if (log != null)
 285     {
 286       return;
 287     }
 288     try
 289     {
 290       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 291       // the log
 292
 293       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 294               "System.err");
 295       ap.setName("JalviewLogger");
 296       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 297       // log output
 298       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 299       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 300       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 301
 302       laxis.setLevel(Level.toLevel(
 303               Cache.getDefault("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString())));
 304       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 305               Level.INFO.toString())));
 306       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 307       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 308               Level.INFO.toString())));
 309       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 310       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 311       // Level.INFO.toString())));
 312       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache
 313               .getDefault("logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 314       // laxis.addAppender(ap);
 315       // lcastor.addAppender(ap);
 316       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 317       // Tell the user that debug is enabled
 318       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 319     } catch (Exception ex)
 320     {
 321       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 322       ex.printStackTrace(System.err);
 323     }
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Loads properties from the given properties file. Any existing properties
 328    * are first cleared.
 329    */
 330   public static void loadProperties(String propsFile)
 331   {
 332     propertiesFile = propsFile;
 333     if (propsFile == null)
 334     {
 335       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 336               + ".jalview_properties";
 337     }
 338     else
 339     {
 340       // don't corrupt the file we've been given.
 341       propsAreReadOnly = true;
 342     }
 343
 344     try
 345     {
 346       InputStream fis;
 347       try
 348       {
 349         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 350         System.out.println(
 351                 "Loading jalview properties from : " + propertiesFile);
 352         System.out.println(
 353                 "Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 354         propsAreReadOnly = true;
 355
 356       } catch (Exception ex)
 357       {
 358         fis = null;
 359       }
 360       if (fis == null)
 361       {
 362         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 363       }
 364       applicationProperties.clear();
 365       applicationProperties.load(fis);
 366
 367       // remove any old build properties
 368
 369       deleteBuildProperties();
 370       fis.close();
 371     } catch (Exception ex)
 372     {
 373       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 374     }
 375
 376     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 377     {
 378       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""),
 379               proxyPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 380
 381       System.out.println("Using proxyServer: " + proxyServer
 382               + " proxyPort: " + proxyPort);
 383
 384       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServer);
 385       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPort);
 386     }
 387
 388     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 389     try
 390     {
 391       String authorDetails = "jar:"
 392               .concat(Cache.class.getProtectionDomain().getCodeSource()
 393                       .getLocation().toString().concat("!/authors.props"));
 394
 395       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 396
 397       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 398       applicationProperties.load(in);
 399       in.close();
 400     } catch (Exception ex)
 401     {
 402       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 403       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 404       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 405       applicationProperties.remove("YEAR");
 406     }
 407
 408     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 409     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 410     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 411     try
 412     {
 413       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 414               .getCodeSource().getLocation().toString()
 415               .concat("!/.build_properties"));
 416
 417       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 418
 419       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 420       applicationProperties.load(in);
 421       in.close();
 422     } catch (Exception ex)
 423     {
 424       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 425       applicationProperties.remove("VERSION");
 426     }
 427
 428     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 429     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 430     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 431     if (codeVersion == null)
 432     {
 433       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 434       codeVersion = "Test";
 435       jnlpVersion = "Test";
 436       codeInstallation = "";
 437     }
 438     else
 439     {
 440       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 441     }
 442     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 443
 444     SiftsSettings
 445             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 446
 447     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache
 448             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 449
 450     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(
 451             jalview.bin.Cache.getDefault("sifts_fail_safe_pid_threshold",
 452                     DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 453
 454     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(
 455             jalview.bin.Cache.getDefault("sifts_cache_threshold_in_days",
 456                     DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 457
 458     IdOrgSettings.setUrl(getDefault("ID_ORG_HOSTURL",
 459             "http://www.jalview.org/services/identifiers"));
 460     IdOrgSettings.setDownloadLocation(ID_ORG_FILE);
 461
 462     System.out
 463             .println("Jalview Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 464
 465     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(jalview.bin.Cache
 466             .getDefault("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", PDB_DOWNLOAD_FORMAT));
 467     StructureImportSettings
 468             .setDefaultPDBFileParser(DEFAULT_PDB_FILE_PARSER);
 469     // StructureImportSettings
 470     // .setDefaultPDBFileParser(jalview.bin.Cache.getDefault(
 471     // "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 472     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 473     // Dont do this check if running in headless mode
 474     if (jnlpVersion == null && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 475             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 476                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 477     {
 478
 479       class VersionChecker extends Thread
 480       {
 481         @Override
 482         public void run()
 483         {
 484           String orgtimeout = System
 485                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 486           if (orgtimeout == null)
 487           {
 488             orgtimeout = "30";
 489             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 490                     + orgtimeout + " seconds.");
 491           }
 492           String remoteVersion = null;
 493           try
 494           {
 495             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 496                     "5000");
 497             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache
 498                     .getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 499                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 500             BufferedReader in = new BufferedReader(
 501                     new InputStreamReader(url.openStream()));
 502             String line = null;
 503             while ((line = in.readLine()) != null)
 504             {
 505               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 506               {
 507                 continue;
 508               }
 509
 510               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 511               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 512               remoteVersion = line;
 513               break;
 514             }
 515           } catch (Exception ex)
 516           {
 517             System.out.println(
 518                     "Non-fatal exception when checking version at www.jalview.org :");
 519             System.out.println(ex);
 520             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 521           }
 522           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 523                   orgtimeout);
 524
 525           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 526         }
 527       }
 528
 529       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 530       vc.start();
 531     }
 532     else
 533     {
 534       if (jnlpVersion != null)
 535       {
 536         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 537       }
 538       else
 539       {
 540         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 541       }
 542     }
 543
 544     setProperty("VERSION", codeVersion);
 545
 546     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 547     jalview.bin.Cache
 548             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 549     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 550             false);
 551   }
 552
 553   private static void deleteBuildProperties()
 554   {
 555     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 556     applicationProperties.remove("VERSION");
 557     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 558     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 559     applicationProperties.remove("YEAR");
 560     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 561     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 562   }
 563
 564   /**
 565    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 566    * found
 567    *
 568    * @param key
 569    *          Name of property
 570    *
 571    * @return Property value
 572    */
 573   public static String getProperty(String key)
 574   {
 575     return applicationProperties.getProperty(key);
 576   }
 577
 578   /**
 579    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 580    * to the default setting
 581    */
 582
 583   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 584   {
 585     String string = getProperty(property);
 586     if (string != null)
 587     {
 588       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 589     }
 590
 591     return def;
 592   }
 593
 594   public static int getDefault(String property, int def)
 595   {
 596     String string = getProperty(property);
 597     if (string != null)
 598     {
 599       try
 600       {
 601         def = Integer.parseInt(string);
 602       } catch (NumberFormatException e)
 603       {
 604         System.out.println("Error parsing int property '" + property
 605                 + "' with value '" + string + "'");
 606       }
 607     }
 608
 609     return def;
 610   }
 611
 612   /**
 613    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 614    * to the default setting
 615    */
 616   public static String getDefault(String property, String def)
 617   {
 618     String string = getProperty(property);
 619     if (string != null)
 620     {
 621       return string;
 622     }
 623
 624     return def;
 625   }
 626
 627   /**
 628    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 629    *
 630    * @param key
 631    *          Name of object
 632    * @param obj
 633    *          String value of property
 634    *
 635    * @return previous value of property (or null)
 636    */
 637   public static Object setProperty(String key, String obj)
 638   {
 639     Object oldValue = null;
 640     try
 641     {
 642       oldValue = applicationProperties.setProperty(key, obj);
 643       if (!propsAreReadOnly)
 644       {
 645         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 646         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 647         out.close();
 648       }
 649     } catch (Exception ex)
 650     {
 651       System.out.println(
 652               "Error setting property: " + key + " " + obj + "\n" + ex);
 653     }
 654     return oldValue;
 655   }
 656
 657   /**
 658    * remove the specified property from the jalview properties file
 659    *
 660    * @param string
 661    */
 662   public static void removeProperty(String string)
 663   {
 664     applicationProperties.remove(string);
 665     saveProperties();
 666   }
 667
 668   /**
 669    * save the properties to the jalview properties path
 670    */
 671   public static void saveProperties()
 672   {
 673     if (!propsAreReadOnly)
 674     {
 675       try
 676       {
 677         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 678         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 679         out.close();
 680       } catch (Exception ex)
 681       {
 682         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 683       }
 684     }
 685   }
 686
 687   /**
 688    * internal vamsas class discovery state
 689    */
 690   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 691
 692   /**
 693    * Searches for vamsas client classes on class path.
 694    *
 695    * @return true if vamsas client is present on classpath
 696    */
 697   public static boolean vamsasJarsPresent()
 698   {
 699     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 700     {
 701       try
 702       {
 703         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader()
 704                 .loadClass("uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 705         {
 706           jalview.bin.Cache.log.debug(
 707                   "Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 708           vamsasJarsArePresent = 1;
 709           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 710           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 711                   .getDefault("logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 712
 713           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 714           // Tell the user that debug is enabled
 715           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 716         }
 717       } catch (Exception e)
 718       {
 719         vamsasJarsArePresent = 0;
 720         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 721       }
 722     }
 723     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 724   }
 725
 726   /**
 727    * internal vamsas class discovery state
 728    */
 729   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 730
 731   /**
 732    * Searches for vamsas client classes on class path.
 733    *
 734    * @return true if vamsas client is present on classpath
 735    */
 736   public static boolean groovyJarsPresent()
 737   {
 738     if (groovyJarsArePresent == -1)
 739     {
 740       try
 741       {
 742         if (Cache.class.getClassLoader()
 743                 .loadClass("groovy.lang.GroovyObject") != null)
 744         {
 745           jalview.bin.Cache.log.debug(
 746                   "Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 747           groovyJarsArePresent = 1;
 748           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 749           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 750                   .getDefault("logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 751
 752           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 753           // Tell the user that debug is enabled
 754           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 755         }
 756       } catch (Error e)
 757       {
 758         groovyJarsArePresent = 0;
 759         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 760       } catch (Exception e)
 761       {
 762         groovyJarsArePresent = 0;
 763         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 764       }
 765     }
 766     return (groovyJarsArePresent > 0);
 767   }
 768
 769   /**
 770    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 771    * enabled.
 772    */
 773   protected static Object tracker = null;
 774
 775   protected static Class trackerfocus = null;
 776
 777   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 778
 779   /**
 780    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 781    */
 782   public static void initGoogleTracker()
 783   {
 784     if (tracker == null)
 785     {
 786       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 787       {
 788         // try to get the tracker class
 789         try
 790         {
 791           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 792                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 793           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader()
 794                   .loadClass("com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 795         } catch (Exception e)
 796         {
 797           log.debug(
 798                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 799           tracker = null;
 800           jgoogleanalyticstracker = null;
 801           trackerfocus = null;
 802           return;
 803         }
 804       }
 805       // now initialise tracker
 806       Exception re = null, ex = null;
 807       Error err = null;
 808       String vrs = "No Version Accessible";
 809       try
 810       {
 811         // Google analytics tracking code for Library Finder
 812         tracker = jgoogleanalyticstracker
 813                 .getConstructor(new Class[]
 814                 { String.class, String.class, String.class })
 815                 .newInstance(new Object[]
 816                 { "Jalview Desktop",
 817                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "_"
 818                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 819                                     "unknown")),
 820                     "UA-9060947-1" });
 821         jgoogleanalyticstracker
 822                 .getMethod("trackAsynchronously", new Class[]
 823                 { trackerfocus })
 824                 .invoke(tracker, new Object[]
 825                 { trackerfocus.getConstructor(new Class[] { String.class })
 826                         .newInstance(new Object[]
 827                         { "Application Started." }) });
 828       } catch (RuntimeException e)
 829       {
 830         re = e;
 831       } catch (Exception e)
 832       {
 833         ex = e;
 834       } catch (Error e)
 835       {
 836         err = e;
 837       }
 838       if (re != null || ex != null || err != null)
 839       {
 840         if (log != null)
 841         {
 842           if (re != null)
 843           {
 844             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:",
 845                     re);
 846           }
 847           if (ex != null)
 848           {
 849             log.warn(
 850                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 851                             + vrs,
 852                     ex);
 853           }
 854           if (err != null)
 855           {
 856             log.error(
 857                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 858                             + vrs,
 859                     err);
 860           }
 861         }
 862         else
 863         {
 864           if (re != null)
 865           {
 866             System.err.println(
 867                     "Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 868                             + vrs);
 869             re.printStackTrace();
 870           }
 871           if (ex != null)
 872           {
 873             System.err.println(
 874                     "Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 875                             + vrs);
 876             ex.printStackTrace();
 877           }
 878
 879           if (err != null)
 880           {
 881             System.err.println(
 882                     "ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 883                             + vrs);
 884             err.printStackTrace();
 885           }
 886         }
 887       }
 888       else
 889       {
 890         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 891       }
 892     }
 893   }
 894
 895   /**
 896    * get the user's default colour if available
 897    *
 898    * @param property
 899    * @param defcolour
 900    * @return
 901    */
 902   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 903   {
 904     String colprop = getProperty(property);
 905     if (colprop == null)
 906     {
 907       return defcolour;
 908     }
 909     Color col = ColorUtils.parseColourString(colprop);
 910     if (col == null)
 911     {
 912       log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 913               + property);
 914     }
 915     return (col == null) ? defcolour : col;
 916   }
 917
 918   /**
 919    * store a colour as a Jalview user default property
 920    *
 921    * @param property
 922    * @param colour
 923    */
 924   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 925   {
 926     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 927   }
 928
 929   /**
 930    * Stores a formatted date in a jalview property, using a fixed locale.
 931    *
 932    * @param propertyName
 933    * @param date
 934    * @return the formatted date string
 935    */
 936   public static String setDateProperty(String propertyName, Date date)
 937   {
 938     String formatted = date_format.format(date);
 939     setProperty(propertyName, formatted);
 940     return formatted;
 941   }
 942
 943   /**
 944    * Reads a date stored in a Jalview property, parses it (using a fixed locale
 945    * format) and returns as a Date, or null if parsing fails
 946    *
 947    * @param propertyName
 948    * @return
 949    *
 950    */
 951   public static Date getDateProperty(String propertyName)
 952   {
 953     String val = getProperty(propertyName);
 954     if (val != null)
 955     {
 956       try
 957       {
 958         return date_format.parse(val);
 959       } catch (Exception ex)
 960       {
 961         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
 962                 + propertyName + "' : value was '" + val + "'");
 963       }
 964     }
 965     return null;
 966   }
 967
 968   /**
 969    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
 970    * System.err
 971    *
 972    * @param property
 973    * @return null or Integer
 974    */
 975   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 976   {
 977     String val = getProperty(property);
 978     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
 979     {
 980       try
 981       {
 982         return Integer.valueOf(val);
 983       } catch (NumberFormatException x)
 984       {
 985         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
 986                 + "' (value was '" + val + "')");
 987       }
 988     }
 989     return null;
 990   }
 991
 992   /**
 993    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
 994    * properties file.
 995    *
 996    * @param propName
 997    * @param value
 998    */
 999   public static void setOrRemove(String propName, String value)
1000   {
1001     if (propName == null)
1002     {
1003       return;
1004     }
1005     if (value == null || value.trim().length() < 1)
1006     {
1007       Cache.applicationProperties.remove(propName);
1008     }
1009     else
1010     {
1011       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
1012     }
1013   }
1014
1015   /**
1016    * Loads in user colour schemes from files.
1017    *
1018    * @param files
1019    *          a '|'-delimited list of file paths
1020    */
1021   public static void initUserColourSchemes(String files)
1022   {
1023     if (files == null || files.length() == 0)
1024     {
1025       return;
1026     }
1027
1028     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
1029     // from the default list here.
1030     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
1031     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
1032     while (st.hasMoreElements())
1033     {
1034       String file = st.nextToken();
1035       try
1036       {
1037         UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(file);
1038         if (ucs != null)
1039         {
1040           if (coloursFound.length() > 0)
1041           {
1042             coloursFound.append("|");
1043           }
1044           coloursFound.append(file);
1045           ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
1046         }
1047       } catch (Exception ex)
1048       {
1049         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
1050       }
1051     }
1052     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
1053     {
1054       if (coloursFound.toString().length() > 1)
1055       {
1056         setProperty(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS,
1057                 coloursFound.toString());
1058       }
1059       else
1060       {
1061         applicationProperties
1062                 .remove(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS);
1063       }
1064     }
1065   }
1066 }