src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.bin.ApplicationSingletonProvider.ApplicationSingletonI;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.gui.Preferences;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  27 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  28 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  29 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  30 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  31 import jalview.util.ColorUtils;
  32 import jalview.util.Platform;
  33 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.io.BufferedReader;
  38 import java.io.File;
  39 import java.io.FileInputStream;
  40 import java.io.FileOutputStream;
  41 import java.io.InputStream;
  42 import java.io.InputStreamReader;
  43 import java.text.DateFormat;
  44 import java.text.SimpleDateFormat;
  45 import java.util.Collections;
  46 import java.util.Date;
  47 import java.util.Enumeration;
  48 import java.util.Locale;
  49 import java.util.Properties;
  50 import java.util.StringTokenizer;
  51 import java.util.TreeSet;
  52
  53 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  54 import org.apache.log4j.Level;
  55 import org.apache.log4j.Logger;
  56 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  57
  58 /**
  59  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  60  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  61  * are alternative values for a tag. <br>
  62  * <br>
  63  * Current properties include:
  64  * <ul>
  65  * <br>
  66  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  67  * logging level for axis (used for web services) <br>
  68  * </li>
  69  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  70  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  71  * </li>
  72  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  73  * </li>
  74  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  75  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  76  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  77  * <li>SCREEN_X=371</li>
  78  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  79  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  80  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  81  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always
  82  * italic)</li>
  83  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  84  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  85  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  86  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  87  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  88  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  89  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  90  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  91  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  92  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
  93  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
  94  * sequence annotations</li>
  95  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  96  * annotation row</li>
  97  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  98  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  99  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
 100  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
 101  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
 102  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
 103  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
 104  * www.jalview.org</li>
 105  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
 106  * descriptions</li>
 107  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
 108  * suffix to file</li>
 109  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 110  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 111  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 112  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 113  * <li>PROXY_PORT</li>
 114  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 115  * service</li>
 116  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 117  * service</li>
 118  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 119  * collecting usage statistics</li>
 120  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 121  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 122  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 123  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 124  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 125  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 126  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 127  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 128  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 129  * style check</li>
 130  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 131  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 132  * $SEQUENCE_ID$</li>
 133  * <li>STORED_LINKS list of name|url pairs which user has entered but are not
 134  * currently used
 135  * <li>DEFAULT_LINK name of single url to be used when user double clicks a
 136  * sequence id (must be in SEQUENCE_LINKS or STORED_LINKS)
 137  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 138  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 139  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 140  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 141  * (false)</li>
 142  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 143  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 144  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 145  * ID tooltip</li>
 146  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 147  * ID tooltip</li>
 148  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 149  * displayed as '.'</li>
 150  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 151  * order of a newly displayed tree</li>
 152  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 153  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 154  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 155  * alignment.</li>
 156  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 157  * in the alignment.</li>
 158  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 159  * histogram.</li>
 160  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 161  * logo.</li>
 162  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 163  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 164  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 165  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 166  * </li>
 167  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 168  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 169  * warning dialog box is displayed.</li>
 170  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 171  * when shading by annotation</li>
 172  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 173  * when shading by annotation</li>
 174  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 175  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 176  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 177  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 178  * label.</li>
 179  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 180  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 181  * will override this).</li>
 182  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 183  * record</li>
 184  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 185  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 186  * display</li>
 187  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 188  * display</li>
 189  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 190  * display</li>
 191  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 192  * <li>ID_ORG_HOSTURL location of jalview service providing identifiers.org urls
 193  * </li>
 194  *
 195  * </ul>
 196  * Deprecated settings:
 197  * <ul>
 198  * *
 199  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 200  * startup (JWS1 services only)</li>
 201  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 202  * (JWS1 services only)</li>
 203  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 204  * services in the desktop GUI</li>
 205  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 206  * panel in web service preferences</li>
 207  * </ul>
 208  *
 209  * @author $author$
 210  * @version $Revision$
 211  */
 212 public class Cache implements ApplicationSingletonI
 213 {
 214
 215   private Cache()
 216   {
 217     // private singleton
 218   }
 219
 220   /**
 221    * In Java, this will be a static field instance, which will be
 222    * application-specific; in JavaScript it will be an applet-specific instance
 223    * tied to the applet's ThreadGroup.
 224    *
 225    * @return
 226    */
 227   public static Cache getInstance()
 228   {
 229     return (Cache) ApplicationSingletonProvider.getInstance(Cache.class);
 230   }
 231
 232   /**
 233    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 234    */
 235   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 236
 237   /**
 238    * property giving log4j level for AXIS loggers
 239    */
 240   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 241
 242   /**
 243    * property giving log4j level for Jalview Log
 244    */
 245   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 246
 247   /**
 248    * Sifts settings
 249    */
 250   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 251           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
 252           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 253
 254   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 255
 256   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 257
 258   /**
 259    * Identifiers.org download settings
 260    */
 261   private static final String ID_ORG_FILE = System.getProperty("user.home")
 262           + File.separatorChar + ".identifiers.org.ids.json";
 263
 264   /**
 265    * Allowed values are PDB or mmCIF
 266    */
 267   private final static String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = PDBEntry.Type.MMCIF
 268           .toString();
 269
 270   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.StructureParser.JMOL_PARSER
 271           .toString();
 272
 273   /*
 274    * a date formatter using a fixed (rather than the user's) locale;
 275    * this ensures that date properties can be written and re-read successfully
 276    * even if the user changes their locale setting
 277    */
 278   private static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 279           .getDateTimeInstance(SimpleDateFormat.MEDIUM,
 280                   SimpleDateFormat.MEDIUM, Locale.UK);
 281
 282   /**
 283    * Initialises the Jalview Application Log
 284    */
 285   public static Logger log;
 286
 287   /** Jalview Properties */
 288   // BH 2019.05.08 was static
 289   @SuppressWarnings("serial")
 290   public Properties applicationProperties = new Properties()
 291   {
 292     // override results in properties output in alphabetical order
 293     @Override
 294     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 295     {
 296       return Collections.enumeration(new TreeSet<>(super.keySet()));
 297     }
 298   };
 299
 300   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 301   private String propertiesFile;
 302
 303   /**
 304    * flag to possibly allow properties to be written to a property file
 305    */
 306   private boolean propsAreReadOnly = Platform.isJS();
 307
 308   private final static String JS_PROPERTY_PREFIX = "jalview_";
 309
 310   public static void initLogger()
 311   {
 312     if (log != null)
 313     {
 314       return;
 315     }
 316     try
 317     {
 318       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 319       // the log
 320
 321       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 322               "System.err");
 323       ap.setName("JalviewLogger");
 324       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 325       // log output
 326       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 327       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 328       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 329
 330       laxis.setLevel(Level.toLevel(
 331               getDefault("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString())));
 332       lcastor.setLevel(Level.toLevel(
 333               getDefault("logs.Castor.Level", Level.INFO.toString())));
 334       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 335       lcastor.setLevel(Level.toLevel(
 336               getDefault("logs.Castor.Level", Level.INFO.toString())));
 337       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 338       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(getDefault("logs.Castor.Level",
 339       // Level.INFO.toString())));
 340       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache
 341               .getDefault("logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 342       // laxis.addAppender(ap);
 343       // lcastor.addAppender(ap);
 344       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 345       // Tell the user that debug is enabled
 346       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 347     } catch (Exception ex)
 348     {
 349       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 350       ex.printStackTrace(System.err);
 351     }
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Loads properties from the given properties file. Any existing properties
 356    * are first cleared.
 357    */
 358   public static void loadProperties(String propsFile)
 359   {
 360     getInstance().loadPropertiesImpl(propsFile);
 361   }
 362
 363   private void loadPropertiesImpl(String propsFile)
 364   {
 365     propertiesFile = propsFile;
 366     if (!propsAreReadOnly)
 367     {
 368       // Java only
 369       if (propsFile == null)
 370       {
 371         propertiesFile = System.getProperty("user.home")
 372                 + File.separatorChar + ".jalview_properties";
 373       }
 374       else
 375       {
 376         // don't corrupt the file we've been given.
 377         propsAreReadOnly = true;
 378       }
 379     }
 380
 381     if (propertiesFile == null)
 382     { // BH 2019 read properties from the Info object associated with this
 383       // applet
 384       Platform.readInfoProperties(JS_PROPERTY_PREFIX,
 385               applicationProperties);
 386     }
 387     else
 388     {
 389       try
 390       {
 391         InputStream fis;
 392         try
 393         {
 394           fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 395           System.out.println(
 396                   "Loading jalview properties from : " + propertiesFile);
 397           System.out.println(
 398                   "Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 399           propsAreReadOnly = true;
 400
 401         } catch (Exception ex)
 402         {
 403           fis = null;
 404         }
 405         if (fis == null)
 406         {
 407           fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 408         }
 409         applicationProperties.clear();
 410         applicationProperties.load(fis);
 411
 412         // remove any old build properties
 413
 414         deleteBuildProperties();
 415         fis.close();
 416       } catch (Exception ex)
 417       {
 418         System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 419       }
 420     }
 421     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 422     {
 423       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""),
 424               proxyPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 425
 426       System.out.println("Using proxyServer: " + proxyServer
 427               + " proxyPort: " + proxyPort);
 428
 429       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServer);
 430       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPort);
 431     }
 432
 433     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 434     String authorDetails = (Platform.isJS() ? null
 435             : "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 436                     .getCodeSource().getLocation().toString()
 437                     .concat("!/authors.props")));
 438
 439     try
 440     {
 441       if (authorDetails != null)
 442       {
 443         java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 444         InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 445         applicationProperties.load(in);
 446         in.close();
 447       }
 448     } catch (Exception ex)
 449     {
 450       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 451       authorDetails = null;
 452     }
 453     if (authorDetails == null)
 454     {
 455       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 456       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 457       applicationProperties.remove("YEAR");
 458     }
 459
 460     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 461     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 462     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 463     String buildDetails = (Platform.isJS() ? null
 464             : "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 465                     .getCodeSource().getLocation().toString()
 466                     .concat("!/.build_properties")));
 467     if (buildDetails != null)
 468     {
 469       try
 470       {
 471         java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 472         InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 473         applicationProperties.load(in);
 474         in.close();
 475       } catch (Exception ex)
 476       {
 477         System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 478         buildDetails = null;
 479       }
 480     }
 481     if (buildDetails == null)
 482     {
 483       applicationProperties.remove("VERSION");
 484     }
 485     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 486     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 487     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 488     if (codeVersion == null)
 489     {
 490       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 491       codeVersion = "Test";
 492       jnlpVersion = "Test";
 493       codeInstallation = "";
 494     }
 495     else
 496     {
 497       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 498     }
 499     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 500
 501     SiftsSettings.setMapWithSifts(getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 502
 503     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache
 504             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 505
 506     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(
 507             getDefault("sifts_fail_safe_pid_threshold",
 508                     DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 509
 510     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(
 511             getDefault("sifts_cache_threshold_in_days",
 512                     DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 513
 514     IdOrgSettings.setUrl(getDefault(Preferences.ID_ORG_HOSTURL,
 515             "http://www.jalview.org/services/identifiers"));
 516     IdOrgSettings.setDownloadLocation(ID_ORG_FILE);
 517
 518     System.out
 519             .println("Jalview Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 520
 521     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(jalview.bin.Cache
 522             .getDefault(Preferences.PDB_DOWNLOAD_FORMAT, PDB_DOWNLOAD_FORMAT));
 523     StructureImportSettings
 524             .setDefaultPDBFileParser(DEFAULT_PDB_FILE_PARSER);
 525     // StructureImportSettings
 526     // .setDefaultPDBFileParser(jalview.bin.getDefault(
 527     // "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 528     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 529     // Dont do this check if running in headless mode
 530     if (jnlpVersion == null && !Jalview.isHeadlessMode()
 531             && getDefault("VERSION_CHECK", true))
 532     {
 533
 534       class VersionChecker extends Thread
 535       {
 536         @Override
 537         public void run()
 538         {
 539           String orgtimeout = System
 540                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 541           if (orgtimeout == null)
 542           {
 543             orgtimeout = "30";
 544             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 545                     + orgtimeout + " seconds.");
 546           }
 547           String remoteVersion = null;
 548           try
 549           {
 550             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 551                     "5000");
 552             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache
 553                     .getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 554                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 555             BufferedReader in = new BufferedReader(
 556                     new InputStreamReader(url.openStream()));
 557             String line = null;
 558             while ((line = in.readLine()) != null)
 559             {
 560               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 561               {
 562                 continue;
 563               }
 564
 565               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 566               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 567               remoteVersion = line;
 568               break;
 569             }
 570           } catch (Exception ex)
 571           {
 572             System.out.println(
 573                     "Non-fatal exception when checking version at www.jalview.org :");
 574             System.out.println(ex);
 575             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 576           }
 577           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 578                   orgtimeout);
 579
 580           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 581         }
 582       }
 583
 584       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 585       vc.start();
 586     }
 587     else
 588     {
 589       if (jnlpVersion != null)
 590       {
 591         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 592       }
 593       else
 594       {
 595         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 596       }
 597     }
 598
 599     setProperty("VERSION", codeVersion);
 600
 601     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 602     initUserColourSchemes(getProperty(Preferences.USER_DEFINED_COLOURS));
 603   }
 604
 605   private void deleteBuildProperties()
 606   {
 607     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 608     applicationProperties.remove("VERSION");
 609     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 610     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 611     applicationProperties.remove("YEAR");
 612     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 613     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 614   }
 615
 616   /**
 617    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 618    * found
 619    *
 620    * @param key
 621    *          Name of property
 622    *
 623    * @return Property value
 624    */
 625   public static String getProperty(String key)
 626   {
 627     return getInstance().applicationProperties.getProperty(key);
 628   }
 629
 630   /**
 631    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 632    * to the default setting
 633    */
 634
 635   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 636   {
 637     String string = getProperty(property);
 638     if (string != null)
 639     {
 640       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 641     }
 642
 643     return def;
 644   }
 645
 646   public static int getDefault(String property, int def)
 647   {
 648     String string = getProperty(property);
 649     if (string != null)
 650     {
 651       try
 652       {
 653         def = Integer.parseInt(string);
 654       } catch (NumberFormatException e)
 655       {
 656         System.out.println("Error parsing int property '" + property
 657                 + "' with value '" + string + "'");
 658       }
 659     }
 660
 661     return def;
 662   }
 663
 664   /**
 665    * retrieve a dimension, such as for Jmol
 666    *
 667    * @param property
 668    * @param def
 669    * @return
 670    */
 671   public static Dimension getDefaultDim(String property, Dimension def)
 672   {
 673     String s = getProperty(property);
 674     if (s != null)
 675     {
 676       if (s.indexOf(',') < 0)
 677       {
 678         s = s.trim().replace(' ', ',');
 679         if (s.indexOf(',') < 0)
 680         {
 681           s += "," + s;
 682         }
 683       }
 684       try
 685       {
 686         int pt = s.indexOf(",");
 687         return new Dimension(Integer.parseInt(s.substring(0, pt)),
 688                 Integer.parseInt(s.substring(pt + 1)));
 689       } catch (NumberFormatException e)
 690       {
 691         System.out.println("Error parsing Dimension property '" + property
 692                 + "' with value '" + s + "'");
 693       }
 694     }
 695     return def;
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Answers the value of the given property, or the supplied default value if
 700    * the property is not set
 701    */
 702   public static String getDefault(String property, String def)
 703   {
 704     String value = getProperty(property);
 705     return value == null ? def : value;
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 710    *
 711    * @param key
 712    *          Name of object
 713    * @param obj
 714    *          String value of property
 715    *
 716    * @return previous value of property (or null)
 717    */
 718   public static Object setProperty(String key, String obj)
 719   {
 720     return getInstance().setPropertyImpl(key, obj, true);
 721   }
 722
 723   public static void setPropertyNoSave(String key, String obj)
 724   {
 725     getInstance().setPropertyImpl(key, obj, false);
 726   }
 727
 728   private Object setPropertyImpl(String key, String obj, boolean andSave)
 729   {
 730     Object oldValue = null;
 731     try
 732     {
 733       oldValue = applicationProperties.setProperty(key, obj);
 734       if (andSave && !propsAreReadOnly && propertiesFile != null)
 735       {
 736         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 737         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 738         out.close();
 739       }
 740     } catch (Exception ex)
 741     {
 742       System.out.println(
 743               "Error setting property: " + key + " " + obj + "\n" + ex);
 744     }
 745     return oldValue;
 746   }
 747
 748   /**
 749    * remove the specified property from the jalview properties file
 750    *
 751    * @param key
 752    */
 753   public static void removeProperty(String key)
 754   {
 755     getInstance().removePropertyImpl(key, true);
 756   }
 757
 758   public static void removePropertyNoSave(String key)
 759   {
 760     getInstance().removePropertyImpl(key, false);
 761   }
 762
 763   private void removePropertyImpl(String key, boolean andSave)
 764   {
 765     applicationProperties.remove(key);
 766     if (andSave)
 767     {
 768       savePropertiesImpl();
 769     }
 770   }
 771
 772   public static void saveProperties()
 773   {
 774     getInstance().savePropertiesImpl();
 775   }
 776
 777   /**
 778    * save the properties to the jalview properties path
 779    */
 780   private void savePropertiesImpl()
 781   {
 782     if (!propsAreReadOnly)
 783     {
 784       try
 785       {
 786         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 787         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 788         out.close();
 789       } catch (Exception ex)
 790       {
 791         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 792       }
 793     }
 794   }
 795
 796   private final static int UNTESTED = -1;
 797
 798   private final static int TRUE = 1;
 799
 800   private final static int FALSE = 0;
 801
 802   /**
 803    * internal vamsas class discovery state
 804    */
 805   private static int vamsasJarsArePresent = (Platform.isJS() ? FALSE
 806           : UNTESTED);
 807
 808   /**
 809    * Searches for vamsas client classes on class path.
 810    *
 811    * @return true if vamsas client is present on classpath
 812    */
 813   public static boolean vamsasJarsPresent()
 814   {
 815     if (vamsasJarsArePresent == UNTESTED)
 816     {
 817       try
 818       {
 819         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader()
 820                 .loadClass("uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 821         {
 822           jalview.bin.Cache.log.debug(
 823                   "Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 824           vamsasJarsArePresent = TRUE;
 825           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 826           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 827                   .getDefault("logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 828
 829           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 830           // Tell the user that debug is enabled
 831           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 832         }
 833       } catch (Exception e)
 834       {
 835         vamsasJarsArePresent = FALSE;
 836         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 837       }
 838     }
 839     return (vamsasJarsArePresent == TRUE);
 840   }
 841
 842   /**
 843    * internal vamsas class discovery state
 844    */
 845   private static int groovyJarsArePresent = (Platform.isJS() ? FALSE
 846           : UNTESTED);
 847
 848   /**
 849    * Searches for vamsas client classes on class path.
 850    *
 851    * @return true if vamsas client is present on classpath
 852    */
 853   public static boolean groovyJarsPresent()
 854   {
 855     if (groovyJarsArePresent == UNTESTED)
 856     {
 857       try
 858       {
 859         if (Cache.class.getClassLoader()
 860                 .loadClass("groovy.lang.GroovyObject") != null)
 861         {
 862           jalview.bin.Cache.log.debug(
 863                   "Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 864           groovyJarsArePresent = TRUE;
 865           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 866           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 867                   .getDefault("logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 868
 869           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 870           // Tell the user that debug is enabled
 871           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 872         }
 873       } catch (Error e)
 874       {
 875         groovyJarsArePresent = FALSE;
 876         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 877       } catch (Exception e)
 878       {
 879         groovyJarsArePresent = FALSE;
 880         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 881       }
 882     }
 883     return (groovyJarsArePresent == TRUE);
 884   }
 885
 886   /**
 887    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 888    * enabled.
 889    */
 890   protected static Object tracker = null;
 891
 892   protected static Class<?> trackerfocus = null;
 893
 894   protected static Class<?> jgoogleanalyticstracker = null;
 895
 896   /**
 897    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 898    */
 899   public static void initGoogleTracker()
 900   {
 901
 902     // TODO: SwingJS JavaScript tracker?
 903
 904     if (tracker == null)
 905     {
 906       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 907       {
 908         // try to get the tracker class
 909         try
 910         {
 911           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 912                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 913           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader()
 914                   .loadClass("com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 915         } catch (Exception e)
 916         {
 917           log.debug(
 918                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 919           tracker = null;
 920           jgoogleanalyticstracker = null;
 921           trackerfocus = null;
 922           return;
 923         }
 924       }
 925       // now initialise tracker
 926       Exception re = null, ex = null;
 927       Error err = null;
 928       String vrs = "No Version Accessible";
 929       try
 930       {
 931         // Google analytics tracking code for Library Finder
 932         tracker = jgoogleanalyticstracker
 933                 .getConstructor(new Class[]
 934                 { String.class, String.class, String.class })
 935                 .newInstance(new Object[]
 936                 { "Jalview Desktop",
 937                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "_"
 938                             + getDefault("BUILD_DATE", "unknown")),
 939                     "UA-9060947-1" });
 940         jgoogleanalyticstracker
 941                 .getMethod("trackAsynchronously", new Class[]
 942                 { trackerfocus })
 943                 .invoke(tracker, new Object[]
 944                 { trackerfocus.getConstructor(new Class[] { String.class })
 945                         .newInstance(new Object[]
 946                         { "Application Started." }) });
 947       } catch (RuntimeException e)
 948       {
 949         re = e;
 950       } catch (Exception e)
 951       {
 952         ex = e;
 953       } catch (Error e)
 954       {
 955         err = e;
 956       }
 957       if (re != null || ex != null || err != null)
 958       {
 959         if (log != null)
 960         {
 961           if (re != null)
 962           {
 963             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:",
 964                     re);
 965           }
 966           if (ex != null)
 967           {
 968             log.warn(
 969                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 970                             + vrs,
 971                     ex);
 972           }
 973           if (err != null)
 974           {
 975             log.error(
 976                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 977                             + vrs,
 978                     err);
 979           }
 980         }
 981         else
 982         {
 983           if (re != null)
 984           {
 985             System.err.println(
 986                     "Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 987                             + vrs);
 988             re.printStackTrace();
 989           }
 990           if (ex != null)
 991           {
 992             System.err.println(
 993                     "Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 994                             + vrs);
 995             ex.printStackTrace();
 996           }
 997
 998           if (err != null)
 999           {
1000             System.err.println(
1001                     "ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
1002                             + vrs);
1003             err.printStackTrace();
1004           }
1005         }
1006       }
1007       else
1008       {
1009         log.debug("Successfully initialised tracker.");
1010       }
1011     }
1012   }
1013
1014   /**
1015    * get the user's default colour if available
1016    *
1017    * @param property
1018    * @param defcolour
1019    * @return
1020    */
1021   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
1022   {
1023     String colprop = getProperty(property);
1024     if (colprop == null)
1025     {
1026       return defcolour;
1027     }
1028     Color col = ColorUtils.parseColourString(colprop);
1029     if (col == null)
1030     {
1031       log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
1032               + property);
1033     }
1034     return (col == null) ? defcolour : col;
1035   }
1036
1037   /**
1038    * store a colour as a Jalview user default property
1039    *
1040    * @param property
1041    * @param colour
1042    */
1043   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
1044   {
1045     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Stores a formatted date in a jalview property, using a fixed locale.
1050    *
1051    * @param propertyName
1052    * @param date
1053    * @return the formatted date string
1054    */
1055   public static String setDateProperty(String propertyName, Date date)
1056   {
1057     String formatted = date_format.format(date);
1058     setProperty(propertyName, formatted);
1059     return formatted;
1060   }
1061
1062   /**
1063    * Reads a date stored in a Jalview property, parses it (using a fixed locale
1064    * format) and returns as a Date, or null if parsing fails
1065    *
1066    * @param propertyName
1067    * @return
1068    *
1069    */
1070   public static Date getDateProperty(String propertyName)
1071   {
1072     String val = getProperty(propertyName);
1073     if (val != null)
1074     {
1075       try
1076       {
1077         return date_format.parse(val);
1078       } catch (Exception ex)
1079       {
1080         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
1081                 + propertyName + "' : value was '" + val + "'");
1082       }
1083     }
1084     return null;
1085   }
1086
1087   /**
1088    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
1089    * System.err
1090    *
1091    * @param property
1092    * @return null or Integer
1093    */
1094   public static Integer getIntegerProperty(String property)
1095   {
1096     String val = getProperty(property);
1097     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
1098     {
1099       try
1100       {
1101         return Integer.valueOf(val);
1102       } catch (NumberFormatException x)
1103       {
1104         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
1105                 + "' (value was '" + val + "')");
1106       }
1107     }
1108     return null;
1109   }
1110
1111   /**
1112    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
1113    * properties file.
1114    *
1115    * @param propName
1116    * @param value
1117    */
1118   public static void setOrRemove(String propName, String value)
1119   {
1120     if (propName == null)
1121     {
1122       return;
1123     }
1124     if (value == null || value.trim().length() < 1)
1125     {
1126       getInstance().applicationProperties.remove(propName);
1127     }
1128     else
1129     {
1130       getInstance().applicationProperties.setProperty(propName, value);
1131     }
1132   }
1133
1134   /**
1135    * Loads in user colour schemes from files.
1136    *
1137    * @param files
1138    *          a '|'-delimited list of file paths
1139    */
1140   public static void initUserColourSchemes(String files)
1141   {
1142     if (files == null || files.length() == 0)
1143     {
1144       return;
1145     }
1146
1147     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
1148     // from the default list here.
1149     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
1150     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
1151     while (st.hasMoreElements())
1152     {
1153       String file = st.nextToken();
1154       try
1155       {
1156         UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(file);
1157         if (ucs != null)
1158         {
1159           if (coloursFound.length() > 0)
1160           {
1161             coloursFound.append("|");
1162           }
1163           coloursFound.append(file);
1164           ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
1165         }
1166       } catch (Exception ex)
1167       {
1168         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
1169       }
1170     }
1171     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
1172     {
1173       if (coloursFound.toString().length() > 1)
1174       {
1175         setProperty(Preferences.USER_DEFINED_COLOURS,
1176                 coloursFound.toString());
1177       }
1178       else
1179       {
1180         getInstance().applicationProperties
1181                 .remove(Preferences.USER_DEFINED_COLOURS);
1182       }
1183     }
1184   }
1185
1186 }