src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import org.apache.log4j.*;
  24 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  25
  26 /**
  27  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  28  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  29  * are alternative values for a tag. <br>
  30  * <br>
  31  * Current properties include:
  32  * <ul>
  33  * <br>
  34  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  35  * logging level for axis (used for web services) <br>
  36  * </li>
  37  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  38  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  41  * </li>
  42  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  43  * startup</li>
  44  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 128  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 129  * </li>
 130  *
 131  * <li></li>
 132  *
 133  * <li></li>
 134  *
 135  * </ul>
 136  *
 137  * @author $author$
 138  * @version $Revision$
 139  */
 140 public class Cache
 141 {
 142   /**
 143    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 144    */
 145   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 146
 147   /**
 148    * property giving log4j level for AXIS loggers
 149    */
 150   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 151
 152   /**
 153    * property giving log4j level for Jalview Log
 154    */
 155   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 156
 157   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 158
 159   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 160
 161   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 162
 163   /**
 164    * Initialises the Jalview Application Log
 165    */
 166   public static Logger log;
 167
 168   /** Jalview Properties */
 169   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 170
 171   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 172   static String propertiesFile;
 173
 174   public static void initLogger()
 175   {
 176     if (log != null)
 177     {
 178       return;
 179     }
 180     try
 181     {
 182       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 183       // the log
 184
 185       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 186               "System.err");
 187       ap.setName("JalviewLogger");
 188       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 189       // log output
 190       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 191       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 192       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 193
 194       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 195               Level.INFO.toString())));
 196       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 197               Level.INFO.toString())));
 198       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 199       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 200               Level.INFO.toString())));
 201       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 202       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 203       // Level.INFO.toString())));
 204       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 205               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 206       // laxis.addAppender(ap);
 207       // lcastor.addAppender(ap);
 208       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 209       // Tell the user that debug is enabled
 210       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 211     } catch (Exception ex)
 212     {
 213       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 214       ex.printStackTrace(System.err);
 215     }
 216   }
 217
 218   /** Called when Jalview is started */
 219   public static void loadProperties(String propsFile)
 220   {
 221     propertiesFile = propsFile;
 222     if (propsFile == null)
 223     {
 224       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 225               + ".jalview_properties";
 226     }
 227
 228     try
 229     {
 230       FileInputStream fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 231       applicationProperties.load(fis);
 232       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 233       applicationProperties.remove("VERSION");
 234       fis.close();
 235     } catch (Exception ex)
 236     {
 237       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 238     }
 239
 240     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 241     {
 242       System.out.println("Using proxyServer: "
 243               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 244               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 245       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 246       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 247     }
 248
 249     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 250     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 251     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 252     try
 253     {
 254       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 255               .getCodeSource().getLocation().toString()
 256               .concat("!/.build_properties"));
 257
 258       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 259
 260       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 261       applicationProperties.load(in);
 262       in.close();
 263     } catch (Exception ex)
 264     {
 265       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 266       applicationProperties.remove("VERSION");
 267     }
 268
 269     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 270     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 271
 272     if (codeVersion == null)
 273     {
 274       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 275       codeVersion = "Test";
 276       jnlpVersion = "Test";
 277     }
 278
 279     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 280
 281     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 282     // Dont do this check if running in headless mode
 283     if (jnlpVersion == null
 284             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 285             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 286                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 287     {
 288
 289       class VersionChecker extends Thread
 290       {
 291         public void run()
 292         {
 293           String orgtimeout = System
 294                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 295           if (orgtimeout == null)
 296           {
 297             orgtimeout = "30";
 298             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 299                     + orgtimeout + " seconds.");
 300           }
 301           String jnlpVersion = null;
 302           try
 303           {
 304             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 305                     "5000");
 306             java.net.URL url = new java.net.URL(
 307                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 308             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 309                     url.openStream()));
 310             String line = null;
 311             while ((line = in.readLine()) != null)
 312             {
 313               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 314               {
 315                 continue;
 316               }
 317
 318               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 319               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 320               jnlpVersion = line;
 321               break;
 322             }
 323           } catch (Exception ex)
 324           {
 325             System.out
 326                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 327             System.out.println(ex);
 328             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 329           }
 330           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 331                   orgtimeout);
 332
 333           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 334         }
 335       }
 336
 337       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 338       vc.start();
 339     }
 340     else
 341     {
 342       if (jnlpVersion != null)
 343       {
 344         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 345       }
 346       else
 347       {
 348         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 349       }
 350     }
 351
 352     setProperty("VERSION", codeVersion);
 353
 354     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 355     jalview.gui.UserDefinedColours
 356             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 357     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 358             false);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 363    * found
 364    *
 365    * @param key
 366    *          Name of property
 367    *
 368    * @return Property value
 369    */
 370   public static String getProperty(String key)
 371   {
 372     return applicationProperties.getProperty(key);
 373   }
 374
 375   /**
 376    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 377    * to the default setting
 378    */
 379
 380   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 381   {
 382     String string = getProperty(property);
 383     if (string != null)
 384     {
 385       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 386     }
 387
 388     return def;
 389   }
 390
 391   /**
 392    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 393    * to the default setting
 394    */
 395   public static String getDefault(String property, String def)
 396   {
 397     String string = getProperty(property);
 398     if (string != null)
 399     {
 400       return string;
 401     }
 402
 403     return def;
 404   }
 405
 406   /**
 407    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 408    *
 409    * @param key
 410    *          Name of object
 411    * @param obj
 412    *          String value of property
 413    *
 414    * @return String value of property
 415    */
 416   public static String setProperty(String key, String obj)
 417   {
 418     try
 419     {
 420       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 421       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 422       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 423       out.close();
 424     } catch (Exception ex)
 425     {
 426       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 427               + "\n" + ex);
 428     }
 429     return obj;
 430   }
 431
 432   /**
 433    * remove the specified property from the jalview properties file
 434    *
 435    * @param string
 436    */
 437   public static void removeProperty(String string)
 438   {
 439     applicationProperties.remove(string);
 440     saveProperties();
 441   }
 442
 443   /**
 444    * save the properties to the jalview properties path
 445    */
 446   public static void saveProperties()
 447   {
 448     try
 449     {
 450       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 451       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 452       out.close();
 453     } catch (Exception ex)
 454     {
 455       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 456     }
 457   }
 458
 459   /**
 460    * internal vamsas class discovery state
 461    */
 462   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 463
 464   /**
 465    * Searches for vamsas client classes on class path.
 466    *
 467    * @return true if vamsas client is present on classpath
 468    */
 469   public static boolean vamsasJarsPresent()
 470   {
 471     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 472     {
 473       try
 474       {
 475         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 476                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 477         {
 478           jalview.bin.Cache.log
 479                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 480           vamsasJarsArePresent = 1;
 481           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 482           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 483                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 484
 485           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 486           // Tell the user that debug is enabled
 487           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 488         }
 489       } catch (Exception e)
 490       {
 491         vamsasJarsArePresent = 0;
 492         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 493       }
 494     }
 495     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 496   }
 497
 498   /**
 499    * internal vamsas class discovery state
 500    */
 501   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 502
 503   /**
 504    * Searches for vamsas client classes on class path.
 505    *
 506    * @return true if vamsas client is present on classpath
 507    */
 508   public static boolean groovyJarsPresent()
 509   {
 510     if (groovyJarsArePresent == -1)
 511     {
 512       try
 513       {
 514         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 515                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 516         {
 517           jalview.bin.Cache.log
 518                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 519           groovyJarsArePresent = 1;
 520           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 521           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 522                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 523
 524           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 525           // Tell the user that debug is enabled
 526           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 527         }
 528       } catch (Error e)
 529       {
 530         groovyJarsArePresent = 0;
 531         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 532       } catch (Exception e)
 533       {
 534         groovyJarsArePresent = 0;
 535         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 536       }
 537     }
 538     return (groovyJarsArePresent > 0);
 539   }
 540
 541   /**
 542    * generate Das1Sources from the local das source list
 543    *
 544    * @return Vector of Das1Sources
 545    */
 546   public static Vector getLocalDasSources()
 547   {
 548     Vector localSources = new Vector();
 549     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 550     if (local != null)
 551     {
 552       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 553       while (st.hasMoreTokens())
 554       {
 555         String token = st.nextToken();
 556         int bar = token.indexOf("|");
 557         Das1Source source = new Das1Source();
 558         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 559         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 560         {
 561           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 562           // this source also serves sequences as well as features
 563           source.setCapabilities(new String[]
 564           { "sequence", "features" });
 565         }
 566         else
 567         {
 568           // default is that all user added sources serve features
 569           source.setCapabilities(new String[]
 570           { "features" });
 571         }
 572
 573         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 574
 575         localSources.addElement(source);
 576       }
 577     }
 578     return localSources;
 579   }
 580
 581   /**
 582    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 583    * enabled.
 584    */
 585   protected static Object tracker = null;
 586
 587   protected static Class trackerfocus = null;
 588
 589   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 590
 591   /**
 592    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 593    */
 594   public static void initGoogleTracker()
 595   {
 596     if (tracker == null)
 597     {
 598       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 599       {
 600         // try to get the tracker class
 601         try
 602         {
 603           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 604                   .getClassLoader()
 605                   .loadClass(
 606                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 607           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 608                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 609         } catch (Exception e)
 610         {
 611           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 612           tracker = null;
 613           jgoogleanalyticstracker = null;
 614           trackerfocus = null;
 615           return;
 616         }
 617       }
 618       // now initialise tracker
 619       Exception re = null, ex = null;
 620       Error err = null;
 621       String vrs = "No Version Accessible";
 622       try
 623       {
 624         // Google analytics tracking code for Library Finder
 625         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 626         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 627                 new Object[]
 628                 {
 629                     "Jalview Desktop",
 630                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 631                             + "_"
 632                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 633                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 634         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 635                 new Class[]
 636                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 637         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 638         { String.class }).newInstance(new Object[]
 639         { "Application Started." }) });
 640       } catch (RuntimeException e)
 641       {
 642         re = e;
 643       } catch (Exception e)
 644       {
 645         ex = e;
 646       } catch (Error e)
 647       {
 648         err = e;
 649       }
 650       if (re != null || ex != null || err != null)
 651       {
 652         if (log != null)
 653         {
 654           if (re != null)
 655             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 656           if (ex != null)
 657             log.warn(
 658                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 659                             + vrs, ex);
 660           if (err != null)
 661             log.error(
 662                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 663                             + vrs, err);
 664         }
 665         else
 666         {
 667           if (re != null)
 668           {
 669             System.err
 670                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 671                             + vrs);
 672             re.printStackTrace();
 673           }
 674           if (ex != null)
 675           {
 676             System.err
 677                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 678                             + vrs);
 679             ex.printStackTrace();
 680           }
 681
 682           if (err != null)
 683           {
 684             System.err
 685                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 686                             + vrs);
 687             err.printStackTrace();
 688           }
 689         }
 690       }
 691       else
 692       {
 693         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 694       }
 695     }
 696   }
 697
 698 }