src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import org.apache.log4j.*;
  25 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  26
  27 /**
  28  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  29  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  30  * are alternative values for a tag. <br>
  31  * <br>
  32  * Current properties include:
  33  * <ul>
  34  * <br>
  35  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  36  * logging level for axis (used for web services) <br>
  37  * </li>
  38  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  39  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  40  * </li>
  41  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  42  * </li>
  43  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  44  * startup</li>
  45  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  46  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  47  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  48  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  49  * <li>SCREEN_X=371</li>
  50  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  51  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  52  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  53  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  54  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  55  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  56  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  57  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  58  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  59  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  60  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  61  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  62  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  63  * annotation row</li>
  64  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  65  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  66  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  67  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  68  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  69  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  70  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  71  * www.jalview.org</li>
  72  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  73  * descriptions</li>
  74  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  75  * suffix to file</li>
  76  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  77  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  78  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  79  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  80  * <li>PROXY_PORT</li>
  81  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  82  * service</li>
  83  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  84  * service</li>
  85  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  86  * collecting usage statistics</li>
  87  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  88  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  89  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  90  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  91  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  92  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  93  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  94  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  95  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  96  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  97  * style check</li>
  98  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  99  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 100  * $SEQUENCE_ID$</li>
 101  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 102  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 103  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 104  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 105  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 106  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 107  * (false)</li>
 108  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 109  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 110  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 111  * ID tooltip</li>
 112  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 113  * ID tooltip</li>
 114  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 115  * displayed as '.'</li>
 116  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 117  * order of a newly displayed tree</li>
 118  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 119  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 120  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 121  * alignment.</li>
 122  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 123  * in the alignment.</li>
 124  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 125  * histogram.</li>
 126  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 127  * logo.</li>
 128  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 129  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 130  * </li>
 131  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 132  * warning dialog box is displayed.</li>
 133  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation when shading by annotation</li>
 134  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation when shading by annotation</li>
 135  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 136  *
 137  * <li></li>
 138  *
 139  * </ul>
 140  *
 141  * @author $author$
 142  * @version $Revision$
 143  */
 144 public class Cache
 145 {
 146   /**
 147    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 148    */
 149   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 150
 151   /**
 152    * property giving log4j level for AXIS loggers
 153    */
 154   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 155
 156   /**
 157    * property giving log4j level for Jalview Log
 158    */
 159   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 160
 161   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 162
 163   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 164
 165   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 166
 167   /**
 168    * Initialises the Jalview Application Log
 169    */
 170   public static Logger log;
 171
 172   /** Jalview Properties */
 173   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 174
 175   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 176   static String propertiesFile;
 177
 178   private static boolean propsAreReadOnly=false;
 179
 180   public static void initLogger()
 181   {
 182     if (log != null)
 183     {
 184       return;
 185     }
 186     try
 187     {
 188       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 189       // the log
 190
 191       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 192               "System.err");
 193       ap.setName("JalviewLogger");
 194       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 195       // log output
 196       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 197       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 198       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 199
 200       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 201               Level.INFO.toString())));
 202       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 203               Level.INFO.toString())));
 204       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 205       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 206               Level.INFO.toString())));
 207       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 208       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 209       // Level.INFO.toString())));
 210       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 211               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 212       // laxis.addAppender(ap);
 213       // lcastor.addAppender(ap);
 214       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 215       // Tell the user that debug is enabled
 216       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 217     } catch (Exception ex)
 218     {
 219       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 220       ex.printStackTrace(System.err);
 221     }
 222   }
 223
 224   /** Called when Jalview is started */
 225   public static void loadProperties(String propsFile)
 226   {
 227     propertiesFile = propsFile;
 228     if (propsFile == null)
 229     {
 230       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 231               + ".jalview_properties";
 232     } else {
 233       // don't corrupt the file we've been given.
 234       propsAreReadOnly = true;
 235     }
 236
 237     try
 238     {
 239       InputStream fis;
 240       try
 241       {
 242         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 243         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 244                 + propertiesFile);
 245         System.out
 246                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 247         propsAreReadOnly = true;
 248
 249       } catch (Exception ex)
 250       {
 251         fis = null;
 252       }
 253       if (fis == null)
 254       {
 255         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 256       }
 257       applicationProperties.load(fis);
 258       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 259       applicationProperties.remove("VERSION");
 260       fis.close();
 261     } catch (Exception ex)
 262     {
 263       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 264     }
 265
 266     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 267     {
 268       System.out.println("Using proxyServer: "
 269               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 270               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 271       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 272       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 273     }
 274
 275     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 276     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 277     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 278     try
 279     {
 280       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 281               .getCodeSource().getLocation().toString()
 282               .concat("!/.build_properties"));
 283
 284       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 285
 286       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 287       applicationProperties.load(in);
 288       in.close();
 289     } catch (Exception ex)
 290     {
 291       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 292       applicationProperties.remove("VERSION");
 293     }
 294
 295     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 296     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 297
 298     if (codeVersion == null)
 299     {
 300       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 301       codeVersion = "Test";
 302       jnlpVersion = "Test";
 303     }
 304
 305     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 306
 307     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 308     // Dont do this check if running in headless mode
 309     if (jnlpVersion == null
 310             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 311             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 312                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 313     {
 314
 315       class VersionChecker extends Thread
 316       {
 317         public void run()
 318         {
 319           String orgtimeout = System
 320                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 321           if (orgtimeout == null)
 322           {
 323             orgtimeout = "30";
 324             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 325                     + orgtimeout + " seconds.");
 326           }
 327           String jnlpVersion = null;
 328           try
 329           {
 330             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 331                     "5000");
 332             java.net.URL url = new java.net.URL(
 333                     Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")+"/webstart/jalview.jnlp");
 334             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 335                     url.openStream()));
 336             String line = null;
 337             while ((line = in.readLine()) != null)
 338             {
 339               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 340               {
 341                 continue;
 342               }
 343
 344               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 345               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 346               jnlpVersion = line;
 347               break;
 348             }
 349           } catch (Exception ex)
 350           {
 351             System.out
 352                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 353             System.out.println(ex);
 354             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 355           }
 356           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 357                   orgtimeout);
 358
 359           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 360         }
 361       }
 362
 363       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 364       vc.start();
 365     }
 366     else
 367     {
 368       if (jnlpVersion != null)
 369       {
 370         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 371       }
 372       else
 373       {
 374         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 375       }
 376     }
 377
 378     setProperty("VERSION", codeVersion);
 379
 380     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 381     jalview.gui.UserDefinedColours
 382             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 383     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 384             false);
 385   }
 386
 387   /**
 388    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 389    * found
 390    *
 391    * @param key
 392    *          Name of property
 393    *
 394    * @return Property value
 395    */
 396   public static String getProperty(String key)
 397   {
 398     return applicationProperties.getProperty(key);
 399   }
 400
 401   /**
 402    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 403    * to the default setting
 404    */
 405
 406   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 407   {
 408     String string = getProperty(property);
 409     if (string != null)
 410     {
 411       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 412     }
 413
 414     return def;
 415   }
 416
 417   /**
 418    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 419    * to the default setting
 420    */
 421   public static String getDefault(String property, String def)
 422   {
 423     String string = getProperty(property);
 424     if (string != null)
 425     {
 426       return string;
 427     }
 428
 429     return def;
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 434    *
 435    * @param key
 436    *          Name of object
 437    * @param obj
 438    *          String value of property
 439    *
 440    * @return String value of property
 441    */
 442   public static String setProperty(String key, String obj)
 443   {
 444
 445     try
 446     {
 447       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 448       if (!propsAreReadOnly)
 449       {
 450         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 451         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 452         out.close();
 453       }
 454     } catch (Exception ex)
 455     {
 456       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 457               + "\n" + ex);
 458     }
 459     return obj;
 460   }
 461
 462   /**
 463    * remove the specified property from the jalview properties file
 464    *
 465    * @param string
 466    */
 467   public static void removeProperty(String string)
 468   {
 469     applicationProperties.remove(string);
 470     saveProperties();
 471   }
 472
 473   /**
 474    * save the properties to the jalview properties path
 475    */
 476   public static void saveProperties()
 477   {
 478     if (!propsAreReadOnly)
 479     {
 480       try
 481       {
 482         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 483         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 484         out.close();
 485       } catch (Exception ex)
 486       {
 487         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 488       }
 489     }
 490   }
 491
 492   /**
 493    * internal vamsas class discovery state
 494    */
 495   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 496
 497   /**
 498    * Searches for vamsas client classes on class path.
 499    *
 500    * @return true if vamsas client is present on classpath
 501    */
 502   public static boolean vamsasJarsPresent()
 503   {
 504     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 505     {
 506       try
 507       {
 508         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 509                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 510         {
 511           jalview.bin.Cache.log
 512                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 513           vamsasJarsArePresent = 1;
 514           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 515           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 516                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 517
 518           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 519           // Tell the user that debug is enabled
 520           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 521         }
 522       } catch (Exception e)
 523       {
 524         vamsasJarsArePresent = 0;
 525         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 526       }
 527     }
 528     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 529   }
 530
 531   /**
 532    * internal vamsas class discovery state
 533    */
 534   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 535
 536   /**
 537    * Searches for vamsas client classes on class path.
 538    *
 539    * @return true if vamsas client is present on classpath
 540    */
 541   public static boolean groovyJarsPresent()
 542   {
 543     if (groovyJarsArePresent == -1)
 544     {
 545       try
 546       {
 547         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 548                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 549         {
 550           jalview.bin.Cache.log
 551                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 552           groovyJarsArePresent = 1;
 553           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 554           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 555                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 556
 557           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 558           // Tell the user that debug is enabled
 559           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 560         }
 561       } catch (Error e)
 562       {
 563         groovyJarsArePresent = 0;
 564         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 565       } catch (Exception e)
 566       {
 567         groovyJarsArePresent = 0;
 568         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 569       }
 570     }
 571     return (groovyJarsArePresent > 0);
 572   }
 573
 574   /**
 575    * generate Das1Sources from the local das source list
 576    *
 577    * @return Vector of Das1Sources
 578    */
 579   public static Vector getLocalDasSources()
 580   {
 581     Vector localSources = new Vector();
 582     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 583     if (local != null)
 584     {
 585       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 586       while (st.hasMoreTokens())
 587       {
 588         String token = st.nextToken();
 589         int bar = token.indexOf("|");
 590         Das1Source source = new Das1Source();
 591         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 592         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 593         {
 594           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 595           // this source also serves sequences as well as features
 596           source.setCapabilities(new String[]
 597           { "sequence", "features" });
 598         }
 599         else
 600         {
 601           // default is that all user added sources serve features
 602           source.setCapabilities(new String[]
 603           { "features" });
 604         }
 605
 606         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 607
 608         localSources.addElement(source);
 609       }
 610     }
 611     return localSources;
 612   }
 613
 614   /**
 615    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 616    * enabled.
 617    */
 618   protected static Object tracker = null;
 619
 620   protected static Class trackerfocus = null;
 621
 622   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 623
 624   /**
 625    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 626    */
 627   public static void initGoogleTracker()
 628   {
 629     if (tracker == null)
 630     {
 631       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 632       {
 633         // try to get the tracker class
 634         try
 635         {
 636           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 637                   .getClassLoader()
 638                   .loadClass(
 639                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 640           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 641                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 642         } catch (Exception e)
 643         {
 644           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 645           tracker = null;
 646           jgoogleanalyticstracker = null;
 647           trackerfocus = null;
 648           return;
 649         }
 650       }
 651       // now initialise tracker
 652       Exception re = null, ex = null;
 653       Error err = null;
 654       String vrs = "No Version Accessible";
 655       try
 656       {
 657         // Google analytics tracking code for Library Finder
 658         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 659         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 660                 new Object[]
 661                 {
 662                     "Jalview Desktop",
 663                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 664                             + "_"
 665                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 666                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 667         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 668                 new Class[]
 669                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 670         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 671         { String.class }).newInstance(new Object[]
 672         { "Application Started." }) });
 673       } catch (RuntimeException e)
 674       {
 675         re = e;
 676       } catch (Exception e)
 677       {
 678         ex = e;
 679       } catch (Error e)
 680       {
 681         err = e;
 682       }
 683       if (re != null || ex != null || err != null)
 684       {
 685         if (log != null)
 686         {
 687           if (re != null)
 688             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 689           if (ex != null)
 690             log.warn(
 691                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 692                             + vrs, ex);
 693           if (err != null)
 694             log.error(
 695                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 696                             + vrs, err);
 697         }
 698         else
 699         {
 700           if (re != null)
 701           {
 702             System.err
 703                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 704                             + vrs);
 705             re.printStackTrace();
 706           }
 707           if (ex != null)
 708           {
 709             System.err
 710                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 711                             + vrs);
 712             ex.printStackTrace();
 713           }
 714
 715           if (err != null)
 716           {
 717             System.err
 718                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 719                             + vrs);
 720             err.printStackTrace();
 721           }
 722         }
 723       }
 724       else
 725       {
 726         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 727       }
 728     }
 729   }
 730
 731   /**
 732    * get the user's default colour if available
 733    * @param property
 734    * @param defcolour
 735    * @return
 736    */
 737   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 738   {
 739     String colprop = getProperty(property);
 740     if (colprop==null) {
 741       return defcolour;
 742     }
 743     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colprop);
 744     if (col==null)
 745     {
 746       try {
 747         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 748       } catch (Exception ex)
 749       {
 750         log.warn("Couldn't parse '"+colprop+"' as a colour for "+property);
 751         col=null;
 752       }
 753     }
 754     return (col==null) ? defcolour: col;
 755   }
 756
 757   /**
 758    * store a colour as a Jalview user default property
 759    * @param property
 760    * @param colour
 761    */
 762   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 763   {
 764     setProperty(property, jalview.util.Format
 765           .getHexString(colour));
 766   }
 767 }