src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.IOException;
   6 import java.net.URISyntaxException;
   7 import java.util.ArrayList;
   8 import java.util.Arrays;
   9 import java.util.Collections;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Iterator;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Locale;
  14 import java.util.Map;
  15
  16 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  17 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  18 import jalview.bin.Jalview.ExitCode;
  19 import jalview.bin.argparser.Arg;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  22 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  23 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  29 import jalview.gui.AppJmol;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.Preferences;
  32 import jalview.gui.StructureChooser;
  33 import jalview.gui.StructureViewer;
  34 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  35 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  36 import jalview.io.BackupFiles;
  37 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormat;
  40 import jalview.io.FileFormatException;
  41 import jalview.io.FileFormatI;
  42 import jalview.io.FileFormats;
  43 import jalview.io.FileLoader;
  44 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  45 import jalview.io.IdentifyFile;
  46 import jalview.io.NewickFile;
  47 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  49 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  50 import jalview.structure.StructureCommandI;
  51 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  52 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  53 import jalview.util.ColorUtils;
  54 import jalview.util.FileUtils;
  55 import jalview.util.HttpUtils;
  56 import jalview.util.ImageMaker;
  57 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  58 import jalview.util.MessageManager;
  59 import jalview.util.Platform;
  60 import jalview.util.StringUtils;
  61 import jalview.util.imagemaker.BitmapImageSizing;
  62
  63 public class Commands
  64 {
  65   Desktop desktop;
  66
  67   private boolean headless;
  68
  69   private ArgParser argParser;
  70
  71   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  72
  73   private Map<String, List<StructureViewer>> svMap;
  74
  75   private boolean commandArgsProvided = false;
  76
  77   private boolean argsWereParsed = false;
  78
  79   private List<String> errors = new ArrayList<>();
  80
  81   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  82   {
  83     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  84   }
  85
  86   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  87   {
  88     argParser = argparser;
  89     headless = h;
  90     desktop = d;
  91     afMap = new HashMap<>();
  92   }
  93
  94   protected boolean processArgs()
  95   {
  96     if (argParser == null)
  97     {
  98       return true;
  99     }
 100
 101     boolean theseArgsWereParsed = false;
 102
 103     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
 104     {
 105       for (String id : argParser.getLinkedIds())
 106       {
 107         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 108         theseArgsWereParsed = true;
 109         boolean processLinkedOkay = processLinked(id);
 110         theseArgsWereParsed &= processLinkedOkay;
 111
 112         processGroovyScript(id);
 113
 114         // wait around until alignFrame isn't busy
 115         AlignFrame af = afMap.get(id);
 116         while (af != null && af.getViewport().isCalcInProgress())
 117         {
 118           try
 119           {
 120             Thread.sleep(25);
 121           } catch (Exception q)
 122           {
 123           }
 124           ;
 125         }
 126
 127         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
 128
 129         if (processLinkedOkay)
 130         {
 131           theseArgsWereParsed &= processOutput(id);
 132         }
 133
 134         // close ap
 135         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 136         {
 137           af = afMap.get(id);
 138           if (af != null)
 139           {
 140             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 141           }
 142         }
 143
 144       }
 145
 146     }
 147
 148     // report errors - if any
 149     String errorsRaised = errorsToString();
 150     if (errorsRaised.trim().length() > 0)
 151     {
 152       Console.warn(
 153               "The following errors and warnings occurred whilst processing files:\n"
 154                       + errorsRaised);
 155     }
 156     // gui errors reported in Jalview
 157
 158     if (argParser.getBoolean(Arg.QUIT))
 159     {
 160       Jalview.getInstance().exit(
 161               "Exiting due to " + Arg.QUIT.argString() + " argument.",
 162               ExitCode.OK);
 163       return true;
 164     }
 165     // carry on with jalview.bin.Jalview
 166     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 167     return argsWereParsed;
 168   }
 169
 170   public boolean commandArgsProvided()
 171   {
 172     return commandArgsProvided;
 173   }
 174
 175   public boolean argsWereParsed()
 176   {
 177     return argsWereParsed;
 178   }
 179
 180   protected boolean processLinked(String id)
 181   {
 182     boolean theseArgsWereParsed = false;
 183     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 184     if (avm == null)
 185     {
 186       return true;
 187     }
 188
 189     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
 190
 191     // set wrap scope here so it can be applied after structures are opened
 192     boolean wrap = false;
 193
 194     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 195     {
 196       commandArgsProvided = true;
 197       long progress = -1;
 198
 199       boolean first = true;
 200       boolean progressBarSet = false;
 201       AlignFrame af;
 202       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 203       // was APPEND or OPEN
 204       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 205       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 206       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 207       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 208       Collections.sort(openAvList);
 209       for (ArgValue av : openAvList)
 210       {
 211         Arg a = av.getArg();
 212         SubVals sv = av.getSubVals();
 213         String openFile = av.getValue();
 214         if (openFile == null)
 215           continue;
 216
 217         theseArgsWereParsed = true;
 218         if (first)
 219         {
 220           first = false;
 221           if (!headless && desktop != null)
 222           {
 223             desktop.setProgressBar(
 224                     MessageManager.getString(
 225                             "status.processing_commandline_args"),
 226                     progress = System.currentTimeMillis());
 227             progressBarSet = true;
 228           }
 229         }
 230
 231         if (!Platform.isJS())
 232         /**
 233          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 234          *
 235          * @j2sIgnore
 236          */
 237         {
 238           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 239           {
 240             if (!(new File(openFile)).exists())
 241             {
 242               addError("Can't find file '" + openFile + "'");
 243               isError = true;
 244               continue;
 245             }
 246           }
 247         }
 248
 249         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 250                 .checkProtocol(openFile);
 251
 252         FileFormatI format = null;
 253         try
 254         {
 255           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 256         } catch (FileFormatException e1)
 257         {
 258           addError("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 259           isError = true;
 260           continue;
 261         }
 262
 263         af = afMap.get(id);
 264         // When to open a new AlignFrame
 265         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 266                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 267         {
 268           if (a == Arg.OPEN)
 269           {
 270             Jalview.testoutput(argParser, Arg.OPEN, "examples/uniref50.fa",
 271                     openFile);
 272           }
 273
 274           Console.debug(
 275                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 276           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 277           boolean xception = false;
 278           try
 279           {
 280             af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 281                     format);
 282           } catch (Throwable thr)
 283           {
 284             xception = true;
 285             addError("Couldn't open '" + openFile + "' as " + format + " "
 286                     + thr.getLocalizedMessage()
 287                     + " (Enable debug for full stack trace)");
 288             isError = true;
 289             Console.debug("Exception when opening '" + openFile + "'", thr);
 290           } finally
 291           {
 292             if (af == null && !xception)
 293             {
 294               addInfo("Ignoring '" + openFile
 295                       + "' - no alignment data found.");
 296               continue;
 297             }
 298           }
 299
 300           // colour alignment
 301           String colour = avm.getFromSubValArgOrPref(av, Arg.COLOUR, sv,
 302                   null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 303           this.colourAlignFrame(af, colour);
 304
 305           // Change alignment frame title
 306           String title = avm.getFromSubValArgOrPref(av, Arg.TITLE, sv, null,
 307                   null, null);
 308           if (title != null)
 309           {
 310             af.setTitle(title);
 311             Jalview.testoutput(argParser, Arg.TITLE, "test title", title);
 312           }
 313
 314           // Add features
 315           String featuresfile = avm.getValueFromSubValOrArg(av,
 316                   Arg.FEATURES, sv);
 317           if (featuresfile != null)
 318           {
 319             af.parseFeaturesFile(featuresfile,
 320                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(featuresfile));
 321             Jalview.testoutput(argParser, Arg.FEATURES,
 322                     "examples/testdata/plantfdx.features", featuresfile);
 323           }
 324
 325           // Add annotations from file
 326           String annotationsfile = avm.getValueFromSubValOrArg(av,
 327                   Arg.ANNOTATIONS, sv);
 328           if (annotationsfile != null)
 329           {
 330             af.loadJalviewDataFile(annotationsfile, null, null, null);
 331             Jalview.testoutput(argParser, Arg.ANNOTATIONS,
 332                     "examples/testdata/plantfdx.annotations",
 333                     annotationsfile);
 334           }
 335
 336           // Set or clear the sortbytree flag
 337           boolean sortbytree = avm.getBoolFromSubValOrArg(Arg.SORTBYTREE,
 338                   sv);
 339           if (sortbytree)
 340           {
 341             af.getViewport().setSortByTree(true);
 342             Jalview.testoutput(argParser, Arg.SORTBYTREE);
 343           }
 344
 345           // Load tree from file
 346           String treefile = avm.getValueFromSubValOrArg(av, Arg.TREE, sv);
 347           if (treefile != null)
 348           {
 349             try
 350             {
 351               NewickFile nf = new NewickFile(treefile,
 352                       AppletFormatAdapter.checkProtocol(treefile));
 353               af.getViewport().setCurrentTree(
 354                       af.showNewickTree(nf, treefile).getTree());
 355               Jalview.testoutput(argParser, Arg.TREE,
 356                       "examples/testdata/uniref50_test_tree", treefile);
 357             } catch (IOException e)
 358             {
 359               addError("Couldn't add tree " + treefile, e);
 360               isError = true;
 361             }
 362           }
 363
 364           // Show secondary structure annotations?
 365           boolean showSSAnnotations = avm.getFromSubValArgOrPref(
 366                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 367                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 368           af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 369
 370           // Show sequence annotations?
 371           boolean showAnnotations = avm.getFromSubValArgOrPref(
 372                   Arg.SHOWANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 373                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 374           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 375
 376           // show temperature factor annotations?
 377           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 378           {
 379             // do this better (annotation types?)
 380             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 381             hideThese.add("Temperature Factor");
 382             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 383             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 384                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 385                     false, false);
 386           }
 387
 388           // wrap alignment? do this last for formatting reasons
 389           wrap = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.WRAP, sv, null,
 390                   "WRAP_ALIGNMENT", false);
 391           // af.setWrapFormat(wrap) is applied after structures are opened for
 392           // annotation reasons
 393
 394           // store the AlignFrame for this id
 395           afMap.put(id, af);
 396
 397           // is it its own structure file?
 398           if (format.isStructureFile())
 399           {
 400             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 401                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 402             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 403             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 404                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 405           }
 406         }
 407         else
 408         {
 409           Console.debug(
 410                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 411           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 412                   ? DataSourceType.URL
 413                   : DataSourceType.FILE;
 414           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 415           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 416                   false);
 417         }
 418
 419         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 420
 421       }
 422       if (first) // first=true means nothing opened
 423       {
 424         if (headless)
 425         {
 426           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode",
 427                   ExitCode.NO_FILES);
 428         }
 429         else
 430         {
 431           Console.info("No more files to open");
 432         }
 433       }
 434       if (progressBarSet && desktop != null)
 435         desktop.setProgressBar(null, progress);
 436
 437     }
 438
 439     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 440     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 441     {
 442       AlignFrame af = afMap.get(id);
 443       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 444       {
 445         commandArgsProvided = true;
 446         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 447         {
 448           argParser.setStructureFilename(null);
 449           String val = av.getValue();
 450           SubVals subVals = av.getSubVals();
 451           int argIndex = av.getArgIndex();
 452           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, avm, av);
 453           if (seq == null)
 454           {
 455             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 456             // sequence in the alignframe
 457             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 458             seq = al.getSequenceAt(0);
 459           }
 460
 461           if (seq == null)
 462           {
 463             addWarn("Could not find sequence for argument "
 464                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 465             continue;
 466           }
 467           String structureFilename = null;
 468           File structureFile = null;
 469           if (subVals.getContent() != null
 470                   && subVals.getContent().length() != 0)
 471           {
 472             structureFilename = subVals.getContent();
 473             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 474                     + structureFilename + "'");
 475             structureFile = new File(structureFilename);
 476           }
 477           /* THIS DOESN'T WORK */
 478           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 479                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 480           {
 481             structureFile = new File(
 482                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 483             if (structureFile != null)
 484             {
 485               Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 486                       + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 487             }
 488             structureFilename = structureFile.getAbsolutePath();
 489           }
 490
 491           if (structureFilename == null || structureFile == null)
 492           {
 493             addWarn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 494             continue;
 495           }
 496
 497           if (!structureFile.exists())
 498           {
 499             addWarn("Structure file '" + structureFile.getAbsoluteFile()
 500                     + "' not found.");
 501             continue;
 502           }
 503
 504           Console.debug("Using structure file "
 505                   + structureFile.getAbsolutePath());
 506
 507           argParser.setStructureFilename(structureFilename);
 508
 509           // open structure view
 510           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 511           if (headless)
 512           {
 513             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 514                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 515           }
 516
 517           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 518
 519           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 520           String paeFilepath = avm.getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(
 521                   argParser, Arg.PAEMATRIX, ArgValuesMap.Position.AFTER, av,
 522                   subVals, null, null, null);
 523           if (paeFilepath != null)
 524           {
 525             File paeFile = new File(paeFilepath);
 526
 527             try
 528             {
 529               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 530             } catch (IOException e)
 531             {
 532               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 533               addWarn("Problem with the PAE file path: '"
 534                       + paeFile.getPath() + "'");
 535             }
 536           }
 537
 538           // showing annotations from structure file or not
 539           boolean ssFromStructure = avm.getFromSubValArgOrPref(
 540                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 541                   true);
 542
 543           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 544           // reference annotations
 545           String tftString = avm.getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(
 546                   argParser, Arg.TEMPFAC, ArgValuesMap.Position.AFTER, av,
 547                   subVals, null, null, null);
 548           boolean notempfac = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.NOTEMPFAC,
 549                   subVals, null, "ADD_TEMPFACT_ANN", false, true);
 550           TFType tft = notempfac ? null : TFType.DEFAULT;
 551           if (tftString != null && !notempfac)
 552           {
 553             // get kind of temperature factor annotation
 554             try
 555             {
 556               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 557               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 558                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 559             } catch (IllegalArgumentException e)
 560             {
 561               // Just an error message!
 562               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 563                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 564                       .append(tft)
 565                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 566               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 567                       .iterator();
 568               while (it.hasNext())
 569               {
 570                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 571                 if (it.hasNext())
 572                   sb.append(", ");
 573               }
 574               addWarn(sb.toString());
 575             }
 576           }
 577
 578           String sViewerName = avm.getFromSubValArgOrPref(
 579                   Arg.STRUCTUREVIEWER, ArgValuesMap.Position.AFTER, av,
 580                   subVals, null, null, "jmol");
 581           ViewerType viewerType = ViewerType.getFromString(sViewerName);
 582
 583           // TODO use ssFromStructure
 584           StructureViewer structureViewer = StructureChooser
 585                   .openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq, false,
 586                           structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 587                           ssFromStructure, false, viewerType);
 588
 589           if (structureViewer == null)
 590           {
 591             if (!StringUtils.equalsIgnoreCase(sViewerName, "none"))
 592             {
 593               addError("Failed to import and open structure view for file '"
 594                       + structureFile + "'.");
 595             }
 596             continue;
 597           }
 598           try
 599           {
 600             long tries = 1000;
 601             while (structureViewer.isBusy() && tries > 0)
 602             {
 603               Thread.sleep(25);
 604               if (structureViewer.isBusy())
 605               {
 606                 tries--;
 607                 Console.debug(
 608                         "Waiting for viewer for " + structureFilepath);
 609               }
 610             }
 611             if (tries == 0 && structureViewer.isBusy())
 612             {
 613               addWarn("Gave up waiting for structure viewer to load file '"
 614                       + structureFile
 615                       + "'. Something may have gone wrong.");
 616             }
 617           } catch (Exception x)
 618           {
 619             addError("Exception whilst waiting for structure viewer "
 620                     + structureFilepath, x);
 621             isError = true;
 622           }
 623
 624           // add StructureViewer to svMap list
 625           if (svMap == null)
 626           {
 627             svMap = new HashMap<>();
 628           }
 629           if (svMap.get(id) == null)
 630           {
 631             svMap.put(id, new ArrayList<>());
 632           }
 633           svMap.get(id).add(structureViewer);
 634
 635           Console.debug(
 636                   "Successfully opened viewer for " + structureFilepath);
 637
 638           if (avm.containsArg(Arg.STRUCTUREIMAGE))
 639           {
 640             for (ArgValue structureImageArgValue : avm
 641                     .getArgValueList(Arg.STRUCTUREIMAGE))
 642             {
 643               String structureImageFilename = argParser.makeSubstitutions(
 644                       structureImageArgValue.getValue(), id, true);
 645               if (structureViewer != null && structureImageFilename != null)
 646               {
 647                 SubVals structureImageSubVals = null;
 648                 structureImageSubVals = structureImageArgValue.getSubVals();
 649                 File structureImageFile = new File(structureImageFilename);
 650                 String width = avm.getValueFromSubValOrArg(
 651                         structureImageArgValue, Arg.WIDTH,
 652                         structureImageSubVals);
 653                 String height = avm.getValueFromSubValOrArg(
 654                         structureImageArgValue, Arg.HEIGHT,
 655                         structureImageSubVals);
 656                 String scale = avm.getValueFromSubValOrArg(
 657                         structureImageArgValue, Arg.SCALE,
 658                         structureImageSubVals);
 659                 String renderer = avm.getValueFromSubValOrArg(
 660                         structureImageArgValue, Arg.TEXTRENDERER,
 661                         structureImageSubVals);
 662                 String typeS = avm.getValueFromSubValOrArg(
 663                         structureImageArgValue, Arg.TYPE,
 664                         structureImageSubVals);
 665                 if (typeS == null || typeS.length() == 0)
 666                 {
 667                   typeS = FileUtils.getExtension(structureImageFile);
 668                 }
 669                 TYPE imageType;
 670                 try
 671                 {
 672                   imageType = Enum.valueOf(TYPE.class,
 673                           typeS.toUpperCase(Locale.ROOT));
 674                 } catch (IllegalArgumentException e)
 675                 {
 676                   addWarn("Do not know image format '" + typeS
 677                           + "', using PNG");
 678                   imageType = TYPE.PNG;
 679                 }
 680                 BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 681                         .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 682
 683                 /////
 684                 // DON'T TRY TO EXPORT IF VIEWER IS UNSUPPORTED
 685                 if (viewerType != ViewerType.JMOL)
 686                 {
 687                   addWarn("Cannot export image for structure viewer "
 688                           + viewerType.name() + " yet");
 689                   continue;
 690                 }
 691
 692                 /////
 693                 // Apply the temporary colourscheme to the linked alignment
 694                 // TODO: enhance for multiple linked alignments.
 695
 696                 String imageColour = avm.getValueFromSubValOrArg(
 697                         structureImageArgValue, Arg.IMAGECOLOUR,
 698                         structureImageSubVals);
 699                 ColourSchemeI originalColourScheme = this
 700                         .getColourScheme(af);
 701                 this.colourAlignFrame(af, imageColour);
 702
 703                 /////
 704                 // custom image background colour
 705
 706                 String bgcolourstring = avm.getValueFromSubValOrArg(
 707                         structureImageArgValue, Arg.BGCOLOUR,
 708                         structureImageSubVals);
 709                 Color bgcolour = null;
 710                 if (bgcolourstring != null && bgcolourstring.length() > 0)
 711                 {
 712                   bgcolour = ColorUtils.parseColourString(bgcolourstring);
 713                   if (bgcolour == null)
 714                   {
 715                     Console.warn(
 716                             "Background colour string '" + bgcolourstring
 717                                     + "' not recognised -- using default");
 718                   }
 719                 }
 720
 721                 JalviewStructureDisplayI sview = structureViewer
 722                         .getJalviewStructureDisplay();
 723
 724                 File sessionToRestore = null;
 725
 726                 List<StructureCommandI> extraCommands = new ArrayList<>();
 727
 728                 if (extraCommands.size() > 0 || bgcolour != null)
 729                 {
 730                   try
 731                   {
 732                     sessionToRestore = sview.saveSession();
 733                   } catch (Throwable t)
 734                   {
 735                     Console.warn(
 736                             "Unable to save temporary session file before custom structure view export operation.");
 737                   }
 738                 }
 739
 740                 ////
 741                 // Do temporary ops
 742
 743                 if (bgcolour != null)
 744                 {
 745                   sview.getBinding().setBackgroundColour(bgcolour);
 746                 }
 747
 748                 sview.getBinding().executeCommands(extraCommands, false,
 749                         "Executing Custom Commands");
 750
 751                 // and export the view as an image
 752                 boolean success = this.checksBeforeWritingToFile(avm,
 753                         subVals, false, structureImageFilename,
 754                         "structure image", isError);
 755
 756                 if (!success)
 757                 {
 758                   continue;
 759                 }
 760                 Console.debug("Rendering image to " + structureImageFile);
 761                 //
 762                 // TODO - extend StructureViewer / Binding with makePDBImage so
 763                 // we can do this with every viewer
 764                 //
 765
 766                 try
 767                 {
 768                   // We don't expect class cast exception
 769                   AppJmol jmol = (AppJmol) sview;
 770                   jmol.makePDBImage(structureImageFile, imageType, renderer,
 771                           userBis);
 772                   Console.debug("Finished Rendering image to "
 773                           + structureImageFile);
 774
 775                   // RESTORE SESSION AFTER EXPORT IF NEED BE
 776                   if (sessionToRestore != null)
 777                   {
 778                     Console.debug("Restoring session from "
 779                             + sessionToRestore);
 780
 781                     sview.getBinding().restoreSession(sessionToRestore.getAbsolutePath());
 782
 783                   }
 784                 } catch (ImageOutputException ioexec)
 785                 {
 786                   addError(
 787                           "Unexpected error when restoring structure viewer session after custom view operations.");
 788                   isError = true;
 789                   continue;
 790                 } finally
 791                 {
 792                   try {
 793                     this.colourAlignFrame(af, originalColourScheme);
 794                   } catch (Exception t)
 795                   {
 796                     addError("Unexpected error when restoring colourscheme to alignment after temporary change for export.",t);
 797                   }
 798                 }
 799               }
 800             }
 801           }
 802           argParser.setStructureFilename(null);
 803         }
 804       }
 805     }
 806
 807     if (wrap)
 808     {
 809       AlignFrame af = afMap.get(id);
 810       if (af != null)
 811       {
 812         af.setWrapFormat(wrap, true);
 813       }
 814     }
 815
 816     /*
 817     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 818     if (doShading)
 819     {
 820       AlignFrame af = afMap.get(id);
 821       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 822               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 823       {
 824         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 825                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 826         acg.setSeqAssociated(true);
 827         af.changeColour(acg);
 828         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 829       }
 830     }
 831     */
 832
 833     return theseArgsWereParsed && !isError;
 834   }
 835
 836   protected void processGroovyScript(String id)
 837   {
 838     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 839     AlignFrame af = afMap.get(id);
 840
 841     if (af == null)
 842     {
 843       addWarn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 844       return;
 845     }
 846
 847     if (avm.containsArg(Arg.GROOVY))
 848     {
 849       String groovyscript = avm.getValue(Arg.GROOVY);
 850       if (groovyscript != null)
 851       {
 852         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 853         // and before any images or figures are generated.
 854         Console.info("Executing script " + groovyscript);
 855         Jalview.getInstance().executeGroovyScript(groovyscript, af);
 856       }
 857     }
 858   }
 859
 860   protected boolean processImages(String id)
 861   {
 862     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 863     AlignFrame af = afMap.get(id);
 864
 865     if (af == null)
 866     {
 867       addWarn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 868       return false;
 869     }
 870
 871     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
 872     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 873     {
 874       for (ArgValue imageAv : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 875       {
 876         String val = imageAv.getValue();
 877         SubVals imageSubVals = imageAv.getSubVals();
 878         String fileName = imageSubVals.getContent();
 879         File file = new File(fileName);
 880         String name = af.getName();
 881         String renderer = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv,
 882                 Arg.TEXTRENDERER, imageSubVals);
 883         if (renderer == null)
 884           renderer = "text";
 885         String type = "png"; // default
 886
 887         String scale = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.SCALE,
 888                 imageSubVals);
 889         String width = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.WIDTH,
 890                 imageSubVals);
 891         String height = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.HEIGHT,
 892                 imageSubVals);
 893         BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 894                 .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 895
 896         type = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.TYPE, imageSubVals);
 897         if (type == null && fileName != null)
 898         {
 899           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
 900           {
 901             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 902             {
 903               type = ext;
 904             }
 905           }
 906         }
 907         // for moment we disable JSON export
 908         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 909         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 910
 911         String imageColour = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv,
 912                 Arg.IMAGECOLOUR, imageSubVals);
 913         ColourSchemeI originalColourScheme = this.getColourScheme(af);
 914         this.colourAlignFrame(af, imageColour);
 915
 916         Console.info("Writing " + file);
 917
 918         boolean success = checksBeforeWritingToFile(avm, imageSubVals,
 919                 false, fileName, "image", isError);
 920         if (!success)
 921         {
 922           continue;
 923         }
 924
 925         try
 926         {
 927           switch (type)
 928           {
 929
 930           case "svg":
 931             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 932             af.createSVG(file, renderer);
 933             break;
 934
 935           case "png":
 936             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 937             af.createPNG(file, null, userBis);
 938             break;
 939
 940           case "html":
 941             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 942             HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 943             htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
 944             break;
 945
 946           case "biojs":
 947             Console.debug(
 948                     "Outputting BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
 949             try
 950             {
 951               BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 952                       BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 953             } catch (URISyntaxException e)
 954             {
 955               e.printStackTrace();
 956             }
 957             BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 958             bjs.exportHTML(fileName);
 959             break;
 960
 961           case "eps":
 962             Console.debug("Outputting EPS file: " + fileName);
 963             af.createEPS(file, renderer);
 964             break;
 965
 966           case "imagemap":
 967             Console.debug("Outputting ImageMap file: " + fileName);
 968             af.createImageMap(file, name);
 969             break;
 970
 971           default:
 972             addWarn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 973                     + "' not known. Ignoring");
 974             break;
 975           }
 976         } catch (Exception ioex)
 977         {
 978           addError("Unexpected error during export to '" + fileName + "'",
 979                   ioex);
 980           isError = true;
 981         }
 982
 983         this.colourAlignFrame(af, originalColourScheme);
 984       }
 985     }
 986     return !isError;
 987   }
 988
 989   protected boolean processOutput(String id)
 990   {
 991     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 992     AlignFrame af = afMap.get(id);
 993
 994     if (af == null)
 995     {
 996       addWarn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 997       return false;
 998     }
 999
1000     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
1001
1002     if (avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
1003     {
1004       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OUTPUT))
1005       {
1006         String val = av.getValue();
1007         SubVals subVals = av.getSubVals();
1008         String fileName = subVals.getContent();
1009         boolean stdout = ArgParser.STDOUTFILENAME.equals(fileName);
1010         File file = new File(fileName);
1011
1012         String name = af.getName();
1013         String format = avm.getValueFromSubValOrArg(av, Arg.FORMAT,
1014                 subVals);
1015         FileFormats ffs = FileFormats.getInstance();
1016         List<String> validFormats = ffs.getWritableFormats(false);
1017
1018         FileFormatI ff = null;
1019         if (format == null && fileName != null)
1020         {
1021           FORMAT: for (String fname : validFormats)
1022           {
1023             FileFormatI tff = ffs.forName(fname);
1024             String[] extensions = tff.getExtensions().split(",");
1025             for (String ext : extensions)
1026             {
1027               if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
1028               {
1029                 ff = tff;
1030                 format = ff.getName();
1031                 break FORMAT;
1032               }
1033             }
1034           }
1035         }
1036         if (ff == null && format != null)
1037         {
1038           ff = ffs.forName(format);
1039         }
1040         if (ff == null)
1041         {
1042           if (stdout)
1043           {
1044             ff = FileFormat.Fasta;
1045           }
1046           else
1047           {
1048             StringBuilder validSB = new StringBuilder();
1049             for (String f : validFormats)
1050             {
1051               if (validSB.length() > 0)
1052                 validSB.append(", ");
1053               validSB.append(f);
1054               FileFormatI tff = ffs.forName(f);
1055               validSB.append(" (");
1056               validSB.append(tff.getExtensions());
1057               validSB.append(")");
1058             }
1059
1060             addError("No valid format specified for "
1061                     + Arg.OUTPUT.argString() + ". Valid formats are "
1062                     + validSB.toString() + ".");
1063             continue;
1064           }
1065         }
1066
1067         boolean success = checksBeforeWritingToFile(avm, subVals, true,
1068                 fileName, ff.getName(), isError);
1069         if (!success)
1070         {
1071           continue;
1072         }
1073
1074         boolean backups = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.BACKUPS, subVals,
1075                 null, Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
1076                 !Platform.isHeadless());
1077
1078         Console.info("Writing " + fileName);
1079
1080         af.saveAlignment(fileName, ff, stdout, backups);
1081         if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
1082         {
1083           Console.debug("Written alignment '" + name + "' in "
1084                   + ff.getName() + " format to '" + file + "'");
1085         }
1086         else
1087         {
1088           addError("Error writing file '" + file + "' in " + ff.getName()
1089                   + " format!");
1090           isError = true;
1091           continue;
1092         }
1093
1094       }
1095     }
1096     return !isError;
1097   }
1098
1099   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, ArgValuesMap avm,
1100           ArgValue av)
1101   {
1102     SubVals subVals = av.getSubVals();
1103     ArgValue idAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av, Arg.SEQID, true);
1104     SequenceI seq = null;
1105     if (subVals == null && idAv == null)
1106       return null;
1107     if (af == null || af.getCurrentView() == null)
1108     {
1109       return null;
1110     }
1111     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
1112     if (al == null)
1113     {
1114       return null;
1115     }
1116     if (subVals != null)
1117     {
1118       if (subVals.has(Arg.SEQID.getName()))
1119       {
1120         seq = al.findName(subVals.get(Arg.SEQID.getName()));
1121       }
1122       else if (-1 < subVals.getIndex()
1123               && subVals.getIndex() < al.getSequences().size())
1124       {
1125         seq = al.getSequenceAt(subVals.getIndex());
1126       }
1127     }
1128     if (seq == null && idAv != null)
1129     {
1130       seq = al.findName(idAv.getValue());
1131     }
1132     return seq;
1133   }
1134
1135   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1136   {
1137     AlignFrame[] afs = null;
1138     if (afMap != null)
1139     {
1140       afs = (AlignFrame[]) afMap.values().toArray();
1141     }
1142
1143     return afs;
1144   }
1145
1146   public List<StructureViewer> getStructureViewers()
1147   {
1148     List<StructureViewer> svs = null;
1149     if (svMap != null)
1150     {
1151       for (List<StructureViewer> svList : svMap.values())
1152       {
1153         if (svs == null)
1154         {
1155           svs = new ArrayList<>();
1156         }
1157         svs.addAll(svList);
1158       }
1159     }
1160     return svs;
1161   }
1162
1163   private void colourAlignFrame(AlignFrame af, String colour)
1164   {
1165     // use string "none" to remove colour scheme
1166     if (colour != null && "" != colour)
1167     {
1168       ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
1169               af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), colour);
1170       if (cs == null && !StringUtils.equalsIgnoreCase(colour, "none"))
1171       {
1172         addWarn("Couldn't parse '" + colour + "' as a colourscheme.");
1173       }
1174       else
1175       {
1176         Jalview.testoutput(argParser, Arg.COLOUR, "zappo", colour);
1177         colourAlignFrame(af, cs);
1178       }
1179     }
1180   }
1181
1182   private void colourAlignFrame(AlignFrame af, ColourSchemeI cs)
1183   {
1184     // Note that cs == null removes colour scheme from af
1185     af.changeColour(cs);
1186   }
1187
1188   private ColourSchemeI getColourScheme(AlignFrame af)
1189   {
1190     return af.getViewport().getGlobalColourScheme();
1191   }
1192
1193   private void addInfo(String errorMessage)
1194   {
1195     Console.info(errorMessage);
1196     errors.add(errorMessage);
1197   }
1198
1199   private void addWarn(String errorMessage)
1200   {
1201     Console.warn(errorMessage);
1202     errors.add(errorMessage);
1203   }
1204
1205   private void addError(String errorMessage)
1206   {
1207     addError(errorMessage, null);
1208   }
1209
1210   private void addError(String errorMessage, Exception e)
1211   {
1212     Console.error(errorMessage, e);
1213     errors.add(errorMessage);
1214   }
1215
1216   private boolean checksBeforeWritingToFile(ArgValuesMap avm,
1217           SubVals subVal, boolean includeBackups, String filename,
1218           String adjective, Boolean isError)
1219   {
1220     File file = new File(filename);
1221
1222     boolean overwrite = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.OVERWRITE, subVal,
1223             null, "OVERWRITE_OUTPUT", false);
1224     boolean stdout = false;
1225     boolean backups = false;
1226     if (includeBackups)
1227     {
1228       stdout = ArgParser.STDOUTFILENAME.equals(filename);
1229       // backups. Use the Arg.BACKUPS or subval "backups" setting first,
1230       // otherwise if headless assume false, if not headless use the user
1231       // preference with default true.
1232       backups = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.BACKUPS, subVal, null,
1233               Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
1234               !Platform.isHeadless());
1235     }
1236
1237     if (file.exists() && !(overwrite || backups || stdout))
1238     {
1239       addWarn("Won't overwrite file '" + filename + "' without "
1240               + Arg.OVERWRITE.argString()
1241               + (includeBackups ? " or " + Arg.BACKUPS.argString() : "")
1242               + " set");
1243       return false;
1244     }
1245
1246     boolean mkdirs = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.MKDIRS, subVal, null,
1247             "MKDIRS_OUTPUT", false);
1248
1249     if (!FileUtils.checkParentDir(file, mkdirs))
1250     {
1251       addError("Directory '"
1252               + FileUtils.getParentDir(file).getAbsolutePath()
1253               + "' does not exist for " + adjective + " file '" + filename
1254               + "'."
1255               + (mkdirs ? "" : "  Try using " + Arg.MKDIRS.argString()));
1256       isError = true;
1257       return false;
1258     }
1259
1260     return true;
1261   }
1262
1263   public List<String> getErrors()
1264   {
1265     return errors;
1266   }
1267
1268   public String errorsToString()
1269   {
1270     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1271     for (String error : errors)
1272     {
1273       if (sb.length() > 0)
1274         sb.append("\n");
1275       sb.append("- " + error);
1276     }
1277     return sb.toString();
1278   }
1279 }