src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.Collections;
   8 import java.util.EnumSet;
   9 import java.util.HashMap;
  10 import java.util.Iterator;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Locale;
  13 import java.util.Map;
  14
  15 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  16 import jalview.bin.argparser.Arg;
  17 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  18 import jalview.bin.argparser.ArgParser.Position;
  19 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgValues;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  22 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  28 import jalview.gui.Desktop;
  29 import jalview.gui.Preferences;
  30 import jalview.gui.StructureChooser;
  31 import jalview.gui.StructureViewer;
  32 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  33 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  34 import jalview.io.DataSourceType;
  35 import jalview.io.FileFormat;
  36 import jalview.io.FileFormatException;
  37 import jalview.io.FileFormatI;
  38 import jalview.io.FileLoader;
  39 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  40 import jalview.io.IdentifyFile;
  41 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  42 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  43 import jalview.util.HttpUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46
  47 public class Commands
  48 {
  49   Desktop desktop;
  50
  51   private boolean headless;
  52
  53   private ArgParser argParser;
  54
  55   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  56
  57   private boolean commandArgsProvided = false;
  58
  59   private boolean argsWereParsed = false;
  60
  61   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  62   {
  63     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  64   }
  65
  66   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  67   {
  68     argParser = argparser;
  69     headless = h;
  70     desktop = d;
  71     afMap = new HashMap<String, AlignFrame>();
  72     if (argparser != null)
  73     {
  74       processArgs(argparser, headless);
  75     }
  76   }
  77
  78   private boolean processArgs(ArgParser argparser, boolean h)
  79   {
  80     argParser = argparser;
  81     headless = h;
  82     boolean theseArgsWereParsed = false;
  83
  84     if (argParser != null && argParser.linkedIds() != null)
  85     {
  86       for (String id : argParser.linkedIds())
  87       {
  88         ArgValuesMap avm = argParser.linkedArgs(id);
  89         theseArgsWereParsed = true;
  90         if (id == null)
  91         {
  92           theseArgsWereParsed &= processUnlinked(id);
  93         }
  94         else
  95         {
  96           theseArgsWereParsed &= processLinked(id);
  97         }
  98         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
  99
 100         // close ap
 101         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 102         {
 103           AlignFrame af = afMap.get(id);
 104           if (af != null)
 105           {
 106             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 107           }
 108         }
 109
 110       }
 111
 112     }
 113     if (argParser.getBool(Arg.QUIT))
 114     {
 115       Jalview.getInstance().quit();
 116       return true;
 117     }
 118     // carry on with jalview.bin.Jalview
 119     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 120     return argsWereParsed;
 121   }
 122
 123   public boolean commandArgsProvided()
 124   {
 125     return commandArgsProvided;
 126   }
 127
 128   public boolean argsWereParsed()
 129   {
 130     return argsWereParsed;
 131   }
 132
 133   protected boolean processUnlinked(String id)
 134   {
 135     return processLinked(id);
 136   }
 137
 138   protected boolean processLinked(String id)
 139   {
 140     boolean theseArgsWereParsed = false;
 141     ArgValuesMap avm = argParser.linkedArgs(id);
 142     if (avm == null)
 143       return true;
 144
 145     /*
 146      * // script to execute after all loading is completed one way or another String
 147      * groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null :
 148      * m.get(Arg.GROOVY).getValue(); String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null :
 149      * m.get(Arg.OPEN).getValue(); String data = null; FileFormatI format = null;
 150      * DataSourceType protocol = null;
 151      */
 152     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 153     {
 154       commandArgsProvided = true;
 155       long progress = -1;
 156
 157       boolean first = true;
 158       boolean progressBarSet = false;
 159       AlignFrame af;
 160       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 161       // was APPEND or OPEN
 162       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 163       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 164       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 165       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 166       Collections.sort(openAvList);
 167       for (ArgValue av : openAvList)
 168       {
 169         Arg a = av.getArg();
 170         String openFile = av.getValue();
 171         if (openFile == null)
 172           continue;
 173
 174         theseArgsWereParsed = true;
 175         if (first)
 176         {
 177           first = false;
 178           if (!headless && desktop != null)
 179           {
 180             desktop.setProgressBar(
 181                     MessageManager.getString(
 182                             "status.processing_commandline_args"),
 183                     progress = System.currentTimeMillis());
 184             progressBarSet = true;
 185           }
 186         }
 187
 188         if (!Platform.isJS())
 189         /**
 190          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 191          *
 192          * @j2sIgnore
 193          */
 194         {
 195           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 196           {
 197             if (!(new File(openFile)).exists())
 198             {
 199               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 200             }
 201           }
 202         }
 203
 204         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 205                 .checkProtocol(openFile);
 206
 207         FileFormatI format = null;
 208         try
 209         {
 210           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 211         } catch (FileFormatException e1)
 212         {
 213           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 214         }
 215
 216         af = afMap.get(id);
 217         // When to open a new AlignFrame
 218         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 219                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 220         {
 221           /*
 222            * this approach isn't working yet // get default annotations before opening
 223            * AlignFrame if (m.get(Arg.SSANNOTATIONS) != null) {
 224            * Console.debug("##### SSANNOTATIONS=" + m.get(Arg.SSANNOTATIONS).getBoolean());
 225            * } if (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null) { Console.debug( "##### NOTEMPFAC=" +
 226            * m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean()); } boolean showSecondaryStructure =
 227            * (m.get(Arg.SSANNOTATIONS) != null) ? m.get(Arg.SSANNOTATIONS).getBoolean() :
 228            * false; boolean showTemperatureFactor = (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null) ?
 229            * !m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean() : false; Console.debug("##### tempfac=" +
 230            * showTemperatureFactor + ", showSS=" + showSecondaryStructure);
 231            * StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 232            * .getStructureSelectionManager(Desktop.instance); if (ssm != null) {
 233            * ssm.setAddTempFacAnnot(showTemperatureFactor);
 234            * ssm.setProcessSecondaryStructure(showSecondaryStructure); }
 235            */
 236
 237           Console.debug(
 238                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 239           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 240
 241           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 242                   format);
 243           boolean showAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 244                   Arg.ANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 245                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 246           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 247
 248           // wrap alignment?
 249           if (avm.getBoolean(Arg.WRAP))
 250           {
 251             af.getCurrentView().setWrapAlignment(true);
 252           }
 253
 254           // colour aligment?
 255           if (avm.containsArg(Arg.COLOUR))
 256           {
 257             af.changeColour_actionPerformed(avm.getValue(Arg.COLOUR));
 258           }
 259
 260           // change alignment frame title
 261           if (avm.containsArg(Arg.TITLE))
 262             af.setTitle(avm.getValue(Arg.TITLE));
 263
 264           // show secondary structure annotations?
 265           boolean showSSAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 266                   Arg.SSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 267                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 268           if (avm.getBoolean(Arg.SSANNOTATIONS))
 269           {
 270             af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 271             /*
 272             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 273                     af.getCurrentView().getAlignment(),
 274                     Collections.singleton("Secondary Structure"), null,
 275                     false, false);
 276              */
 277           }
 278
 279           // show temperature factor annotations?
 280           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 281           {
 282             // do this better (annotation types?)
 283             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 284             hideThese.add("Temperature Factor");
 285             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 286             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 287                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 288                     false, false);
 289           }
 290           else
 291           /*
 292            * comment out hacky approach up to here and add this line: if
 293            * (showTemperatureFactor)
 294            */
 295           {
 296             /*
 297             if (avm.containsArg(Arg.TEMPFAC_LABEL))
 298             {
 299               AlignmentAnnotation aa = AlignmentUtils
 300                       .getFirstSequenceAnnotationOfType(
 301                               af.getCurrentView().getAlignment(),
 302                               AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH);
 303               String label = avm.getValue(Arg.TEMPFAC_LABEL);
 304               if (aa != null)
 305               {
 306                 aa.label = label;
 307               }
 308               else
 309               {
 310                 Console.info(
 311                         "Could not find annotation to apply tempfac_label '"
 312                                 + label);
 313               }
 314             }
 315             */
 316           }
 317
 318           // store the AlignFrame for this id
 319           afMap.put(id, af);
 320
 321           // is it its own structure file?
 322           if (format.isStructureFile())
 323           {
 324             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 325                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 326             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 327             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 328                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 329           }
 330         }
 331         else
 332         {
 333           Console.debug(
 334                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 335           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 336                   ? DataSourceType.URL
 337                   : DataSourceType.FILE;
 338           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 339           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 340                   false);
 341         }
 342
 343         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 344
 345       }
 346       if (first) // first=true means nothing opened
 347       {
 348         if (headless)
 349         {
 350           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode", 1);
 351         }
 352         else
 353         {
 354           Console.warn("No more files to open");
 355         }
 356       }
 357       if (progressBarSet && desktop != null)
 358         desktop.setProgressBar(null, progress);
 359
 360     }
 361
 362     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 363     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 364     {
 365       AlignFrame af = afMap.get(id);
 366       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 367       {
 368         commandArgsProvided = true;
 369         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 370         {
 371           String val = av.getValue();
 372           SubVals subVals = av.getSubVals();
 373           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, subVals);
 374           if (seq == null)
 375           {
 376             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 377             // sequence in the alignframe
 378             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 379             seq = al.getSequenceAt(0);
 380           }
 381
 382           if (seq == null)
 383           {
 384             Console.warn("Could not find sequence for argument "
 385                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 386             // you probably want to continue here, not break
 387             // break;
 388             continue;
 389           }
 390           File structureFile = null;
 391           if (subVals.getContent() != null
 392                   && subVals.getContent().length() != 0)
 393           {
 394             structureFile = new File(subVals.getContent());
 395             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 396                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 397           }
 398           // TRY THIS
 399           /*
 400            * PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 401            * .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName, DataSourceType.FILE,
 402            * selectedSequence, true, Desktop.instance);
 403            *
 404            * sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry }, ap, new
 405            * SequenceI[] { selectedSequence });
 406            *
 407            */
 408           /* THIS DOESN'T WORK */
 409           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 410                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 411           {
 412             structureFile = new File(
 413                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 414             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 415                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 416           }
 417
 418           if (structureFile == null)
 419           {
 420             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 421             continue;
 422           }
 423
 424           if (!structureFile.exists())
 425           {
 426             Console.warn("Structure file '"
 427                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 428             continue;
 429           }
 430
 431           Console.debug("Using structure file "
 432                   + structureFile.getAbsolutePath());
 433
 434           // ##### Does this need to happen? Follow
 435           // openStructureFileForSequence() below
 436           /*
 437           PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 438                   .associatePdbWithSeq(structureFile.getAbsolutePath(),
 439                           DataSourceType.FILE, seq, true, Desktop.instance);
 440                           */
 441
 442           // open structure view
 443           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 444           if (headless)
 445           {
 446             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 447                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 448           }
 449
 450           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 451
 452           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 453           String paeFilepath = subVals.getWithSubstitutions(argParser, id,
 454                   "paematrix");
 455           String paeLabel = subVals.get("paelabel");
 456           ArgValue paeAv = getArgAssociatedWithStructure(Arg.PAEMATRIX, avm,
 457                   af, structureFilepath);
 458           if (paeFilepath == null && paeAv != null)
 459           {
 460             SubVals sv = paeAv.getSubVals();
 461             File paeFile = new File(sv.getContent());
 462
 463             paeLabel = sv.get("label");
 464             try
 465             {
 466               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 467             } catch (IOException e)
 468             {
 469               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 470               Console.warn("Problem with the PAE file path: '"
 471                       + paeFile.getPath() + "'");
 472             }
 473           }
 474
 475           // showing annotations from structure file or not
 476           boolean ssFromStructure = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 477                   Arg.SSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 478                   true);
 479
 480           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 481           // reference annotations
 482           String tftString = subVals.get("tempfac");
 483           TFType tft = avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC) ? null
 484                   : TFType.DEFAULT;
 485           ArgValue tftAv = getArgAssociatedWithStructure(Arg.TEMPFAC, avm,
 486                   af, structureFilepath);
 487           if (tftString == null && tftAv != null)
 488           {
 489             tftString = tftAv.getSubVals().getContent();
 490           }
 491           if (tftString != null)
 492           {
 493             // get kind of temperature factor annotation
 494             try
 495             {
 496               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 497               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 498                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 499             } catch (IllegalArgumentException e)
 500             {
 501               // Just an error message!
 502               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 503                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 504                       .append(tft)
 505                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 506               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 507                       .iterator();
 508               while (it.hasNext())
 509               {
 510                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 511                 if (it.hasNext())
 512                   sb.append(", ");
 513               }
 514               Console.warn(sb.toString());
 515             }
 516           }
 517
 518           String sViewer = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 519                   Arg.STRUCTUREVIEWER, Position.AFTER, av, subVals,
 520                   "viewer", null, "jmol");
 521           ViewerType viewerType = null;
 522           if (!"none".equals(sViewer))
 523           {
 524             for (ViewerType v : EnumSet.allOf(ViewerType.class))
 525             {
 526               String name = v.name().toLowerCase(Locale.ROOT)
 527                       .replaceAll(" ", "");
 528               if (sViewer.equals(name))
 529               {
 530                 viewerType = v;
 531                 break;
 532               }
 533             }
 534           }
 535
 536           boolean addTempFac = tft != null
 537                   || Cache.getDefault("ADD_TEMPFACT_ANN", false);
 538
 539           // TODO use ssFromStructure
 540           StructureChooser.openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq,
 541                   false, structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 542                   ssFromStructure, false, viewerType);
 543         }
 544       }
 545     }
 546
 547     /*
 548     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 549     if (doShading)
 550     {
 551       AlignFrame af = afMap.get(id);
 552       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 553               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 554       {
 555         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 556                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 557         acg.setSeqAssociated(true);
 558         af.changeColour(acg);
 559         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 560       }
 561     }
 562     */
 563
 564     return theseArgsWereParsed;
 565   }
 566
 567   protected boolean processImages(String id)
 568   {
 569     ArgValuesMap avm = argParser.linkedArgs(id);
 570     AlignFrame af = afMap.get(id);
 571
 572     if (af == null)
 573     {
 574       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 575       return false;
 576     }
 577
 578     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 579     {
 580       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 581       {
 582         String val = av.getValue();
 583         SubVals subVal = av.getSubVals();
 584         String type = "png"; // default
 585         String fileName = subVal.getContent();
 586         File file = new File(fileName);
 587         if (subVal.has("type"))
 588         {
 589           type = subVal.get("type");
 590         }
 591         else if (fileName != null)
 592         {
 593           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html" })
 594           {
 595             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 596             {
 597               type = ext;
 598             }
 599           }
 600         }
 601         // for moment we disable JSON export
 602         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 603         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 604
 605         switch (type)
 606         {
 607         case "svg":
 608           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 609           af.createSVG(file);
 610           break;
 611         case "png":
 612           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 613           af.createPNG(file);
 614           break;
 615         case "html":
 616           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 617           HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 618           htmlSVG.exportHTML(fileName);
 619           break;
 620         default:
 621           Console.warn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 622                   + "' not known. Ignoring");
 623           break;
 624         }
 625       }
 626     }
 627     return true;
 628   }
 629
 630   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, SubVals subId)
 631   {
 632     if (subId == null)
 633       return null;
 634     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 635     if (subId.has("seqid"))
 636     {
 637       return al.findName(subId.get("seqid"));
 638     }
 639     else if (-1 < subId.getIndex()
 640             && subId.getIndex() < al.getSequences().size())
 641     {
 642       return al.getSequenceAt(subId.getIndex());
 643     }
 644     return null;
 645   }
 646
 647   // returns the first Arg value intended for the structure structFilename
 648   // (in the given AlignFrame from the ArgValuesMap)
 649   private ArgValue getArgAssociatedWithStructure(Arg arg, ArgValuesMap avm,
 650           AlignFrame af, String structFilename)
 651   {
 652     if (af != null)
 653     {
 654       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(arg))
 655       {
 656         SubVals subVals = av.getSubVals();
 657         String structid = subVals.get("structid");
 658         String structfile = subVals.get("structfile");
 659
 660         // let's find a structure
 661         if (structfile == null && structid == null)
 662         {
 663           ArgValue likelyStructure = avm.getClosestPreviousArgValueOfArg(av,
 664                   Arg.STRUCTURE);
 665           if (likelyStructure != null)
 666           {
 667             SubVals sv = likelyStructure.getSubVals();
 668             if (sv != null && sv.has(ArgValues.ID))
 669             {
 670               structid = sv.get(ArgValues.ID);
 671             }
 672             else
 673             {
 674               structfile = likelyStructure.getValue();
 675               Console.debug(
 676                       "##### Comparing closest previous structure argument '"
 677                               + structfile + "'");
 678             }
 679           }
 680         }
 681
 682         if (structfile == null && structid != null)
 683         {
 684           StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 685                   .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 686           if (ssm != null)
 687           {
 688             structfile = ssm.findFileForPDBId(structid);
 689           }
 690         }
 691         if (structfile != null && structfile.equals(structFilename))
 692         {
 693           return av;
 694         }
 695       }
 696     }
 697     return null;
 698   }
 699 }