src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.Collections;
   9 import java.util.EnumSet;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Iterator;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Locale;
  14 import java.util.Map;
  15
  16 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  17 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  18 import jalview.bin.argparser.Arg;
  19 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgParser.Position;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  22 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  23 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  29 import jalview.gui.AppJmol;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.Preferences;
  32 import jalview.gui.StructureChooser;
  33 import jalview.gui.StructureViewer;
  34 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  35 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  36 import jalview.io.BackupFiles;
  37 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormat;
  40 import jalview.io.FileFormatException;
  41 import jalview.io.FileFormatI;
  42 import jalview.io.FileFormats;
  43 import jalview.io.FileLoader;
  44 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  45 import jalview.io.IdentifyFile;
  46 import jalview.io.NewickFile;
  47 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  49 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  50 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  51 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  52 import jalview.util.FileUtils;
  53 import jalview.util.HttpUtils;
  54 import jalview.util.ImageMaker;
  55 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  56 import jalview.util.MessageManager;
  57 import jalview.util.Platform;
  58 import jalview.util.imagemaker.BitmapImageSizing;
  59
  60 public class Commands
  61 {
  62   Desktop desktop;
  63
  64   private boolean headless;
  65
  66   private ArgParser argParser;
  67
  68   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  69
  70   private boolean commandArgsProvided = false;
  71
  72   private boolean argsWereParsed = false;
  73
  74   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  75   {
  76     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  77   }
  78
  79   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  80   {
  81     argParser = argparser;
  82     headless = h;
  83     desktop = d;
  84     afMap = new HashMap<>();
  85     if (argparser != null)
  86     {
  87       processArgs(argparser, headless);
  88     }
  89   }
  90
  91   private boolean processArgs(ArgParser argparser, boolean h)
  92   {
  93     argParser = argparser;
  94     headless = h;
  95     boolean theseArgsWereParsed = false;
  96
  97     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
  98     {
  99       for (String id : argParser.getLinkedIds())
 100       {
 101         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 102         theseArgsWereParsed = true;
 103         theseArgsWereParsed &= processLinked(id);
 104         processGroovyScript(id);
 105         boolean processLinkedOkay = theseArgsWereParsed;
 106
 107         // wait around until alignFrame isn't busy
 108         AlignFrame af = afMap.get(id);
 109         while (af != null && af.getViewport().isCalcInProgress())
 110         {
 111           try
 112           {
 113             Thread.sleep(25);
 114           } catch (Exception q)
 115           {
 116           }
 117           ;
 118         }
 119
 120         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
 121         if (processLinkedOkay)
 122           theseArgsWereParsed &= processOutput(id);
 123
 124         // close ap
 125         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 126         {
 127           af = afMap.get(id);
 128           if (af != null)
 129           {
 130             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 131           }
 132         }
 133
 134       }
 135
 136     }
 137     if (argParser.getBoolean(Arg.QUIT))
 138     {
 139       Jalview.getInstance().quit();
 140       return true;
 141     }
 142     // carry on with jalview.bin.Jalview
 143     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 144     return argsWereParsed;
 145   }
 146
 147   public boolean commandArgsProvided()
 148   {
 149     return commandArgsProvided;
 150   }
 151
 152   public boolean argsWereParsed()
 153   {
 154     return argsWereParsed;
 155   }
 156
 157   protected boolean processUnlinked(String id)
 158   {
 159     return processLinked(id);
 160   }
 161
 162   protected boolean processLinked(String id)
 163   {
 164     boolean theseArgsWereParsed = false;
 165     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 166     if (avm == null)
 167       return true;
 168
 169     /*
 170      * // script to execute after all loading is completed one way or another String
 171      * groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null :
 172      * m.get(Arg.GROOVY).getValue(); String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null :
 173      * m.get(Arg.OPEN).getValue(); String data = null; FileFormatI format = null;
 174      * DataSourceType protocol = null;
 175      */
 176     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 177     {
 178       commandArgsProvided = true;
 179       long progress = -1;
 180
 181       boolean first = true;
 182       boolean progressBarSet = false;
 183       AlignFrame af;
 184       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 185       // was APPEND or OPEN
 186       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 187       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 188       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 189       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 190       Collections.sort(openAvList);
 191       for (ArgValue av : openAvList)
 192       {
 193         Arg a = av.getArg();
 194         SubVals sv = av.getSubVals();
 195         String openFile = av.getValue();
 196         if (openFile == null)
 197           continue;
 198
 199         theseArgsWereParsed = true;
 200         if (first)
 201         {
 202           first = false;
 203           if (!headless && desktop != null)
 204           {
 205             desktop.setProgressBar(
 206                     MessageManager.getString(
 207                             "status.processing_commandline_args"),
 208                     progress = System.currentTimeMillis());
 209             progressBarSet = true;
 210           }
 211         }
 212
 213         if (!Platform.isJS())
 214         /**
 215          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 216          *
 217          * @j2sIgnore
 218          */
 219         {
 220           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 221           {
 222             if (!(new File(openFile)).exists())
 223             {
 224               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 225             }
 226           }
 227         }
 228
 229         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 230                 .checkProtocol(openFile);
 231
 232         FileFormatI format = null;
 233         try
 234         {
 235           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 236         } catch (FileFormatException e1)
 237         {
 238           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 239         }
 240
 241         af = afMap.get(id);
 242         // When to open a new AlignFrame
 243         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 244                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 245         {
 246           if (a == Arg.OPEN)
 247           {
 248             Jalview.testoutput(argParser, Arg.OPEN, "examples/uniref50.fa",
 249                     openFile);
 250           }
 251
 252           Console.debug(
 253                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 254           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 255
 256           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 257                   format);
 258
 259           // wrap alignment?
 260           boolean wrap = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.WRAP, sv,
 261                   null, "WRAP_ALIGNMENT", false);
 262           af.getCurrentView().setWrapAlignment(wrap);
 263
 264           // colour alignment?
 265           String colour = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 266                   Arg.COLOUR, sv, null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 267           if ("" != colour)
 268           {
 269             ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 270                     af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(),
 271                     colour);
 272
 273             if (cs == null && !"None".equals(colour))
 274             {
 275               Console.warn(
 276                       "Couldn't parse '" + colour + "' as a colourscheme.");
 277             }
 278             else
 279             {
 280               af.changeColour(cs);
 281             }
 282             Jalview.testoutput(argParser, Arg.COLOUR, "zappo", colour);
 283           }
 284
 285           // Change alignment frame title
 286           String title = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 287                   Arg.TITLE, sv, null, null, null);
 288           if (title != null)
 289           {
 290             af.setTitle(title);
 291             Jalview.testoutput(argParser, Arg.TITLE, "test title", title);
 292           }
 293
 294           // Add features
 295           String featuresfile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 296                   Arg.FEATURES, sv);
 297           if (featuresfile != null)
 298           {
 299             af.parseFeaturesFile(featuresfile,
 300                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(featuresfile));
 301             Jalview.testoutput(argParser, Arg.FEATURES,
 302                     "examples/testdata/plantfdx.features", featuresfile);
 303           }
 304
 305           // Add annotations from file
 306           String annotationsfile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm,
 307                   av, Arg.ANNOTATIONS, sv);
 308           if (annotationsfile != null)
 309           {
 310             af.loadJalviewDataFile(annotationsfile, null, null, null);
 311             Jalview.testoutput(argParser, Arg.ANNOTATIONS,
 312                     "examples/testdata/plantfdx.annotations",
 313                     annotationsfile);
 314           }
 315
 316           // Set or clear the sortbytree flag
 317           boolean sortbytree = ArgParser.getBoolFromSubValOrArg(avm,
 318                   Arg.SORTBYTREE, sv);
 319           if (sortbytree)
 320           {
 321             af.getViewport().setSortByTree(true);
 322             Jalview.testoutput(argParser, Arg.SORTBYTREE);
 323           }
 324
 325           // Load tree from file
 326           String treefile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 327                   Arg.TREE, sv);
 328           if (treefile != null)
 329           {
 330             try
 331             {
 332               NewickFile nf = new NewickFile(treefile,
 333                       AppletFormatAdapter.checkProtocol(treefile));
 334               af.getViewport().setCurrentTree(
 335                       af.showNewickTree(nf, treefile).getTree());
 336               Jalview.testoutput(argParser, Arg.TREE,
 337                       "examples/testdata/uniref50_test_tree", treefile);
 338             } catch (IOException e)
 339             {
 340               Console.warn("Couldn't add tree " + treefile, e);
 341             }
 342           }
 343
 344           // Show secondary structure annotations?
 345           boolean showSSAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 346                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 347                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 348           af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 349
 350           // Show sequence annotations?
 351           boolean showAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 352                   Arg.SHOWANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 353                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 354           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 355
 356           // show temperature factor annotations?
 357           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 358           {
 359             // do this better (annotation types?)
 360             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 361             hideThese.add("Temperature Factor");
 362             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 363             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 364                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 365                     false, false);
 366           }
 367
 368           // store the AlignFrame for this id
 369           afMap.put(id, af);
 370
 371           // is it its own structure file?
 372           if (format.isStructureFile())
 373           {
 374             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 375                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 376             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 377             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 378                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 379           }
 380         }
 381         else
 382         {
 383           Console.debug(
 384                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 385           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 386                   ? DataSourceType.URL
 387                   : DataSourceType.FILE;
 388           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 389           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 390                   false);
 391         }
 392
 393         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 394
 395       }
 396       if (first) // first=true means nothing opened
 397       {
 398         if (headless)
 399         {
 400           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode", 1);
 401         }
 402         else
 403         {
 404           Console.warn("No more files to open");
 405         }
 406       }
 407       if (progressBarSet && desktop != null)
 408         desktop.setProgressBar(null, progress);
 409
 410     }
 411
 412     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 413     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 414     {
 415       AlignFrame af = afMap.get(id);
 416       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 417       {
 418         commandArgsProvided = true;
 419         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 420         {
 421           String val = av.getValue();
 422           SubVals subVals = av.getSubVals();
 423           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, avm, av);
 424           if (seq == null)
 425           {
 426             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 427             // sequence in the alignframe
 428             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 429             seq = al.getSequenceAt(0);
 430           }
 431
 432           if (seq == null)
 433           {
 434             Console.warn("Could not find sequence for argument "
 435                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 436             // you probably want to continue here, not break
 437             // break;
 438             continue;
 439           }
 440           File structureFile = null;
 441           if (subVals.getContent() != null
 442                   && subVals.getContent().length() != 0)
 443           {
 444             structureFile = new File(subVals.getContent());
 445             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 446                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 447           }
 448           // TRY THIS
 449           /*
 450            * PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 451            * .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName, DataSourceType.FILE,
 452            * selectedSequence, true, Desktop.instance);
 453            *
 454            * sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry }, ap, new
 455            * SequenceI[] { selectedSequence });
 456            *
 457            */
 458           /* THIS DOESN'T WORK */
 459           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 460                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 461           {
 462             structureFile = new File(
 463                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 464             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 465                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 466           }
 467
 468           if (structureFile == null)
 469           {
 470             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 471             continue;
 472           }
 473
 474           if (!structureFile.exists())
 475           {
 476             Console.warn("Structure file '"
 477                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 478             continue;
 479           }
 480
 481           Console.debug("Using structure file "
 482                   + structureFile.getAbsolutePath());
 483
 484           // open structure view
 485           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 486           if (headless)
 487           {
 488             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 489                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 490           }
 491
 492           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 493
 494           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 495           String paeFilepath = ArgParser
 496                   .getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(argParser, avm,
 497                           Arg.PAEMATRIX, Position.AFTER, av, subVals, null,
 498                           null, null);
 499           if (paeFilepath != null)
 500           {
 501             File paeFile = new File(paeFilepath);
 502
 503             try
 504             {
 505               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 506             } catch (IOException e)
 507             {
 508               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 509               Console.warn("Problem with the PAE file path: '"
 510                       + paeFile.getPath() + "'");
 511             }
 512           }
 513
 514           // showing annotations from structure file or not
 515           boolean ssFromStructure = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 516                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 517                   true);
 518
 519           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 520           // reference annotations
 521           String tftString = ArgParser
 522                   .getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(argParser, avm,
 523                           Arg.TEMPFAC, Position.AFTER, av, subVals, null,
 524                           null, null);
 525           boolean notempfac = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 526                   Arg.NOTEMPFAC, subVals, null, "ADD_TEMPFACT_ANN", false,
 527                   true);
 528           TFType tft = notempfac ? null : TFType.DEFAULT;
 529           if (tftString != null && !notempfac)
 530           {
 531             // get kind of temperature factor annotation
 532             try
 533             {
 534               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 535               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 536                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 537             } catch (IllegalArgumentException e)
 538             {
 539               // Just an error message!
 540               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 541                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 542                       .append(tft)
 543                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 544               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 545                       .iterator();
 546               while (it.hasNext())
 547               {
 548                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 549                 if (it.hasNext())
 550                   sb.append(", ");
 551               }
 552               Console.warn(sb.toString());
 553             }
 554           }
 555
 556           String sViewer = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 557                   Arg.STRUCTUREVIEWER, Position.AFTER, av, subVals, null,
 558                   null, "jmol");
 559           ViewerType viewerType = null;
 560           if (!"none".equals(sViewer))
 561           {
 562             for (ViewerType v : EnumSet.allOf(ViewerType.class))
 563             {
 564               String name = v.name().toLowerCase(Locale.ROOT)
 565                       .replaceAll(" ", "");
 566               if (sViewer.equals(name))
 567               {
 568                 viewerType = v;
 569                 break;
 570               }
 571             }
 572           }
 573
 574           // TODO use ssFromStructure
 575           StructureViewer sv = StructureChooser
 576                   .openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq, false,
 577                           structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 578                           ssFromStructure, false, viewerType);
 579
 580           if (sv == null)
 581           {
 582             Console.error("Failed to import and open structure view.");
 583             continue;
 584           }
 585           try
 586           {
 587             long tries = 1000;
 588             while (sv.isBusy() && tries > 0)
 589             {
 590               Thread.sleep(25);
 591               if (sv.isBusy())
 592               {
 593                 tries--;
 594                 Console.debug(
 595                         "Waiting for viewer for " + structureFilepath);
 596               }
 597             }
 598             if (tries == 0 && sv.isBusy())
 599             {
 600               Console.warn(
 601                       "Gave up waiting for structure viewer to load. Something may have gone wrong.");
 602             }
 603           } catch (Exception x)
 604           {
 605             Console.warn("Exception whilst waiting for structure viewer "
 606                     + structureFilepath, x);
 607           }
 608           Console.debug(
 609                   "Successfully opened viewer for " + structureFilepath);
 610           String structureImageFilename = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(
 611                   avm, av, Arg.STRUCTUREIMAGE, subVals);
 612           if (sv != null && structureImageFilename != null)
 613           {
 614             ArgValue siAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av,
 615                     Arg.STRUCTUREIMAGE);
 616             SubVals sisv = null;
 617             if (structureImageFilename.equals(siAv.getValue()))
 618             {
 619               sisv = siAv.getSubVals();
 620             }
 621             File structureImageFile = new File(structureImageFilename);
 622             String width = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 623                     Arg.STRUCTUREIMAGEWIDTH, sisv);
 624             String height = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 625                     Arg.STRUCTUREIMAGEHEIGHT, sisv);
 626             String scale = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 627                     Arg.STRUCTUREIMAGESCALE, sisv);
 628             String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 629                     Arg.STRUCTUREIMAGETEXTRENDERER, sisv);
 630             String typeS = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 631                     Arg.STRUCTUREIMAGETYPE, sisv);
 632             if (typeS == null || typeS.length() == 0)
 633             {
 634               typeS = FileUtils.getExtension(structureImageFile);
 635             }
 636             TYPE imageType;
 637             try
 638             {
 639               imageType = Enum.valueOf(TYPE.class,
 640                       typeS.toUpperCase(Locale.ROOT));
 641             } catch (IllegalArgumentException e)
 642             {
 643               Console.warn("Do not know image format '" + typeS
 644                       + "', using PNG");
 645               imageType = TYPE.PNG;
 646             }
 647             BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 648                     .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 649             // TODO MAKE THIS VIEWER INDEPENDENT!!
 650             switch (StructureViewer.getViewerType())
 651             {
 652             case JMOL:
 653               try
 654               {
 655                 Thread.sleep(1000); // WHY ???
 656               } catch (InterruptedException e)
 657               {
 658                 // TODO Auto-generated catch block
 659                 e.printStackTrace();
 660               }
 661               JalviewStructureDisplayI sview = sv
 662                       .getJalviewStructureDisplay();
 663               if (sview instanceof AppJmol)
 664               {
 665                 AppJmol jmol = (AppJmol) sview;
 666                 try
 667                 {
 668                   Console.debug("Rendering image to " + structureImageFile);
 669                   jmol.makePDBImage(structureImageFile, imageType, renderer,
 670                           userBis);
 671                   Console.debug("Finished Rendering image to "
 672                           + structureImageFile);
 673
 674                 } catch (ImageOutputException ioexc)
 675                 {
 676                   Console.warn("Unexpected error whilst exporting image to "
 677                           + structureImageFile, ioexc);
 678                 }
 679
 680               }
 681               break;
 682             default:
 683               Console.warn("Cannot export image for structure viewer "
 684                       + sv.getViewerType() + " yet");
 685               break;
 686             }
 687           }
 688         }
 689       }
 690     }
 691
 692     /*
 693     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 694     if (doShading)
 695     {
 696       AlignFrame af = afMap.get(id);
 697       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 698               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 699       {
 700         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 701                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 702         acg.setSeqAssociated(true);
 703         af.changeColour(acg);
 704         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 705       }
 706     }
 707     */
 708
 709     return theseArgsWereParsed;
 710   }
 711
 712   protected void processGroovyScript(String id)
 713   {
 714     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 715     AlignFrame af = afMap.get(id);
 716
 717     if (af == null)
 718     {
 719       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 720       return;
 721     }
 722
 723     if (avm.containsArg(Arg.GROOVY))
 724     {
 725       String groovyscript = avm.getValue(Arg.GROOVY);
 726       if (groovyscript != null)
 727       {
 728         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 729         // and before any images or figures are generated.
 730         Console.info("Executing script " + groovyscript);
 731         Jalview.getInstance().executeGroovyScript(groovyscript, af);
 732       }
 733     }
 734   }
 735
 736   protected boolean processImages(String id)
 737   {
 738     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 739     AlignFrame af = afMap.get(id);
 740
 741     if (af == null)
 742     {
 743       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 744       return false;
 745     }
 746
 747     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 748     {
 749       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 750       {
 751         String val = av.getValue();
 752         SubVals subVal = av.getSubVals();
 753         String fileName = subVal.getContent();
 754         File file = new File(fileName);
 755         String name = af.getName();
 756         String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 757                 Arg.TEXTRENDERER, subVal);
 758         if (renderer == null)
 759           renderer = "text";
 760         String type = "png"; // default
 761
 762         String scale = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.SCALE,
 763                 subVal);
 764         String width = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.WIDTH,
 765                 subVal);
 766         String height = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 767                 Arg.HEIGHT, subVal);
 768         BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 769                 .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 770
 771         type = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.TYPE, subVal);
 772         if (type == null && fileName != null)
 773         {
 774           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
 775           {
 776             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 777             {
 778               type = ext;
 779             }
 780           }
 781         }
 782         // for moment we disable JSON export
 783         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 784         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 785
 786         Console.info("Writing " + file);
 787         try
 788         {
 789           switch (type)
 790           {
 791
 792           case "svg":
 793             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 794             af.createSVG(file, renderer);
 795             break;
 796
 797           case "png":
 798             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 799             af.createPNG(file, null, userBis);
 800             break;
 801
 802           case "html":
 803             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 804             HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 805             htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
 806             break;
 807
 808           case "biojs":
 809             Console.debug(
 810                     "Outputting BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
 811             try
 812             {
 813               BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 814                       BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 815             } catch (URISyntaxException e)
 816             {
 817               e.printStackTrace();
 818             }
 819             BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 820             bjs.exportHTML(fileName);
 821             break;
 822
 823           case "eps":
 824             Console.debug("Outputting EPS file: " + fileName);
 825             af.createEPS(file, renderer);
 826             break;
 827
 828           case "imagemap":
 829             Console.debug("Outputting ImageMap file: " + fileName);
 830             af.createImageMap(file, name);
 831             break;
 832
 833           default:
 834             Console.warn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 835                     + "' not known. Ignoring");
 836             break;
 837           }
 838         } catch (Exception ioex)
 839         {
 840           Console.warn("Unexpected error during export", ioex);
 841         }
 842       }
 843     }
 844     return true;
 845   }
 846
 847   protected boolean processOutput(String id)
 848   {
 849     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 850     AlignFrame af = afMap.get(id);
 851
 852     if (af == null)
 853     {
 854       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 855       return false;
 856     }
 857
 858     if (avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
 859     {
 860       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OUTPUT))
 861       {
 862         String val = av.getValue();
 863         SubVals subVals = av.getSubVals();
 864         String fileName = subVals.getContent();
 865         File file = new File(fileName);
 866         boolean overwrite = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 867                 Arg.OVERWRITE, subVals, null, "OVERWRITE_OUTPUT", false);
 868         // backups. Use the Arg.BACKUPS or subval "backups" setting first,
 869         // otherwise if headless assume false, if not headless use the user
 870         // preference with default true.
 871         boolean backups = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.BACKUPS,
 872                 subVals, null,
 873                 Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
 874                 !Platform.isHeadless());
 875
 876         // if backups is not true then --overwrite must be specified
 877         if (file.exists() && !(overwrite || backups))
 878         {
 879           Console.error("Won't overwrite file '" + fileName + "' without "
 880                   + Arg.OVERWRITE.argString() + " or "
 881                   + Arg.BACKUPS.argString() + " set");
 882           return false;
 883         }
 884
 885         String name = af.getName();
 886         String format = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 887                 Arg.FORMAT, subVals);
 888         FileFormats ffs = FileFormats.getInstance();
 889         List<String> validFormats = ffs.getWritableFormats(false);
 890
 891         FileFormatI ff = null;
 892         if (format == null && fileName != null)
 893         {
 894           FORMAT: for (String fname : validFormats)
 895           {
 896             FileFormatI tff = ffs.forName(fname);
 897             String[] extensions = tff.getExtensions().split(",");
 898             for (String ext : extensions)
 899             {
 900               if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 901               {
 902                 ff = tff;
 903                 format = ff.getName();
 904                 break FORMAT;
 905               }
 906             }
 907           }
 908         }
 909         if (ff == null && format != null)
 910         {
 911           ff = ffs.forName(format);
 912         }
 913         if (ff == null)
 914         {
 915           StringBuilder validSB = new StringBuilder();
 916           for (String f : validFormats)
 917           {
 918             if (validSB.length() > 0)
 919               validSB.append(", ");
 920             validSB.append(f);
 921             FileFormatI tff = ffs.forName(f);
 922             validSB.append(" (");
 923             validSB.append(tff.getExtensions());
 924             validSB.append(")");
 925           }
 926
 927           Jalview.exit("No valid format specified for "
 928                   + Arg.OUTPUT.argString() + ". Valid formats are "
 929                   + validSB.toString() + ".", 1);
 930           // this return really shouldn't happen
 931           return false;
 932         }
 933
 934         String savedBackupsPreference = Cache
 935                 .getDefault(BackupFiles.ENABLED, null);
 936         Console.debug("Setting backups to " + backups);
 937         Cache.applicationProperties.put(BackupFiles.ENABLED,
 938                 Boolean.toString(backups));
 939
 940         Console.info("Writing " + fileName);
 941
 942         af.saveAlignment(fileName, ff);
 943         Console.debug("Returning backups to " + savedBackupsPreference);
 944         if (savedBackupsPreference != null)
 945           Cache.applicationProperties.put(BackupFiles.ENABLED,
 946                   savedBackupsPreference);
 947         if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
 948         {
 949           Console.debug("Written alignment '" + name + "' in "
 950                   + ff.getName() + " format to " + file);
 951         }
 952         else
 953         {
 954           Console.warn("Error writing file " + file + " in " + ff.getName()
 955                   + " format!");
 956         }
 957
 958       }
 959     }
 960     return true;
 961   }
 962
 963   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, ArgValuesMap avm,
 964           ArgValue av)
 965   {
 966     SubVals subVals = av.getSubVals();
 967     ArgValue idAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av, Arg.SEQID);
 968     SequenceI seq = null;
 969     if (subVals == null && idAv == null)
 970       return null;
 971     if (af == null || af.getCurrentView() == null)
 972     {
 973       return null;
 974     }
 975     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 976     if (al == null)
 977     {
 978       return null;
 979     }
 980     if (subVals != null)
 981     {
 982       if (subVals.has(Arg.SEQID.getName()))
 983       {
 984         seq = al.findName(subVals.get(Arg.SEQID.getName()));
 985       }
 986       else if (-1 < subVals.getIndex()
 987               && subVals.getIndex() < al.getSequences().size())
 988       {
 989         seq = al.getSequenceAt(subVals.getIndex());
 990       }
 991     }
 992     if (seq == null && idAv != null)
 993     {
 994       seq = al.findName(idAv.getValue());
 995     }
 996     return seq;
 997   }
 998 }