src/jalview/bin/Commands.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.File;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.net.URISyntaxException;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Arrays;
  29 import java.util.Collections;
  30 import java.util.HashMap;
  31 import java.util.Iterator;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Locale;
  34 import java.util.Map;
  35
  36 import javax.swing.SwingUtilities;
  37
  38 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  39 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  40 import jalview.bin.Jalview.ExitCode;
  41 import jalview.bin.argparser.Arg;
  42 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  43 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  44 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  45 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  46 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  47 import jalview.datamodel.SequenceI;
  48 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  49 import jalview.gui.AlignFrame;
  50 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  51 import jalview.gui.AppJmol;
  52 import jalview.gui.Desktop;
  53 import jalview.gui.Preferences;
  54 import jalview.gui.StructureChooser;
  55 import jalview.gui.StructureViewer;
  56 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  57 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  58 import jalview.io.BackupFiles;
  59 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  60 import jalview.io.DataSourceType;
  61 import jalview.io.FileFormat;
  62 import jalview.io.FileFormatException;
  63 import jalview.io.FileFormatI;
  64 import jalview.io.FileFormats;
  65 import jalview.io.FileLoader;
  66 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  67 import jalview.io.IdentifyFile;
  68 import jalview.io.NewickFile;
  69 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  70 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  71 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  72 import jalview.structure.StructureCommandI;
  73 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  74 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  75 import jalview.util.ColorUtils;
  76 import jalview.util.FileUtils;
  77 import jalview.util.HttpUtils;
  78 import jalview.util.ImageMaker;
  79 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  80 import jalview.util.MessageManager;
  81 import jalview.util.Platform;
  82 import jalview.util.StringUtils;
  83 import jalview.util.imagemaker.BitmapImageSizing;
  84
  85 public class Commands
  86 {
  87   Desktop desktop;
  88
  89   private boolean headless;
  90
  91   private ArgParser argParser;
  92
  93   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  94
  95   private Map<String, List<StructureViewer>> svMap;
  96
  97   private boolean commandArgsProvided = false;
  98
  99   private boolean argsWereParsed = false;
 100
 101   private List<String> errors = new ArrayList<>();
 102
 103   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
 104   {
 105     this(Desktop.instance, argparser, headless);
 106   }
 107
 108   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
 109   {
 110     argParser = argparser;
 111     headless = h;
 112     desktop = d;
 113     afMap = new HashMap<>();
 114   }
 115
 116   protected boolean processArgs()
 117   {
 118     if (argParser == null)
 119     {
 120       return true;
 121     }
 122
 123     boolean theseArgsWereParsed = false;
 124
 125     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
 126     {
 127       for (String id : argParser.getLinkedIds())
 128       {
 129         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 130         theseArgsWereParsed = true;
 131         boolean processLinkedOkay = processLinked(id);
 132         theseArgsWereParsed &= processLinkedOkay;
 133
 134         processGroovyScript(id);
 135
 136         // wait around until alignFrame isn't busy
 137         AlignFrame af = afMap.get(id);
 138         while (af != null && af.getViewport().isCalcInProgress())
 139         {
 140           try
 141           {
 142             Thread.sleep(25);
 143           } catch (Exception q)
 144           {
 145           }
 146           ;
 147         }
 148
 149         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
 150
 151         if (processLinkedOkay)
 152         {
 153           theseArgsWereParsed &= processOutput(id);
 154         }
 155
 156         // close ap
 157         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 158         {
 159           af = afMap.get(id);
 160           if (af != null)
 161           {
 162             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 163           }
 164         }
 165
 166       }
 167
 168     }
 169
 170     // report errors - if any
 171     String errorsRaised = errorsToString();
 172     if (errorsRaised.trim().length() > 0)
 173     {
 174       Console.warn(
 175               "The following errors and warnings occurred whilst processing files:\n"
 176                       + errorsRaised);
 177     }
 178     // gui errors reported in Jalview
 179
 180     if (argParser.getBoolean(Arg.QUIT))
 181     {
 182       Jalview.getInstance().exit(
 183               "Exiting due to " + Arg.QUIT.argString() + " argument.",
 184               ExitCode.OK);
 185       return true;
 186     }
 187     // carry on with jalview.bin.Jalview
 188     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 189     return argsWereParsed;
 190   }
 191
 192   public boolean commandArgsProvided()
 193   {
 194     return commandArgsProvided;
 195   }
 196
 197   public boolean argsWereParsed()
 198   {
 199     return argsWereParsed;
 200   }
 201
 202   protected boolean processLinked(String id)
 203   {
 204     boolean theseArgsWereParsed = false;
 205     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 206     if (avm == null)
 207     {
 208       return true;
 209     }
 210
 211     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
 212
 213     // set wrap, showSSAnnotations, showAnnotations and hideTFrows scope here so
 214     // it can be applied after structures are opened
 215     boolean wrap = false;
 216     boolean showSSAnnotations = false;
 217     boolean showAnnotations = false;
 218     boolean hideTFrows = false;
 219     AlignFrame af = null;
 220
 221     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 222     {
 223       commandArgsProvided = true;
 224       final long progress = System.currentTimeMillis();
 225
 226       boolean first = true;
 227       boolean progressBarSet = false;
 228       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 229       // was APPEND or OPEN
 230       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 231       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 232       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 233       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 234       Collections.sort(openAvList);
 235       for (ArgValue av : openAvList)
 236       {
 237         Arg a = av.getArg();
 238         SubVals sv = av.getSubVals();
 239         String openFile = av.getValue();
 240         if (openFile == null)
 241           continue;
 242
 243         theseArgsWereParsed = true;
 244         if (first)
 245         {
 246           first = false;
 247           if (!headless && desktop != null)
 248           {
 249             SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 250             {
 251               @Override
 252               public void run()
 253               {
 254                 desktop.setProgressBar(
 255                         MessageManager.getString(
 256                                 "status.processing_commandline_args"),
 257                         progress);
 258
 259               }
 260             });
 261             progressBarSet = true;
 262           }
 263         }
 264
 265         if (!Platform.isJS())
 266         /**
 267          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 268          *
 269          * @j2sIgnore
 270          */
 271         {
 272           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 273           {
 274             if (!(new File(openFile)).exists())
 275             {
 276               addError("Can't find file '" + openFile + "'");
 277               isError = true;
 278               continue;
 279             }
 280           }
 281         }
 282
 283         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 284                 .checkProtocol(openFile);
 285
 286         FileFormatI format = null;
 287         try
 288         {
 289           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 290         } catch (FileFormatException e1)
 291         {
 292           addError("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 293           isError = true;
 294           continue;
 295         }
 296
 297         af = afMap.get(id);
 298         // When to open a new AlignFrame
 299         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 300                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 301         {
 302           if (a == Arg.OPEN)
 303           {
 304             Jalview.testoutput(argParser, Arg.OPEN, "examples/uniref50.fa",
 305                     openFile);
 306           }
 307
 308           Console.debug(
 309                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 310           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 311           boolean xception = false;
 312           try
 313           {
 314             af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 315                     format);
 316           } catch (Throwable thr)
 317           {
 318             xception = true;
 319             addError("Couldn't open '" + openFile + "' as " + format + " "
 320                     + thr.getLocalizedMessage()
 321                     + " (Enable debug for full stack trace)");
 322             isError = true;
 323             Console.debug("Exception when opening '" + openFile + "'", thr);
 324           } finally
 325           {
 326             if (af == null && !xception)
 327             {
 328               addInfo("Ignoring '" + openFile
 329                       + "' - no alignment data found.");
 330               continue;
 331             }
 332           }
 333
 334           // colour alignment
 335           String colour = avm.getFromSubValArgOrPref(av, Arg.COLOUR, sv,
 336                   null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 337           this.colourAlignFrame(af, colour);
 338
 339           // Change alignment frame title
 340           String title = avm.getFromSubValArgOrPref(av, Arg.TITLE, sv, null,
 341                   null, null);
 342           if (title != null)
 343           {
 344             af.setTitle(title);
 345             Jalview.testoutput(argParser, Arg.TITLE, "test title", title);
 346           }
 347
 348           // Add features
 349           String featuresfile = avm.getValueFromSubValOrArg(av,
 350                   Arg.FEATURES, sv);
 351           if (featuresfile != null)
 352           {
 353             af.parseFeaturesFile(featuresfile,
 354                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(featuresfile));
 355             Jalview.testoutput(argParser, Arg.FEATURES,
 356                     "examples/testdata/plantfdx.features", featuresfile);
 357           }
 358
 359           // Add annotations from file
 360           String annotationsfile = avm.getValueFromSubValOrArg(av,
 361                   Arg.ANNOTATIONS, sv);
 362           if (annotationsfile != null)
 363           {
 364             af.loadJalviewDataFile(annotationsfile, null, null, null);
 365             Jalview.testoutput(argParser, Arg.ANNOTATIONS,
 366                     "examples/testdata/plantfdx.annotations",
 367                     annotationsfile);
 368           }
 369
 370           // Set or clear the sortbytree flag
 371           boolean sortbytree = avm.getBoolFromSubValOrArg(Arg.SORTBYTREE,
 372                   sv);
 373           if (sortbytree)
 374           {
 375             af.getViewport().setSortByTree(true);
 376             Jalview.testoutput(argParser, Arg.SORTBYTREE);
 377           }
 378
 379           // Load tree from file
 380           String treefile = avm.getValueFromSubValOrArg(av, Arg.TREE, sv);
 381           if (treefile != null)
 382           {
 383             try
 384             {
 385               NewickFile nf = new NewickFile(treefile,
 386                       AppletFormatAdapter.checkProtocol(treefile));
 387               af.getViewport().setCurrentTree(
 388                       af.showNewickTree(nf, treefile).getTree());
 389               Jalview.testoutput(argParser, Arg.TREE,
 390                       "examples/testdata/uniref50_test_tree", treefile);
 391             } catch (IOException e)
 392             {
 393               addError("Couldn't add tree " + treefile, e);
 394               isError = true;
 395             }
 396           }
 397
 398           // Show secondary structure annotations?
 399           showSSAnnotations = avm.getFromSubValArgOrPref(
 400                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 401                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 402           // Show sequence annotations?
 403           showAnnotations = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.SHOWANNOTATIONS,
 404                   av.getSubVals(), null, "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 405           // hide the Temperature Factor row?
 406           hideTFrows = (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC));
 407
 408           // showSSAnnotations, showAnnotations, hideTFrows used after opening
 409           // structure
 410
 411           // wrap alignment? do this last for formatting reasons
 412           wrap = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.WRAP, sv, null,
 413                   "WRAP_ALIGNMENT", false);
 414           // af.setWrapFormat(wrap) is applied after structures are opened for
 415           // annotation reasons
 416
 417           // store the AlignFrame for this id
 418           afMap.put(id, af);
 419
 420           // is it its own structure file?
 421           if (format.isStructureFile())
 422           {
 423             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 424                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 425             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 426             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 427                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 428           }
 429         }
 430         else
 431         {
 432           Console.debug(
 433                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 434
 435           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 436                   ? DataSourceType.URL
 437                   : DataSourceType.FILE;
 438
 439           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 440           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 441                   false);
 442         }
 443
 444         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 445
 446       }
 447       if (first) // first=true means nothing opened
 448       {
 449         if (headless)
 450         {
 451           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode",
 452                   ExitCode.NO_FILES);
 453         }
 454         else
 455         {
 456           Console.info("No more files to open");
 457         }
 458       }
 459       if (progressBarSet && desktop != null)
 460         desktop.setProgressBar(null, progress);
 461
 462     }
 463
 464     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 465     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 466     {
 467       if (af == null)
 468       {
 469         af = afMap.get(id);
 470       }
 471       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 472       {
 473         commandArgsProvided = true;
 474         for (ArgValue structureAv : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 475         {
 476           argParser.setStructureFilename(null);
 477           String val = structureAv.getValue();
 478           SubVals subVals = structureAv.getSubVals();
 479           int argIndex = structureAv.getArgIndex();
 480           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, avm, structureAv);
 481           if (seq == null)
 482           {
 483             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 484             // sequence in the alignframe
 485             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 486             seq = al.getSequenceAt(0);
 487           }
 488
 489           if (seq == null)
 490           {
 491             addWarn("Could not find sequence for argument "
 492                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 493             continue;
 494           }
 495           String structureFilename = null;
 496           File structureFile = null;
 497           if (subVals.getContent() != null
 498                   && subVals.getContent().length() != 0)
 499           {
 500             structureFilename = subVals.getContent();
 501             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 502                     + structureFilename + "'");
 503             structureFile = new File(structureFilename);
 504           }
 505           /* THIS DOESN'T WORK */
 506           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 507                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 508           {
 509             structureFile = new File(
 510                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 511             if (structureFile != null)
 512             {
 513               Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 514                       + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 515             }
 516             structureFilename = structureFile.getAbsolutePath();
 517           }
 518
 519           if (structureFilename == null || structureFile == null)
 520           {
 521             addWarn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 522             continue;
 523           }
 524
 525           if (!structureFile.exists())
 526           {
 527             addWarn("Structure file '" + structureFile.getAbsoluteFile()
 528                     + "' not found.");
 529             continue;
 530           }
 531
 532           Console.debug("Using structure file "
 533                   + structureFile.getAbsolutePath());
 534
 535           argParser.setStructureFilename(structureFilename);
 536
 537           // open structure view
 538           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 539           if (headless)
 540           {
 541             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 542                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 543           }
 544
 545           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 546
 547           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 548           String paeFilepath = avm.getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(
 549                   argParser, Arg.PAEMATRIX, ArgValuesMap.Position.AFTER,
 550                   structureAv, subVals, null, null, null);
 551           if (paeFilepath != null)
 552           {
 553             File paeFile = new File(paeFilepath);
 554
 555             try
 556             {
 557               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 558             } catch (IOException e)
 559             {
 560               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 561               addWarn("Problem with the PAE file path: '"
 562                       + paeFile.getPath() + "'");
 563             }
 564           }
 565
 566           // showing annotations from structure file or not
 567           boolean ssFromStructure = avm.getFromSubValArgOrPref(
 568                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 569                   true);
 570
 571           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 572           // reference annotations
 573           String tftString = avm.getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(
 574                   argParser, Arg.TEMPFAC, ArgValuesMap.Position.AFTER,
 575                   structureAv, subVals, null, null, null);
 576           boolean notempfac = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.NOTEMPFAC,
 577                   subVals, null, "ADD_TEMPFACT_ANN", false, true);
 578           TFType tft = notempfac ? null : TFType.DEFAULT;
 579           if (tftString != null && !notempfac)
 580           {
 581             // get kind of temperature factor annotation
 582             try
 583             {
 584               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 585               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 586                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 587             } catch (IllegalArgumentException e)
 588             {
 589               // Just an error message!
 590               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 591                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 592                       .append(tft)
 593                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 594               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 595                       .iterator();
 596               while (it.hasNext())
 597               {
 598                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 599                 if (it.hasNext())
 600                   sb.append(", ");
 601               }
 602               addWarn(sb.toString());
 603             }
 604           }
 605
 606           String sViewerName = avm.getFromSubValArgOrPref(
 607                   Arg.STRUCTUREVIEWER, ArgValuesMap.Position.AFTER,
 608                   structureAv, subVals, null, null, "jmol");
 609           ViewerType viewerType = ViewerType.getFromString(sViewerName);
 610
 611           // TODO use ssFromStructure
 612           StructureViewer structureViewer = StructureChooser
 613                   .openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq, false,
 614                           structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 615                           ssFromStructure, false, viewerType);
 616
 617           if (structureViewer == null)
 618           {
 619             if (!StringUtils.equalsIgnoreCase(sViewerName, "none"))
 620             {
 621               addError("Failed to import and open structure view for file '"
 622                       + structureFile + "'.");
 623             }
 624             continue;
 625           }
 626           try
 627           {
 628             long tries = 1000;
 629             while (structureViewer.isBusy() && tries > 0)
 630             {
 631               Thread.sleep(25);
 632               if (structureViewer.isBusy())
 633               {
 634                 tries--;
 635                 Console.debug(
 636                         "Waiting for viewer for " + structureFilepath);
 637               }
 638             }
 639             if (tries == 0 && structureViewer.isBusy())
 640             {
 641               addWarn("Gave up waiting for structure viewer to load file '"
 642                       + structureFile
 643                       + "'. Something may have gone wrong.");
 644             }
 645           } catch (Exception x)
 646           {
 647             addError("Exception whilst waiting for structure viewer "
 648                     + structureFilepath, x);
 649             isError = true;
 650           }
 651
 652           // add StructureViewer to svMap list
 653           if (svMap == null)
 654           {
 655             svMap = new HashMap<>();
 656           }
 657           if (svMap.get(id) == null)
 658           {
 659             svMap.put(id, new ArrayList<>());
 660           }
 661           svMap.get(id).add(structureViewer);
 662
 663           Console.debug(
 664                   "Successfully opened viewer for " + structureFilepath);
 665
 666           if (avm.containsArg(Arg.STRUCTUREIMAGE))
 667           {
 668             for (ArgValue structureImageArgValue : avm
 669                     .getArgValueListFromSubValOrArg(structureAv,
 670                             Arg.STRUCTUREIMAGE, subVals))
 671             {
 672               String structureImageFilename = argParser.makeSubstitutions(
 673                       structureImageArgValue.getValue(), id, true);
 674               if (structureViewer != null && structureImageFilename != null)
 675               {
 676                 SubVals structureImageSubVals = null;
 677                 structureImageSubVals = structureImageArgValue.getSubVals();
 678                 File structureImageFile = new File(structureImageFilename);
 679                 String width = avm.getValueFromSubValOrArg(
 680                         structureImageArgValue, Arg.WIDTH,
 681                         structureImageSubVals);
 682                 String height = avm.getValueFromSubValOrArg(
 683                         structureImageArgValue, Arg.HEIGHT,
 684                         structureImageSubVals);
 685                 String scale = avm.getValueFromSubValOrArg(
 686                         structureImageArgValue, Arg.SCALE,
 687                         structureImageSubVals);
 688                 String renderer = avm.getValueFromSubValOrArg(
 689                         structureImageArgValue, Arg.TEXTRENDERER,
 690                         structureImageSubVals);
 691                 String typeS = avm.getValueFromSubValOrArg(
 692                         structureImageArgValue, Arg.TYPE,
 693                         structureImageSubVals);
 694                 if (typeS == null || typeS.length() == 0)
 695                 {
 696                   typeS = FileUtils.getExtension(structureImageFile);
 697                 }
 698                 TYPE imageType;
 699                 try
 700                 {
 701                   imageType = Enum.valueOf(TYPE.class,
 702                           typeS.toUpperCase(Locale.ROOT));
 703                 } catch (IllegalArgumentException e)
 704                 {
 705                   addWarn("Do not know image format '" + typeS
 706                           + "', using PNG");
 707                   imageType = TYPE.PNG;
 708                 }
 709                 BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 710                         .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 711
 712                 /////
 713                 // DON'T TRY TO EXPORT IF VIEWER IS UNSUPPORTED
 714                 if (viewerType != ViewerType.JMOL)
 715                 {
 716                   addWarn("Cannot export image for structure viewer "
 717                           + viewerType.name() + " yet");
 718                   continue;
 719                 }
 720
 721                 /////
 722                 // Apply the temporary colourscheme to the linked alignment
 723                 // TODO: enhance for multiple linked alignments.
 724
 725                 String imageColour = avm.getValueFromSubValOrArg(
 726                         structureImageArgValue, Arg.IMAGECOLOUR,
 727                         structureImageSubVals);
 728                 ColourSchemeI originalColourScheme = this
 729                         .getColourScheme(af);
 730                 this.colourAlignFrame(af, imageColour);
 731
 732                 /////
 733                 // custom image background colour
 734
 735                 String bgcolourstring = avm.getValueFromSubValOrArg(
 736                         structureImageArgValue, Arg.BGCOLOUR,
 737                         structureImageSubVals);
 738                 Color bgcolour = null;
 739                 if (bgcolourstring != null && bgcolourstring.length() > 0)
 740                 {
 741                   bgcolour = ColorUtils.parseColourString(bgcolourstring);
 742                   if (bgcolour == null)
 743                   {
 744                     Console.warn(
 745                             "Background colour string '" + bgcolourstring
 746                                     + "' not recognised -- using default");
 747                   }
 748                 }
 749
 750                 JalviewStructureDisplayI sview = structureViewer
 751                         .getJalviewStructureDisplay();
 752
 753                 File sessionToRestore = null;
 754
 755                 List<StructureCommandI> extraCommands = new ArrayList<>();
 756
 757                 if (extraCommands.size() > 0 || bgcolour != null)
 758                 {
 759                   try
 760                   {
 761                     sessionToRestore = sview.saveSession();
 762                   } catch (Throwable t)
 763                   {
 764                     Console.warn(
 765                             "Unable to save temporary session file before custom structure view export operation.");
 766                   }
 767                 }
 768
 769                 ////
 770                 // Do temporary ops
 771
 772                 if (bgcolour != null)
 773                 {
 774                   sview.getBinding().setBackgroundColour(bgcolour);
 775                 }
 776
 777                 sview.getBinding().executeCommands(extraCommands, false,
 778                         "Executing Custom Commands");
 779
 780                 // and export the view as an image
 781                 boolean success = this.checksBeforeWritingToFile(avm,
 782                         subVals, false, structureImageFilename,
 783                         "structure image", isError);
 784
 785                 if (!success)
 786                 {
 787                   continue;
 788                 }
 789                 Console.debug("Rendering image to " + structureImageFile);
 790                 //
 791                 // TODO - extend StructureViewer / Binding with makePDBImage so
 792                 // we can do this with every viewer
 793                 //
 794
 795                 try
 796                 {
 797                   // We don't expect class cast exception
 798                   AppJmol jmol = (AppJmol) sview;
 799                   jmol.makePDBImage(structureImageFile, imageType, renderer,
 800                           userBis);
 801                   Console.info("Exported structure image to "
 802                           + structureImageFile);
 803
 804                   // RESTORE SESSION AFTER EXPORT IF NEED BE
 805                   if (sessionToRestore != null)
 806                   {
 807                     Console.debug(
 808                             "Restoring session from " + sessionToRestore);
 809
 810                     sview.getBinding().restoreSession(
 811                             sessionToRestore.getAbsolutePath());
 812
 813                   }
 814                 } catch (ImageOutputException ioexec)
 815                 {
 816                   addError(
 817                           "Unexpected error when restoring structure viewer session after custom view operations.");
 818                   isError = true;
 819                   continue;
 820                 } finally
 821                 {
 822                   try
 823                   {
 824                     this.colourAlignFrame(af, originalColourScheme);
 825                   } catch (Exception t)
 826                   {
 827                     addError(
 828                             "Unexpected error when restoring colourscheme to alignment after temporary change for export.",
 829                             t);
 830                   }
 831                 }
 832               }
 833             }
 834           }
 835           argParser.setStructureFilename(null);
 836         }
 837       }
 838     }
 839
 840     if (af == null)
 841     {
 842       af = afMap.get(id);
 843     }
 844     // many of jalview's format/layout methods are only thread safe on the
 845     // swingworker thread.
 846     // all these methods should be on the alignViewController so it can
 847     // coordinate such details
 848     if (headless)
 849     {
 850       showOrHideAnnotations(af, showSSAnnotations, showAnnotations,
 851               hideTFrows);
 852     }
 853     else
 854     {
 855       try
 856       {
 857         AlignFrame _af = af;
 858         final boolean _showSSAnnotations = showSSAnnotations;
 859         final boolean _showAnnotations = showAnnotations;
 860         final boolean _hideTFrows = hideTFrows;
 861         SwingUtilities.invokeAndWait(() -> {
 862           showOrHideAnnotations(_af, _showSSAnnotations, _showAnnotations,
 863                   _hideTFrows);
 864         }
 865
 866         );
 867       } catch (Exception x)
 868       {
 869         Console.warn(
 870                 "Unexpected exception adjusting annotation row visibility.",
 871                 x);
 872       }
 873     }
 874
 875     if (wrap)
 876     {
 877       if (af == null)
 878       {
 879         af = afMap.get(id);
 880       }
 881       if (af != null)
 882       {
 883         af.setWrapFormat(wrap, true);
 884       }
 885     }
 886
 887     /*
 888     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 889     if (doShading)
 890     {
 891     AlignFrame af = afMap.get(id);
 892     for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 893             .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 894     {
 895       AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 896               af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 897       acg.setSeqAssociated(true);
 898       af.changeColour(acg);
 899       Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 900     }
 901     }
 902     */
 903
 904     return theseArgsWereParsed && !isError;
 905   }
 906
 907   private static void showOrHideAnnotations(AlignFrame af,
 908           boolean showSSAnnotations, boolean showAnnotations,
 909           boolean hideTFrows)
 910   {
 911     Console.debug(
 912             "##### Setting showSSAnnotations to " + showSSAnnotations);
 913     Console.debug("##### Setting showAnnotations to " + showAnnotations);
 914     Console.debug("##### Setting hideTFrows to " + hideTFrows);
 915     af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 916
 917     af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 918
 919     // show temperature factor annotations?
 920     if (hideTFrows)
 921     {
 922       // do this better (annotation types?)
 923       List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 924       hideThese.add("Temperature Factor");
 925       hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 926       AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 927               af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null, false,
 928               false);
 929     }
 930   }
 931
 932   protected void processGroovyScript(String id)
 933   {
 934     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 935     AlignFrame af = afMap.get(id);
 936
 937     if (avm != null && !avm.containsArg(Arg.GROOVY))
 938     {
 939       // nothing to do
 940       return;
 941     }
 942
 943     if (af == null)
 944     {
 945       addWarn("Groovy script does not have an alignment window.  Proceeding with caution!");
 946     }
 947
 948     if (avm.containsArg(Arg.GROOVY))
 949     {
 950       for (ArgValue groovyAv : avm.getArgValueList(Arg.GROOVY))
 951       {
 952         String groovyscript = groovyAv.getValue();
 953         if (groovyscript != null)
 954         {
 955           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 956           // and before any images or figures are generated.
 957           Console.info("Executing script " + groovyscript);
 958           Jalview.getInstance().executeGroovyScript(groovyscript, af);
 959         }
 960       }
 961     }
 962   }
 963
 964   protected boolean processImages(String id)
 965   {
 966     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 967     AlignFrame af = afMap.get(id);
 968
 969     if (avm != null && !avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 970     {
 971       // nothing to do
 972       return true;
 973     }
 974
 975     if (af == null)
 976     {
 977       addWarn("Do not have an alignment window to create image from (id="
 978               + id + ").  Not proceeding.");
 979       return false;
 980     }
 981
 982     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
 983     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 984     {
 985       for (ArgValue imageAv : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 986       {
 987         String val = imageAv.getValue();
 988         SubVals imageSubVals = imageAv.getSubVals();
 989         String fileName = imageSubVals.getContent();
 990         File file = new File(fileName);
 991         String name = af.getName();
 992         String renderer = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv,
 993                 Arg.TEXTRENDERER, imageSubVals);
 994         if (renderer == null)
 995           renderer = "text";
 996         String type = "png"; // default
 997
 998         String scale = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.SCALE,
 999                 imageSubVals);
1000         String width = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.WIDTH,
1001                 imageSubVals);
1002         String height = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.HEIGHT,
1003                 imageSubVals);
1004         BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
1005                 .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
1006
1007         type = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.TYPE, imageSubVals);
1008         if (type == null && fileName != null)
1009         {
1010           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
1011           {
1012             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
1013             {
1014               type = ext;
1015             }
1016           }
1017         }
1018         // for moment we disable JSON export
1019         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
1020         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
1021
1022         String imageColour = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv,
1023                 Arg.IMAGECOLOUR, imageSubVals);
1024         ColourSchemeI originalColourScheme = this.getColourScheme(af);
1025         this.colourAlignFrame(af, imageColour);
1026
1027         Console.info("Writing " + file);
1028
1029         boolean success = checksBeforeWritingToFile(avm, imageSubVals,
1030                 false, fileName, "image", isError);
1031         if (!success)
1032         {
1033           continue;
1034         }
1035
1036         try
1037         {
1038           switch (type)
1039           {
1040
1041           case "svg":
1042             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
1043             af.createSVG(file, renderer);
1044             break;
1045
1046           case "png":
1047             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
1048             af.createPNG(file, null, userBis);
1049             break;
1050
1051           case "html":
1052             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
1053             HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
1054             htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
1055             break;
1056
1057           case "biojs":
1058             Console.debug(
1059                     "Outputting BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
1060             try
1061             {
1062               BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
1063                       BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
1064             } catch (URISyntaxException e)
1065             {
1066               e.printStackTrace();
1067             }
1068             BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
1069             bjs.exportHTML(fileName);
1070             break;
1071
1072           case "eps":
1073             Console.debug("Outputting EPS file: " + fileName);
1074             af.createEPS(file, renderer);
1075             break;
1076
1077           case "imagemap":
1078             Console.debug("Outputting ImageMap file: " + fileName);
1079             af.createImageMap(file, name);
1080             break;
1081
1082           default:
1083             addWarn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
1084                     + "' not known. Ignoring");
1085             break;
1086           }
1087         } catch (Exception ioex)
1088         {
1089           addError("Unexpected error during export to '" + fileName + "'",
1090                   ioex);
1091           isError = true;
1092         }
1093
1094         this.colourAlignFrame(af, originalColourScheme);
1095       }
1096     }
1097     return !isError;
1098   }
1099
1100   protected boolean processOutput(String id)
1101   {
1102     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
1103     AlignFrame af = afMap.get(id);
1104
1105     if (avm != null && !avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
1106     {
1107       // nothing to do
1108       return true;
1109     }
1110
1111     if (af == null)
1112     {
1113       addWarn("Do not have an alignment window (id=" + id
1114               + ").  Not proceeding.");
1115       return false;
1116     }
1117
1118     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
1119
1120     if (avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
1121     {
1122       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OUTPUT))
1123       {
1124         String val = av.getValue();
1125         SubVals subVals = av.getSubVals();
1126         String fileName = subVals.getContent();
1127         boolean stdout = ArgParser.STDOUTFILENAME.equals(fileName);
1128         File file = new File(fileName);
1129
1130         String name = af.getName();
1131         String format = avm.getValueFromSubValOrArg(av, Arg.FORMAT,
1132                 subVals);
1133         FileFormats ffs = FileFormats.getInstance();
1134         List<String> validFormats = ffs.getWritableFormats(false);
1135
1136         FileFormatI ff = null;
1137         if (format == null && fileName != null)
1138         {
1139           FORMAT: for (String fname : validFormats)
1140           {
1141             FileFormatI tff = ffs.forName(fname);
1142             String[] extensions = tff.getExtensions().split(",");
1143             for (String ext : extensions)
1144             {
1145               if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
1146               {
1147                 ff = tff;
1148                 format = ff.getName();
1149                 break FORMAT;
1150               }
1151             }
1152           }
1153         }
1154         if (ff == null && format != null)
1155         {
1156           ff = ffs.forName(format);
1157         }
1158         if (ff == null)
1159         {
1160           if (stdout)
1161           {
1162             ff = FileFormat.Fasta;
1163           }
1164           else
1165           {
1166             StringBuilder validSB = new StringBuilder();
1167             for (String f : validFormats)
1168             {
1169               if (validSB.length() > 0)
1170                 validSB.append(", ");
1171               validSB.append(f);
1172               FileFormatI tff = ffs.forName(f);
1173               validSB.append(" (");
1174               validSB.append(tff.getExtensions());
1175               validSB.append(")");
1176             }
1177
1178             addError("No valid format specified for "
1179                     + Arg.OUTPUT.argString() + ". Valid formats are "
1180                     + validSB.toString() + ".");
1181             continue;
1182           }
1183         }
1184
1185         boolean success = checksBeforeWritingToFile(avm, subVals, true,
1186                 fileName, ff.getName(), isError);
1187         if (!success)
1188         {
1189           continue;
1190         }
1191
1192         boolean backups = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.BACKUPS, subVals,
1193                 null, Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
1194                 !Platform.isHeadless());
1195
1196         Console.info("Writing " + fileName);
1197
1198         af.saveAlignment(fileName, ff, stdout, backups);
1199         if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
1200         {
1201           Console.debug("Written alignment '" + name + "' in "
1202                   + ff.getName() + " format to '" + file + "'");
1203         }
1204         else
1205         {
1206           addError("Error writing file '" + file + "' in " + ff.getName()
1207                   + " format!");
1208           isError = true;
1209           continue;
1210         }
1211
1212       }
1213     }
1214     return !isError;
1215   }
1216
1217   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, ArgValuesMap avm,
1218           ArgValue av)
1219   {
1220     SubVals subVals = av.getSubVals();
1221     ArgValue idAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av, Arg.SEQID, true);
1222     SequenceI seq = null;
1223     if (subVals == null && idAv == null)
1224       return null;
1225     if (af == null || af.getCurrentView() == null)
1226     {
1227       return null;
1228     }
1229     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
1230     if (al == null)
1231     {
1232       return null;
1233     }
1234     if (subVals != null)
1235     {
1236       if (subVals.has(Arg.SEQID.getName()))
1237       {
1238         seq = al.findName(subVals.get(Arg.SEQID.getName()));
1239       }
1240       else if (-1 < subVals.getIndex()
1241               && subVals.getIndex() < al.getSequences().size())
1242       {
1243         seq = al.getSequenceAt(subVals.getIndex());
1244       }
1245     }
1246     if (seq == null && idAv != null)
1247     {
1248       seq = al.findName(idAv.getValue());
1249     }
1250     return seq;
1251   }
1252
1253   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1254   {
1255     AlignFrame[] afs = null;
1256     if (afMap != null)
1257     {
1258       afs = (AlignFrame[]) afMap.values().toArray();
1259     }
1260
1261     return afs;
1262   }
1263
1264   public List<StructureViewer> getStructureViewers()
1265   {
1266     List<StructureViewer> svs = null;
1267     if (svMap != null)
1268     {
1269       for (List<StructureViewer> svList : svMap.values())
1270       {
1271         if (svs == null)
1272         {
1273           svs = new ArrayList<>();
1274         }
1275         svs.addAll(svList);
1276       }
1277     }
1278     return svs;
1279   }
1280
1281   private void colourAlignFrame(AlignFrame af, String colour)
1282   {
1283     // use string "none" to remove colour scheme
1284     if (colour != null && "" != colour)
1285     {
1286       ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
1287               af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), colour);
1288       if (cs == null && !StringUtils.equalsIgnoreCase(colour, "none"))
1289       {
1290         addWarn("Couldn't parse '" + colour + "' as a colourscheme.");
1291       }
1292       else
1293       {
1294         Jalview.testoutput(argParser, Arg.COLOUR, "zappo", colour);
1295         colourAlignFrame(af, cs);
1296       }
1297     }
1298   }
1299
1300   private void colourAlignFrame(AlignFrame af, ColourSchemeI cs)
1301   {
1302     // Note that cs == null removes colour scheme from af
1303     af.changeColour(cs);
1304   }
1305
1306   private ColourSchemeI getColourScheme(AlignFrame af)
1307   {
1308     return af.getViewport().getGlobalColourScheme();
1309   }
1310
1311   private void addInfo(String errorMessage)
1312   {
1313     Console.info(errorMessage);
1314     errors.add(errorMessage);
1315   }
1316
1317   private void addWarn(String errorMessage)
1318   {
1319     Console.warn(errorMessage);
1320     errors.add(errorMessage);
1321   }
1322
1323   private void addError(String errorMessage)
1324   {
1325     addError(errorMessage, null);
1326   }
1327
1328   private void addError(String errorMessage, Exception e)
1329   {
1330     Console.error(errorMessage, e);
1331     errors.add(errorMessage);
1332   }
1333
1334   private boolean checksBeforeWritingToFile(ArgValuesMap avm,
1335           SubVals subVal, boolean includeBackups, String filename,
1336           String adjective, Boolean isError)
1337   {
1338     File file = new File(filename);
1339
1340     boolean overwrite = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.OVERWRITE, subVal,
1341             null, "OVERWRITE_OUTPUT", false);
1342     boolean stdout = false;
1343     boolean backups = false;
1344     if (includeBackups)
1345     {
1346       stdout = ArgParser.STDOUTFILENAME.equals(filename);
1347       // backups. Use the Arg.BACKUPS or subval "backups" setting first,
1348       // otherwise if headless assume false, if not headless use the user
1349       // preference with default true.
1350       backups = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.BACKUPS, subVal, null,
1351               Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
1352               !Platform.isHeadless());
1353     }
1354
1355     if (file.exists() && !(overwrite || backups || stdout))
1356     {
1357       addWarn("Won't overwrite file '" + filename + "' without "
1358               + Arg.OVERWRITE.argString()
1359               + (includeBackups ? " or " + Arg.BACKUPS.argString() : "")
1360               + " set");
1361       return false;
1362     }
1363
1364     boolean mkdirs = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.MKDIRS, subVal, null,
1365             "MKDIRS_OUTPUT", false);
1366
1367     if (!FileUtils.checkParentDir(file, mkdirs))
1368     {
1369       addError("Directory '"
1370               + FileUtils.getParentDir(file).getAbsolutePath()
1371               + "' does not exist for " + adjective + " file '" + filename
1372               + "'."
1373               + (mkdirs ? "" : "  Try using " + Arg.MKDIRS.argString()));
1374       isError = true;
1375       return false;
1376     }
1377
1378     return true;
1379   }
1380
1381   public List<String> getErrors()
1382   {
1383     return errors;
1384   }
1385
1386   public String errorsToString()
1387   {
1388     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1389     for (String error : errors)
1390     {
1391       if (sb.length() > 0)
1392         sb.append("\n");
1393       sb.append("- " + error);
1394     }
1395     return sb.toString();
1396   }
1397 }