src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.Collections;
   9 import java.util.EnumSet;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Iterator;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Locale;
  14 import java.util.Map;
  15
  16 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  17 import jalview.bin.argparser.Arg;
  18 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  19 import jalview.bin.argparser.ArgParser.Position;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValues;
  22 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  23 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  29 import jalview.gui.Desktop;
  30 import jalview.gui.Preferences;
  31 import jalview.gui.StructureChooser;
  32 import jalview.gui.StructureViewer;
  33 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  36 import jalview.io.DataSourceType;
  37 import jalview.io.FileFormat;
  38 import jalview.io.FileFormatException;
  39 import jalview.io.FileFormatI;
  40 import jalview.io.FileLoader;
  41 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  42 import jalview.io.IdentifyFile;
  43 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  44 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  45 import jalview.util.HttpUtils;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.Platform;
  48
  49 public class Commands
  50 {
  51   Desktop desktop;
  52
  53   private boolean headless;
  54
  55   private ArgParser argParser;
  56
  57   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  58
  59   private boolean commandArgsProvided = false;
  60
  61   private boolean argsWereParsed = false;
  62
  63   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  64   {
  65     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  66   }
  67
  68   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  69   {
  70     argParser = argparser;
  71     headless = h;
  72     desktop = d;
  73     afMap = new HashMap<String, AlignFrame>();
  74     if (argparser != null)
  75     {
  76       processArgs(argparser, headless);
  77     }
  78   }
  79
  80   private boolean processArgs(ArgParser argparser, boolean h)
  81   {
  82     argParser = argparser;
  83     headless = h;
  84     boolean theseArgsWereParsed = false;
  85
  86     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
  87     {
  88       for (String id : argParser.getLinkedIds())
  89       {
  90         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
  91         theseArgsWereParsed = true;
  92         theseArgsWereParsed &= processLinked(id);
  93         boolean processLinkedOkay = theseArgsWereParsed;
  94         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
  95         if (processLinkedOkay)
  96           theseArgsWereParsed &= processOutput(id);
  97
  98         // close ap
  99         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 100         {
 101           AlignFrame af = afMap.get(id);
 102           if (af != null)
 103           {
 104             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 105           }
 106         }
 107
 108       }
 109
 110     }
 111     if (argParser.getBool(Arg.QUIT))
 112     {
 113       Jalview.getInstance().quit();
 114       return true;
 115     }
 116     // carry on with jalview.bin.Jalview
 117     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 118     return argsWereParsed;
 119   }
 120
 121   public boolean commandArgsProvided()
 122   {
 123     return commandArgsProvided;
 124   }
 125
 126   public boolean argsWereParsed()
 127   {
 128     return argsWereParsed;
 129   }
 130
 131   protected boolean processUnlinked(String id)
 132   {
 133     return processLinked(id);
 134   }
 135
 136   protected boolean processLinked(String id)
 137   {
 138     boolean theseArgsWereParsed = false;
 139     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 140     if (avm == null)
 141       return true;
 142
 143     /*
 144      * // script to execute after all loading is completed one way or another String
 145      * groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null :
 146      * m.get(Arg.GROOVY).getValue(); String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null :
 147      * m.get(Arg.OPEN).getValue(); String data = null; FileFormatI format = null;
 148      * DataSourceType protocol = null;
 149      */
 150     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 151     {
 152       commandArgsProvided = true;
 153       long progress = -1;
 154
 155       boolean first = true;
 156       boolean progressBarSet = false;
 157       AlignFrame af;
 158       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 159       // was APPEND or OPEN
 160       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 161       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 162       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 163       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 164       Collections.sort(openAvList);
 165       for (ArgValue av : openAvList)
 166       {
 167         Arg a = av.getArg();
 168         SubVals sv = av.getSubVals();
 169         String openFile = av.getValue();
 170         if (openFile == null)
 171           continue;
 172
 173         theseArgsWereParsed = true;
 174         if (first)
 175         {
 176           first = false;
 177           if (!headless && desktop != null)
 178           {
 179             desktop.setProgressBar(
 180                     MessageManager.getString(
 181                             "status.processing_commandline_args"),
 182                     progress = System.currentTimeMillis());
 183             progressBarSet = true;
 184           }
 185         }
 186
 187         if (!Platform.isJS())
 188         /**
 189          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 190          *
 191          * @j2sIgnore
 192          */
 193         {
 194           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 195           {
 196             if (!(new File(openFile)).exists())
 197             {
 198               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 199             }
 200           }
 201         }
 202
 203         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 204                 .checkProtocol(openFile);
 205
 206         FileFormatI format = null;
 207         try
 208         {
 209           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 210         } catch (FileFormatException e1)
 211         {
 212           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 213         }
 214
 215         af = afMap.get(id);
 216         // When to open a new AlignFrame
 217         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 218                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 219         {
 220           /*
 221            * this approach isn't working yet // get default annotations before opening
 222            * AlignFrame if (m.get(Arg.SSANNOTATIONS) != null) {
 223            * Console.debug("##### SSANNOTATIONS=" + m.get(Arg.SSANNOTATIONS).getBoolean());
 224            * } if (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null) { Console.debug( "##### NOTEMPFAC=" +
 225            * m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean()); } boolean showSecondaryStructure =
 226            * (m.get(Arg.SSANNOTATIONS) != null) ? m.get(Arg.SSANNOTATIONS).getBoolean() :
 227            * false; boolean showTemperatureFactor = (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null) ?
 228            * !m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean() : false; Console.debug("##### tempfac=" +
 229            * showTemperatureFactor + ", showSS=" + showSecondaryStructure);
 230            * StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 231            * .getStructureSelectionManager(Desktop.instance); if (ssm != null) {
 232            * ssm.setAddTempFacAnnot(showTemperatureFactor);
 233            * ssm.setProcessSecondaryStructure(showSecondaryStructure); }
 234            */
 235
 236           Console.debug(
 237                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 238           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 239
 240           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 241                   format);
 242           boolean showAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 243                   Arg.ANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 244                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 245           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 246
 247           // wrap alignment?
 248           boolean wrap = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.WRAP, sv,
 249                   null, "WRAP_ALIGNMENT", false);
 250           af.getCurrentView().setWrapAlignment(wrap);
 251
 252           // colour aligment?
 253           String colour = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 254                   Arg.COLOUR, sv, null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 255
 256           if ("" != colour)
 257           {
 258             af.changeColour_actionPerformed(colour);
 259           }
 260
 261           // change alignment frame title
 262           String title = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 263                   Arg.TITLE, sv, null, null, null);
 264           if (title != null)
 265             af.setTitle(title);
 266
 267           // show secondary structure annotations?
 268           boolean showSSAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 269                   Arg.SSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 270                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 271           if (avm.getBoolean(Arg.SSANNOTATIONS))
 272           {
 273             af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 274             /*
 275             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 276                     af.getCurrentView().getAlignment(),
 277                     Collections.singleton("Secondary Structure"), null,
 278                     false, false);
 279              */
 280           }
 281
 282           // show temperature factor annotations?
 283           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 284           {
 285             // do this better (annotation types?)
 286             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 287             hideThese.add("Temperature Factor");
 288             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 289             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 290                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 291                     false, false);
 292           }
 293           else
 294           /*
 295            * comment out hacky approach up to here and add this line: if
 296            * (showTemperatureFactor)
 297            */
 298           {
 299             /*
 300             if (avm.containsArg(Arg.TEMPFAC_LABEL))
 301             {
 302               AlignmentAnnotation aa = AlignmentUtils
 303                       .getFirstSequenceAnnotationOfType(
 304                               af.getCurrentView().getAlignment(),
 305                               AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH);
 306               String label = avm.getValue(Arg.TEMPFAC_LABEL);
 307               if (aa != null)
 308               {
 309                 aa.label = label;
 310               }
 311               else
 312               {
 313                 Console.info(
 314                         "Could not find annotation to apply tempfac_label '"
 315                                 + label);
 316               }
 317             }
 318             */
 319           }
 320
 321           // store the AlignFrame for this id
 322           afMap.put(id, af);
 323
 324           // is it its own structure file?
 325           if (format.isStructureFile())
 326           {
 327             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 328                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 329             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 330             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 331                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 332           }
 333         }
 334         else
 335         {
 336           Console.debug(
 337                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 338           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 339                   ? DataSourceType.URL
 340                   : DataSourceType.FILE;
 341           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 342           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 343                   false);
 344         }
 345
 346         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 347
 348       }
 349       if (first) // first=true means nothing opened
 350       {
 351         if (headless)
 352         {
 353           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode", 1);
 354         }
 355         else
 356         {
 357           Console.warn("No more files to open");
 358         }
 359       }
 360       if (progressBarSet && desktop != null)
 361         desktop.setProgressBar(null, progress);
 362
 363     }
 364
 365     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 366     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 367     {
 368       AlignFrame af = afMap.get(id);
 369       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 370       {
 371         commandArgsProvided = true;
 372         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 373         {
 374           String val = av.getValue();
 375           SubVals subVals = av.getSubVals();
 376           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, subVals);
 377           if (seq == null)
 378           {
 379             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 380             // sequence in the alignframe
 381             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 382             seq = al.getSequenceAt(0);
 383           }
 384
 385           if (seq == null)
 386           {
 387             Console.warn("Could not find sequence for argument "
 388                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 389             // you probably want to continue here, not break
 390             // break;
 391             continue;
 392           }
 393           File structureFile = null;
 394           if (subVals.getContent() != null
 395                   && subVals.getContent().length() != 0)
 396           {
 397             structureFile = new File(subVals.getContent());
 398             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 399                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 400           }
 401           // TRY THIS
 402           /*
 403            * PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 404            * .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName, DataSourceType.FILE,
 405            * selectedSequence, true, Desktop.instance);
 406            *
 407            * sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry }, ap, new
 408            * SequenceI[] { selectedSequence });
 409            *
 410            */
 411           /* THIS DOESN'T WORK */
 412           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 413                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 414           {
 415             structureFile = new File(
 416                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 417             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 418                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 419           }
 420
 421           if (structureFile == null)
 422           {
 423             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 424             continue;
 425           }
 426
 427           if (!structureFile.exists())
 428           {
 429             Console.warn("Structure file '"
 430                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 431             continue;
 432           }
 433
 434           Console.debug("Using structure file "
 435                   + structureFile.getAbsolutePath());
 436
 437           // ##### Does this need to happen? Follow
 438           // openStructureFileForSequence() below
 439           /*
 440           PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 441                   .associatePdbWithSeq(structureFile.getAbsolutePath(),
 442                           DataSourceType.FILE, seq, true, Desktop.instance);
 443                           */
 444
 445           // open structure view
 446           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 447           if (headless)
 448           {
 449             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 450                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 451           }
 452
 453           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 454
 455           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 456           String paeFilepath = subVals.getWithSubstitutions(argParser, id,
 457                   "paematrix");
 458           String paeLabel = subVals.get("paelabel");
 459           ArgValue paeAv = getArgAssociatedWithStructure(Arg.PAEMATRIX, avm,
 460                   af, structureFilepath);
 461           if (paeFilepath == null && paeAv != null)
 462           {
 463             SubVals sv = paeAv.getSubVals();
 464             File paeFile = new File(sv.getContent());
 465
 466             paeLabel = sv.get("label");
 467             try
 468             {
 469               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 470             } catch (IOException e)
 471             {
 472               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 473               Console.warn("Problem with the PAE file path: '"
 474                       + paeFile.getPath() + "'");
 475             }
 476           }
 477
 478           // showing annotations from structure file or not
 479           boolean ssFromStructure = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 480                   Arg.SSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 481                   true);
 482
 483           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 484           // reference annotations
 485           String tftString = subVals.get("tempfac");
 486           TFType tft = avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC) ? null
 487                   : TFType.DEFAULT;
 488           ArgValue tftAv = getArgAssociatedWithStructure(Arg.TEMPFAC, avm,
 489                   af, structureFilepath);
 490           if (tftString == null && tftAv != null)
 491           {
 492             tftString = tftAv.getSubVals().getContent();
 493           }
 494           if (tftString != null)
 495           {
 496             // get kind of temperature factor annotation
 497             try
 498             {
 499               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 500               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 501                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 502             } catch (IllegalArgumentException e)
 503             {
 504               // Just an error message!
 505               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 506                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 507                       .append(tft)
 508                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 509               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 510                       .iterator();
 511               while (it.hasNext())
 512               {
 513                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 514                 if (it.hasNext())
 515                   sb.append(", ");
 516               }
 517               Console.warn(sb.toString());
 518             }
 519           }
 520
 521           String sViewer = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 522                   Arg.STRUCTUREVIEWER, Position.AFTER, av, subVals,
 523                   "viewer", null, "jmol");
 524           ViewerType viewerType = null;
 525           if (!"none".equals(sViewer))
 526           {
 527             for (ViewerType v : EnumSet.allOf(ViewerType.class))
 528             {
 529               String name = v.name().toLowerCase(Locale.ROOT)
 530                       .replaceAll(" ", "");
 531               if (sViewer.equals(name))
 532               {
 533                 viewerType = v;
 534                 break;
 535               }
 536             }
 537           }
 538
 539           boolean addTempFac = tft != null
 540                   || Cache.getDefault("ADD_TEMPFACT_ANN", false);
 541
 542           // TODO use ssFromStructure
 543           StructureChooser.openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq,
 544                   false, structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 545                   ssFromStructure, false, viewerType);
 546         }
 547       }
 548     }
 549
 550     /*
 551     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 552     if (doShading)
 553     {
 554       AlignFrame af = afMap.get(id);
 555       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 556               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 557       {
 558         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 559                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 560         acg.setSeqAssociated(true);
 561         af.changeColour(acg);
 562         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 563       }
 564     }
 565     */
 566
 567     return theseArgsWereParsed;
 568   }
 569
 570   protected boolean processImages(String id)
 571   {
 572     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 573     AlignFrame af = afMap.get(id);
 574
 575     if (af == null)
 576     {
 577       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 578       return false;
 579     }
 580
 581     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 582     {
 583       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 584       {
 585         String val = av.getValue();
 586         SubVals subVal = av.getSubVals();
 587         String type = "png"; // default
 588         String fileName = subVal.getContent();
 589         File file = new File(fileName);
 590         String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 591                 Arg.RENDERER, subVal);
 592         if (renderer == null)
 593           renderer = "text";
 594         type = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.TYPE, subVal);
 595         if (type == null && fileName != null)
 596         {
 597           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
 598           {
 599             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 600             {
 601               type = ext;
 602             }
 603           }
 604         }
 605         // for moment we disable JSON export
 606         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 607         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 608
 609         switch (type)
 610         {
 611
 612         case "svg":
 613           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 614           af.createSVG(file, renderer);
 615           break;
 616
 617         case "png":
 618           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 619           af.createPNG(file);
 620           break;
 621
 622         case "html":
 623           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 624           HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 625           htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
 626           break;
 627
 628         case "biojs":
 629           try
 630           {
 631             BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 632                     BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 633           } catch (URISyntaxException e)
 634           {
 635             e.printStackTrace();
 636           }
 637           BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 638           bjs.exportHTML(fileName);
 639           Console.debug("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
 640           break;
 641
 642         default:
 643           Console.warn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 644                   + "' not known. Ignoring");
 645           break;
 646         }
 647       }
 648     }
 649     return true;
 650   }
 651
 652   protected boolean processOutput(String id)
 653   {
 654     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 655     AlignFrame af = afMap.get(id);
 656
 657     if (af == null)
 658     {
 659       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 660       return false;
 661     }
 662
 663     if (avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
 664     {
 665       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OUTPUT))
 666       {
 667         String val = av.getValue();
 668         SubVals subVal = av.getSubVals();
 669         String type = null; // default
 670         String fileName = subVal.getContent();
 671         File file = new File(fileName);
 672       }
 673     }
 674     return true;
 675   }
 676
 677   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, SubVals subId)
 678   {
 679     if (subId == null)
 680       return null;
 681     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 682     if (subId.has("seqid"))
 683     {
 684       return al.findName(subId.get("seqid"));
 685     }
 686     else if (-1 < subId.getIndex()
 687             && subId.getIndex() < al.getSequences().size())
 688     {
 689       return al.getSequenceAt(subId.getIndex());
 690     }
 691     return null;
 692   }
 693
 694   // returns the first Arg value intended for the structure structFilename
 695   // (in the given AlignFrame from the ArgValuesMap)
 696   private ArgValue getArgAssociatedWithStructure(Arg arg, ArgValuesMap avm,
 697           AlignFrame af, String structFilename)
 698   {
 699     if (af != null)
 700     {
 701       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(arg))
 702       {
 703         SubVals subVals = av.getSubVals();
 704         String structid = subVals.get("structid");
 705         String structfile = subVals.get("structfile");
 706
 707         // let's find a structure
 708         if (structfile == null && structid == null)
 709         {
 710           ArgValue likelyStructure = avm.getClosestPreviousArgValueOfArg(av,
 711                   Arg.STRUCTURE);
 712           if (likelyStructure != null)
 713           {
 714             SubVals sv = likelyStructure.getSubVals();
 715             if (sv != null && sv.has(ArgValues.ID))
 716             {
 717               structid = sv.get(ArgValues.ID);
 718             }
 719             else
 720             {
 721               structfile = likelyStructure.getValue();
 722             }
 723           }
 724         }
 725
 726         if (structfile == null && structid != null)
 727         {
 728           StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 729                   .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 730           if (ssm != null)
 731           {
 732             structfile = ssm.findFileForPDBId(structid);
 733           }
 734         }
 735         if (structfile != null && structfile.equals(structFilename))
 736         {
 737           return av;
 738         }
 739       }
 740     }
 741     return null;
 742   }
 743 }