src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.Vector;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * Main class for Jalview Application\r
  32  * <br>\r
  33  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class Jalview\r
  39 {\r
  40     /**\r
  41      * Initialises the Apache Axis logger\r
  42      */\r
  43     public static Logger log;\r
  44     private static void initLogger()\r
  45     {\r
  46         Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");\r
  47         Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");\r
  48         log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");\r
  49 \r
  50         laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString())));\r
  51         lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level", Level.INFO.toString())));\r
  52         log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));\r
  53 \r
  54         ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),\r
  55                 "System.err");\r
  56         ap.setName("JalviewLogger");\r
  57 \r
  58         laxis.addAppender(ap);\r
  59         lcastor.addAppender(ap);\r
  60         log.addAppender(ap);\r
  61     }\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * main class for Jalview application\r
  65      *\r
  66      * @param args open <em>filename</em>\r
  67      */\r
  68     public static void main(String[] args)\r
  69     {\r
  70       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));\r
  71       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "\r
  72                          +System.getProperty("os.name")+" "\r
  73                          +System.getProperty("os.version"));\r
  74 \r
  75 \r
  76       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  77       boolean headless = false;\r
  78 \r
  79       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
  80       {\r
  81         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
  82                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
  83                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
  84                            +"-groups FILE\tUse the given file to mark groups on the alignment. \nGroups file is in the following tab delimited format\n"\r
  85                            +"TEXT<tab>SEQUENCE_ID<tab>SEQUENCE_INDEX<tab>START_RESIDUE<tab>END_RESIDUE<tab>COLOUR\n"\r
  86                            +"SequenceID is used in preference to SequenceIndex if both are provided.\n"\r
  87                            +"Enter ID_NOT_SPECIFIED for SEQUENCE_ID or -1 for SEQUENCE_INDEX if unknown.\n"\r
  88                            +"COLOUR can be hexadecimal RGB or 'red', 'blue' etc.\n\n"\r
  89                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
  90                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
  91                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
  92                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
  93                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
  94                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
  95                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
  96                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
  97                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
  98                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
  99                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.");\r
 100         System.exit(0);\r
 101           }\r
 102 \r
 103 \r
 104           if (aparser.contains("nodisplay"))\r
 105             System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
 106 \r
 107           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 108               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 109           {\r
 110             headless = true;\r
 111           }\r
 112 \r
 113         Cache.loadProperties(aparser.getValue("props"));\r
 114 \r
 115         try\r
 116         {\r
 117           initLogger();\r
 118         }\r
 119         catch (Exception e)\r
 120         {\r
 121           System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");\r
 122         }\r
 123 \r
 124 \r
 125         Desktop desktop = null;\r
 126         if( !headless )\r
 127         {\r
 128           try\r
 129           {\r
 130             UIManager.setLookAndFeel(\r
 131                    UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
 132             //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
 133 //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
 134 //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 135 //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
 136 //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
 137 \r
 138                 );\r
 139           }\r
 140           catch (Exception ex)\r
 141           {\r
 142           }\r
 143 \r
 144           desktop = new Desktop();\r
 145           desktop.setVisible(true);\r
 146           desktop.discoverer.start();\r
 147         }\r
 148 \r
 149 \r
 150          String file = null, protocol = null, format = null, groups=null;\r
 151          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
 152 \r
 153           file = aparser.getValue("open");\r
 154 \r
 155           if (file == null && desktop==null)\r
 156           {\r
 157             System.out.println("No files to open!");\r
 158             System.exit(1);\r
 159           }\r
 160 \r
 161           if(file!=null)\r
 162           {\r
 163 \r
 164             if (!file.startsWith("http://"))\r
 165             {\r
 166               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
 167               {\r
 168                 System.out.println("Can't find " + file);\r
 169                 System.exit(1);\r
 170               }\r
 171             }\r
 172 \r
 173             protocol = "File";\r
 174 \r
 175             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 176             {\r
 177               protocol = "URL";\r
 178             }\r
 179 \r
 180             if (file.endsWith(".jar"))\r
 181               format = "Jalview";\r
 182             else\r
 183               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 184 \r
 185             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
 186 \r
 187             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 188 \r
 189             groups = aparser.getValue("groups");\r
 190             if (groups != null)\r
 191             {\r
 192               af.parseGroupsFile(groups);\r
 193             }\r
 194 \r
 195             String imageName = "unnamed.png";\r
 196             while (aparser.getSize() > 1)\r
 197             {\r
 198               format = aparser.nextValue();\r
 199               file = aparser.nextValue();\r
 200 \r
 201               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 202               {\r
 203                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 204                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 205                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 206                 continue;\r
 207               }\r
 208               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 209               {\r
 210                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 211                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 212                 continue;\r
 213               }\r
 214               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 215               {\r
 216                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 217                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 218                 continue;\r
 219               }\r
 220 \r
 221               if (af.saveAlignment(file, format))\r
 222                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 223                                    " format to " + file);\r
 224               else\r
 225                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 226                                    " format!!");\r
 227 \r
 228             }\r
 229 \r
 230             while (aparser.getSize() > 0)\r
 231             {\r
 232               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 233             }\r
 234           }\r
 235 \r
 236         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
 237         //////////////////////\r
 238           if (\r
 239               !headless &&\r
 240               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))\r
 241           {\r
 242 \r
 243             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",\r
 244                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");\r
 245             protocol = "File";\r
 246 \r
 247             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 248             {\r
 249               protocol = "URL";\r
 250             }\r
 251 \r
 252             if (file.endsWith(".jar"))\r
 253             {\r
 254               Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 255             }\r
 256             else\r
 257             {\r
 258               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 259               desktop.LoadFile(file, protocol, format);\r
 260             }\r
 261           }\r
 262 \r
 263 \r
 264           if (desktop==null)\r
 265             System.exit(0);\r
 266     }\r
 267 }\r
 268 \r
 269  class ArgsParser\r
 270  {\r
 271    Vector vargs = null;\r
 272    public ArgsParser(String [] args)\r
 273    {\r
 274      vargs = new Vector();\r
 275      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 276      {\r
 277        String arg = args[i].trim();\r
 278        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 279          arg = arg.substring(1);\r
 280        vargs.addElement(arg);\r
 281      }\r
 282    }\r
 283 \r
 284    public String getValue(String arg)\r
 285    {\r
 286      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 287      String ret = null;\r
 288      if (index != -1)\r
 289      {\r
 290        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 291        vargs.removeElementAt(index);\r
 292        vargs.removeElementAt(index);\r
 293      }\r
 294      return ret;\r
 295    }\r
 296 \r
 297    public boolean contains(String arg)\r
 298    {\r
 299      if(vargs.contains(arg))\r
 300      {\r
 301        vargs.removeElement(arg);\r
 302        return true;\r
 303      }\r
 304      else\r
 305        return false;\r
 306    }\r
 307 \r
 308    public String nextValue()\r
 309    {\r
 310      return  vargs.remove(0).toString();\r
 311    }\r
 312 \r
 313    public int getSize()\r
 314    {\r
 315      return vargs.size();\r
 316    }\r
 317 \r
 318  }\r