src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.Vector;\r
  28 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  29 import jalview.io.FormatAdapter;\r
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Main class for Jalview Application\r
  35  * <br>\r
  36  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class Jalview\r
  42 {\r
  43     /**\r
  44      * Initialises the Apache Axis logger\r
  45      */\r
  46     private static void initLogger()\r
  47     {\r
  48         Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");\r
  49         Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");\r
  50 \r
  51         if (Cache.getProperty("logs.Axis.Level") == null)\r
  52         {\r
  53             Cache.setProperty("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString());\r
  54         }\r
  55 \r
  56         if (Cache.getProperty("logs.Castor.Level") == null)\r
  57         {\r
  58             Cache.setProperty("logs.Castor.Level", Level.INFO.toString());\r
  59         }\r
  60 \r
  61         laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Axis.Level")));\r
  62         lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Castor.Level")));\r
  63 \r
  64         ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),\r
  65                 "System.err");\r
  66         ap.setName("JalviewLogger");\r
  67         laxis.addAppender(ap);\r
  68         lcastor.addAppender(ap);\r
  69     }\r
  70 \r
  71     /**\r
  72      * main class for Jalview application\r
  73      *\r
  74      * @param args open <em>filename</em>\r
  75      */\r
  76     public static void main(String[] args)\r
  77     {\r
  78       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  79       boolean headless = false;\r
  80 \r
  81       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
  82       {\r
  83         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
  84                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
  85                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
  86                            +"-groups FILE\tUse the given file to mark groups on the alignment. \nGroups file is in the following tab delimited format\n"\r
  87                            +"TEXT<tab>SEQUENCE_ID<tab>SEQUENCE_INDEX<tab>START_RESIDUE<tab>END_RESIDUE<tab>COLOUR\n"\r
  88                            +"SequenceID is used in preference to SequenceIndex if both are provided.\n"\r
  89                            +"Enter ID_NOT_SPECIFIED for SEQUENCE_ID or -1 for SEQUENCE_INDEX if unknown.\n"\r
  90                            +"COLOUR can be hexadecimal RGB or 'red', 'blue' etc.\n\n"\r
  91                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
  92                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
  93                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
  94                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
  95                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
  96                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
  97                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
  98                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
  99                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
 100                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
 101                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.");\r
 102         System.exit(0);\r
 103           }\r
 104 \r
 105 \r
 106      if (aparser.contains("nodisplay"))\r
 107       System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
 108 \r
 109     if(   System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 110           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 111       {\r
 112         headless = true;\r
 113       }\r
 114 \r
 115 \r
 116         Cache.loadProperties(aparser.getValue("props"));\r
 117         jalview.gui.Preferences.initPreferences();\r
 118         try\r
 119         {\r
 120           initLogger();\r
 121         }\r
 122         catch (Exception e)\r
 123         {\r
 124           System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");\r
 125         }\r
 126 \r
 127 \r
 128         Desktop desktop = null;\r
 129         if( !headless )\r
 130         {\r
 131           try\r
 132           {\r
 133             UIManager.setLookAndFeel(\r
 134                 //  "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 135                 //  "javax.swing.plaf.multi.MultiLookAndFeel"\r
 136                 UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());\r
 137           }\r
 138           catch (Exception ex)\r
 139           {\r
 140           }\r
 141 \r
 142           desktop = new Desktop();\r
 143           desktop.setVisible(true);\r
 144         }\r
 145 \r
 146 \r
 147          String file = null, protocol = null, format = null, groups=null;\r
 148          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
 149 \r
 150           file = aparser.getValue("open");\r
 151 \r
 152           if (file == null && desktop==null)\r
 153           {\r
 154             System.out.println("No files to open!");\r
 155             System.exit(1);\r
 156           }\r
 157 \r
 158           if(file!=null)\r
 159           {\r
 160 \r
 161             if (!file.startsWith("http://"))\r
 162             {\r
 163               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
 164               {\r
 165                 System.out.println("Can't find " + file);\r
 166                 System.exit(1);\r
 167               }\r
 168             }\r
 169 \r
 170             protocol = "File";\r
 171 \r
 172             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 173             {\r
 174               protocol = "URL";\r
 175             }\r
 176 \r
 177             if (file.endsWith(".jar"))\r
 178               format = "Jalview";\r
 179             else\r
 180               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 181 \r
 182             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
 183 \r
 184             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 185 \r
 186             groups = aparser.getValue("groups");\r
 187             if (groups != null)\r
 188             {\r
 189               af.parseGroupsFile(groups);\r
 190             }\r
 191 \r
 192             String imageName = "unnamed.png";\r
 193             while (aparser.getSize() > 1)\r
 194             {\r
 195               format = aparser.nextValue();\r
 196               file = aparser.nextValue();\r
 197 \r
 198               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 199               {\r
 200                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 201                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 202                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 203                 continue;\r
 204               }\r
 205               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 206               {\r
 207                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 208                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 209                 continue;\r
 210               }\r
 211               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 212               {\r
 213                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 214                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 215                 continue;\r
 216               }\r
 217 \r
 218               if (af.saveAlignment(file, format))\r
 219                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 220                                    " format to " + file);\r
 221               else\r
 222                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 223                                    " format!!");\r
 224 \r
 225             }\r
 226 \r
 227             while (aparser.getSize() > 0)\r
 228             {\r
 229               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 230             }\r
 231           }\r
 232 \r
 233         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
 234         //////////////////////\r
 235           if (\r
 236               !headless &&\r
 237               jalview.gui.Preferences.showStartupFile &&\r
 238               jalview.gui.Preferences.startupFile != null)\r
 239           {\r
 240 \r
 241             file = jalview.gui.Preferences.startupFile;\r
 242             protocol = "File";\r
 243 \r
 244             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 245             {\r
 246               protocol = "URL";\r
 247             }\r
 248 \r
 249             if (file.endsWith(".jar"))\r
 250             {\r
 251               Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 252             }\r
 253             else\r
 254             {\r
 255               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 256               desktop.LoadFile(file, protocol, format);\r
 257             }\r
 258           }\r
 259 \r
 260 \r
 261           if (desktop==null)\r
 262             System.exit(0);\r
 263     }\r
 264 }\r
 265 \r
 266  class ArgsParser\r
 267  {\r
 268    Vector vargs = null;\r
 269    public ArgsParser(String [] args)\r
 270    {\r
 271      vargs = new Vector();\r
 272      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 273      {\r
 274        String arg = args[i].trim();\r
 275        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 276          arg = arg.substring(1);\r
 277        vargs.addElement(arg);\r
 278      }\r
 279    }\r
 280 \r
 281    public String getValue(String arg)\r
 282    {\r
 283      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 284      String ret = null;\r
 285      if (index != -1)\r
 286      {\r
 287        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 288        vargs.removeElementAt(index);\r
 289        vargs.removeElementAt(index);\r
 290      }\r
 291      return ret;\r
 292    }\r
 293 \r
 294    public boolean contains(String arg)\r
 295    {\r
 296      if(vargs.contains(arg))\r
 297      {\r
 298        vargs.removeElement(arg);\r
 299        return true;\r
 300      }\r
 301      else\r
 302        return false;\r
 303    }\r
 304 \r
 305    public String nextValue()\r
 306    {\r
 307      return  vargs.remove(0).toString();\r
 308    }\r
 309 \r
 310    public int getSize()\r
 311    {\r
 312      return vargs.size();\r
 313    }\r
 314 \r
 315  }\r