src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.FlowLayout;
  21 import java.awt.Frame;
  22 import java.awt.event.ActionEvent;
  23 import java.awt.event.ActionListener;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileOutputStream;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.io.OutputStreamWriter;
  29 import java.io.PrintWriter;
  30 import java.lang.reflect.Constructor;
  31 import java.net.MalformedURLException;
  32 import java.net.URI;
  33 import java.net.URL;
  34 import java.net.URLDecoder;
  35 import java.security.AllPermission;
  36 import java.security.CodeSource;
  37 import java.security.PermissionCollection;
  38 import java.security.Permissions;
  39 import java.security.Policy;
  40 import java.util.*;
  41
  42 import javax.swing.*;
  43
  44 import jalview.gui.*;
  45 import jalview.util.Platform;
  46
  47 /**
  48  * Main class for Jalview Application <br>
  49  * <br>
  50  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  51  *
  52  * @author $author$
  53  * @version $Revision$
  54  */
  55 public class Jalview
  56 {
  57   static
  58   {
  59     // grab all the rights we can the JVM
  60     Policy.setPolicy(new Policy()
  61     {
  62       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  63       {
  64         Permissions perms = new Permissions();
  65         perms.add(new AllPermission());
  66         return (perms);
  67       }
  68
  69       public void refresh()
  70       {
  71       }
  72     });
  73   }
  74   protected static boolean proteine;
  75
  76   /**
  77    * main class for Jalview application
  78    *
  79    * @param args
  80    *          open <em>filename</em>
  81    */
  82   public static void main(String[] args)
  83   {
  84     System.out.println("Java version: "
  85             + System.getProperty("java.version"));
  86     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  87             + System.getProperty("os.name") + " "
  88             + System.getProperty("os.version"));
  89     if (new Platform().isAMac())
  90     {
  91       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  92               "Jalview");
  93       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
  94     }
  95
  96     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  97     boolean headless = false;
  98
  99     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 100     {
 101       System.out
 102               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 103                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 104                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 105                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 106                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 107                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 108                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 109                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 110                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 111                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 112                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 113                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 114                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 115                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 116                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 117                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 118                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 119                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 120                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 121                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 122                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 123                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 124                       // +
 125                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 126                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 127                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 128                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 129                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 130                       // +
 131                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 132                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 133                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 134                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 135       System.exit(0);
 136     }
 137     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 138     // anything else!
 139     String defs = aparser.getValue("setprop");
 140     while (defs != null)
 141     {
 142       int p = defs.indexOf('=');
 143       if (p == -1)
 144       {
 145         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 146       }
 147       else
 148       {
 149         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 150         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 151         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 152         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 153       }
 154       defs = aparser.getValue("setprop");
 155     }
 156     if (aparser.contains("nodisplay"))
 157     {
 158       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 159     }
 160     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 161             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 162     {
 163       headless = true;
 164     }
 165
 166     try
 167     {
 168       Cache.initLogger();
 169     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 170     {
 171       error.printStackTrace();
 172       System.out
 173               .println("\nEssential logging libraries not found."
 174                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 175       System.exit(0);
 176     }
 177
 178     Desktop desktop = null;
 179
 180     try
 181     {
 182       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 183     } catch (Exception ex)
 184     {
 185     }
 186
 187     if (!headless)
 188     {
 189       desktop = new Desktop();
 190       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 191       desktop.setVisible(true);
 192       desktop.startServiceDiscovery();
 193       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 194       {
 195         startUsageStats(desktop);
 196       }
 197       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 198       {
 199         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 200         if (url != null)
 201         {
 202           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 203           // questionnaire
 204           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 205           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 206         }
 207         else
 208         {
 209           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 210           {
 211             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 212             // questionnaire
 213             // String defurl =
 214             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 215             // //
 216             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 217             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 218                     + defurl);
 219             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 220
 221           }
 222         }
 223       }
 224     }
 225
 226     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 227     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 228     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 229     // features from
 230     // loading is done.
 231     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 232     // completed one way or another
 233     // extract groovy argument and execute if necessary
 234     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 235     file = aparser.getValue("open", true);
 236
 237     if (file == null && desktop == null)
 238     {
 239       System.out.println("No files to open!");
 240       System.exit(1);
 241     }
 242     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 243             .getValue("vsess");
 244     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 245     {
 246       if (desktop == null || headless)
 247       {
 248         System.out
 249                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 250         System.exit(1);
 251       }
 252       // if we have a file, start a new session and import it.
 253       boolean inSession = false;
 254       if (vamsasImport != null)
 255       {
 256         try
 257         {
 258           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(vamsasImport);
 259           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 260           {
 261             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 262           }
 263           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 264           {
 265             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 266           }
 267
 268         } catch (Exception e)
 269         {
 270           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 271                   + " as a vamsas document.");
 272           e.printStackTrace();
 273         }
 274         if (!inSession)
 275         {
 276           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 277                   + " as a vamsas document.");
 278         }
 279         else
 280         {
 281           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 282                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 283         }
 284       }
 285       if (vamsasSession != null)
 286       {
 287         if (vamsasImport != null)
 288         {
 289           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 290           // remnants into the new session later on.
 291           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 292         }
 293         // now join the new session
 294         try
 295         {
 296           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 297           {
 298             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 299                     + vamsasSession);
 300           }
 301           else
 302           {
 303             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 304                     + vamsasSession);
 305           }
 306         } catch (Exception e)
 307         {
 308           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 309                   + vamsasSession);
 310           e.printStackTrace();
 311         }
 312         if (vamsasImport != null)
 313         {
 314           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 315           // session at the user's leisure.
 316           Cache.log
 317                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 318           // enable
 319           // this
 320           // when
 321           // debugged
 322           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 323         }
 324       }
 325     }
 326     long progress=-1;
 327     // Finally, deal with the remaining input data.
 328     if (file != null)
 329     {
 330       if (!headless)
 331       {
 332         desktop.setProgressBar("Processing commandline arguments...", progress=System.currentTimeMillis());
 333       }
 334       System.out.println("Opening file: " + file);
 335
 336       if (!file.startsWith("http://"))
 337       {
 338         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 339         {
 340           System.out.println("Can't find " + file);
 341           if (headless)
 342           {
 343             System.exit(1);
 344           }
 345         }
 346       }
 347
 348       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 349
 350       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 351
 352       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 353               format);
 354       if (af == null)
 355       {
 356         System.out.println("error");
 357         return;
 358       }
 359
 360       data = aparser.getValue("colour", true);
 361       if (data != null)
 362       {
 363         data.replaceAll("%20", " ");
 364
 365         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 366                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 367
 368         if (cs == null)
 369         {
 370           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 371                   "white");
 372           ucs.parseAppletParameter(data);
 373           cs = ucs;
 374         }
 375
 376         System.out.println("colour is " + data);
 377         af.changeColour(cs);
 378       }
 379
 380       // Must maintain ability to use the groups flag
 381       data = aparser.getValue("groups", true);
 382       if (data != null)
 383       {
 384         af.parseFeaturesFile(data, jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 385         System.out.println("Added " + data);
 386       }
 387       data = aparser.getValue("features", true);
 388       if (data != null)
 389       {
 390         af.parseFeaturesFile(data, jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 391         System.out.println("Added " + data);
 392       }
 393
 394       data = aparser.getValue("annotations", true);
 395       if (data != null)
 396       {
 397         af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 398         System.out.println("Added " + data);
 399       }
 400       // set or clear the sortbytree flag.
 401       if (aparser.contains("sortbytree"))
 402       {
 403         af.getViewport().setSortByTree(true);
 404       }
 405       if (aparser.contains("nosortbytree"))
 406       {
 407         af.getViewport().setSortByTree(false);
 408       }
 409       data = aparser.getValue("tree", true);
 410       if (data != null)
 411       {
 412         jalview.io.NewickFile fin = null;
 413         try
 414         {
 415           fin = new jalview.io.NewickFile(data, jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 416           if (fin != null)
 417           {
 418             af.getViewport().setCurrentTree(
 419                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 420             System.out.println("Added tree " + data);
 421           }
 422         } catch (IOException ex)
 423         {
 424           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 425           ex.printStackTrace(System.err);
 426         }
 427       }
 428       // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 429       // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 430       // sequence)
 431
 432       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 433       if (af != null && getFeatures != null)
 434       {
 435         FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 436         if (ff != null)
 437           while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 438           {
 439             // wait around until fetching is finished.
 440             try
 441             {
 442               Thread.sleep(100);
 443             } catch (Exception e)
 444             {
 445
 446             }
 447           }
 448         getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 449       }
 450       if (groovyscript != null)
 451       {
 452         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 453         // and before any images or figures are generated.
 454         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 455         {
 456           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 457           executeGroovyScript(groovyscript, new Object[] {desktop,af});
 458         }
 459         else
 460         {
 461           System.err
 462                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 463                           + groovyscript);
 464         }
 465         groovyscript = null;
 466       }
 467       String imageName = "unnamed.png";
 468       while (aparser.getSize() > 1)
 469       {
 470         format = aparser.nextValue();
 471         file = aparser.nextValue();
 472
 473         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 474         {
 475           af.createPNG(new java.io.File(file));
 476           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 477           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 478           continue;
 479         }
 480         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 481         {
 482           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 483           System.out.println("Creating image map: " + file);
 484           continue;
 485         }
 486         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 487         {
 488           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 489           af.createEPS(new java.io.File(file));
 490           continue;
 491         }
 492
 493         if (af.saveAlignment(file, format))
 494         {
 495           System.out.println("Written alignment in " + format
 496                   + " format to " + file);
 497         }
 498         else
 499         {
 500           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 501                   + " format!!");
 502         }
 503
 504       }
 505
 506       while (aparser.getSize() > 0)
 507       {
 508         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 509       }
 510     }
 511     AlignFrame startUpAlframe = null;
 512     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 513     // And the user
 514     // ////////////////////
 515
 516     JFrame Typechooser =new JFrame("choose molecule type");
 517     FlowLayout fl = new FlowLayout();
 518     Typechooser.setLayout(fl);
 519     Typechooser.setSize(400,400);
 520     Typechooser.setDefaultCloseOperation(Typechooser.DISPOSE_ON_CLOSE);
 521     JLabel label = new JLabel("What would you open ? ");
 522     JButton rnabutton = new JButton("RNA molecule");
 523     JButton pbutton = new JButton("Proteine molecule");
 524
 525     pbutton.addActionListener(new pbuttonlistener());
 526     rnabutton.addActionListener(new rnabuttonlistener());
 527     Typechooser.getContentPane().add(label);
 528     Typechooser.getContentPane().add(rnabutton);
 529     Typechooser.getContentPane().add(pbutton);
 530     Typechooser.setVisible(true);
 531
 532
 533
 534
 535     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 536             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true) && proteine == true)
 537     {
 538       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 539               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")+"/examples/exampleFile_2_7.jar");
 540       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 541       {
 542         // hardwire upgrade of the startup file
 543         file.replace("_2_3.jar","_2_7.jar");
 544         // and remove the stale setting
 545         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 546       }
 547
 548       protocol = "File";
 549
 550       if (file.indexOf("http:") > -1)
 551       {
 552         protocol = "URL";
 553       }
 554
 555       if (file.endsWith(".jar"))
 556       {
 557         format = "Jalview";
 558       }
 559       else
 560       {
 561         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 562       }
 563
 564       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 565               format);
 566       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 567       // extract groovy arguments before anything else.
 568     }
 569     // If the user has specified features to be retrieved,
 570     // or a groovy script to be executed, do them if they
 571     // haven't been done already
 572     // fetch features for the default alignment
 573     if (getFeatures != null)
 574     {
 575       if (startUpAlframe != null)
 576       {
 577         startFeatureFetching(getFeatures);
 578       }
 579     }
 580     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 581     if (groovyscript != null)
 582     {
 583       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 584       {
 585         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 586         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[] { desktop, startUpAlframe});
 587       }
 588       else
 589       {
 590         System.err
 591                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 592                         + groovyscript);
 593       }
 594     }
 595     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 596     if (desktop != null)
 597     {
 598       if (progress!=-1) {
 599         desktop.setProgressBar(null, progress);
 600       }
 601       desktop.setInBatchMode(false);
 602     }
 603   }
 604
 605
 606   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 607   {
 608     /**
 609      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 610      */
 611     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 612             desktop.desktop,
 613             "USAGESTATS",
 614             "Jalview Usage Statistics",
 615             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 616                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 617                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 618             new Runnable()
 619             {
 620               public void run()
 621               {
 622                 Cache.log
 623                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 624                 Cache.initGoogleTracker();
 625                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 626               }
 627             }, new Runnable()
 628             {
 629               public void run()
 630               {
 631                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 632               }
 633             }, null, true);
 634     SwingUtilities.invokeLater(prompter);
 635   }
 636
 637   /**
 638    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 639    *
 640    * @param groovyscript
 641    *          the script to execute
 642    * @param jalviewContext
 643    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 644    *          'Jalview' object.
 645    */
 646   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 647           Object[] jalviewContext)
 648   {
 649     if (jalviewContext == null)
 650     {
 651       System.err
 652               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 653     }
 654     /**
 655      * for scripts contained in files
 656      */
 657     File tfile = null;
 658     /**
 659      * script's URI
 660      */
 661     URL sfile = null;
 662     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 663     {
 664       // read from stdin into a tempfile and execute it
 665       try
 666       {
 667         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 668         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 669                 new FileOutputStream(tfile)));
 670         BufferedReader br = new BufferedReader(
 671                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 672         String line = null;
 673         while ((line = br.readLine()) != null)
 674         {
 675           outfile.write(line + "\n");
 676         }
 677         br.close();
 678         outfile.flush();
 679         outfile.close();
 680
 681       } catch (Exception ex)
 682       {
 683         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 684                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 685                         .toString()));
 686         ex.printStackTrace();
 687         return;
 688       }
 689       try {
 690         sfile = tfile.toURI().toURL();
 691       } catch (Exception x)
 692       {
 693         System.err.println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "+tfile.toURI());
 694         x.printStackTrace();
 695         return;
 696       }
 697     }
 698     else
 699     {
 700       try
 701       {
 702         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 703       } catch (Exception x)
 704       {
 705         tfile = new File(groovyscript);
 706         if (!tfile.exists())
 707         {
 708           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 709           return;
 710         }
 711         if (!tfile.canRead())
 712         {
 713           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 714           return;
 715         }
 716         if (tfile.length() < 1)
 717         {
 718           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 719           return;
 720         }
 721         try {
 722         sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 723         } catch (Exception ex)
 724         {
 725           System.err.println("Failed to create a file URL for "+tfile.getAbsoluteFile());
 726           return;
 727         }
 728       }
 729     }
 730     boolean success = false;
 731     try
 732     {
 733       /*
 734        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 735        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 736        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 737        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 738        *
 739        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 740        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 741        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 742        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 743        */
 744       Class[] bspec;
 745       Object[] binding;
 746       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 747               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 748       String cnames[] = new String[]
 749       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 750       bspec = new Class[blen * 2];
 751       binding = new Object[blen * 2];
 752       blen = 0;
 753       ClassLoader cl = null;
 754       Map vbinding = new Hashtable();
 755       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 756       {
 757         if (jalviewContext[jc] != null)
 758         {
 759           if (cl == null)
 760           {
 761             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 762           }
 763           bspec[blen * 2] = String.class;
 764           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 765           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 766           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 767           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 768           blen++;
 769         }
 770       }
 771       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 772       Constructor gbcons;
 773       Object gbinding;
 774       try
 775       {
 776         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 777         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 778       } catch (NoSuchMethodException x)
 779       {
 780         // old style binding config - using series of string/object values to
 781         // setVariable.
 782         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 783         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 784         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 785                 "setVariable", bspec);
 786         setvar.invoke(gbinding, binding);
 787       }
 788       ;
 789       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 790       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 791       { URL[].class }); // String[].class });
 792       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 793       { new URL[]
 794       { sfile } }); // .toString() } });
 795       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 796       { String.class, gbindingc });
 797       run.invoke(gse, new Object[]
 798       { sfile.toString(), gbinding });
 799       success = true;
 800     } catch (Exception e)
 801     {
 802       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 803               + " as a groovy script.");
 804       e.printStackTrace(System.err);
 805
 806     }
 807     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 808     {
 809       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 810       // executed
 811       tfile.delete();
 812     }
 813   }
 814
 815   /**
 816    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 817    *
 818    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 819    */
 820   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 821   {
 822     Vector source = null;
 823     String data;
 824     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 825     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 826     {
 827       String nickname = null;
 828       String url = null;
 829       boolean seq = false, feat = true;
 830       int pos = data.indexOf('=');
 831       // determine capabilities
 832       if (pos > 0)
 833       {
 834         nickname = data.substring(0, pos);
 835       }
 836       url = data.substring(pos + 1);
 837       if (url != null
 838               && (url.startsWith("http:") || url
 839                       .startsWith("sequence:http:")))
 840       {
 841         if (nickname == null)
 842         {
 843           nickname = url;
 844         }
 845         if (locsources == null)
 846         {
 847           locsources = "";
 848         }
 849         else
 850         {
 851           locsources += "\t";
 852         }
 853         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 854         System.err
 855                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 856                         + nickname + "|" + url);
 857         if (source == null)
 858         {
 859           source = new Vector();
 860         }
 861         source.addElement(nickname);
 862       }
 863     } // loop until no more server entries are found.
 864     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 865     {
 866       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 867               + locsources);
 868       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 869     }
 870     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 871     {
 872       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 873       if (source == null)
 874       {
 875         source = new Vector();
 876       }
 877       source.addElement(data);
 878     }
 879     return source;
 880   }
 881
 882   /**
 883    * start a feature fetcher for every alignment frame
 884    *
 885    * @param dasSources
 886    */
 887   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 888   {
 889     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 890     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 891     if (afs == null || afs.length == 0)
 892     {
 893       return null;
 894     }
 895     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 896     {
 897       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 898     }
 899     return ff;
 900   }
 901 }
 902
 903 /**
 904  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 905  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 906  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 907  * prefixing it).
 908  *
 909  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 910  *
 911  */
 912
 913 class rnabuttonlistener  implements ActionListener{
 914           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 915                   System.out.println("Good idea ! ");
 916
 917           }
 918 }
 919
 920 class pbuttonlistener  implements ActionListener{
 921           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 922
 923
 924           }
 925 }
 926
 927 class ArgsParser
 928 {
 929   Vector vargs = null;
 930
 931   public ArgsParser(String[] args)
 932   {
 933     vargs = new Vector();
 934     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 935     {
 936       String arg = args[i].trim();
 937       if (arg.charAt(0) == '-')
 938       {
 939         arg = arg.substring(1);
 940       }
 941       vargs.addElement(arg);
 942     }
 943   }
 944
 945   /**
 946    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 947    *
 948    * @param arg
 949    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 950    */
 951   public String getValue(String arg)
 952   {
 953     return getValue(arg, false);
 954   }
 955
 956   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 957   {
 958     int index = vargs.indexOf(arg);
 959     String dc = null, ret = null;
 960     if (index != -1)
 961     {
 962       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 963       vargs.removeElementAt(index);
 964       vargs.removeElementAt(index);
 965       if (utf8decode && ret != null)
 966       {
 967         try
 968         {
 969           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 970           ret = dc;
 971         } catch (Exception e)
 972         {
 973           // TODO: log failure to decode
 974         }
 975       }
 976     }
 977     return ret;
 978   }
 979
 980   /**
 981    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 982    *
 983    * @param arg
 984    * @return true if arg was present in argslist.
 985    */
 986   public boolean contains(String arg)
 987   {
 988     if (vargs.contains(arg))
 989     {
 990       vargs.removeElement(arg);
 991       return true;
 992     }
 993     else
 994     {
 995       return false;
 996     }
 997   }
 998
 999   public String nextValue()
1000   {
1001     return vargs.remove(0).toString();
1002   }
1003
1004   public int getSize()
1005   {
1006     return vargs.size();
1007   }
1008
1009 }
1010
1011 /**
1012  * keep track of feature fetching tasks.
1013  *
1014  * @author JimP
1015  *
1016  */
1017 class FeatureFetcher
1018 {
1019   /*
1020    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1021    * processing events.
1022    */
1023
1024   private int queued = 0;
1025
1026   private int running = 0;
1027
1028   public FeatureFetcher()
1029   {
1030
1031   }
1032
1033   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1034   {
1035     final long id = System.currentTimeMillis();
1036     queued++;
1037     final FeatureFetcher us = this;
1038     new Thread(new Runnable()
1039     {
1040
1041       public void run()
1042       {
1043         synchronized (us)
1044         {
1045           queued--;
1046           running++;
1047         }
1048
1049         af.setProgressBar("DAS features being retrieved...", id);
1050         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1051         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1052         af.setProgressBar(null, id);
1053         synchronized (us)
1054         {
1055           running--;
1056         }
1057       }
1058     }).start();
1059   }
1060
1061   public synchronized boolean allFinished()
1062   {
1063     return queued == 0 && running == 0;
1064   }
1065
1066
1067
1068 };