src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.BufferedReader;
  21 import java.io.File;
  22 import java.io.FileOutputStream;
  23 import java.io.IOException;
  24 import java.io.OutputStreamWriter;
  25 import java.io.PrintWriter;
  26 import java.lang.reflect.Constructor;
  27 import java.net.URL;
  28 import java.net.URLDecoder;
  29 import java.security.AllPermission;
  30 import java.security.CodeSource;
  31 import java.security.PermissionCollection;
  32 import java.security.Permissions;
  33 import java.security.Policy;
  34 import java.util.*;
  35
  36 import javax.swing.*;
  37
  38 import jalview.gui.*;
  39 import jalview.util.Platform;
  40
  41 /**
  42  * Main class for Jalview Application <br>
  43  * <br>
  44  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  45  *
  46  * @author $author$
  47  * @version $Revision$
  48  */
  49 public class Jalview
  50 {
  51   static
  52   {
  53     // grab all the rights we can the JVM
  54     Policy.setPolicy(new Policy()
  55     {
  56       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  57       {
  58         Permissions perms = new Permissions();
  59         perms.add(new AllPermission());
  60         return (perms);
  61       }
  62
  63       public void refresh()
  64       {
  65       }
  66     });
  67   }
  68
  69   /**
  70    * main class for Jalview application
  71    *
  72    * @param args
  73    *          open <em>filename</em>
  74    */
  75   public static void main(String[] args)
  76   {
  77     System.out.println("Java version: "
  78             + System.getProperty("java.version"));
  79     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  80             + System.getProperty("os.name") + " "
  81             + System.getProperty("os.version"));
  82     if (new Platform().isAMac())
  83     {
  84       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  85               "Jalview");
  86       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
  87     }
  88
  89     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  90     boolean headless = false;
  91
  92     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  93     {
  94       System.out
  95               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  96                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  97                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  98                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
  99                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 100                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 101                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 102                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 103                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 104                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 105                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 106                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 107                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 108                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 109                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 110                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 111                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 112                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 113                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 114                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 115                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 116                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 117                       // +
 118                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 119                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 120                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 121                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 122                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 123                       // +
 124                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 125                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 126                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 127                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 128       System.exit(0);
 129     }
 130     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 131     // anything else!
 132     String defs = aparser.getValue("setprop");
 133     while (defs != null)
 134     {
 135       int p = defs.indexOf('=');
 136       if (p == -1)
 137       {
 138         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 139       }
 140       else
 141       {
 142         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 143         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 144         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 145         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 146       }
 147       defs = aparser.getValue("setprop");
 148     }
 149     if (aparser.contains("nodisplay"))
 150     {
 151       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 152     }
 153     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 154             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 155     {
 156       headless = true;
 157     }
 158
 159     try
 160     {
 161       Cache.initLogger();
 162     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 163     {
 164       error.printStackTrace();
 165       System.out
 166               .println("\nEssential logging libraries not found."
 167                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 168       System.exit(0);
 169     }
 170
 171     Desktop desktop = null;
 172
 173     try
 174     {
 175       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 176     } catch (Exception ex)
 177     {
 178     }
 179
 180     if (!headless)
 181     {
 182       desktop = new Desktop();
 183       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 184       desktop.setVisible(true);
 185       desktop.startServiceDiscovery();
 186       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 187       {
 188         startUsageStats(desktop);
 189       }
 190       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 191       {
 192         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 193         if (url != null)
 194         {
 195           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 196           // questionnaire
 197           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 198           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 199         }
 200         else
 201         {
 202           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 203           {
 204             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 205             // questionnaire
 206             // String defurl =
 207             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 208             // //
 209             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 210             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 211                     + defurl);
 212             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 213
 214           }
 215         }
 216       }
 217     }
 218
 219     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 220     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 221     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 222     // features from
 223     // loading is done.
 224     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 225     // completed one way or another
 226     // extract groovy argument and execute if necessary
 227     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 228     file = aparser.getValue("open", true);
 229
 230     if (file == null && desktop == null)
 231     {
 232       System.out.println("No files to open!");
 233       System.exit(1);
 234     }
 235     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 236             .getValue("vsess");
 237     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 238     {
 239       if (desktop == null || headless)
 240       {
 241         System.out
 242                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 243         System.exit(1);
 244       }
 245       // if we have a file, start a new session and import it.
 246       boolean inSession = false;
 247       if (vamsasImport != null)
 248       {
 249         try
 250         {
 251           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(vamsasImport);
 252           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 253           {
 254             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 255           }
 256           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 257           {
 258             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 259           }
 260
 261         } catch (Exception e)
 262         {
 263           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 264                   + " as a vamsas document.");
 265           e.printStackTrace();
 266         }
 267         if (!inSession)
 268         {
 269           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 270                   + " as a vamsas document.");
 271         }
 272         else
 273         {
 274           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 275                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 276         }
 277       }
 278       if (vamsasSession != null)
 279       {
 280         if (vamsasImport != null)
 281         {
 282           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 283           // remnants into the new session later on.
 284           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 285         }
 286         // now join the new session
 287         try
 288         {
 289           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 290           {
 291             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 292                     + vamsasSession);
 293           }
 294           else
 295           {
 296             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 297                     + vamsasSession);
 298           }
 299         } catch (Exception e)
 300         {
 301           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 302                   + vamsasSession);
 303           e.printStackTrace();
 304         }
 305         if (vamsasImport != null)
 306         {
 307           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 308           // session at the user's leisure.
 309           Cache.log
 310                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 311           // enable
 312           // this
 313           // when
 314           // debugged
 315           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 316         }
 317       }
 318     }
 319     // Finally, deal with the remaining input data.
 320     if (file != null)
 321     {
 322       System.out.println("Opening file: " + file);
 323
 324       if (!file.startsWith("http://"))
 325       {
 326         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 327         {
 328           System.out.println("Can't find " + file);
 329           if (headless)
 330           {
 331             System.exit(1);
 332           }
 333         }
 334       }
 335
 336       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 337
 338       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 339
 340       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 341               format);
 342       if (af == null)
 343       {
 344         System.out.println("error");
 345         return;
 346       }
 347
 348       data = aparser.getValue("colour", true);
 349       if (data != null)
 350       {
 351         data.replaceAll("%20", " ");
 352
 353         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 354                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 355
 356         if (cs == null)
 357         {
 358           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 359                   "white");
 360           ucs.parseAppletParameter(data);
 361           cs = ucs;
 362         }
 363
 364         System.out.println("colour is " + data);
 365         af.changeColour(cs);
 366       }
 367
 368       // Must maintain ability to use the groups flag
 369       data = aparser.getValue("groups", true);
 370       if (data != null)
 371       {
 372         af.parseFeaturesFile(data, jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 373         System.out.println("Added " + data);
 374       }
 375       data = aparser.getValue("features", true);
 376       if (data != null)
 377       {
 378         af.parseFeaturesFile(data, jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 379         System.out.println("Added " + data);
 380       }
 381
 382       data = aparser.getValue("annotations", true);
 383       if (data != null)
 384       {
 385         af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 386         System.out.println("Added " + data);
 387       }
 388       // set or clear the sortbytree flag.
 389       if (aparser.contains("sortbytree"))
 390       {
 391         af.getViewport().setSortByTree(true);
 392       }
 393       if (aparser.contains("nosortbytree"))
 394       {
 395         af.getViewport().setSortByTree(false);
 396       }
 397       data = aparser.getValue("tree", true);
 398       if (data != null)
 399       {
 400         jalview.io.NewickFile fin = null;
 401         try
 402         {
 403           fin = new jalview.io.NewickFile(data, jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 404           if (fin != null)
 405           {
 406             af.getViewport().setCurrentTree(
 407                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 408             System.out.println("Added tree " + data);
 409           }
 410         } catch (IOException ex)
 411         {
 412           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 413           ex.printStackTrace(System.err);
 414         }
 415       }
 416       // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 417       // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 418       // sequence)
 419
 420       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 421       if (af != null && getFeatures != null)
 422       {
 423         FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 424         if (ff != null)
 425           while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 426           {
 427             // wait around until fetching is finished.
 428             try
 429             {
 430               Thread.sleep(100);
 431             } catch (Exception e)
 432             {
 433
 434             }
 435           }
 436         getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 437       }
 438       if (groovyscript != null)
 439       {
 440         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 441         // and before any images or figures are generated.
 442         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 443         {
 444           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 445           executeGroovyScript(groovyscript, new Object[] {desktop,af});
 446         }
 447         else
 448         {
 449           System.err
 450                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 451                           + groovyscript);
 452         }
 453         groovyscript = null;
 454       }
 455       String imageName = "unnamed.png";
 456       while (aparser.getSize() > 1)
 457       {
 458         format = aparser.nextValue();
 459         file = aparser.nextValue();
 460
 461         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 462         {
 463           af.createPNG(new java.io.File(file));
 464           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 465           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 466           continue;
 467         }
 468         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 469         {
 470           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 471           System.out.println("Creating image map: " + file);
 472           continue;
 473         }
 474         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 475         {
 476           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 477           af.createEPS(new java.io.File(file));
 478           continue;
 479         }
 480
 481         if (af.saveAlignment(file, format))
 482         {
 483           System.out.println("Written alignment in " + format
 484                   + " format to " + file);
 485         }
 486         else
 487         {
 488           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 489                   + " format!!");
 490         }
 491
 492       }
 493
 494       while (aparser.getSize() > 0)
 495       {
 496         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 497       }
 498     }
 499     AlignFrame startUpAlframe = null;
 500     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 501     // And the user
 502     // ////////////////////
 503     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 504             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 505     {
 506       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 507               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")+"/examples/exampleFile_2_3.jar");
 508
 509       protocol = "File";
 510
 511       if (file.indexOf("http:") > -1)
 512       {
 513         protocol = "URL";
 514       }
 515
 516       if (file.endsWith(".jar"))
 517       {
 518         format = "Jalview";
 519       }
 520       else
 521       {
 522         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 523       }
 524
 525       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 526               format);
 527       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 528       // extract groovy arguments before anything else.
 529     }
 530     // If the user has specified features to be retrieved,
 531     // or a groovy script to be executed, do them if they
 532     // haven't been done already
 533     // fetch features for the default alignment
 534     if (getFeatures != null)
 535     {
 536       if (startUpAlframe != null)
 537       {
 538         startFeatureFetching(getFeatures);
 539       }
 540     }
 541     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 542     if (groovyscript != null)
 543     {
 544       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 545       {
 546         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 547         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[] { desktop, startUpAlframe});
 548       }
 549       else
 550       {
 551         System.err
 552                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 553                         + groovyscript);
 554       }
 555     }
 556     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 557     if (desktop != null)
 558     {
 559       desktop.setInBatchMode(false);
 560     }
 561   }
 562
 563   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 564   {
 565     /**
 566      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 567      */
 568     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 569             desktop.desktop,
 570             "USAGESTATS",
 571             "Jalview Usage Statistics",
 572             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 573                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 574                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 575             new Runnable()
 576             {
 577               public void run()
 578               {
 579                 Cache.log
 580                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 581                 Cache.initGoogleTracker();
 582                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 583               }
 584             }, new Runnable()
 585             {
 586               public void run()
 587               {
 588                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 589               }
 590             }, null, true);
 591     SwingUtilities.invokeLater(prompter);
 592   }
 593
 594   /**
 595    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 596    *
 597    * @param groovyscript
 598    *          the script to execute
 599    * @param jalviewContext
 600    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 601    *          'Jalview' object.
 602    */
 603   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 604           Object[] jalviewContext)
 605   {
 606     if (jalviewContext == null)
 607     {
 608       System.err
 609               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 610     }
 611     File sfile = null;
 612     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 613     {
 614       // read from stdin into a tempfile and execute it
 615       try
 616       {
 617         sfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 618         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 619                 new FileOutputStream(sfile)));
 620         BufferedReader br = new BufferedReader(
 621                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 622         String line = null;
 623         while ((line = br.readLine()) != null)
 624         {
 625           outfile.write(line + "\n");
 626         }
 627         br.close();
 628         outfile.flush();
 629         outfile.close();
 630
 631       } catch (Exception ex)
 632       {
 633         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 634                 + ((sfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : sfile
 635                         .toString()));
 636         ex.printStackTrace();
 637         return;
 638       }
 639     }
 640     else
 641     {
 642       sfile = new File(groovyscript);
 643     }
 644     if (!sfile.exists())
 645     {
 646       System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 647       return;
 648     }
 649     if (!sfile.canRead())
 650     {
 651       System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 652       return;
 653     }
 654     if (sfile.length() < 1)
 655     {
 656       System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 657       return;
 658     }
 659     boolean success = false;
 660     try
 661     {
 662       /*
 663        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 664        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 665        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 666        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 667        *
 668        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 669        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 670        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 671        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 672        */
 673       Class[] bspec;
 674       Object[] binding;
 675       int blen=((jalviewContext[0]==null) ? 0 : 1) + ((jalviewContext[1]==null) ? 0 : 1);
 676       String cnames[] = new String[] { "Jalview", "currentAlFrame"};
 677       bspec=new Class[blen*2];
 678       binding=new Object[blen*2];
 679       blen=0;
 680       ClassLoader cl=null;
 681       for (int jc=0;jc<jalviewContext.length;jc++)
 682       {
 683         if (jalviewContext[jc]!=null) {
 684           if (cl==null)
 685           {
 686                   cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 687           }
 688                 bspec[blen*2] = String.class;
 689           bspec[blen*2+1] = Object.class;
 690           binding[blen*2]=cnames[jc];
 691           binding[blen*2+1]=jalviewContext[jc];
 692           blen++;
 693         }
 694       }
 695       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 696       Constructor gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 697       Object gbinding = gbcons.newInstance(null);
 698
 699       java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod("setVariable",
 700               bspec);
 701
 702       setvar.invoke(gbinding, binding);
 703       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 704       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 705       { URL[].class }); // String[].class });
 706       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 707       { new URL[]
 708       { sfile.toURL() } }); // .toString() } });
 709       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 710       { String.class, gbindingc });
 711       run.invoke(gse, new Object[]
 712       { sfile.getName(), gbinding });
 713       success = true;
 714     } catch (Exception e)
 715     {
 716       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 717               + " as a groovy script.");
 718       e.printStackTrace(System.err);
 719
 720     }
 721     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 722     {
 723       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 724       // executed
 725       sfile.delete();
 726     }
 727   }
 728
 729   /**
 730    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 731    *
 732    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 733    */
 734   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 735   {
 736     Vector source = null;
 737     String data;
 738     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 739     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 740     {
 741       String nickname = null;
 742       String url = null;
 743       boolean seq = false, feat = true;
 744       int pos = data.indexOf('=');
 745       // determine capabilities
 746       if (pos > 0)
 747       {
 748         nickname = data.substring(0, pos);
 749       }
 750       url = data.substring(pos + 1);
 751       if (url != null
 752               && (url.startsWith("http:") || url
 753                       .startsWith("sequence:http:")))
 754       {
 755         if (nickname == null)
 756         {
 757           nickname = url;
 758         }
 759         if (locsources == null)
 760         {
 761           locsources = "";
 762         }
 763         else
 764         {
 765           locsources += "\t";
 766         }
 767         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 768         System.err
 769                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 770                         + nickname + "|" + url);
 771         if (source == null)
 772         {
 773           source = new Vector();
 774         }
 775         source.addElement(nickname);
 776       }
 777     } // loop until no more server entries are found.
 778     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 779     {
 780       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 781               + locsources);
 782       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 783     }
 784     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 785     {
 786       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 787       if (source == null)
 788       {
 789         source = new Vector();
 790       }
 791       source.addElement(data);
 792     }
 793     return source;
 794   }
 795
 796   /**
 797    * start a feature fetcher for every alignment frame
 798    *
 799    * @param dasSources
 800    */
 801   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 802   {
 803     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 804     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 805     if (afs == null || afs.length == 0)
 806     {
 807       return null;
 808     }
 809     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 810     {
 811       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 812     }
 813     return ff;
 814   }
 815 }
 816
 817 /**
 818  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 819  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 820  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 821  * prefixing it).
 822  *
 823  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 824  *
 825  */
 826 class ArgsParser
 827 {
 828   Vector vargs = null;
 829
 830   public ArgsParser(String[] args)
 831   {
 832     vargs = new Vector();
 833     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 834     {
 835       String arg = args[i].trim();
 836       if (arg.charAt(0) == '-')
 837       {
 838         arg = arg.substring(1);
 839       }
 840       vargs.addElement(arg);
 841     }
 842   }
 843
 844   /**
 845    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 846    *
 847    * @param arg
 848    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 849    */
 850   public String getValue(String arg)
 851   {
 852     return getValue(arg, false);
 853   }
 854
 855   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 856   {
 857     int index = vargs.indexOf(arg);
 858     String dc = null, ret = null;
 859     if (index != -1)
 860     {
 861       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 862       vargs.removeElementAt(index);
 863       vargs.removeElementAt(index);
 864       if (utf8decode && ret != null)
 865       {
 866         try
 867         {
 868           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 869           ret = dc;
 870         } catch (Exception e)
 871         {
 872           // TODO: log failure to decode
 873         }
 874       }
 875     }
 876     return ret;
 877   }
 878
 879   /**
 880    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 881    *
 882    * @param arg
 883    * @return true if arg was present in argslist.
 884    */
 885   public boolean contains(String arg)
 886   {
 887     if (vargs.contains(arg))
 888     {
 889       vargs.removeElement(arg);
 890       return true;
 891     }
 892     else
 893     {
 894       return false;
 895     }
 896   }
 897
 898   public String nextValue()
 899   {
 900     return vargs.remove(0).toString();
 901   }
 902
 903   public int getSize()
 904   {
 905     return vargs.size();
 906   }
 907
 908 }
 909
 910 /**
 911  * keep track of feature fetching tasks.
 912  *
 913  * @author JimP
 914  *
 915  */
 916 class FeatureFetcher
 917 {
 918   /*
 919    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
 920    * processing events.
 921    */
 922
 923   private int queued = 0;
 924
 925   private int running = 0;
 926
 927   public FeatureFetcher()
 928   {
 929
 930   }
 931
 932   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
 933   {
 934     final long id = System.currentTimeMillis();
 935     queued++;
 936     final FeatureFetcher us = this;
 937     new Thread(new Runnable()
 938     {
 939
 940       public void run()
 941       {
 942         synchronized (us)
 943         {
 944           queued--;
 945           running++;
 946         }
 947
 948         af.setProgressBar("DAS features being retrieved...", id);
 949         af.featureSettings_actionPerformed(null);
 950         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
 951         af.setProgressBar(null, id);
 952         synchronized (us)
 953         {
 954           running--;
 955         }
 956       }
 957     }).start();
 958   }
 959
 960   public synchronized boolean allFinished()
 961   {
 962     return queued == 0 && running == 0;
 963   }
 964 };