src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.Vector;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * Main class for Jalview Application\r
  32  * <br>\r
  33  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class Jalview\r
  39 {\r
  40     /**\r
  41      * Initialises the Apache Axis logger\r
  42      */\r
  43     private static void initLogger()\r
  44     {\r
  45         Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");\r
  46         Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");\r
  47 \r
  48         if (Cache.getProperty("logs.Axis.Level") == null)\r
  49         {\r
  50             Cache.setProperty("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString());\r
  51         }\r
  52 \r
  53         if (Cache.getProperty("logs.Castor.Level") == null)\r
  54         {\r
  55             Cache.setProperty("logs.Castor.Level", Level.INFO.toString());\r
  56         }\r
  57 \r
  58         laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Axis.Level")));\r
  59         lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Castor.Level")));\r
  60 \r
  61         ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),\r
  62                 "System.err");\r
  63         ap.setName("JalviewLogger");\r
  64         laxis.addAppender(ap);\r
  65         lcastor.addAppender(ap);\r
  66     }\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * main class for Jalview application\r
  70      *\r
  71      * @param args open <em>filename</em>\r
  72      */\r
  73     public static void main(String[] args)\r
  74     {\r
  75       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  76 \r
  77       try\r
  78         {\r
  79             UIManager.setLookAndFeel(\r
  80             //  "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
  81             //  "javax.swing.plaf.multi.MultiLookAndFeel"\r
  82             UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());\r
  83         }\r
  84         catch (Exception ex)\r
  85         {\r
  86         }\r
  87 \r
  88         Cache.loadProperties(aparser.getValue("props"));\r
  89         jalview.gui.Preferences.initPreferences();\r
  90         try\r
  91         {\r
  92           initLogger();\r
  93         }\r
  94         catch (Exception e)\r
  95         {\r
  96           System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");\r
  97         }\r
  98 \r
  99 \r
 100         String file = null, protocol = null, format = null, groups=null;\r
 101         Desktop desktop = new Desktop();\r
 102 \r
 103 \r
 104         if(args==null || args.length==0)\r
 105         {\r
 106           desktop.setVisible(true);\r
 107         }\r
 108         else\r
 109         {\r
 110           if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
 111           {\r
 112             System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
 113                                +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
 114                                +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
 115                                +"-groups FILE\tUse the given file to mark groups on the alignment. \nGroups file is in the following tab delimited format\n"\r
 116                                +"TEXT<tab>SEQUENCE_ID<tab>SEQUENCE_INDEX<tab>START_RESIDUE<tab>END_RESIDUE<tab>COLOUR\n"\r
 117                                +"SequenceID is used in preference to SequenceIndex if both are provided.\n"\r
 118                                +"Enter ID_NOT_SPECIFIED for SEQUENCE_ID or -1 for SEQUENCE_INDEX if unknown.\n"\r
 119                                +"COLOUR can be hexadecimal RGB or 'red', 'blue' etc.\n\n"\r
 120                                +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
 121                                +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
 122                                +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
 123                                +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
 124                                +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
 125                                +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
 126                                +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
 127                                +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
 128                                +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
 129                                +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
 130                                +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.");\r
 131             System.exit(0);\r
 132 \r
 133           }\r
 134 \r
 135           if (!aparser.contains("nodisplay"))\r
 136             desktop.setVisible(true);\r
 137 \r
 138           file = aparser.getValue("open");\r
 139 \r
 140           if (file == null && !desktop.isVisible())\r
 141           {\r
 142             System.out.println("No files to open!");\r
 143             System.exit(1);\r
 144           }\r
 145           else if(!file.startsWith("http://"))\r
 146           {\r
 147             if (!(new java.io.File(file)).exists())\r
 148             {\r
 149               System.out.println("Can't find " + file);\r
 150               System.exit(1);\r
 151             }\r
 152           }\r
 153 \r
 154           protocol = "File";\r
 155 \r
 156           if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 157           {\r
 158             protocol = "URL";\r
 159           }\r
 160 \r
 161           if(file.endsWith(".jar"))\r
 162             format = "Jalview";\r
 163           else\r
 164             format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 165 \r
 166           System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
 167 \r
 168           AlignFrame af = desktop.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 169 \r
 170           groups = aparser.getValue("groups");\r
 171           if(groups!=null)\r
 172           {\r
 173             af.parseGroupsFile(groups);\r
 174           }\r
 175 \r
 176           String imageName = "unnamed.png";\r
 177           while (aparser.getSize() > 1)\r
 178           {\r
 179             format = aparser.nextValue();\r
 180             file = aparser.nextValue();\r
 181 \r
 182             if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 183             {\r
 184               af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 185               imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 186               System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 187               continue;\r
 188             }\r
 189             else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 190             {\r
 191               af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 192               System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 193               continue;\r
 194             }\r
 195             else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 196             {\r
 197               System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 198               af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 199               continue;\r
 200             }\r
 201 \r
 202             if (af.saveAlignment(file, format))\r
 203               System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 204                                  " format to " + file);\r
 205             else\r
 206               System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 207                                  " format!!");\r
 208 \r
 209           }\r
 210 \r
 211           while (aparser.getSize() > 0)\r
 212           {\r
 213             System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 214           }\r
 215         }\r
 216 \r
 217           if (jalview.gui.Preferences.showStartupFile &&\r
 218               (jalview.gui.Preferences.startupFile != null))\r
 219           {\r
 220 \r
 221             file = jalview.gui.Preferences.startupFile;\r
 222             protocol = "File";\r
 223 \r
 224             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 225             {\r
 226               protocol = "URL";\r
 227             }\r
 228 \r
 229             if (file.endsWith(".jar"))\r
 230             {\r
 231               Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 232             }\r
 233             else\r
 234             {\r
 235               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 236               desktop.LoadFile(file, protocol, format);\r
 237             }\r
 238           }\r
 239 \r
 240           if (!desktop.isVisible())\r
 241             System.exit(0);\r
 242     }\r
 243 }\r
 244 \r
 245  class ArgsParser\r
 246  {\r
 247    Vector vargs = null;\r
 248    public ArgsParser(String [] args)\r
 249    {\r
 250      vargs = new Vector();\r
 251      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 252      {\r
 253        String arg = args[i].trim();\r
 254        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 255          arg = arg.substring(1);\r
 256        vargs.addElement(arg);\r
 257      }\r
 258    }\r
 259 \r
 260    public String getValue(String arg)\r
 261    {\r
 262      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 263      String ret = null;\r
 264      if (index != -1)\r
 265      {\r
 266        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 267        vargs.removeElementAt(index);\r
 268        vargs.removeElementAt(index);\r
 269      }\r
 270      return ret;\r
 271    }\r
 272 \r
 273    public boolean contains(String arg)\r
 274    {\r
 275      if(vargs.contains(arg))\r
 276      {\r
 277        vargs.removeElement(arg);\r
 278        return true;\r
 279      }\r
 280      else\r
 281        return false;\r
 282    }\r
 283 \r
 284    public String nextValue()\r
 285    {\r
 286      return  vargs.remove(0).toString();\r
 287    }\r
 288 \r
 289    public int getSize()\r
 290    {\r
 291      return vargs.size();\r
 292    }\r
 293 \r
 294  }\r