src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import jalview.appletgui.TreePanel;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class JalviewLite extends Applet\r
  41 {\r
  42     static int lastFrameX = 200;\r
  43     static int lastFrameY = 200;\r
  44     boolean fileFound = true;\r
  45     String file = "No file";\r
  46     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  47 \r
  48     //The currentAlignFrame is static, it will change\r
  49     //if and when the user selects a new window\r
  50     static AlignFrame currentAlignFrame;\r
  51 \r
  52     //This is the first frame to be displayed, and does not change\r
  53     AlignFrame initialAlignFrame;\r
  54 \r
  55     boolean embedded = false;\r
  56 \r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * init method for Jalview Applet\r
  60      */\r
  61     public void init()\r
  62     {\r
  63         int r = 255;\r
  64         int g = 255;\r
  65         int b = 255;\r
  66         String param = getParameter("RGB");\r
  67 \r
  68         if (param != null)\r
  69         {\r
  70             try\r
  71             {\r
  72                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  73                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  74                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  75             }\r
  76             catch (Exception ex)\r
  77             {\r
  78                 r = 255;\r
  79                 g = 255;\r
  80                 b = 255;\r
  81             }\r
  82         }\r
  83 \r
  84         param = getParameter("label");\r
  85         if(param != null)\r
  86           launcher.setLabel(param);\r
  87 \r
  88         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  89 \r
  90         file = getParameter("file");\r
  91 \r
  92         final JalviewLite applet = this;\r
  93         if(getParameter("embedded")!=null\r
  94            && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))\r
  95         {\r
  96           embedded = true;\r
  97           LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);\r
  98           loader.start();\r
  99         }\r
 100         else if (file != null)\r
 101         {\r
 102             add(launcher);\r
 103 \r
 104             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 105                 {\r
 106                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 107                     {\r
 108                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 109                             applet);\r
 110                         loader.start();\r
 111                       }\r
 112                 });\r
 113         }\r
 114         else\r
 115         {\r
 116             file = "NO FILE";\r
 117             fileFound = false;\r
 118         }\r
 119     }\r
 120 \r
 121 \r
 122     public static void main(String [] args)\r
 123     {\r
 124       if(args.length!=1)\r
 125       {\r
 126         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 127         System.exit(1);\r
 128       }\r
 129 \r
 130       String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(args[0],AppletFormatAdapter.FILE);\r
 131 \r
 132       SequenceI[] sequences = null;\r
 133      try{\r
 134        sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], AppletFormatAdapter.FILE, format);\r
 135      }catch(java.io.IOException ex)\r
 136      {\r
 137        ex.printStackTrace();\r
 138      }\r
 139       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 140       {\r
 141         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0], false);\r
 142         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 143       }\r
 144     }\r
 145 \r
 146 \r
 147     /**\r
 148      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 149      *\r
 150      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 151      * @param title title of new frame\r
 152      * @param width width if new frame\r
 153      * @param height height of new frame\r
 154      */\r
 155     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 156         int height)\r
 157     {\r
 158         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 159         lastFrameX += 40;\r
 160         lastFrameY += 40;\r
 161         frame.setSize(width, height);\r
 162         frame.setTitle(title);\r
 163         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 164             {\r
 165                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 166                 {\r
 167                     if(currentAlignFrame == frame)\r
 168                     {\r
 169                       currentAlignFrame = null;\r
 170                     }\r
 171                     lastFrameX -=40;\r
 172                     lastFrameY -=40;\r
 173                     frame.setMenuBar(null);\r
 174                     frame.dispose();\r
 175                 }\r
 176                 public void windowActivated(WindowEvent e)\r
 177                 {\r
 178                   if(frame instanceof AlignFrame)\r
 179                     currentAlignFrame = (AlignFrame)frame;\r
 180                 }\r
 181 \r
 182             });\r
 183         frame.setVisible(true);\r
 184     }\r
 185 \r
 186     public String getSelectedSequences()\r
 187     {\r
 188       StringBuffer result = new StringBuffer("");\r
 189 \r
 190       if(initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup()!=null)\r
 191       {\r
 192         SequenceI[] seqs = initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup().\r
 193             getSequencesInOrder(\r
 194                 initialAlignFrame.viewport.getAlignment());\r
 195 \r
 196         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 197           result.append(seqs[i].getName() + "¬");\r
 198       }\r
 199 \r
 200       return result.toString();\r
 201     }\r
 202 \r
 203     public String getAlignment(String format)\r
 204     {\r
 205       return getAlignment(format, "true");\r
 206     }\r
 207 \r
 208     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 209     {\r
 210       try\r
 211       {\r
 212         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 213 \r
 214         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 215             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(), seqlimits);\r
 216         return reply;\r
 217       }\r
 218       catch (Exception ex)\r
 219       {\r
 220         ex.printStackTrace();\r
 221         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 222       }\r
 223     }\r
 224 \r
 225     /**\r
 226      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 227      * <br>\r
 228      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 229      *\r
 230      * @param g graphics context\r
 231      */\r
 232     public void paint(Graphics g)\r
 233     {\r
 234         if (!fileFound)\r
 235         {\r
 236             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 237             g.setColor(Color.cyan);\r
 238             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 239             g.setColor(Color.red);\r
 240             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 241             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 242         }\r
 243         else if(embedded)\r
 244         {\r
 245           g.setColor(Color.black);\r
 246           g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));\r
 247           g.drawString("Jalview Applet", 50, this.size().height/2 -30);\r
 248           g.drawString("Loading Data...", 50, this.size().height/2);\r
 249         }\r
 250 \r
 251 \r
 252     }\r
 253 \r
 254     class LoadingThread extends Thread\r
 255     {\r
 256         String file;\r
 257         String protocol;\r
 258         String format;\r
 259         JalviewLite applet;\r
 260 \r
 261         public LoadingThread(String _file,\r
 262                              JalviewLite _applet)\r
 263         {\r
 264             file = _file;\r
 265             if(inArchive(file))\r
 266               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 267             else\r
 268             {\r
 269               file = addProtocol(file);\r
 270               protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 271             }\r
 272             format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 273             applet = _applet;\r
 274         }\r
 275 \r
 276         public void run()\r
 277         {\r
 278             SequenceI[] sequences = null;\r
 279             try{\r
 280               sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol,\r
 281                   format);\r
 282             }catch(java.io.IOException ex)\r
 283             {\r
 284               ex.printStackTrace();\r
 285             }\r
 286             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 287             {\r
 288               currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 289                                                  applet,\r
 290                                                  file,\r
 291                                                  embedded);\r
 292 \r
 293 \r
 294               initialAlignFrame = currentAlignFrame;\r
 295 \r
 296               currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 297 \r
 298 \r
 299                 String treeFile = applet.getParameter("treeFile");\r
 300                 if (treeFile != null)\r
 301                 {\r
 302                   try\r
 303                   {\r
 304                     if(inArchive(treeFile))\r
 305                       protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 306                     else\r
 307                     {\r
 308                       protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 309                       treeFile = addProtocol(treeFile);\r
 310                     }\r
 311 \r
 312                     jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile, protocol);\r
 313 \r
 314                     fin.parse();\r
 315 \r
 316                     if (fin.getTree() != null)\r
 317                     {\r
 318                       currentAlignFrame.loadTree(fin, treeFile);\r
 319                     }\r
 320                   }\r
 321                   catch (Exception ex)\r
 322                   {\r
 323                     ex.printStackTrace();\r
 324                   }\r
 325               }\r
 326 \r
 327               String param = getParameter("features");\r
 328               if (param != null)\r
 329               {\r
 330                 if( !inArchive(param) )\r
 331                   param = addProtocol( param );\r
 332 \r
 333                 currentAlignFrame.parseFeaturesFile(param);\r
 334               }\r
 335 \r
 336              param = getParameter("annotations");\r
 337              if (param != null)\r
 338              {\r
 339                if( !inArchive(param) )\r
 340                   param = addProtocol( param );\r
 341 \r
 342                new AnnotationReader().readAnnotationFile(\r
 343                    currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),\r
 344                    param);\r
 345 \r
 346                currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 347                currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0,0);\r
 348 \r
 349              }\r
 350 \r
 351 \r
 352                 String pdbfile = applet.getParameter("PDBFILE");\r
 353                 if(pdbfile!=null)\r
 354                 {\r
 355                   if( inArchive(pdbfile) )\r
 356                     protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 357                   else\r
 358                   {\r
 359                     protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 360                     pdbfile = addProtocol(pdbfile);\r
 361                   }\r
 362 \r
 363                   String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");\r
 364 \r
 365                   if(sequence!=null)\r
 366                   {\r
 367                     new MCview.AppletPDBViewer(pdbfile, protocol,\r
 368                                                (Sequence)currentAlignFrame.getAlignViewport().getAlignment().findName(sequence),\r
 369                                                currentAlignFrame.getSeqcanvas());\r
 370                   }\r
 371 \r
 372                 }\r
 373             }\r
 374             else\r
 375             {\r
 376                 fileFound = false;\r
 377                 remove(launcher);\r
 378                 repaint();\r
 379             }\r
 380         }\r
 381 \r
 382         /**\r
 383          * Discovers whether the given file is in the Applet Archive\r
 384          * @param file String\r
 385          * @return boolean\r
 386          */\r
 387         boolean inArchive(String file)\r
 388         {\r
 389           //This might throw a security exception in certain browsers\r
 390           //Netscape Communicator for instance.\r
 391           try{\r
 392             return (getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null);\r
 393           }catch(Exception ex)\r
 394           {\r
 395             System.out.println("Exception checking resources: "+file+" "+ex);\r
 396             return false;\r
 397           }\r
 398         }\r
 399 \r
 400         String addProtocol(String file)\r
 401         {\r
 402           if (file.indexOf("://") == -1)\r
 403              file = getCodeBase() + file;\r
 404 \r
 405           return file;\r
 406         }\r
 407 \r
 408     }\r
 409 }\r