src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.applet.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import java.util.*;
  26
  27 import jalview.appletgui.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30
  31 /**
  32  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class JalviewLite
  38     extends Applet
  39 {
  40
  41
  42
  43   ///////////////////////////////////////////
  44   //The following public methods maybe called
  45   //externally, eg via javascript in HTML page
  46   /**
  47    * @return list of selected sequences separated by "¬"
  48    */
  49   public String getSelectedSequences()
  50   {
  51     return getSelectedSequencesFrom(currentAlignFrame);
  52   }
  53   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf)
  54   {
  55     StringBuffer result = new StringBuffer("");
  56
  57     if (alf.viewport.getSelectionGroup() != null)
  58     {
  59       SequenceI[] seqs = alf.viewport.getSelectionGroup().
  60           getSequencesInOrder(
  61                   alf.viewport.getAlignment());
  62
  63       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  64       {
  65         result.append(seqs[i].getName() + "¬");
  66       }
  67     }
  68
  69     return result.toString();
  70   }
  71
  72   public String getAlignment(String format)
  73   {
  74     return getAlignmentFrom(currentAlignFrame, format, "true");
  75   }
  76   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format)
  77   {
  78     return getAlignmentFrom(alf, format, "true");
  79   }
  80   public String getAlignment(String format, String suffix)
  81   {
  82     return getAlignmentFrom(currentAlignFrame, format, suffix);
  83   }
  84   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format, String suffix)
  85   {
  86     try
  87     {
  88       boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");
  89
  90       String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,
  91           alf.viewport.getAlignment(), seqlimits);
  92       return reply;
  93     }
  94     catch (Exception ex)
  95     {
  96       ex.printStackTrace();
  97       return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";
  98     }
  99   }
 100
 101   public void loadAnnotation(String annotation)
 102   {
 103     loadAnnotationFrom(currentAlignFrame, annotation);
 104   }
 105   public void loadAnnotationFrom(AlignFrame alf, String annotation)
 106   {
 107     if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 108         alf.getAlignViewport().getAlignment(), annotation,
 109         AppletFormatAdapter.PASTE))
 110     {
 111       alf.alignPanel.fontChanged();
 112       alf.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 113     }
 114     else
 115     {
 116       alf.parseFeaturesFile(annotation, AppletFormatAdapter.PASTE);
 117     }
 118   }
 119
 120   public String getFeatures(String format)
 121   {
 122     return getFeaturesFrom(currentAlignFrame, format);
 123   }
 124   public String getFeaturesFrom(AlignFrame alf, String format)
 125   {
 126     return alf.outputFeatures(false, format);
 127   }
 128   public String getAnnotation()
 129   {
 130     return getAnnotationFrom(currentAlignFrame);
 131   }
 132   public String getAnnotationFrom(AlignFrame alf)
 133   {
 134     return alf.outputAnnotations(false);
 135   }
 136   public AlignFrame newView()
 137   {
 138     return newViewFrom(currentAlignFrame);
 139   }
 140   public AlignFrame newView(String name)
 141   {
 142     return newViewFrom(currentAlignFrame, name);
 143   }
 144
 145   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf)
 146   {
 147     return alf.newView(null);
 148   }
 149   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf, String name)
 150   {
 151     return alf.newView(name);
 152   }
 153   /**
 154    *
 155    * @param text alignment file as a string
 156    * @param title window title
 157    * @return null or new alignment frame
 158    */
 159   public AlignFrame loadAlignment(String text, String title)
 160   {
 161     Alignment al = null;
 162     String format = new IdentifyFile().Identify(text, AppletFormatAdapter.PASTE);
 163     try
 164     {
 165       al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 166                                               AppletFormatAdapter.PASTE,
 167                                               format);
 168       if (al.getHeight() > 0)
 169       {
 170         return new AlignFrame(al, this, title, false);
 171       }
 172     }
 173     catch (java.io.IOException ex)
 174     {
 175       ex.printStackTrace();
 176     }
 177     return null;
 178   }
 179
 180   ////////////////////////////////////////////////
 181   ////////////////////////////////////////////////
 182
 183
 184
 185   static int lastFrameX = 200;
 186   static int lastFrameY = 200;
 187   boolean fileFound = true;
 188   String file = "No file";
 189   Button launcher = new Button("Start Jalview");
 190
 191   //The currentAlignFrame is static, it will change
 192   //if and when the user selects a new window
 193   public static AlignFrame currentAlignFrame;
 194
 195   //This is the first frame to be displayed, and does not change
 196   AlignFrame initialAlignFrame;
 197
 198   boolean embedded = false;
 199
 200   public boolean jmolAvailable = false;
 201   public static boolean debug;
 202
 203   /**
 204    * init method for Jalview Applet
 205    */
 206   public void init()
 207   {
 208     String dbg = getParameter("debug");
 209     if (dbg!=null)
 210     {
 211       debug = dbg.toLowerCase().equals("true");
 212     }
 213     /**
 214      * get the separator parameter if present
 215      */
 216     String sep = getParameter("separator");
 217     if (sep!=null)
 218     {
 219       if (sep.length()>0)
 220       {      separator = sep;
 221         if (debug)
 222         {
 223           System.err.println("Separator set to '"+separator+"'");
 224         }
 225       } else {
 226         throw new Error("Invalid separator parameter - must be non-zero length");
 227       }
 228     }
 229     int r = 255;
 230     int g = 255;
 231     int b = 255;
 232     String param = getParameter("RGB");
 233
 234     if (param != null)
 235     {
 236       try
 237       {
 238         r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);
 239         g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);
 240         b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);
 241       }
 242       catch (Exception ex)
 243       {
 244         r = 255;
 245         g = 255;
 246         b = 255;
 247       }
 248     }
 249
 250     param = getParameter("label");
 251     if (param != null)
 252     {
 253       launcher.setLabel(param);
 254     }
 255
 256     this.setBackground(new Color(r, g, b));
 257
 258     file = getParameter("file");
 259
 260     if (file == null)
 261     {
 262       //Maybe the sequences are added as parameters
 263       StringBuffer data = new StringBuffer("PASTE");
 264       int i = 1;
 265       while ( (file = getParameter("sequence" + i)) != null)
 266       {
 267         data.append(file.toString() + "\n");
 268         i++;
 269       }
 270       if (data.length() > 5)
 271       {
 272         file = data.toString();
 273       }
 274     }
 275
 276     LoadJmolThread jmolAvailable = new LoadJmolThread();
 277     jmolAvailable.start();
 278
 279     final JalviewLite applet = this;
 280     if (getParameter("embedded") != null
 281         && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))
 282     {
 283       embedded = true;
 284       LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);
 285       loader.start();
 286     }
 287     else if (file != null)
 288     {
 289       add(launcher);
 290
 291       launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 292       {
 293         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 294         {
 295           LoadingThread loader = new LoadingThread(file,
 296               applet);
 297           loader.start();
 298         }
 299       });
 300     }
 301     else
 302     {
 303       file = "NO FILE";
 304       fileFound = false;
 305     }
 306   }
 307
 308
 309   /**
 310    * Initialises and displays a new java.awt.Frame
 311    *
 312    * @param frame java.awt.Frame to be displayed
 313    * @param title title of new frame
 314    * @param width width if new frame
 315    * @param height height of new frame
 316    */
 317   public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,
 318                               int height)
 319   {
 320     frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);
 321     lastFrameX += 40;
 322     lastFrameY += 40;
 323     frame.setSize(width, height);
 324     frame.setTitle(title);
 325     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
 326     {
 327       public void windowClosing(WindowEvent e)
 328       {
 329         if (frame instanceof AlignFrame)
 330         {
 331           ( (AlignFrame) frame).closeMenuItem_actionPerformed();
 332         }
 333         if (currentAlignFrame == frame)
 334         {
 335           currentAlignFrame = null;
 336         }
 337         lastFrameX -= 40;
 338         lastFrameY -= 40;
 339         frame.setMenuBar(null);
 340         frame.dispose();
 341       }
 342
 343       public void windowActivated(WindowEvent e)
 344       {
 345         if (frame instanceof AlignFrame)
 346         {
 347           currentAlignFrame = (AlignFrame) frame;
 348           if (debug)
 349           {
 350             System.err.println("Activated window "+frame);
 351           }
 352         }
 353       }
 354
 355     });
 356     frame.setVisible(true);
 357   }
 358
 359   /**
 360    * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"
 361    * <br>
 362    * <br>If file given in parameter not found, displays error message
 363    *
 364    * @param g graphics context
 365    */
 366   public void paint(Graphics g)
 367   {
 368     if (!fileFound)
 369     {
 370       g.setColor(new Color(200, 200, 200));
 371       g.setColor(Color.cyan);
 372       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 373       g.setColor(Color.red);
 374       g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);
 375       g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);
 376     }
 377     else if (embedded)
 378     {
 379       g.setColor(Color.black);
 380       g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));
 381       g.drawString("Jalview Applet", 50, this.getSize().height / 2 - 30);
 382       g.drawString("Loading Data...", 50, this.getSize().height / 2);
 383     }
 384   }
 385
 386
 387   class LoadJmolThread extends Thread
 388   {
 389     public void run()
 390     {
 391       try
 392       {
 393         if (!System.getProperty("java.version").startsWith("1.1"))
 394         {
 395           Class.forName("org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter");
 396           jmolAvailable = true;
 397         }
 398       }
 399       catch (java.lang.ClassNotFoundException ex)
 400       {
 401         System.out.println("Jmol not available - Using MCview for structures");
 402       }
 403     }
 404   }
 405
 406
 407   class LoadingThread
 408       extends Thread
 409   {
 410     String file;
 411     String protocol;
 412     String format;
 413     JalviewLite applet;
 414
 415     public LoadingThread(String _file,
 416                          JalviewLite _applet)
 417     {
 418       if (applet.debug)
 419       {
 420         System.err.println("Loading thread started with:\n>>file\n"+_file+">>endfile");
 421       }
 422       file = _file;
 423       if (file.startsWith("PASTE"))
 424       {
 425         file = file.substring(5);
 426         protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 427       }
 428       else if (inArchive(file))
 429       {
 430         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 431       }
 432       else
 433       {
 434         file = addProtocol(file);
 435         protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 436       }
 437       if (applet.debug)
 438       {
 439         System.err.println("Protocol identified as '"+protocol+"'");
 440       }
 441       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 442       if (applet.debug)
 443       {
 444         System.err.println("File identified as '"+format+"'");
 445       }
 446       applet = _applet;
 447     }
 448
 449     public void run()
 450     {
 451       startLoading();
 452     }
 453
 454     private void startLoading()
 455     {
 456       Alignment al = null;
 457       try
 458       {
 459         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol,
 460                                                 format);
 461       }
 462       catch (java.io.IOException ex)
 463       {
 464         ex.printStackTrace();
 465       }
 466       if ( (al != null) && (al.getHeight() > 0))
 467       {
 468         currentAlignFrame = new AlignFrame(al,
 469                                            applet,
 470                                            file,
 471                                            embedded);
 472
 473         if (protocol == jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)
 474         {
 475           currentAlignFrame.setTitle("Sequences from " + getDocumentBase());
 476         }
 477
 478         initialAlignFrame = currentAlignFrame;
 479
 480         currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);
 481
 482         String treeFile = applet.getParameter("tree");
 483         if (treeFile == null)
 484         {
 485           treeFile = applet.getParameter("treeFile");
 486         }
 487
 488         if (treeFile != null)
 489         {
 490           try
 491           {
 492             if (inArchive(treeFile))
 493             {
 494               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 495             }
 496             else
 497             {
 498               protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 499               treeFile = addProtocol(treeFile);
 500             }
 501
 502             jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile,
 503                 protocol);
 504
 505             fin.parse();
 506
 507             if (fin.getTree() != null)
 508             {
 509               currentAlignFrame.loadTree(fin, treeFile);
 510             }
 511           }
 512           catch (Exception ex)
 513           {
 514             ex.printStackTrace();
 515           }
 516         }
 517
 518         String param = getParameter("features");
 519         if (param != null)
 520         {
 521           if (!inArchive(param))
 522           {
 523             param = addProtocol(param);
 524           }
 525
 526           currentAlignFrame.parseFeaturesFile(param, protocol);
 527         }
 528
 529         param = getParameter("showFeatureSettings");
 530         if (param != null && param.equalsIgnoreCase("true"))
 531         {
 532           currentAlignFrame.viewport.showSequenceFeatures(true);
 533           new FeatureSettings(currentAlignFrame.alignPanel);
 534         }
 535
 536         param = getParameter("annotations");
 537         if (param != null)
 538         {
 539           if (!inArchive(param))
 540           {
 541             param = addProtocol(param);
 542           }
 543
 544           new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 545               currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),
 546               param,
 547               protocol);
 548
 549           currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();
 550           currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 551
 552         }
 553
 554         param = getParameter("jnetfile");
 555         if (param != null)
 556         {
 557           try
 558           {
 559             if (inArchive(param))
 560             {
 561               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 562             }
 563             else
 564             {
 565               protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 566               param = addProtocol(param);
 567             }
 568
 569             jalview.io.JPredFile predictions = new jalview.io.JPredFile(
 570                 param, protocol);
 571             new JnetAnnotationMaker().add_annotation(predictions,
 572                 currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),
 573                 0, false); // do not add sequence profile from concise output
 574             currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();
 575             currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 576           }
 577           catch (Exception ex)
 578           {
 579             ex.printStackTrace();
 580           }
 581         }
 582
 583         /*
 584          <param name="PDBfile" value="1gaq.txt PDB|1GAQ|1GAQ|A PDB|1GAQ|1GAQ|B PDB|1GAQ|1GAQ|C">
 585
 586          <param name="PDBfile2" value="1gaq.txt A=SEQA B=SEQB C=SEQB">
 587
 588          <param name="PDBfile3" value="1q0o Q45135_9MICO">
 589         */
 590
 591
 592         int pdbFileCount = 0;
 593         do{
 594           if (pdbFileCount > 0)
 595             param = getParameter("PDBFILE" + pdbFileCount);
 596           else
 597             param = getParameter("PDBFILE");
 598
 599           if (param != null)
 600           {
 601             PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 602
 603             String seqstring;
 604             SequenceI[] seqs = null;
 605             String [] chains = null;
 606
 607             StringTokenizer st = new StringTokenizer(param, " ");
 608
 609             if (st.countTokens() < 2)
 610             {
 611               String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");
 612               if (sequence != null)
 613                 seqs = new SequenceI[]
 614                     {
 615                     (Sequence) currentAlignFrame.
 616                     getAlignViewport().getAlignment().
 617                     findName(sequence)};
 618
 619             }
 620             else
 621             {
 622               param = st.nextToken();
 623               Vector tmp = new Vector();
 624               Vector tmp2 = new Vector();
 625
 626               while (st.hasMoreTokens())
 627               {
 628                 seqstring = st.nextToken();
 629                 StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(seqstring,"=");
 630                 if(st2.countTokens()>1)
 631                 {
 632                   //This is the chain
 633                   tmp2.addElement(st2.nextToken());
 634                   seqstring = st2.nextToken();
 635                 }
 636                 tmp.addElement( (Sequence) currentAlignFrame.
 637                                  getAlignViewport().getAlignment().
 638                                  findName(seqstring));
 639               }
 640
 641               seqs = new SequenceI[tmp.size()];
 642               tmp.copyInto(seqs);
 643               if(tmp2.size()==tmp.size())
 644               {
 645                 chains = new String[tmp2.size()];
 646                 tmp2.copyInto(chains);
 647               }
 648             }
 649
 650             if (inArchive(param) && !jmolAvailable)
 651             {
 652               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 653             }
 654             else
 655             {
 656               protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 657               param = addProtocol(param);
 658             }
 659
 660             pdb.setFile(param);
 661
 662             if(seqs!=null)
 663             {
 664               for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 665               {
 666                 ( (Sequence) seqs[i]).addPDBId(pdb);
 667               }
 668
 669               if (jmolAvailable)
 670               {
 671                 new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb,
 672                                                  seqs,
 673                                                  chains,
 674                                                  currentAlignFrame.alignPanel,
 675                                                  protocol);
 676                 lastFrameX += 40;
 677                 lastFrameY+=40;
 678               }
 679               else
 680                     new MCview.AppletPDBViewer(pdb,
 681                                            seqs,
 682                                            chains,
 683                                            currentAlignFrame.alignPanel,
 684                                            protocol);
 685             }
 686           }
 687
 688           pdbFileCount++;
 689         }
 690         while(pdbFileCount < 10);
 691
 692         /////////////////////////////
 693         // modify display of features
 694         //
 695         // hide specific groups
 696         param = getParameter("hidefeaturegroups");
 697         if (param != null)
 698         {
 699           applet.setFeatureGroupState(param, false);
 700         }
 701         // show specific groups
 702         param = getParameter("showfeaturegroups");
 703         if (param != null)
 704         {
 705           applet.setFeatureGroupState(param, true);
 706         }
 707       }
 708       else
 709       {
 710         fileFound = false;
 711         remove(launcher);
 712         repaint();
 713       }
 714     }
 715
 716     /**
 717      * Discovers whether the given file is in the Applet Archive
 718      * @param file String
 719      * @return boolean
 720      */
 721     boolean inArchive(String file)
 722     {
 723       //This might throw a security exception in certain browsers
 724       //Netscape Communicator for instance.
 725       try
 726       {
 727         return (getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null);
 728       }
 729       catch (Exception ex)
 730       {
 731         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 732         return false;
 733       }
 734     }
 735
 736     String addProtocol(String file)
 737     {
 738       if (file.indexOf("://") == -1)
 739       {
 740         file = getCodeBase() + file;
 741       }
 742
 743       return file;
 744     }
 745   }
 746   /**
 747    * separator used for separatorList
 748    */
 749   protected String separator = "|"; // this is a safe(ish) separator - tabs don't work for firefox
 750   /**
 751    * parse the string into a list
 752    * @param list
 753    * @return elements separated by separator
 754    */
 755   public String[] separatorListToArray(String list)
 756   {
 757     int seplen = separator.length();
 758     if (list==null || list.equals(""))
 759       return null;
 760     java.util.Vector jv = new Vector();
 761     int cp=0,pos;
 762     while ((pos=list.indexOf(separator,cp))>cp)
 763     {
 764       jv.addElement(list.substring(cp,pos));
 765       cp = pos+seplen;
 766     }
 767     if (cp<list.length())
 768     {
 769       jv.addElement(list.substring(cp));
 770     }
 771     if (jv.size()>0)
 772     { String[] v = new String[jv.size()];
 773       for (int i=0; i<v.length; i++)
 774       {
 775         v[i] = (String) jv.elementAt(i);
 776       }
 777       jv.removeAllElements();
 778       if (debug)
 779       {
 780         System.err.println("Array from '"+separator+"' separated List:\n"+v.length);
 781         for (int i=0; i<v.length;i++)
 782         {
 783           System.err.println("item "+i+" '"+v[i]+"'");
 784         }
 785       }
 786       return v;
 787     }
 788     if (debug)
 789     {
 790       System.err.println("Empty Array from '"+separator+"' separated List");
 791     }
 792     return null;
 793   }
 794   /**
 795    * concatenate the list with separator
 796    * @param list
 797    * @return concatenated string
 798    */
 799   public String arrayToSeparatorList(String[] list)
 800   {
 801     StringBuffer v = new StringBuffer();
 802     if (list!=null)
 803     {
 804       for (int i=0,iSize=list.length-1;i<iSize;i++)
 805       {
 806         if (list[i]!=null)
 807         {
 808           v.append(list[i]);
 809         }
 810         v.append(separator);
 811       }
 812       if (list[list.length-1]!=null)
 813       { v.append(list[list.length-1]);
 814       }
 815       if (debug)
 816       {
 817         System.err.println("Returning '"+separator+"' separated List:\n");
 818         System.err.println(v);
 819       }
 820       return v.toString();
 821     }
 822     if (debug)
 823     {
 824       System.err.println("Returning empty '"+separator+"' separated List\n");
 825     }
 826     return "";
 827   }
 828   /**
 829    * @return
 830    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroups()
 831    */
 832   public String getFeatureGroups()
 833   {
 834     String lst = arrayToSeparatorList(currentAlignFrame.getFeatureGroups());
 835     return lst;
 836   }
 837   /**
 838    * @param alf alignframe to get feature groups on
 839    * @return
 840    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroups()
 841    */
 842   public String getFeatureGroupsOn(AlignFrame alf)
 843   {
 844     String lst = arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroups());
 845     return lst;
 846   }
 847   /**
 848    * @param visible
 849    * @return
 850    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroupsOfState(boolean)
 851    */
 852   public String getFeatureGroupsOfState(boolean visible)
 853   {
 854     return arrayToSeparatorList(currentAlignFrame.getFeatureGroupsOfState(visible));
 855   }
 856   /**
 857    * @param alf align frame to get groups of state visible
 858    * @param visible
 859    * @return
 860    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroupsOfState(boolean)
 861    */
 862   public String getFeatureGroupsOfStateOn(AlignFrame alf, boolean visible)
 863   {
 864     return arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroupsOfState(visible));
 865   }  /**
 866    * @param groups tab separated list of group names
 867    * @param state true or false
 868    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#setFeatureGroupState(java.lang.String[], boolean)
 869    */
 870   public void setFeatureGroupStateOn(AlignFrame alf, String groups, boolean state)
 871   {
 872     boolean st = state;//!(state==null || state.equals("") || state.toLowerCase().equals("false"));
 873     alf.setFeatureGroupState(separatorListToArray(groups), st);
 874   }
 875   public void setFeatureGroupState(String groups, boolean state)
 876   {
 877     setFeatureGroupStateOn(currentAlignFrame, groups, state);
 878   }
 879   /**
 880    * List separator string
 881    * @return the separator
 882    */
 883   public String getSeparator()
 884   {
 885     return separator;
 886   }
 887   /**
 888    * List separator string
 889    * @param separator the separator to set
 890    */
 891   public void setSeparator(String separator)
 892   {
 893     this.separator = separator;
 894   }
 895 }