src/jalview/binding/SequenceType.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 /*\r
   8 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   9 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  10 *\r
  11 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
  12 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
  13 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  14 * of the License, or (at your option) any later version.\r
  15 *\r
  16 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  17 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  18 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  19 * GNU General Public License for more details.\r
  20 *\r
  21 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  22 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  23 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  24 */\r
  25 package jalview.binding;\r
  26 \r
  27 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  28 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  29 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  30 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  31 \r
  32 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  33 \r
  34 //---------------------------------/\r
  35 //- Imported classes and packages -/\r
  36 //---------------------------------/\r
  37 import java.io.IOException;\r
  38 import java.io.Reader;\r
  39 import java.io.Serializable;\r
  40 import java.io.Writer;\r
  41 \r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * Class SequenceType.\r
  45  *\r
  46  * @version $Revision$ $Date$\r
  47  */\r
  48 public class SequenceType implements java.io.Serializable {\r
  49     //--------------------------/\r
  50     //- Class/Member Variables -/\r
  51     //--------------------------/\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Field _id\r
  55      */\r
  56     private java.lang.String _id;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _sequence\r
  60      */\r
  61     private java.lang.String _sequence;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _name\r
  65      */\r
  66     private java.lang.String _name;\r
  67 \r
  68     //----------------/\r
  69     //- Constructors -/\r
  70     //----------------/\r
  71     public SequenceType() {\r
  72         super();\r
  73     }\r
  74      //-- jalview.binding.SequenceType()\r
  75  //-----------/\r
  76 \r
  77     public java.lang.String getId() {\r
  78         return this._id;\r
  79     }\r
  80      //-- java.lang.String getId()\r
  81 \r
  82     /**\r
  83      * Returns the value of field 'name'.\r
  84      *\r
  85      * @return String\r
  86      * @return the value of field 'name'.\r
  87      */\r
  88     public java.lang.String getName() {\r
  89         return this._name;\r
  90     }\r
  91      //-- java.lang.String getName()\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * Returns the value of field 'sequence'.\r
  95      *\r
  96      * @return String\r
  97      * @return the value of field 'sequence'.\r
  98      */\r
  99     public java.lang.String getSequence() {\r
 100         return this._sequence;\r
 101     }\r
 102      //-- java.lang.String getSequence()\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * Method isValid\r
 106      *\r
 107      *\r
 108      *\r
 109      * @return boolean\r
 110      */\r
 111     public boolean isValid() {\r
 112         try {\r
 113             validate();\r
 114         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 115             return false;\r
 116         }\r
 117 \r
 118         return true;\r
 119     }\r
 120      //-- boolean isValid()\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * Method marshal\r
 124      *\r
 125      *\r
 126      *\r
 127      * @param out\r
 128      */\r
 129     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 130         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 131             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 132         Marshaller.marshal(this, out);\r
 133     }\r
 134      //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * Method marshal\r
 138      *\r
 139      *\r
 140      *\r
 141      * @param handler\r
 142      */\r
 143     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 144         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 145             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 146         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 147     }\r
 148      //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * Sets the value of field 'id'.\r
 152      *\r
 153      * @param id the value of field 'id'.\r
 154      */\r
 155     public void setId(java.lang.String id) {\r
 156         this._id = id;\r
 157     }\r
 158      //-- void setId(java.lang.String)\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * Sets the value of field 'name'.\r
 162      *\r
 163      * @param name the value of field 'name'.\r
 164      */\r
 165     public void setName(java.lang.String name) {\r
 166         this._name = name;\r
 167     }\r
 168      //-- void setName(java.lang.String)\r
 169 \r
 170     /**\r
 171      * Sets the value of field 'sequence'.\r
 172      *\r
 173      * @param sequence the value of field 'sequence'.\r
 174      */\r
 175     public void setSequence(java.lang.String sequence) {\r
 176         this._sequence = sequence;\r
 177     }\r
 178      //-- void setSequence(java.lang.String)\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * Method unmarshal\r
 182      *\r
 183      *\r
 184      *\r
 185      * @param reader\r
 186      * @return Object\r
 187      */\r
 188     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 189         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 190             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 191         return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.SequenceType.class,\r
 192             reader);\r
 193     }\r
 194      //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * Method validate\r
 198      *\r
 199      */\r
 200     public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 201         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 202         validator.validate(this);\r
 203     }\r
 204      //-- void validate()\r
 205 }\r