src/jalview/binding/Viewport.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 /*\r
  20  * This class was automatically generated with\r
  21  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  22  * Schema.\r
  23  * $Id$\r
  24  */\r
  25 package jalview.binding;\r
  26 \r
  27 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  28 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  29 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  30 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  31 \r
  32 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  33 \r
  34 //---------------------------------/\r
  35 //- Imported classes and packages -/\r
  36 //---------------------------------/\r
  37 import java.io.IOException;\r
  38 import java.io.Reader;\r
  39 import java.io.Serializable;\r
  40 import java.io.Writer;\r
  41 \r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * Class Viewport.\r
  45  *\r
  46  * @version $Revision$ $Date$\r
  47  */\r
  48 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  49     //--------------------------/\r
  50     //- Class/Member Variables -/\r
  51     //--------------------------/\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Field _conservationSelected\r
  55      */\r
  56     private boolean _conservationSelected;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  60      */\r
  61     private boolean _has_conservationSelected;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _pidSelected\r
  65      */\r
  66     private boolean _pidSelected;\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  70      */\r
  71     private boolean _has_pidSelected;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Field _bgColour\r
  75      */\r
  76     private java.lang.String _bgColour;\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * Field _consThreshold\r
  80      */\r
  81     private int _consThreshold;\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  85      */\r
  86     private boolean _has_consThreshold;\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Field _pidThreshold\r
  90      */\r
  91     private int _pidThreshold;\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  95      */\r
  96     private boolean _has_pidThreshold;\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * Field _title\r
 100      */\r
 101     private java.lang.String _title;\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * Field _showFullId\r
 105      */\r
 106     private boolean _showFullId;\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * keeps track of state for field: _showFullId\r
 110      */\r
 111     private boolean _has_showFullId;\r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * Field _showText\r
 115      */\r
 116     private boolean _showText;\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * keeps track of state for field: _showText\r
 120      */\r
 121     private boolean _has_showText;\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * Field _showColourText\r
 125      */\r
 126     private boolean _showColourText;\r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 130      */\r
 131     private boolean _has_showColourText;\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * Field _showBoxes\r
 135      */\r
 136     private boolean _showBoxes;\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 140      */\r
 141     private boolean _has_showBoxes;\r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * Field _wrapAlignment\r
 145      */\r
 146     private boolean _wrapAlignment;\r
 147 \r
 148     /**\r
 149      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 150      */\r
 151     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * Field _renderGaps\r
 155      */\r
 156     private boolean _renderGaps;\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 160      */\r
 161     private boolean _has_renderGaps;\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * Field _showSequenceFeatures\r
 165      */\r
 166     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 170      */\r
 171     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * Field _showAnnotation\r
 175      */\r
 176     private boolean _showAnnotation;\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 180      */\r
 181     private boolean _has_showAnnotation;\r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * Field _showConservation\r
 185      */\r
 186     private boolean _showConservation;\r
 187 \r
 188     /**\r
 189      * keeps track of state for field: _showConservation\r
 190      */\r
 191     private boolean _has_showConservation;\r
 192 \r
 193     /**\r
 194      * Field _showQuality\r
 195      */\r
 196     private boolean _showQuality;\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * keeps track of state for field: _showQuality\r
 200      */\r
 201     private boolean _has_showQuality;\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * Field _showIdentity\r
 205      */\r
 206     private boolean _showIdentity;\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * keeps track of state for field: _showIdentity\r
 210      */\r
 211     private boolean _has_showIdentity;\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * Field _xpos\r
 215      */\r
 216     private int _xpos;\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * keeps track of state for field: _xpos\r
 220      */\r
 221     private boolean _has_xpos;\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * Field _ypos\r
 225      */\r
 226     private int _ypos;\r
 227 \r
 228     /**\r
 229      * keeps track of state for field: _ypos\r
 230      */\r
 231     private boolean _has_ypos;\r
 232 \r
 233     /**\r
 234      * Field _width\r
 235      */\r
 236     private int _width;\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * keeps track of state for field: _width\r
 240      */\r
 241     private boolean _has_width;\r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * Field _height\r
 245      */\r
 246     private int _height;\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      * keeps track of state for field: _height\r
 250      */\r
 251     private boolean _has_height;\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * Field _startRes\r
 255      */\r
 256     private int _startRes;\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * keeps track of state for field: _startRes\r
 260      */\r
 261     private boolean _has_startRes;\r
 262 \r
 263     /**\r
 264      * Field _startSeq\r
 265      */\r
 266     private int _startSeq;\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 270      */\r
 271     private boolean _has_startSeq;\r
 272 \r
 273     /**\r
 274      * Field _fontName\r
 275      */\r
 276     private java.lang.String _fontName;\r
 277 \r
 278     /**\r
 279      * Field _fontSize\r
 280      */\r
 281     private int _fontSize;\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 285      */\r
 286     private boolean _has_fontSize;\r
 287 \r
 288     /**\r
 289      * Field _fontStyle\r
 290      */\r
 291     private int _fontStyle;\r
 292 \r
 293     /**\r
 294      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 295      */\r
 296     private boolean _has_fontStyle;\r
 297 \r
 298     //----------------/\r
 299     //- Constructors -/\r
 300     //----------------/\r
 301     public Viewport() {\r
 302         super();\r
 303     }\r
 304      //-- jalview.binding.Viewport()\r
 305  //-----------/\r
 306 \r
 307     public void deleteConsThreshold() {\r
 308         this._has_consThreshold = false;\r
 309     }\r
 310      //-- void deleteConsThreshold()\r
 311 \r
 312     /**\r
 313      * Method deleteConservationSelected\r
 314      *\r
 315      */\r
 316     public void deleteConservationSelected() {\r
 317         this._has_conservationSelected = false;\r
 318     }\r
 319      //-- void deleteConservationSelected()\r
 320 \r
 321     /**\r
 322      * Method deleteFontSize\r
 323      *\r
 324      */\r
 325     public void deleteFontSize() {\r
 326         this._has_fontSize = false;\r
 327     }\r
 328      //-- void deleteFontSize()\r
 329 \r
 330     /**\r
 331      * Method deleteFontStyle\r
 332      *\r
 333      */\r
 334     public void deleteFontStyle() {\r
 335         this._has_fontStyle = false;\r
 336     }\r
 337      //-- void deleteFontStyle()\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      * Method deleteHeight\r
 341      *\r
 342      */\r
 343     public void deleteHeight() {\r
 344         this._has_height = false;\r
 345     }\r
 346      //-- void deleteHeight()\r
 347 \r
 348     /**\r
 349      * Method deletePidSelected\r
 350      *\r
 351      */\r
 352     public void deletePidSelected() {\r
 353         this._has_pidSelected = false;\r
 354     }\r
 355      //-- void deletePidSelected()\r
 356 \r
 357     /**\r
 358      * Method deletePidThreshold\r
 359      *\r
 360      */\r
 361     public void deletePidThreshold() {\r
 362         this._has_pidThreshold = false;\r
 363     }\r
 364      //-- void deletePidThreshold()\r
 365 \r
 366     /**\r
 367      * Method deleteRenderGaps\r
 368      *\r
 369      */\r
 370     public void deleteRenderGaps() {\r
 371         this._has_renderGaps = false;\r
 372     }\r
 373      //-- void deleteRenderGaps()\r
 374 \r
 375     /**\r
 376      * Method deleteShowAnnotation\r
 377      *\r
 378      */\r
 379     public void deleteShowAnnotation() {\r
 380         this._has_showAnnotation = false;\r
 381     }\r
 382      //-- void deleteShowAnnotation()\r
 383 \r
 384     /**\r
 385      * Method deleteShowBoxes\r
 386      *\r
 387      */\r
 388     public void deleteShowBoxes() {\r
 389         this._has_showBoxes = false;\r
 390     }\r
 391      //-- void deleteShowBoxes()\r
 392 \r
 393     /**\r
 394      * Method deleteShowColourText\r
 395      *\r
 396      */\r
 397     public void deleteShowColourText() {\r
 398         this._has_showColourText = false;\r
 399     }\r
 400      //-- void deleteShowColourText()\r
 401 \r
 402     /**\r
 403      * Method deleteShowConservation\r
 404      *\r
 405      */\r
 406     public void deleteShowConservation() {\r
 407         this._has_showConservation = false;\r
 408     }\r
 409      //-- void deleteShowConservation()\r
 410 \r
 411     /**\r
 412      * Method deleteShowFullId\r
 413      *\r
 414      */\r
 415     public void deleteShowFullId() {\r
 416         this._has_showFullId = false;\r
 417     }\r
 418      //-- void deleteShowFullId()\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      * Method deleteShowIdentity\r
 422      *\r
 423      */\r
 424     public void deleteShowIdentity() {\r
 425         this._has_showIdentity = false;\r
 426     }\r
 427      //-- void deleteShowIdentity()\r
 428 \r
 429     /**\r
 430      * Method deleteShowQuality\r
 431      *\r
 432      */\r
 433     public void deleteShowQuality() {\r
 434         this._has_showQuality = false;\r
 435     }\r
 436      //-- void deleteShowQuality()\r
 437 \r
 438     /**\r
 439      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 440      *\r
 441      */\r
 442     public void deleteShowSequenceFeatures() {\r
 443         this._has_showSequenceFeatures = false;\r
 444     }\r
 445      //-- void deleteShowSequenceFeatures()\r
 446 \r
 447     /**\r
 448      * Method deleteShowText\r
 449      *\r
 450      */\r
 451     public void deleteShowText() {\r
 452         this._has_showText = false;\r
 453     }\r
 454      //-- void deleteShowText()\r
 455 \r
 456     /**\r
 457      * Method deleteStartRes\r
 458      *\r
 459      */\r
 460     public void deleteStartRes() {\r
 461         this._has_startRes = false;\r
 462     }\r
 463      //-- void deleteStartRes()\r
 464 \r
 465     /**\r
 466      * Method deleteStartSeq\r
 467      *\r
 468      */\r
 469     public void deleteStartSeq() {\r
 470         this._has_startSeq = false;\r
 471     }\r
 472      //-- void deleteStartSeq()\r
 473 \r
 474     /**\r
 475      * Method deleteWidth\r
 476      *\r
 477      */\r
 478     public void deleteWidth() {\r
 479         this._has_width = false;\r
 480     }\r
 481      //-- void deleteWidth()\r
 482 \r
 483     /**\r
 484      * Method deleteWrapAlignment\r
 485      *\r
 486      */\r
 487     public void deleteWrapAlignment() {\r
 488         this._has_wrapAlignment = false;\r
 489     }\r
 490      //-- void deleteWrapAlignment()\r
 491 \r
 492     /**\r
 493      * Method deleteXpos\r
 494      *\r
 495      */\r
 496     public void deleteXpos() {\r
 497         this._has_xpos = false;\r
 498     }\r
 499      //-- void deleteXpos()\r
 500 \r
 501     /**\r
 502      * Method deleteYpos\r
 503      *\r
 504      */\r
 505     public void deleteYpos() {\r
 506         this._has_ypos = false;\r
 507     }\r
 508      //-- void deleteYpos()\r
 509 \r
 510     /**\r
 511      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 512      *\r
 513      * @return String\r
 514      * @return the value of field 'bgColour'.\r
 515      */\r
 516     public java.lang.String getBgColour() {\r
 517         return this._bgColour;\r
 518     }\r
 519      //-- java.lang.String getBgColour()\r
 520 \r
 521     /**\r
 522      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 523      *\r
 524      * @return int\r
 525      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 526      */\r
 527     public int getConsThreshold() {\r
 528         return this._consThreshold;\r
 529     }\r
 530      //-- int getConsThreshold()\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 534      *\r
 535      * @return boolean\r
 536      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 537      */\r
 538     public boolean getConservationSelected() {\r
 539         return this._conservationSelected;\r
 540     }\r
 541      //-- boolean getConservationSelected()\r
 542 \r
 543     /**\r
 544      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 545      *\r
 546      * @return String\r
 547      * @return the value of field 'fontName'.\r
 548      */\r
 549     public java.lang.String getFontName() {\r
 550         return this._fontName;\r
 551     }\r
 552      //-- java.lang.String getFontName()\r
 553 \r
 554     /**\r
 555      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 556      *\r
 557      * @return int\r
 558      * @return the value of field 'fontSize'.\r
 559      */\r
 560     public int getFontSize() {\r
 561         return this._fontSize;\r
 562     }\r
 563      //-- int getFontSize()\r
 564 \r
 565     /**\r
 566      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 567      *\r
 568      * @return int\r
 569      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 570      */\r
 571     public int getFontStyle() {\r
 572         return this._fontStyle;\r
 573     }\r
 574      //-- int getFontStyle()\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      * Returns the value of field 'height'.\r
 578      *\r
 579      * @return int\r
 580      * @return the value of field 'height'.\r
 581      */\r
 582     public int getHeight() {\r
 583         return this._height;\r
 584     }\r
 585      //-- int getHeight()\r
 586 \r
 587     /**\r
 588      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 589      *\r
 590      * @return boolean\r
 591      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 592      */\r
 593     public boolean getPidSelected() {\r
 594         return this._pidSelected;\r
 595     }\r
 596      //-- boolean getPidSelected()\r
 597 \r
 598     /**\r
 599      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 600      *\r
 601      * @return int\r
 602      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 603      */\r
 604     public int getPidThreshold() {\r
 605         return this._pidThreshold;\r
 606     }\r
 607      //-- int getPidThreshold()\r
 608 \r
 609     /**\r
 610      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 611      *\r
 612      * @return boolean\r
 613      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 614      */\r
 615     public boolean getRenderGaps() {\r
 616         return this._renderGaps;\r
 617     }\r
 618      //-- boolean getRenderGaps()\r
 619 \r
 620     /**\r
 621      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 622      *\r
 623      * @return boolean\r
 624      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 625      */\r
 626     public boolean getShowAnnotation() {\r
 627         return this._showAnnotation;\r
 628     }\r
 629      //-- boolean getShowAnnotation()\r
 630 \r
 631     /**\r
 632      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 633      *\r
 634      * @return boolean\r
 635      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 636      */\r
 637     public boolean getShowBoxes() {\r
 638         return this._showBoxes;\r
 639     }\r
 640      //-- boolean getShowBoxes()\r
 641 \r
 642     /**\r
 643      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 644      *\r
 645      * @return boolean\r
 646      * @return the value of field 'showColourText'.\r
 647      */\r
 648     public boolean getShowColourText() {\r
 649         return this._showColourText;\r
 650     }\r
 651      //-- boolean getShowColourText()\r
 652 \r
 653     /**\r
 654      * Returns the value of field 'showConservation'.\r
 655      *\r
 656      * @return boolean\r
 657      * @return the value of field 'showConservation'.\r
 658      */\r
 659     public boolean getShowConservation() {\r
 660         return this._showConservation;\r
 661     }\r
 662      //-- boolean getShowConservation()\r
 663 \r
 664     /**\r
 665      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 666      *\r
 667      * @return boolean\r
 668      * @return the value of field 'showFullId'.\r
 669      */\r
 670     public boolean getShowFullId() {\r
 671         return this._showFullId;\r
 672     }\r
 673      //-- boolean getShowFullId()\r
 674 \r
 675     /**\r
 676      * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
 677      *\r
 678      * @return boolean\r
 679      * @return the value of field 'showIdentity'.\r
 680      */\r
 681     public boolean getShowIdentity() {\r
 682         return this._showIdentity;\r
 683     }\r
 684      //-- boolean getShowIdentity()\r
 685 \r
 686     /**\r
 687      * Returns the value of field 'showQuality'.\r
 688      *\r
 689      * @return boolean\r
 690      * @return the value of field 'showQuality'.\r
 691      */\r
 692     public boolean getShowQuality() {\r
 693         return this._showQuality;\r
 694     }\r
 695      //-- boolean getShowQuality()\r
 696 \r
 697     /**\r
 698      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 699      *\r
 700      * @return boolean\r
 701      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 702      */\r
 703     public boolean getShowSequenceFeatures() {\r
 704         return this._showSequenceFeatures;\r
 705     }\r
 706      //-- boolean getShowSequenceFeatures()\r
 707 \r
 708     /**\r
 709      * Returns the value of field 'showText'.\r
 710      *\r
 711      * @return boolean\r
 712      * @return the value of field 'showText'.\r
 713      */\r
 714     public boolean getShowText() {\r
 715         return this._showText;\r
 716     }\r
 717      //-- boolean getShowText()\r
 718 \r
 719     /**\r
 720      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 721      *\r
 722      * @return int\r
 723      * @return the value of field 'startRes'.\r
 724      */\r
 725     public int getStartRes() {\r
 726         return this._startRes;\r
 727     }\r
 728      //-- int getStartRes()\r
 729 \r
 730     /**\r
 731      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 732      *\r
 733      * @return int\r
 734      * @return the value of field 'startSeq'.\r
 735      */\r
 736     public int getStartSeq() {\r
 737         return this._startSeq;\r
 738     }\r
 739      //-- int getStartSeq()\r
 740 \r
 741     /**\r
 742      * Returns the value of field 'title'.\r
 743      *\r
 744      * @return String\r
 745      * @return the value of field 'title'.\r
 746      */\r
 747     public java.lang.String getTitle() {\r
 748         return this._title;\r
 749     }\r
 750      //-- java.lang.String getTitle()\r
 751 \r
 752     /**\r
 753      * Returns the value of field 'width'.\r
 754      *\r
 755      * @return int\r
 756      * @return the value of field 'width'.\r
 757      */\r
 758     public int getWidth() {\r
 759         return this._width;\r
 760     }\r
 761      //-- int getWidth()\r
 762 \r
 763     /**\r
 764      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 765      *\r
 766      * @return boolean\r
 767      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 768      */\r
 769     public boolean getWrapAlignment() {\r
 770         return this._wrapAlignment;\r
 771     }\r
 772      //-- boolean getWrapAlignment()\r
 773 \r
 774     /**\r
 775      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 776      *\r
 777      * @return int\r
 778      * @return the value of field 'xpos'.\r
 779      */\r
 780     public int getXpos() {\r
 781         return this._xpos;\r
 782     }\r
 783      //-- int getXpos()\r
 784 \r
 785     /**\r
 786      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 787      *\r
 788      * @return int\r
 789      * @return the value of field 'ypos'.\r
 790      */\r
 791     public int getYpos() {\r
 792         return this._ypos;\r
 793     }\r
 794      //-- int getYpos()\r
 795 \r
 796     /**\r
 797      * Method hasConsThreshold\r
 798      *\r
 799      *\r
 800      *\r
 801      * @return boolean\r
 802      */\r
 803     public boolean hasConsThreshold() {\r
 804         return this._has_consThreshold;\r
 805     }\r
 806      //-- boolean hasConsThreshold()\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * Method hasConservationSelected\r
 810      *\r
 811      *\r
 812      *\r
 813      * @return boolean\r
 814      */\r
 815     public boolean hasConservationSelected() {\r
 816         return this._has_conservationSelected;\r
 817     }\r
 818      //-- boolean hasConservationSelected()\r
 819 \r
 820     /**\r
 821      * Method hasFontSize\r
 822      *\r
 823      *\r
 824      *\r
 825      * @return boolean\r
 826      */\r
 827     public boolean hasFontSize() {\r
 828         return this._has_fontSize;\r
 829     }\r
 830      //-- boolean hasFontSize()\r
 831 \r
 832     /**\r
 833      * Method hasFontStyle\r
 834      *\r
 835      *\r
 836      *\r
 837      * @return boolean\r
 838      */\r
 839     public boolean hasFontStyle() {\r
 840         return this._has_fontStyle;\r
 841     }\r
 842      //-- boolean hasFontStyle()\r
 843 \r
 844     /**\r
 845      * Method hasHeight\r
 846      *\r
 847      *\r
 848      *\r
 849      * @return boolean\r
 850      */\r
 851     public boolean hasHeight() {\r
 852         return this._has_height;\r
 853     }\r
 854      //-- boolean hasHeight()\r
 855 \r
 856     /**\r
 857      * Method hasPidSelected\r
 858      *\r
 859      *\r
 860      *\r
 861      * @return boolean\r
 862      */\r
 863     public boolean hasPidSelected() {\r
 864         return this._has_pidSelected;\r
 865     }\r
 866      //-- boolean hasPidSelected()\r
 867 \r
 868     /**\r
 869      * Method hasPidThreshold\r
 870      *\r
 871      *\r
 872      *\r
 873      * @return boolean\r
 874      */\r
 875     public boolean hasPidThreshold() {\r
 876         return this._has_pidThreshold;\r
 877     }\r
 878      //-- boolean hasPidThreshold()\r
 879 \r
 880     /**\r
 881      * Method hasRenderGaps\r
 882      *\r
 883      *\r
 884      *\r
 885      * @return boolean\r
 886      */\r
 887     public boolean hasRenderGaps() {\r
 888         return this._has_renderGaps;\r
 889     }\r
 890      //-- boolean hasRenderGaps()\r
 891 \r
 892     /**\r
 893      * Method hasShowAnnotation\r
 894      *\r
 895      *\r
 896      *\r
 897      * @return boolean\r
 898      */\r
 899     public boolean hasShowAnnotation() {\r
 900         return this._has_showAnnotation;\r
 901     }\r
 902      //-- boolean hasShowAnnotation()\r
 903 \r
 904     /**\r
 905      * Method hasShowBoxes\r
 906      *\r
 907      *\r
 908      *\r
 909      * @return boolean\r
 910      */\r
 911     public boolean hasShowBoxes() {\r
 912         return this._has_showBoxes;\r
 913     }\r
 914      //-- boolean hasShowBoxes()\r
 915 \r
 916     /**\r
 917      * Method hasShowColourText\r
 918      *\r
 919      *\r
 920      *\r
 921      * @return boolean\r
 922      */\r
 923     public boolean hasShowColourText() {\r
 924         return this._has_showColourText;\r
 925     }\r
 926      //-- boolean hasShowColourText()\r
 927 \r
 928     /**\r
 929      * Method hasShowConservation\r
 930      *\r
 931      *\r
 932      *\r
 933      * @return boolean\r
 934      */\r
 935     public boolean hasShowConservation() {\r
 936         return this._has_showConservation;\r
 937     }\r
 938      //-- boolean hasShowConservation()\r
 939 \r
 940     /**\r
 941      * Method hasShowFullId\r
 942      *\r
 943      *\r
 944      *\r
 945      * @return boolean\r
 946      */\r
 947     public boolean hasShowFullId() {\r
 948         return this._has_showFullId;\r
 949     }\r
 950      //-- boolean hasShowFullId()\r
 951 \r
 952     /**\r
 953      * Method hasShowIdentity\r
 954      *\r
 955      *\r
 956      *\r
 957      * @return boolean\r
 958      */\r
 959     public boolean hasShowIdentity() {\r
 960         return this._has_showIdentity;\r
 961     }\r
 962      //-- boolean hasShowIdentity()\r
 963 \r
 964     /**\r
 965      * Method hasShowQuality\r
 966      *\r
 967      *\r
 968      *\r
 969      * @return boolean\r
 970      */\r
 971     public boolean hasShowQuality() {\r
 972         return this._has_showQuality;\r
 973     }\r
 974      //-- boolean hasShowQuality()\r
 975 \r
 976     /**\r
 977      * Method hasShowSequenceFeatures\r
 978      *\r
 979      *\r
 980      *\r
 981      * @return boolean\r
 982      */\r
 983     public boolean hasShowSequenceFeatures() {\r
 984         return this._has_showSequenceFeatures;\r
 985     }\r
 986      //-- boolean hasShowSequenceFeatures()\r
 987 \r
 988     /**\r
 989      * Method hasShowText\r
 990      *\r
 991      *\r
 992      *\r
 993      * @return boolean\r
 994      */\r
 995     public boolean hasShowText() {\r
 996         return this._has_showText;\r
 997     }\r
 998      //-- boolean hasShowText()\r
 999 \r
1000     /**\r
1001      * Method hasStartRes\r
1002      *\r
1003      *\r
1004      *\r
1005      * @return boolean\r
1006      */\r
1007     public boolean hasStartRes() {\r
1008         return this._has_startRes;\r
1009     }\r
1010      //-- boolean hasStartRes()\r
1011 \r
1012     /**\r
1013      * Method hasStartSeq\r
1014      *\r
1015      *\r
1016      *\r
1017      * @return boolean\r
1018      */\r
1019     public boolean hasStartSeq() {\r
1020         return this._has_startSeq;\r
1021     }\r
1022      //-- boolean hasStartSeq()\r
1023 \r
1024     /**\r
1025      * Method hasWidth\r
1026      *\r
1027      *\r
1028      *\r
1029      * @return boolean\r
1030      */\r
1031     public boolean hasWidth() {\r
1032         return this._has_width;\r
1033     }\r
1034      //-- boolean hasWidth()\r
1035 \r
1036     /**\r
1037      * Method hasWrapAlignment\r
1038      *\r
1039      *\r
1040      *\r
1041      * @return boolean\r
1042      */\r
1043     public boolean hasWrapAlignment() {\r
1044         return this._has_wrapAlignment;\r
1045     }\r
1046      //-- boolean hasWrapAlignment()\r
1047 \r
1048     /**\r
1049      * Method hasXpos\r
1050      *\r
1051      *\r
1052      *\r
1053      * @return boolean\r
1054      */\r
1055     public boolean hasXpos() {\r
1056         return this._has_xpos;\r
1057     }\r
1058      //-- boolean hasXpos()\r
1059 \r
1060     /**\r
1061      * Method hasYpos\r
1062      *\r
1063      *\r
1064      *\r
1065      * @return boolean\r
1066      */\r
1067     public boolean hasYpos() {\r
1068         return this._has_ypos;\r
1069     }\r
1070      //-- boolean hasYpos()\r
1071 \r
1072     /**\r
1073      * Method isValid\r
1074      *\r
1075      *\r
1076      *\r
1077      * @return boolean\r
1078      */\r
1079     public boolean isValid() {\r
1080         try {\r
1081             validate();\r
1082         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1083             return false;\r
1084         }\r
1085 \r
1086         return true;\r
1087     }\r
1088      //-- boolean isValid()\r
1089 \r
1090     /**\r
1091      * Method marshal\r
1092      *\r
1093      *\r
1094      *\r
1095      * @param out\r
1096      */\r
1097     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1098         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
1099             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1100         Marshaller.marshal(this, out);\r
1101     }\r
1102      //-- void marshal(java.io.Writer)\r
1103 \r
1104     /**\r
1105      * Method marshal\r
1106      *\r
1107      *\r
1108      *\r
1109      * @param handler\r
1110      */\r
1111     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1112         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
1113             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1114         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1115     }\r
1116      //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
1117 \r
1118     /**\r
1119      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1120      *\r
1121      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1122      */\r
1123     public void setBgColour(java.lang.String bgColour) {\r
1124         this._bgColour = bgColour;\r
1125     }\r
1126      //-- void setBgColour(java.lang.String)\r
1127 \r
1128     /**\r
1129      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1130      *\r
1131      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1132      */\r
1133     public void setConsThreshold(int consThreshold) {\r
1134         this._consThreshold = consThreshold;\r
1135         this._has_consThreshold = true;\r
1136     }\r
1137      //-- void setConsThreshold(int)\r
1138 \r
1139     /**\r
1140      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1141      *\r
1142      * @param conservationSelected the value of field\r
1143      * 'conservationSelected'.\r
1144      */\r
1145     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected) {\r
1146         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1147         this._has_conservationSelected = true;\r
1148     }\r
1149      //-- void setConservationSelected(boolean)\r
1150 \r
1151     /**\r
1152      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1153      *\r
1154      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1155      */\r
1156     public void setFontName(java.lang.String fontName) {\r
1157         this._fontName = fontName;\r
1158     }\r
1159      //-- void setFontName(java.lang.String)\r
1160 \r
1161     /**\r
1162      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1163      *\r
1164      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1165      */\r
1166     public void setFontSize(int fontSize) {\r
1167         this._fontSize = fontSize;\r
1168         this._has_fontSize = true;\r
1169     }\r
1170      //-- void setFontSize(int)\r
1171 \r
1172     /**\r
1173      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1174      *\r
1175      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1176      */\r
1177     public void setFontStyle(int fontStyle) {\r
1178         this._fontStyle = fontStyle;\r
1179         this._has_fontStyle = true;\r
1180     }\r
1181      //-- void setFontStyle(int)\r
1182 \r
1183     /**\r
1184      * Sets the value of field 'height'.\r
1185      *\r
1186      * @param height the value of field 'height'.\r
1187      */\r
1188     public void setHeight(int height) {\r
1189         this._height = height;\r
1190         this._has_height = true;\r
1191     }\r
1192      //-- void setHeight(int)\r
1193 \r
1194     /**\r
1195      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1196      *\r
1197      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1198      */\r
1199     public void setPidSelected(boolean pidSelected) {\r
1200         this._pidSelected = pidSelected;\r
1201         this._has_pidSelected = true;\r
1202     }\r
1203      //-- void setPidSelected(boolean)\r
1204 \r
1205     /**\r
1206      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1207      *\r
1208      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1209      */\r
1210     public void setPidThreshold(int pidThreshold) {\r
1211         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1212         this._has_pidThreshold = true;\r
1213     }\r
1214      //-- void setPidThreshold(int)\r
1215 \r
1216     /**\r
1217      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1218      *\r
1219      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1220      */\r
1221     public void setRenderGaps(boolean renderGaps) {\r
1222         this._renderGaps = renderGaps;\r
1223         this._has_renderGaps = true;\r
1224     }\r
1225      //-- void setRenderGaps(boolean)\r
1226 \r
1227     /**\r
1228      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1229      *\r
1230      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1231      */\r
1232     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation) {\r
1233         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1234         this._has_showAnnotation = true;\r
1235     }\r
1236      //-- void setShowAnnotation(boolean)\r
1237 \r
1238     /**\r
1239      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1240      *\r
1241      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1242      */\r
1243     public void setShowBoxes(boolean showBoxes) {\r
1244         this._showBoxes = showBoxes;\r
1245         this._has_showBoxes = true;\r
1246     }\r
1247      //-- void setShowBoxes(boolean)\r
1248 \r
1249     /**\r
1250      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1251      *\r
1252      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1253      */\r
1254     public void setShowColourText(boolean showColourText) {\r
1255         this._showColourText = showColourText;\r
1256         this._has_showColourText = true;\r
1257     }\r
1258      //-- void setShowColourText(boolean)\r
1259 \r
1260     /**\r
1261      * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1262      *\r
1263      * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1264      */\r
1265     public void setShowConservation(boolean showConservation) {\r
1266         this._showConservation = showConservation;\r
1267         this._has_showConservation = true;\r
1268     }\r
1269      //-- void setShowConservation(boolean)\r
1270 \r
1271     /**\r
1272      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1273      *\r
1274      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1275      */\r
1276     public void setShowFullId(boolean showFullId) {\r
1277         this._showFullId = showFullId;\r
1278         this._has_showFullId = true;\r
1279     }\r
1280      //-- void setShowFullId(boolean)\r
1281 \r
1282     /**\r
1283      * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1284      *\r
1285      * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1286      */\r
1287     public void setShowIdentity(boolean showIdentity) {\r
1288         this._showIdentity = showIdentity;\r
1289         this._has_showIdentity = true;\r
1290     }\r
1291      //-- void setShowIdentity(boolean)\r
1292 \r
1293     /**\r
1294      * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1295      *\r
1296      * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1297      */\r
1298     public void setShowQuality(boolean showQuality) {\r
1299         this._showQuality = showQuality;\r
1300         this._has_showQuality = true;\r
1301     }\r
1302      //-- void setShowQuality(boolean)\r
1303 \r
1304     /**\r
1305      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1306      *\r
1307      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1308      * 'showSequenceFeatures'.\r
1309      */\r
1310     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures) {\r
1311         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1312         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1313     }\r
1314      //-- void setShowSequenceFeatures(boolean)\r
1315 \r
1316     /**\r
1317      * Sets the value of field 'showText'.\r
1318      *\r
1319      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1320      */\r
1321     public void setShowText(boolean showText) {\r
1322         this._showText = showText;\r
1323         this._has_showText = true;\r
1324     }\r
1325      //-- void setShowText(boolean)\r
1326 \r
1327     /**\r
1328      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1329      *\r
1330      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1331      */\r
1332     public void setStartRes(int startRes) {\r
1333         this._startRes = startRes;\r
1334         this._has_startRes = true;\r
1335     }\r
1336      //-- void setStartRes(int)\r
1337 \r
1338     /**\r
1339      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1340      *\r
1341      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1342      */\r
1343     public void setStartSeq(int startSeq) {\r
1344         this._startSeq = startSeq;\r
1345         this._has_startSeq = true;\r
1346     }\r
1347      //-- void setStartSeq(int)\r
1348 \r
1349     /**\r
1350      * Sets the value of field 'title'.\r
1351      *\r
1352      * @param title the value of field 'title'.\r
1353      */\r
1354     public void setTitle(java.lang.String title) {\r
1355         this._title = title;\r
1356     }\r
1357      //-- void setTitle(java.lang.String)\r
1358 \r
1359     /**\r
1360      * Sets the value of field 'width'.\r
1361      *\r
1362      * @param width the value of field 'width'.\r
1363      */\r
1364     public void setWidth(int width) {\r
1365         this._width = width;\r
1366         this._has_width = true;\r
1367     }\r
1368      //-- void setWidth(int)\r
1369 \r
1370     /**\r
1371      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1372      *\r
1373      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1374      */\r
1375     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment) {\r
1376         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1377         this._has_wrapAlignment = true;\r
1378     }\r
1379      //-- void setWrapAlignment(boolean)\r
1380 \r
1381     /**\r
1382      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1383      *\r
1384      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1385      */\r
1386     public void setXpos(int xpos) {\r
1387         this._xpos = xpos;\r
1388         this._has_xpos = true;\r
1389     }\r
1390      //-- void setXpos(int)\r
1391 \r
1392     /**\r
1393      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1394      *\r
1395      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1396      */\r
1397     public void setYpos(int ypos) {\r
1398         this._ypos = ypos;\r
1399         this._has_ypos = true;\r
1400     }\r
1401      //-- void setYpos(int)\r
1402 \r
1403     /**\r
1404      * Method unmarshal\r
1405      *\r
1406      *\r
1407      *\r
1408      * @param reader\r
1409      * @return Object\r
1410      */\r
1411     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1412         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
1413             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1414         return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Viewport.class,\r
1415             reader);\r
1416     }\r
1417      //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
1418 \r
1419     /**\r
1420      * Method validate\r
1421      *\r
1422      */\r
1423     public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1424         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1425         validator.validate(this);\r
1426     }\r
1427      //-- void validate()\r
1428 }\r