src/jalview/binding/Viewport.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 /*\r
  21  * This class was automatically generated with\r
  22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  23  * Schema.\r
  24  * $Id$\r
  25  */\r
  26 \r
  27 \r
  28 package jalview.binding;\r
  29 \r
  30   //---------------------------------/\r
  31  //- Imported classes and packages -/\r
  32 //---------------------------------/\r
  33 \r
  34 import java.io.IOException;\r
  35 import java.io.Reader;\r
  36 import java.io.Serializable;\r
  37 import java.io.Writer;\r
  38 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  39 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  40 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  41 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  42 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  43 \r
  44 /**\r
  45  * Class Viewport.\r
  46  *\r
  47  * @version $Revision$ $Date$\r
  48  */\r
  49 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  50 \r
  51 \r
  52       //--------------------------/\r
  53      //- Class/Member Variables -/\r
  54     //--------------------------/\r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Field _conservationSelected\r
  58      */\r
  59     private boolean _conservationSelected;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  63      */\r
  64     private boolean _has_conservationSelected;\r
  65 \r
  66     /**\r
  67      * Field _pidSelected\r
  68      */\r
  69     private boolean _pidSelected;\r
  70 \r
  71     /**\r
  72      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  73      */\r
  74     private boolean _has_pidSelected;\r
  75 \r
  76     /**\r
  77      * Field _bgColour\r
  78      */\r
  79     private java.lang.String _bgColour;\r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * Field _consThreshold\r
  83      */\r
  84     private int _consThreshold;\r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  88      */\r
  89     private boolean _has_consThreshold;\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * Field _pidThreshold\r
  93      */\r
  94     private int _pidThreshold;\r
  95 \r
  96     /**\r
  97      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  98      */\r
  99     private boolean _has_pidThreshold;\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * Field _title\r
 103      */\r
 104     private java.lang.String _title;\r
 105 \r
 106     /**\r
 107      * Field _showFullId\r
 108      */\r
 109     private boolean _showFullId;\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * keeps track of state for field: _showFullId\r
 113      */\r
 114     private boolean _has_showFullId;\r
 115 \r
 116     /**\r
 117      * Field _showText\r
 118      */\r
 119     private boolean _showText;\r
 120 \r
 121     /**\r
 122      * keeps track of state for field: _showText\r
 123      */\r
 124     private boolean _has_showText;\r
 125 \r
 126     /**\r
 127      * Field _showColourText\r
 128      */\r
 129     private boolean _showColourText;\r
 130 \r
 131     /**\r
 132      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 133      */\r
 134     private boolean _has_showColourText;\r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * Field _showBoxes\r
 138      */\r
 139     private boolean _showBoxes;\r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 143      */\r
 144     private boolean _has_showBoxes;\r
 145 \r
 146     /**\r
 147      * Field _wrapAlignment\r
 148      */\r
 149     private boolean _wrapAlignment;\r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 153      */\r
 154     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 155 \r
 156     /**\r
 157      * Field _renderGaps\r
 158      */\r
 159     private boolean _renderGaps;\r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 163      */\r
 164     private boolean _has_renderGaps;\r
 165 \r
 166     /**\r
 167      * Field _showSequenceFeatures\r
 168      */\r
 169     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 173      */\r
 174     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * Field _showAnnotation\r
 178      */\r
 179     private boolean _showAnnotation;\r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 183      */\r
 184     private boolean _has_showAnnotation;\r
 185 \r
 186     /**\r
 187      * Field _showConservation\r
 188      */\r
 189     private boolean _showConservation;\r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * keeps track of state for field: _showConservation\r
 193      */\r
 194     private boolean _has_showConservation;\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * Field _showQuality\r
 198      */\r
 199     private boolean _showQuality;\r
 200 \r
 201     /**\r
 202      * keeps track of state for field: _showQuality\r
 203      */\r
 204     private boolean _has_showQuality;\r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * Field _showIdentity\r
 208      */\r
 209     private boolean _showIdentity;\r
 210 \r
 211     /**\r
 212      * keeps track of state for field: _showIdentity\r
 213      */\r
 214     private boolean _has_showIdentity;\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      * Field _xpos\r
 218      */\r
 219     private int _xpos;\r
 220 \r
 221     /**\r
 222      * keeps track of state for field: _xpos\r
 223      */\r
 224     private boolean _has_xpos;\r
 225 \r
 226     /**\r
 227      * Field _ypos\r
 228      */\r
 229     private int _ypos;\r
 230 \r
 231     /**\r
 232      * keeps track of state for field: _ypos\r
 233      */\r
 234     private boolean _has_ypos;\r
 235 \r
 236     /**\r
 237      * Field _width\r
 238      */\r
 239     private int _width;\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * keeps track of state for field: _width\r
 243      */\r
 244     private boolean _has_width;\r
 245 \r
 246     /**\r
 247      * Field _height\r
 248      */\r
 249     private int _height;\r
 250 \r
 251     /**\r
 252      * keeps track of state for field: _height\r
 253      */\r
 254     private boolean _has_height;\r
 255 \r
 256     /**\r
 257      * Field _startRes\r
 258      */\r
 259     private int _startRes;\r
 260 \r
 261     /**\r
 262      * keeps track of state for field: _startRes\r
 263      */\r
 264     private boolean _has_startRes;\r
 265 \r
 266     /**\r
 267      * Field _startSeq\r
 268      */\r
 269     private int _startSeq;\r
 270 \r
 271     /**\r
 272      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 273      */\r
 274     private boolean _has_startSeq;\r
 275 \r
 276     /**\r
 277      * Field _fontName\r
 278      */\r
 279     private java.lang.String _fontName;\r
 280 \r
 281     /**\r
 282      * Field _fontSize\r
 283      */\r
 284     private int _fontSize;\r
 285 \r
 286     /**\r
 287      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 288      */\r
 289     private boolean _has_fontSize;\r
 290 \r
 291     /**\r
 292      * Field _fontStyle\r
 293      */\r
 294     private int _fontStyle;\r
 295 \r
 296     /**\r
 297      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 298      */\r
 299     private boolean _has_fontStyle;\r
 300 \r
 301 \r
 302       //----------------/\r
 303      //- Constructors -/\r
 304     //----------------/\r
 305 \r
 306     public Viewport() {\r
 307         super();\r
 308     } //-- jalview.binding.Viewport()\r
 309 \r
 310 \r
 311       //-----------/\r
 312      //- Methods -/\r
 313     //-----------/\r
 314 \r
 315     /**\r
 316      * Method deleteConsThreshold\r
 317      *\r
 318      */\r
 319     public void deleteConsThreshold()\r
 320     {\r
 321         this._has_consThreshold= false;\r
 322     } //-- void deleteConsThreshold()\r
 323 \r
 324     /**\r
 325      * Method deleteConservationSelected\r
 326      *\r
 327      */\r
 328     public void deleteConservationSelected()\r
 329     {\r
 330         this._has_conservationSelected= false;\r
 331     } //-- void deleteConservationSelected()\r
 332 \r
 333     /**\r
 334      * Method deleteFontSize\r
 335      *\r
 336      */\r
 337     public void deleteFontSize()\r
 338     {\r
 339         this._has_fontSize= false;\r
 340     } //-- void deleteFontSize()\r
 341 \r
 342     /**\r
 343      * Method deleteFontStyle\r
 344      *\r
 345      */\r
 346     public void deleteFontStyle()\r
 347     {\r
 348         this._has_fontStyle= false;\r
 349     } //-- void deleteFontStyle()\r
 350 \r
 351     /**\r
 352      * Method deleteHeight\r
 353      *\r
 354      */\r
 355     public void deleteHeight()\r
 356     {\r
 357         this._has_height= false;\r
 358     } //-- void deleteHeight()\r
 359 \r
 360     /**\r
 361      * Method deletePidSelected\r
 362      *\r
 363      */\r
 364     public void deletePidSelected()\r
 365     {\r
 366         this._has_pidSelected= false;\r
 367     } //-- void deletePidSelected()\r
 368 \r
 369     /**\r
 370      * Method deletePidThreshold\r
 371      *\r
 372      */\r
 373     public void deletePidThreshold()\r
 374     {\r
 375         this._has_pidThreshold= false;\r
 376     } //-- void deletePidThreshold()\r
 377 \r
 378     /**\r
 379      * Method deleteRenderGaps\r
 380      *\r
 381      */\r
 382     public void deleteRenderGaps()\r
 383     {\r
 384         this._has_renderGaps= false;\r
 385     } //-- void deleteRenderGaps()\r
 386 \r
 387     /**\r
 388      * Method deleteShowAnnotation\r
 389      *\r
 390      */\r
 391     public void deleteShowAnnotation()\r
 392     {\r
 393         this._has_showAnnotation= false;\r
 394     } //-- void deleteShowAnnotation()\r
 395 \r
 396     /**\r
 397      * Method deleteShowBoxes\r
 398      *\r
 399      */\r
 400     public void deleteShowBoxes()\r
 401     {\r
 402         this._has_showBoxes= false;\r
 403     } //-- void deleteShowBoxes()\r
 404 \r
 405     /**\r
 406      * Method deleteShowColourText\r
 407      *\r
 408      */\r
 409     public void deleteShowColourText()\r
 410     {\r
 411         this._has_showColourText= false;\r
 412     } //-- void deleteShowColourText()\r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * Method deleteShowConservation\r
 416      *\r
 417      */\r
 418     public void deleteShowConservation()\r
 419     {\r
 420         this._has_showConservation= false;\r
 421     } //-- void deleteShowConservation()\r
 422 \r
 423     /**\r
 424      * Method deleteShowFullId\r
 425      *\r
 426      */\r
 427     public void deleteShowFullId()\r
 428     {\r
 429         this._has_showFullId= false;\r
 430     } //-- void deleteShowFullId()\r
 431 \r
 432     /**\r
 433      * Method deleteShowIdentity\r
 434      *\r
 435      */\r
 436     public void deleteShowIdentity()\r
 437     {\r
 438         this._has_showIdentity= false;\r
 439     } //-- void deleteShowIdentity()\r
 440 \r
 441     /**\r
 442      * Method deleteShowQuality\r
 443      *\r
 444      */\r
 445     public void deleteShowQuality()\r
 446     {\r
 447         this._has_showQuality= false;\r
 448     } //-- void deleteShowQuality()\r
 449 \r
 450     /**\r
 451      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 452      *\r
 453      */\r
 454     public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 455     {\r
 456         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 457     } //-- void deleteShowSequenceFeatures()\r
 458 \r
 459     /**\r
 460      * Method deleteShowText\r
 461      *\r
 462      */\r
 463     public void deleteShowText()\r
 464     {\r
 465         this._has_showText= false;\r
 466     } //-- void deleteShowText()\r
 467 \r
 468     /**\r
 469      * Method deleteStartRes\r
 470      *\r
 471      */\r
 472     public void deleteStartRes()\r
 473     {\r
 474         this._has_startRes= false;\r
 475     } //-- void deleteStartRes()\r
 476 \r
 477     /**\r
 478      * Method deleteStartSeq\r
 479      *\r
 480      */\r
 481     public void deleteStartSeq()\r
 482     {\r
 483         this._has_startSeq= false;\r
 484     } //-- void deleteStartSeq()\r
 485 \r
 486     /**\r
 487      * Method deleteWidth\r
 488      *\r
 489      */\r
 490     public void deleteWidth()\r
 491     {\r
 492         this._has_width= false;\r
 493     } //-- void deleteWidth()\r
 494 \r
 495     /**\r
 496      * Method deleteWrapAlignment\r
 497      *\r
 498      */\r
 499     public void deleteWrapAlignment()\r
 500     {\r
 501         this._has_wrapAlignment= false;\r
 502     } //-- void deleteWrapAlignment()\r
 503 \r
 504     /**\r
 505      * Method deleteXpos\r
 506      *\r
 507      */\r
 508     public void deleteXpos()\r
 509     {\r
 510         this._has_xpos= false;\r
 511     } //-- void deleteXpos()\r
 512 \r
 513     /**\r
 514      * Method deleteYpos\r
 515      *\r
 516      */\r
 517     public void deleteYpos()\r
 518     {\r
 519         this._has_ypos= false;\r
 520     } //-- void deleteYpos()\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 524      *\r
 525      * @return String\r
 526      * @return the value of field 'bgColour'.\r
 527      */\r
 528     public java.lang.String getBgColour()\r
 529     {\r
 530         return this._bgColour;\r
 531     } //-- java.lang.String getBgColour()\r
 532 \r
 533     /**\r
 534      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 535      *\r
 536      * @return int\r
 537      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 538      */\r
 539     public int getConsThreshold()\r
 540     {\r
 541         return this._consThreshold;\r
 542     } //-- int getConsThreshold()\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 546      *\r
 547      * @return boolean\r
 548      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 549      */\r
 550     public boolean getConservationSelected()\r
 551     {\r
 552         return this._conservationSelected;\r
 553     } //-- boolean getConservationSelected()\r
 554 \r
 555     /**\r
 556      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 557      *\r
 558      * @return String\r
 559      * @return the value of field 'fontName'.\r
 560      */\r
 561     public java.lang.String getFontName()\r
 562     {\r
 563         return this._fontName;\r
 564     } //-- java.lang.String getFontName()\r
 565 \r
 566     /**\r
 567      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 568      *\r
 569      * @return int\r
 570      * @return the value of field 'fontSize'.\r
 571      */\r
 572     public int getFontSize()\r
 573     {\r
 574         return this._fontSize;\r
 575     } //-- int getFontSize()\r
 576 \r
 577     /**\r
 578      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 579      *\r
 580      * @return int\r
 581      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 582      */\r
 583     public int getFontStyle()\r
 584     {\r
 585         return this._fontStyle;\r
 586     } //-- int getFontStyle()\r
 587 \r
 588     /**\r
 589      * Returns the value of field 'height'.\r
 590      *\r
 591      * @return int\r
 592      * @return the value of field 'height'.\r
 593      */\r
 594     public int getHeight()\r
 595     {\r
 596         return this._height;\r
 597     } //-- int getHeight()\r
 598 \r
 599     /**\r
 600      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 601      *\r
 602      * @return boolean\r
 603      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 604      */\r
 605     public boolean getPidSelected()\r
 606     {\r
 607         return this._pidSelected;\r
 608     } //-- boolean getPidSelected()\r
 609 \r
 610     /**\r
 611      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 612      *\r
 613      * @return int\r
 614      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 615      */\r
 616     public int getPidThreshold()\r
 617     {\r
 618         return this._pidThreshold;\r
 619     } //-- int getPidThreshold()\r
 620 \r
 621     /**\r
 622      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 623      *\r
 624      * @return boolean\r
 625      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 626      */\r
 627     public boolean getRenderGaps()\r
 628     {\r
 629         return this._renderGaps;\r
 630     } //-- boolean getRenderGaps()\r
 631 \r
 632     /**\r
 633      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 634      *\r
 635      * @return boolean\r
 636      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 637      */\r
 638     public boolean getShowAnnotation()\r
 639     {\r
 640         return this._showAnnotation;\r
 641     } //-- boolean getShowAnnotation()\r
 642 \r
 643     /**\r
 644      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 645      *\r
 646      * @return boolean\r
 647      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 648      */\r
 649     public boolean getShowBoxes()\r
 650     {\r
 651         return this._showBoxes;\r
 652     } //-- boolean getShowBoxes()\r
 653 \r
 654     /**\r
 655      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 656      *\r
 657      * @return boolean\r
 658      * @return the value of field 'showColourText'.\r
 659      */\r
 660     public boolean getShowColourText()\r
 661     {\r
 662         return this._showColourText;\r
 663     } //-- boolean getShowColourText()\r
 664 \r
 665     /**\r
 666      * Returns the value of field 'showConservation'.\r
 667      *\r
 668      * @return boolean\r
 669      * @return the value of field 'showConservation'.\r
 670      */\r
 671     public boolean getShowConservation()\r
 672     {\r
 673         return this._showConservation;\r
 674     } //-- boolean getShowConservation()\r
 675 \r
 676     /**\r
 677      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 678      *\r
 679      * @return boolean\r
 680      * @return the value of field 'showFullId'.\r
 681      */\r
 682     public boolean getShowFullId()\r
 683     {\r
 684         return this._showFullId;\r
 685     } //-- boolean getShowFullId()\r
 686 \r
 687     /**\r
 688      * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
 689      *\r
 690      * @return boolean\r
 691      * @return the value of field 'showIdentity'.\r
 692      */\r
 693     public boolean getShowIdentity()\r
 694     {\r
 695         return this._showIdentity;\r
 696     } //-- boolean getShowIdentity()\r
 697 \r
 698     /**\r
 699      * Returns the value of field 'showQuality'.\r
 700      *\r
 701      * @return boolean\r
 702      * @return the value of field 'showQuality'.\r
 703      */\r
 704     public boolean getShowQuality()\r
 705     {\r
 706         return this._showQuality;\r
 707     } //-- boolean getShowQuality()\r
 708 \r
 709     /**\r
 710      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 711      *\r
 712      * @return boolean\r
 713      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 714      */\r
 715     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 716     {\r
 717         return this._showSequenceFeatures;\r
 718     } //-- boolean getShowSequenceFeatures()\r
 719 \r
 720     /**\r
 721      * Returns the value of field 'showText'.\r
 722      *\r
 723      * @return boolean\r
 724      * @return the value of field 'showText'.\r
 725      */\r
 726     public boolean getShowText()\r
 727     {\r
 728         return this._showText;\r
 729     } //-- boolean getShowText()\r
 730 \r
 731     /**\r
 732      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 733      *\r
 734      * @return int\r
 735      * @return the value of field 'startRes'.\r
 736      */\r
 737     public int getStartRes()\r
 738     {\r
 739         return this._startRes;\r
 740     } //-- int getStartRes()\r
 741 \r
 742     /**\r
 743      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 744      *\r
 745      * @return int\r
 746      * @return the value of field 'startSeq'.\r
 747      */\r
 748     public int getStartSeq()\r
 749     {\r
 750         return this._startSeq;\r
 751     } //-- int getStartSeq()\r
 752 \r
 753     /**\r
 754      * Returns the value of field 'title'.\r
 755      *\r
 756      * @return String\r
 757      * @return the value of field 'title'.\r
 758      */\r
 759     public java.lang.String getTitle()\r
 760     {\r
 761         return this._title;\r
 762     } //-- java.lang.String getTitle()\r
 763 \r
 764     /**\r
 765      * Returns the value of field 'width'.\r
 766      *\r
 767      * @return int\r
 768      * @return the value of field 'width'.\r
 769      */\r
 770     public int getWidth()\r
 771     {\r
 772         return this._width;\r
 773     } //-- int getWidth()\r
 774 \r
 775     /**\r
 776      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 777      *\r
 778      * @return boolean\r
 779      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 780      */\r
 781     public boolean getWrapAlignment()\r
 782     {\r
 783         return this._wrapAlignment;\r
 784     } //-- boolean getWrapAlignment()\r
 785 \r
 786     /**\r
 787      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 788      *\r
 789      * @return int\r
 790      * @return the value of field 'xpos'.\r
 791      */\r
 792     public int getXpos()\r
 793     {\r
 794         return this._xpos;\r
 795     } //-- int getXpos()\r
 796 \r
 797     /**\r
 798      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 799      *\r
 800      * @return int\r
 801      * @return the value of field 'ypos'.\r
 802      */\r
 803     public int getYpos()\r
 804     {\r
 805         return this._ypos;\r
 806     } //-- int getYpos()\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * Method hasConsThreshold\r
 810      *\r
 811      *\r
 812      *\r
 813      * @return boolean\r
 814      */\r
 815     public boolean hasConsThreshold()\r
 816     {\r
 817         return this._has_consThreshold;\r
 818     } //-- boolean hasConsThreshold()\r
 819 \r
 820     /**\r
 821      * Method hasConservationSelected\r
 822      *\r
 823      *\r
 824      *\r
 825      * @return boolean\r
 826      */\r
 827     public boolean hasConservationSelected()\r
 828     {\r
 829         return this._has_conservationSelected;\r
 830     } //-- boolean hasConservationSelected()\r
 831 \r
 832     /**\r
 833      * Method hasFontSize\r
 834      *\r
 835      *\r
 836      *\r
 837      * @return boolean\r
 838      */\r
 839     public boolean hasFontSize()\r
 840     {\r
 841         return this._has_fontSize;\r
 842     } //-- boolean hasFontSize()\r
 843 \r
 844     /**\r
 845      * Method hasFontStyle\r
 846      *\r
 847      *\r
 848      *\r
 849      * @return boolean\r
 850      */\r
 851     public boolean hasFontStyle()\r
 852     {\r
 853         return this._has_fontStyle;\r
 854     } //-- boolean hasFontStyle()\r
 855 \r
 856     /**\r
 857      * Method hasHeight\r
 858      *\r
 859      *\r
 860      *\r
 861      * @return boolean\r
 862      */\r
 863     public boolean hasHeight()\r
 864     {\r
 865         return this._has_height;\r
 866     } //-- boolean hasHeight()\r
 867 \r
 868     /**\r
 869      * Method hasPidSelected\r
 870      *\r
 871      *\r
 872      *\r
 873      * @return boolean\r
 874      */\r
 875     public boolean hasPidSelected()\r
 876     {\r
 877         return this._has_pidSelected;\r
 878     } //-- boolean hasPidSelected()\r
 879 \r
 880     /**\r
 881      * Method hasPidThreshold\r
 882      *\r
 883      *\r
 884      *\r
 885      * @return boolean\r
 886      */\r
 887     public boolean hasPidThreshold()\r
 888     {\r
 889         return this._has_pidThreshold;\r
 890     } //-- boolean hasPidThreshold()\r
 891 \r
 892     /**\r
 893      * Method hasRenderGaps\r
 894      *\r
 895      *\r
 896      *\r
 897      * @return boolean\r
 898      */\r
 899     public boolean hasRenderGaps()\r
 900     {\r
 901         return this._has_renderGaps;\r
 902     } //-- boolean hasRenderGaps()\r
 903 \r
 904     /**\r
 905      * Method hasShowAnnotation\r
 906      *\r
 907      *\r
 908      *\r
 909      * @return boolean\r
 910      */\r
 911     public boolean hasShowAnnotation()\r
 912     {\r
 913         return this._has_showAnnotation;\r
 914     } //-- boolean hasShowAnnotation()\r
 915 \r
 916     /**\r
 917      * Method hasShowBoxes\r
 918      *\r
 919      *\r
 920      *\r
 921      * @return boolean\r
 922      */\r
 923     public boolean hasShowBoxes()\r
 924     {\r
 925         return this._has_showBoxes;\r
 926     } //-- boolean hasShowBoxes()\r
 927 \r
 928     /**\r
 929      * Method hasShowColourText\r
 930      *\r
 931      *\r
 932      *\r
 933      * @return boolean\r
 934      */\r
 935     public boolean hasShowColourText()\r
 936     {\r
 937         return this._has_showColourText;\r
 938     } //-- boolean hasShowColourText()\r
 939 \r
 940     /**\r
 941      * Method hasShowConservation\r
 942      *\r
 943      *\r
 944      *\r
 945      * @return boolean\r
 946      */\r
 947     public boolean hasShowConservation()\r
 948     {\r
 949         return this._has_showConservation;\r
 950     } //-- boolean hasShowConservation()\r
 951 \r
 952     /**\r
 953      * Method hasShowFullId\r
 954      *\r
 955      *\r
 956      *\r
 957      * @return boolean\r
 958      */\r
 959     public boolean hasShowFullId()\r
 960     {\r
 961         return this._has_showFullId;\r
 962     } //-- boolean hasShowFullId()\r
 963 \r
 964     /**\r
 965      * Method hasShowIdentity\r
 966      *\r
 967      *\r
 968      *\r
 969      * @return boolean\r
 970      */\r
 971     public boolean hasShowIdentity()\r
 972     {\r
 973         return this._has_showIdentity;\r
 974     } //-- boolean hasShowIdentity()\r
 975 \r
 976     /**\r
 977      * Method hasShowQuality\r
 978      *\r
 979      *\r
 980      *\r
 981      * @return boolean\r
 982      */\r
 983     public boolean hasShowQuality()\r
 984     {\r
 985         return this._has_showQuality;\r
 986     } //-- boolean hasShowQuality()\r
 987 \r
 988     /**\r
 989      * Method hasShowSequenceFeatures\r
 990      *\r
 991      *\r
 992      *\r
 993      * @return boolean\r
 994      */\r
 995     public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
 996     {\r
 997         return this._has_showSequenceFeatures;\r
 998     } //-- boolean hasShowSequenceFeatures()\r
 999 \r
1000     /**\r
1001      * Method hasShowText\r
1002      *\r
1003      *\r
1004      *\r
1005      * @return boolean\r
1006      */\r
1007     public boolean hasShowText()\r
1008     {\r
1009         return this._has_showText;\r
1010     } //-- boolean hasShowText()\r
1011 \r
1012     /**\r
1013      * Method hasStartRes\r
1014      *\r
1015      *\r
1016      *\r
1017      * @return boolean\r
1018      */\r
1019     public boolean hasStartRes()\r
1020     {\r
1021         return this._has_startRes;\r
1022     } //-- boolean hasStartRes()\r
1023 \r
1024     /**\r
1025      * Method hasStartSeq\r
1026      *\r
1027      *\r
1028      *\r
1029      * @return boolean\r
1030      */\r
1031     public boolean hasStartSeq()\r
1032     {\r
1033         return this._has_startSeq;\r
1034     } //-- boolean hasStartSeq()\r
1035 \r
1036     /**\r
1037      * Method hasWidth\r
1038      *\r
1039      *\r
1040      *\r
1041      * @return boolean\r
1042      */\r
1043     public boolean hasWidth()\r
1044     {\r
1045         return this._has_width;\r
1046     } //-- boolean hasWidth()\r
1047 \r
1048     /**\r
1049      * Method hasWrapAlignment\r
1050      *\r
1051      *\r
1052      *\r
1053      * @return boolean\r
1054      */\r
1055     public boolean hasWrapAlignment()\r
1056     {\r
1057         return this._has_wrapAlignment;\r
1058     } //-- boolean hasWrapAlignment()\r
1059 \r
1060     /**\r
1061      * Method hasXpos\r
1062      *\r
1063      *\r
1064      *\r
1065      * @return boolean\r
1066      */\r
1067     public boolean hasXpos()\r
1068     {\r
1069         return this._has_xpos;\r
1070     } //-- boolean hasXpos()\r
1071 \r
1072     /**\r
1073      * Method hasYpos\r
1074      *\r
1075      *\r
1076      *\r
1077      * @return boolean\r
1078      */\r
1079     public boolean hasYpos()\r
1080     {\r
1081         return this._has_ypos;\r
1082     } //-- boolean hasYpos()\r
1083 \r
1084     /**\r
1085      * Method isValid\r
1086      *\r
1087      *\r
1088      *\r
1089      * @return boolean\r
1090      */\r
1091     public boolean isValid()\r
1092     {\r
1093         try {\r
1094             validate();\r
1095         }\r
1096         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1097             return false;\r
1098         }\r
1099         return true;\r
1100     } //-- boolean isValid()\r
1101 \r
1102     /**\r
1103      * Method marshal\r
1104      *\r
1105      *\r
1106      *\r
1107      * @param out\r
1108      */\r
1109     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1110         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1111     {\r
1112 \r
1113         Marshaller.marshal(this, out);\r
1114     } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
1115 \r
1116     /**\r
1117      * Method marshal\r
1118      *\r
1119      *\r
1120      *\r
1121      * @param handler\r
1122      */\r
1123     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1124         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1125     {\r
1126 \r
1127         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1128     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
1129 \r
1130     /**\r
1131      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1132      *\r
1133      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1134      */\r
1135     public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1136     {\r
1137         this._bgColour = bgColour;\r
1138     } //-- void setBgColour(java.lang.String)\r
1139 \r
1140     /**\r
1141      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1142      *\r
1143      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1144      */\r
1145     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1146     {\r
1147         this._consThreshold = consThreshold;\r
1148         this._has_consThreshold = true;\r
1149     } //-- void setConsThreshold(int)\r
1150 \r
1151     /**\r
1152      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1153      *\r
1154      * @param conservationSelected the value of field\r
1155      * 'conservationSelected'.\r
1156      */\r
1157     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1158     {\r
1159         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1160         this._has_conservationSelected = true;\r
1161     } //-- void setConservationSelected(boolean)\r
1162 \r
1163     /**\r
1164      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1165      *\r
1166      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1167      */\r
1168     public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1169     {\r
1170         this._fontName = fontName;\r
1171     } //-- void setFontName(java.lang.String)\r
1172 \r
1173     /**\r
1174      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1175      *\r
1176      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1177      */\r
1178     public void setFontSize(int fontSize)\r
1179     {\r
1180         this._fontSize = fontSize;\r
1181         this._has_fontSize = true;\r
1182     } //-- void setFontSize(int)\r
1183 \r
1184     /**\r
1185      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1186      *\r
1187      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1188      */\r
1189     public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1190     {\r
1191         this._fontStyle = fontStyle;\r
1192         this._has_fontStyle = true;\r
1193     } //-- void setFontStyle(int)\r
1194 \r
1195     /**\r
1196      * Sets the value of field 'height'.\r
1197      *\r
1198      * @param height the value of field 'height'.\r
1199      */\r
1200     public void setHeight(int height)\r
1201     {\r
1202         this._height = height;\r
1203         this._has_height = true;\r
1204     } //-- void setHeight(int)\r
1205 \r
1206     /**\r
1207      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1208      *\r
1209      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1210      */\r
1211     public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1212     {\r
1213         this._pidSelected = pidSelected;\r
1214         this._has_pidSelected = true;\r
1215     } //-- void setPidSelected(boolean)\r
1216 \r
1217     /**\r
1218      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1219      *\r
1220      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1221      */\r
1222     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1223     {\r
1224         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1225         this._has_pidThreshold = true;\r
1226     } //-- void setPidThreshold(int)\r
1227 \r
1228     /**\r
1229      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1230      *\r
1231      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1232      */\r
1233     public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1234     {\r
1235         this._renderGaps = renderGaps;\r
1236         this._has_renderGaps = true;\r
1237     } //-- void setRenderGaps(boolean)\r
1238 \r
1239     /**\r
1240      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1241      *\r
1242      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1243      */\r
1244     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1245     {\r
1246         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1247         this._has_showAnnotation = true;\r
1248     } //-- void setShowAnnotation(boolean)\r
1249 \r
1250     /**\r
1251      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1252      *\r
1253      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1254      */\r
1255     public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1256     {\r
1257         this._showBoxes = showBoxes;\r
1258         this._has_showBoxes = true;\r
1259     } //-- void setShowBoxes(boolean)\r
1260 \r
1261     /**\r
1262      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1263      *\r
1264      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1265      */\r
1266     public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1267     {\r
1268         this._showColourText = showColourText;\r
1269         this._has_showColourText = true;\r
1270     } //-- void setShowColourText(boolean)\r
1271 \r
1272     /**\r
1273      * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1274      *\r
1275      * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1276      */\r
1277     public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
1278     {\r
1279         this._showConservation = showConservation;\r
1280         this._has_showConservation = true;\r
1281     } //-- void setShowConservation(boolean)\r
1282 \r
1283     /**\r
1284      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1285      *\r
1286      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1287      */\r
1288     public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1289     {\r
1290         this._showFullId = showFullId;\r
1291         this._has_showFullId = true;\r
1292     } //-- void setShowFullId(boolean)\r
1293 \r
1294     /**\r
1295      * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1296      *\r
1297      * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1298      */\r
1299     public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
1300     {\r
1301         this._showIdentity = showIdentity;\r
1302         this._has_showIdentity = true;\r
1303     } //-- void setShowIdentity(boolean)\r
1304 \r
1305     /**\r
1306      * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1307      *\r
1308      * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1309      */\r
1310     public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
1311     {\r
1312         this._showQuality = showQuality;\r
1313         this._has_showQuality = true;\r
1314     } //-- void setShowQuality(boolean)\r
1315 \r
1316     /**\r
1317      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1318      *\r
1319      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1320      * 'showSequenceFeatures'.\r
1321      */\r
1322     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1323     {\r
1324         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1325         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1326     } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean)\r
1327 \r
1328     /**\r
1329      * Sets the value of field 'showText'.\r
1330      *\r
1331      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1332      */\r
1333     public void setShowText(boolean showText)\r
1334     {\r
1335         this._showText = showText;\r
1336         this._has_showText = true;\r
1337     } //-- void setShowText(boolean)\r
1338 \r
1339     /**\r
1340      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1341      *\r
1342      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1343      */\r
1344     public void setStartRes(int startRes)\r
1345     {\r
1346         this._startRes = startRes;\r
1347         this._has_startRes = true;\r
1348     } //-- void setStartRes(int)\r
1349 \r
1350     /**\r
1351      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1352      *\r
1353      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1354      */\r
1355     public void setStartSeq(int startSeq)\r
1356     {\r
1357         this._startSeq = startSeq;\r
1358         this._has_startSeq = true;\r
1359     } //-- void setStartSeq(int)\r
1360 \r
1361     /**\r
1362      * Sets the value of field 'title'.\r
1363      *\r
1364      * @param title the value of field 'title'.\r
1365      */\r
1366     public void setTitle(java.lang.String title)\r
1367     {\r
1368         this._title = title;\r
1369     } //-- void setTitle(java.lang.String)\r
1370 \r
1371     /**\r
1372      * Sets the value of field 'width'.\r
1373      *\r
1374      * @param width the value of field 'width'.\r
1375      */\r
1376     public void setWidth(int width)\r
1377     {\r
1378         this._width = width;\r
1379         this._has_width = true;\r
1380     } //-- void setWidth(int)\r
1381 \r
1382     /**\r
1383      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1384      *\r
1385      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1386      */\r
1387     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1388     {\r
1389         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1390         this._has_wrapAlignment = true;\r
1391     } //-- void setWrapAlignment(boolean)\r
1392 \r
1393     /**\r
1394      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1395      *\r
1396      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1397      */\r
1398     public void setXpos(int xpos)\r
1399     {\r
1400         this._xpos = xpos;\r
1401         this._has_xpos = true;\r
1402     } //-- void setXpos(int)\r
1403 \r
1404     /**\r
1405      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1406      *\r
1407      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1408      */\r
1409     public void setYpos(int ypos)\r
1410     {\r
1411         this._ypos = ypos;\r
1412         this._has_ypos = true;\r
1413     } //-- void setYpos(int)\r
1414 \r
1415     /**\r
1416      * Method unmarshal\r
1417      *\r
1418      *\r
1419      *\r
1420      * @param reader\r
1421      * @return Object\r
1422      */\r
1423     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1424         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1425     {\r
1426         return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Viewport.class, reader);\r
1427     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
1428 \r
1429     /**\r
1430      * Method validate\r
1431      *\r
1432      */\r
1433     public void validate()\r
1434         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1435     {\r
1436         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1437         validator.validate(this);\r
1438     } //-- void validate()\r
1439 \r
1440 }\r