src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 package jalview.commands;\r
   2   /*\r
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   4  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   5  *\r
   6  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   7  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   8  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   9  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *\r
  11  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  12  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  13  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  14  * GNU General Public License for more details.\r
  15  *\r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  17  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  18  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  19  */\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 public class RemoveGapColCommand  extends EditCommand\r
  24 {\r
  25   int columnsDeleted;\r
  26   public RemoveGapColCommand(String description,\r
  27                              SequenceI[] seqs,\r
  28                              int start, int end, AlignmentI al)\r
  29   {\r
  30     this.description = description;\r
  31 \r
  32     int j, jSize = seqs.length;\r
  33 \r
  34     int startCol = -1, endCol = -1;\r
  35     columnsDeleted=0;\r
  36 \r
  37     edits = new Edit[0];\r
  38 \r
  39     boolean delete = true;\r
  40     for (int i = start; i <= end; i++)\r
  41     {\r
  42       delete = true;\r
  43 \r
  44       for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  45       {\r
  46         if (seqs[j].getLength() > i)\r
  47         {\r
  48           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))\r
  49           {\r
  50             if (delete)\r
  51               endCol = i;\r
  52 \r
  53             delete = false;\r
  54             break;\r
  55           }\r
  56         }\r
  57       }\r
  58 \r
  59       if (delete && startCol == -1)\r
  60       {\r
  61         startCol = i;\r
  62       }\r
  63 \r
  64       if (!delete && startCol > -1)\r
  65       {\r
  66         this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs,\r
  67                         startCol - columnsDeleted,\r
  68                         endCol - startCol,\r
  69                         al,\r
  70                         false);\r
  71 \r
  72         columnsDeleted += (endCol - startCol);\r
  73         startCol = -1;\r
  74         endCol = -1;\r
  75       }\r
  76     }\r
  77 \r
  78     if (delete && startCol > -1)\r
  79     {\r
  80        //This is for empty columns at the\r
  81        //end of the alignment\r
  82 \r
  83       this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs,\r
  84                         startCol - columnsDeleted,\r
  85                         end - startCol +1,\r
  86                         al,\r
  87                         false);\r
  88 \r
  89       columnsDeleted += (end - startCol +1);\r
  90     }\r
  91 \r
  92 \r
  93     performEdit(0);\r
  94   }\r
  95 \r
  96   public int getSize()\r
  97   {\r
  98     //We're interested in the number of columns deleted,\r
  99     //Not the number of sequence edits.\r
 100     return columnsDeleted;\r
 101   }\r
 102 \r
 103 }\r