src/jalview/controller/AlignViewController.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  25 import jalview.api.AlignViewControllerI;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureRenderer;
  29 import jalview.commands.OrderCommand;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.io.DataSourceType;
  37 import jalview.io.FeaturesFile;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.util.BitSet;
  42 import java.util.List;
  43
  44 public class AlignViewController implements AlignViewControllerI
  45 {
  46   AlignViewportI viewport = null;
  47
  48   AlignmentViewPanel alignPanel = null;
  49
  50   /**
  51    * the GUI container that is handling interactions with the user
  52    */
  53   private AlignViewControllerGuiI avcg;
  54
  55   @Override
  56   protected void finalize() throws Throwable
  57   {
  58     viewport = null;
  59     alignPanel = null;
  60     avcg = null;
  61   };
  62
  63   public AlignViewController(AlignViewControllerGuiI alignFrame,
  64           AlignViewportI viewport, AlignmentViewPanel alignPanel)
  65   {
  66     this.avcg = alignFrame;
  67     this.viewport = viewport;
  68     this.alignPanel = alignPanel;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public void setViewportAndAlignmentPanel(AlignViewportI viewport,
  73           AlignmentViewPanel alignPanel)
  74   {
  75     this.alignPanel = alignPanel;
  76     this.viewport = viewport;
  77
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public boolean makeGroupsFromSelection()
  82   {
  83     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
  84     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
  85     SequenceGroup[] gps = null;
  86     if (sg != null && (cs == null || cs.isEmpty()))
  87     {
  88       gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(viewport
  89               .getSequenceSelection(), viewport.getAlignmentView(true)
  90               .getSequenceStrings(viewport.getGapCharacter()), viewport
  91               .getAlignment().getGroups());
  92     }
  93     else
  94     {
  95       if (cs != null)
  96       {
  97         gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFromCols(
  98                 (sg == null) ? viewport.getAlignment().getSequencesArray()
  99                         : sg.getSequences().toArray(new SequenceI[0]), cs,
 100                 viewport.getAlignment().getGroups());
 101       }
 102     }
 103     if (gps != null)
 104     {
 105       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
 106       viewport.clearSequenceColours();
 107       viewport.setSelectionGroup(null);
 108       // set view properties for each group
 109       for (int g = 0; g < gps.length; g++)
 110       {
 111         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());
 112         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());
 113         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);
 114         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
 115                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
 116         col = col.brighter();
 117         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))
 118         {
 119           viewport.setSequenceColour(sq, col);
 120         }
 121       }
 122       return true;
 123     }
 124     return false;
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public boolean createGroup()
 129   {
 130
 131     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 132     if (sg != null)
 133     {
 134       viewport.getAlignment().addGroup(sg);
 135       return true;
 136     }
 137     return false;
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public boolean unGroup()
 142   {
 143     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 144     if (sg != null)
 145     {
 146       viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);
 147       return true;
 148     }
 149     return false;
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public boolean deleteGroups()
 154   {
 155     if (viewport.getAlignment().getGroups() != null
 156             && viewport.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 157     {
 158       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
 159       viewport.clearSequenceColours();
 160       viewport.setSelectionGroup(null);
 161       return true;
 162     }
 163     return false;
 164   }
 165
 166   @Override
 167   public boolean markColumnsContainingFeatures(boolean invert,
 168           boolean extendCurrent, boolean toggle, String featureType)
 169   {
 170     // JBPNote this routine could also mark rows, not just columns.
 171     // need a decent query structure to allow all types of feature searches
 172     BitSet bs = new BitSet();
 173     SequenceCollectionI sqcol = (viewport.getSelectionGroup() == null || extendCurrent) ? viewport
 174             .getAlignment() : viewport.getSelectionGroup();
 175
 176     int nseq = findColumnsWithFeature(featureType, sqcol, bs);
 177
 178     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
 179     if (cs == null)
 180     {
 181       cs = new ColumnSelection();
 182     }
 183
 184     if (bs.cardinality() > 0 || invert)
 185     {
 186       boolean changed = cs.markColumns(bs, sqcol.getStartRes(),
 187               sqcol.getEndRes(), invert, extendCurrent, toggle);
 188       if (changed)
 189       {
 190         viewport.setColumnSelection(cs);
 191         alignPanel.paintAlignment(true);
 192         int columnCount = invert ? (sqcol.getEndRes() - sqcol.getStartRes() + 1)
 193                 - bs.cardinality()
 194                 : bs.cardinality();
 195         avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 196                 "label.view_controller_toggled_marked",
 197                 new String[] {
 198                     toggle ? MessageManager.getString("label.toggled")
 199                             : MessageManager.getString("label.marked"),
 200                     String.valueOf(columnCount),
 201                     invert ? MessageManager
 202                             .getString("label.not_containing")
 203                             : MessageManager.getString("label.containing"),
 204                     featureType, Integer.valueOf(nseq).toString() }));
 205         return true;
 206       }
 207     }
 208     else
 209     {
 210       avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 211               "label.no_feature_of_type_found",
 212               new String[] { featureType }));
 213       if (!extendCurrent)
 214       {
 215         cs.clear();
 216         alignPanel.paintAlignment(true);
 217       }
 218     }
 219     return false;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Sets a bit in the BitSet for each column (base 0) in the sequence
 224    * collection which includes the specified feature type. Returns the number of
 225    * sequences which have the feature in the selected range.
 226    *
 227    * @param featureType
 228    * @param sqcol
 229    * @param bs
 230    * @return
 231    */
 232   static int findColumnsWithFeature(String featureType,
 233           SequenceCollectionI sqcol, BitSet bs)
 234   {
 235     final int startColumn = sqcol.getStartRes() + 1; // converted to base 1
 236     final int endColumn = sqcol.getEndRes() + 1;
 237     List<SequenceI> seqs = sqcol.getSequences();
 238     int nseq = 0;
 239     for (SequenceI sq : seqs)
 240     {
 241       if (sq != null)
 242       {
 243         // int ist = sq.findPosition(sqcol.getStartRes());
 244         List<SequenceFeature> sfs = sq.findFeatures(startColumn,
 245                 endColumn, featureType);
 246
 247         if (!sfs.isEmpty())
 248         {
 249           nseq++;
 250         }
 251
 252         for (SequenceFeature sf : sfs)
 253         {
 254           int sfStartCol = sq.findIndex(sf.getBegin());
 255           int sfEndCol = sq.findIndex(sf.getEnd());
 256
 257           if (sf.isContactFeature())
 258           {
 259             /*
 260              * 'contact' feature - check for 'start' or 'end'
 261              * position within the selected region
 262              */
 263             if (sfStartCol >= startColumn && sfStartCol <= endColumn)
 264             {
 265               bs.set(sfStartCol - 1);
 266             }
 267             if (sfEndCol >= startColumn && sfEndCol <= endColumn)
 268             {
 269               bs.set(sfEndCol - 1);
 270             }
 271             continue;
 272           }
 273
 274           /*
 275            * contiguous feature - select feature positions (if any)
 276            * within the selected region
 277            */
 278           if (sfStartCol < startColumn)
 279           {
 280             sfStartCol = startColumn;
 281           }
 282           // not sure what the point of this is
 283           // if (sfStartCol < ist)
 284           // {
 285           // sfStartCol = ist;
 286           // }
 287           if (sfEndCol > endColumn)
 288           {
 289             sfEndCol = endColumn;
 290           }
 291           for (; sfStartCol <= sfEndCol; sfStartCol++)
 292           {
 293             bs.set(sfStartCol - 1); // convert to base 0
 294           }
 295         }
 296       }
 297     }
 298     return nseq;
 299   }
 300
 301   @Override
 302   public void sortAlignmentByFeatureDensity(List<String> typ)
 303   {
 304     sortBy(typ, "Sort by Density", AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
 305   }
 306
 307   protected void sortBy(List<String> typ, String methodText,
 308           final String method)
 309   {
 310     FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();
 311     if (typ == null && fr != null)
 312     {
 313       typ = fr.getDisplayedFeatureTypes();
 314     }
 315     List<String> gps = null;
 316     if (fr != null)
 317     {
 318       gps = fr.getDisplayedFeatureGroups();
 319     }
 320     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
 321
 322     int start, stop;
 323     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 324     if (sg != null)
 325     {
 326       start = sg.getStartRes();
 327       stop = sg.getEndRes();
 328     }
 329     else
 330     {
 331       start = 0;
 332       stop = al.getWidth();
 333     }
 334     SequenceI[] oldOrder = al.getSequencesArray();
 335     AlignmentSorter.sortByFeature(typ, gps, start, stop, al, method);
 336     avcg.addHistoryItem(new OrderCommand(methodText, oldOrder, viewport
 337             .getAlignment()));
 338     alignPanel.paintAlignment(true);
 339
 340   }
 341
 342   @Override
 343   public void sortAlignmentByFeatureScore(List<String> typ)
 344   {
 345     sortBy(typ, "Sort by Feature Score", AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
 346   }
 347
 348   @Override
 349   public boolean parseFeaturesFile(String file, DataSourceType protocol,
 350           boolean relaxedIdMatching)
 351   {
 352     boolean featuresFile = false;
 353     try
 354     {
 355       featuresFile = new FeaturesFile(false, file, protocol).parse(viewport
 356               .getAlignment().getDataset(), alignPanel.getFeatureRenderer()
 357               .getFeatureColours(), false, relaxedIdMatching);
 358     } catch (Exception ex)
 359     {
 360       ex.printStackTrace();
 361     }
 362
 363     if (featuresFile)
 364     {
 365       avcg.refreshFeatureUI(true);
 366       if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null)
 367       {
 368         // update the min/max ranges where necessary
 369         alignPanel.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
 370       }
 371       if (avcg.getFeatureSettingsUI() != null)
 372       {
 373         avcg.getFeatureSettingsUI().discoverAllFeatureData();
 374       }
 375       alignPanel.paintAlignment(true);
 376     }
 377
 378     return featuresFile;
 379
 380   }
 381
 382   @Override
 383   public boolean markHighlightedColumns(boolean invert,
 384           boolean extendCurrent, boolean toggle)
 385   {
 386     if (!viewport.hasSearchResults())
 387     {
 388       // do nothing if no selection exists
 389       return false;
 390     }
 391     // JBPNote this routine could also mark rows, not just columns.
 392     BitSet bs = new BitSet();
 393     SequenceCollectionI sqcol = (viewport.getSelectionGroup() == null || extendCurrent) ? viewport
 394             .getAlignment() : viewport.getSelectionGroup();
 395
 396     // this could be a lambda... - the remains of the method is boilerplate,
 397     // except for the different messages for reporting selection.
 398     int nseq = viewport.getSearchResults().markColumns(sqcol, bs);
 399
 400     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
 401     if (cs == null)
 402     {
 403       cs = new ColumnSelection();
 404     }
 405
 406     if (bs.cardinality() > 0 || invert)
 407     {
 408       boolean changed = cs.markColumns(bs, sqcol.getStartRes(),
 409               sqcol.getEndRes(), invert, extendCurrent, toggle);
 410       if (changed)
 411       {
 412         viewport.setColumnSelection(cs);
 413         alignPanel.paintAlignment(true);
 414         int columnCount = invert ? (sqcol.getEndRes() - sqcol.getStartRes() + 1)
 415                 - bs.cardinality()
 416                 : bs.cardinality();
 417         avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 418                 "label.view_controller_toggled_marked",
 419                 new String[] {
 420                     toggle ? MessageManager.getString("label.toggled")
 421                             : MessageManager.getString("label.marked"),
 422                     String.valueOf(columnCount),
 423                     invert ? MessageManager
 424                             .getString("label.not_containing")
 425                             : MessageManager.getString("label.containing"),
 426                     "Highlight", Integer.valueOf(nseq).toString() }));
 427         return true;
 428       }
 429     }
 430     else
 431     {
 432       avcg.setStatus(MessageManager
 433               .formatMessage("No highlighted regions marked"));
 434       if (!extendCurrent)
 435       {
 436         cs.clear();
 437         alignPanel.paintAlignment(true);
 438       }
 439     }
 440     return false;
 441   }
 442
 443 }