src/jalview/datamodel/AlignmentViewport.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * base class holding visualization and analysis attributes for an active alignment view displayed in the GUI
   5  * @author jimp
   6  *
   7  */
   8 public class AlignmentViewport
   9 {
  10
  11   /**
  12    * percentage gaps allowed in a column before all amino acid properties should be considered unconserved
  13    */
  14   int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!
  15
  16
  17   public int getConsPercGaps()
  18   {
  19     return ConsPercGaps;
  20   }
  21
  22 }