src/jalview/datamodel/AllColsCollection.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
  24
  25 import java.util.BitSet;
  26 import java.util.Iterator;
  27
  28 public class AllColsCollection implements AlignmentColsCollectionI
  29 {
  30   int start;
  31
  32   int end;
  33
  34   HiddenColumns hidden;
  35
  36   public AllColsCollection(int s, int e, AlignmentI al)
  37   {
  38     start = s;
  39     end = e;
  40     hidden = al.getHiddenColumns();
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public Iterator<Integer> iterator()
  45   {
  46     return new AllColsIterator(start, end, hidden);
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public boolean isHidden(int c)
  51   {
  52     return !hidden.isVisible(c);
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public boolean hasHidden()
  57   {
  58     return hidden.hasHiddenColumns();
  59   }
  60
  61   private BitSet bsVisible;
  62
  63   @Override
  64   public BitSet getHiddenBitSet()
  65   {
  66     return hidden.getBitset();
  67   }
  68
  69   /**
  70    * return ALL columns, not just the truly visible ones
  71    */
  72   @Override
  73   public BitSet getOverviewBitSet()
  74   {
  75     if (bsVisible == null)
  76     {
  77       bsVisible = new BitSet(end + 1);
  78       bsVisible.set(0, end + 1);
  79     }
  80     return bsVisible;
  81   }
  82 }