src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.schemes.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 \r
  25 /**\r
  26  * DOCUMENT ME!\r
  27  *\r
  28  * @author $author$\r
  29  * @version $Revision$\r
  30  */\r
  31 public class BinarySequence extends Sequence\r
  32 {\r
  33     int[] binary;\r
  34     double[] dbinary;\r
  35 \r
  36     /**\r
  37      * Creates a new BinarySequence object.\r
  38      *\r
  39      * @param s DOCUMENT ME!\r
  40      */\r
  41     public BinarySequence(SequenceI s)\r
  42     {\r
  43         super(s.getName(), s.getSequence(), s.getStart(), s.getEnd());\r
  44     }\r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Creates a new BinarySequence object.\r
  48      *\r
  49      * @param name DOCUMENT ME!\r
  50      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
  51      * @param start DOCUMENT ME!\r
  52      * @param end DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public BinarySequence(String name, String sequence, int start, int end)\r
  55     {\r
  56         super(name, sequence, start, end);\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public void encode()\r
  63     {\r
  64         // Set all matrix to 0\r
  65         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  66 \r
  67         int nores = 21;\r
  68 \r
  69         for (int i = 0; i < dbinary.length; i++)\r
  70         {\r
  71             dbinary[i] = 0.0;\r
  72         }\r
  73 \r
  74         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++)\r
  75         {\r
  76             int aanum = 20;\r
  77 \r
  78             try\r
  79             {\r
  80                 aanum = ((Integer) ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence()\r
  81                                                                          .substring(i,\r
  82                             i + 1))).intValue();\r
  83             }\r
  84             catch (NullPointerException e)\r
  85             {\r
  86                 aanum = 20;\r
  87             }\r
  88 \r
  89             if (aanum > 20)\r
  90             {\r
  91                 aanum = 20;\r
  92             }\r
  93 \r
  94             dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;\r
  95         }\r
  96     }\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * DOCUMENT ME!\r
 100      */\r
 101     public void blosumEncode()\r
 102     {\r
 103         // Set all matrix to 0\r
 104         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
 105 \r
 106         int nores = 21;\r
 107 \r
 108         //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
 109         //  dbinary[i] = 0.0;\r
 110         //}\r
 111         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++)\r
 112         {\r
 113             int aanum = 20;\r
 114 \r
 115             try\r
 116             {\r
 117                 aanum = ((Integer) ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence()\r
 118                                                                          .substring(i,\r
 119                             i + 1))).intValue();\r
 120             }\r
 121             catch (NullPointerException e)\r
 122             {\r
 123                 aanum = 20;\r
 124             }\r
 125 \r
 126             if (aanum > 20)\r
 127             {\r
 128                 aanum = 20;\r
 129             }\r
 130 \r
 131             // Do the blosum thing\r
 132             for (int j = 0; j < 20; j++)\r
 133             {\r
 134                 dbinary[(i * nores) + j] = ResidueProperties.getBLOSUM62()[aanum][j];\r
 135             }\r
 136         }\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * DOCUMENT ME!\r
 141      *\r
 142      * @return DOCUMENT ME!\r
 143      */\r
 144     public String toBinaryString()\r
 145     {\r
 146         String out = "";\r
 147 \r
 148         for (int i = 0; i < binary.length; i++)\r
 149         {\r
 150             out += (new Integer(binary[i])).toString();\r
 151 \r
 152             if (i < (binary.length - 1))\r
 153             {\r
 154                 out += " ";\r
 155             }\r
 156         }\r
 157 \r
 158         return out;\r
 159     }\r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * DOCUMENT ME!\r
 163      *\r
 164      * @return DOCUMENT ME!\r
 165      */\r
 166     public double[] getDBinary()\r
 167     {\r
 168         return dbinary;\r
 169     }\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * DOCUMENT ME!\r
 173      *\r
 174      * @param rt DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     public static void printMemory(Runtime rt)\r
 177     {\r
 178         System.out.println("DEBUG: Free memory = " + rt.freeMemory()); // log.\r
 179     }\r
 180 }\r