src/jalview/datamodel/ContactMapHolder.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.Collection;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.Map;
   7
   8 public class ContactMapHolder implements ContactMapHolderI
   9 {
  10
  11   Map<Object, ContactMatrixI> contactmaps = new HashMap<>();
  12
  13   @Override
  14   public Collection<ContactMatrixI> getContactMaps()
  15   {
  16     if (contactmaps != null && contactmaps.size() > 0)
  17     {
  18       return contactmaps.values();
  19     }
  20     return Collections.EMPTY_LIST;
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public ContactListI getContactListFor(AlignmentAnnotation _aa, int column)
  25   {
  26     ContactMatrixI cm = contactmaps.get(_aa.annotationId);
  27     if (cm == null)
  28     {
  29       return null;
  30     }
  31     return cm.getContactList(column);
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public AlignmentAnnotation addContactList(ContactMatrixI cm)
  36   {
  37     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("Contact Matrix",
  38             "Contact Matrix", new Annotation[0]);
  39     aa.graph = AlignmentAnnotation.CUSTOMRENDERER;
  40     aa.graphMin = cm.getMin();
  41     aa.graphMax = cm.getMax();
  42     aa.editable = false;
  43     // aa.autoCalculated = true;
  44     contactmaps.put(aa.annotationId, cm);
  45     // TODO: contact matrices could be intra or inter - more than one refseq
  46     // possible!
  47     if (cm.hasReferenceSeq())
  48     {
  49       aa.setSequenceRef(cm.getReferenceSeq());
  50     }
  51     return aa;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public ContactMatrixI getContactMatrixFor(AlignmentAnnotation ann)
  56   {
  57     return contactmaps == null ? null : contactmaps.get(ann.annotationId);
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public void addContactListFor(AlignmentAnnotation annotation,
  62           ContactMatrixI cm)
  63   {
  64     contactmaps.put(annotation.annotationId, cm);
  65   }
  66 }