src/jalview/datamodel/ContactMatrixI.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.BitSet;
   4
   5 public interface ContactMatrixI
   6 {
   7
   8   ContactListI getContactList(int column);
   9
  10   float getMin();
  11
  12   float getMax();
  13
  14   boolean hasReferenceSeq();
  15
  16   SequenceI getReferenceSeq();
  17
  18   String getAnnotDescr();
  19
  20   String getAnnotLabel();
  21
  22   /**
  23    * string indicating how the contactMatrix should be rendered - stored in calcId
  24    * @return
  25    */
  26   String getType();
  27
  28   int getWidth();
  29   int getHeight();
  30
  31   default boolean hasGroups() {
  32     return false;
  33   }
  34   default BitSet getGroupsFor(int column) {
  35     BitSet colbitset  = new BitSet();
  36     colbitset.set(column);
  37     return colbitset;
  38   }
  39
  40 }