src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 public class HiddenSequences\r
  25 {\r
  26   Hashtable hiddenSequences;\r
  27   AlignmentI alignment;\r
  28 \r
  29   public HiddenSequences(AlignmentI al)\r
  30   {\r
  31     alignment = al;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public int getSize()\r
  35   {\r
  36     return hiddenSequences == null ? 0 : hiddenSequences.size();\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void hideSequence(SequenceI sequence)\r
  40   {\r
  41     if(hiddenSequences==null)\r
  42       hiddenSequences = new Hashtable();\r
  43 \r
  44     int alignmentIndex = alignment.findIndex(sequence);\r
  45     alignmentIndex = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
  46 \r
  47     hiddenSequences.put(new Integer(alignmentIndex), sequence);\r
  48 \r
  49     alignment.deleteSequence(sequence);\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void showAll()\r
  53   {\r
  54    for(int i=0; i<alignment.getHeight()+hiddenSequences.size(); i++)\r
  55      showSequence(i);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void showSequence(int alignmentIndex)\r
  59   {\r
  60     SequenceI repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex);\r
  61     if(repSequence!=null\r
  62        && repSequence.getHiddenSequences()==null\r
  63        && alignmentIndex>0)\r
  64       repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex-1);\r
  65 \r
  66     if(repSequence!=null\r
  67        && repSequence.getHiddenSequences()==null)\r
  68       repSequence = null;\r
  69 \r
  70     int start = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex-1);\r
  71     int end = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
  72 \r
  73     for(int index = end; index > start; index--)\r
  74     {\r
  75       SequenceI seq =  (SequenceI)hiddenSequences.remove(new Integer(\r
  76           index));\r
  77 \r
  78       if(seq!=null)\r
  79       {\r
  80         alignment.getSequences().insertElementAt(seq, alignmentIndex);\r
  81         if(repSequence!=null)\r
  82         {\r
  83           repSequence.showHiddenSequence(seq);\r
  84         }\r
  85       }\r
  86     }\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public Hashtable getHiddenSequences()\r
  90   {\r
  91     return hiddenSequences;\r
  92   }\r
  93 \r
  94   public SequenceI getHiddenSequence(int alignmentIndex)\r
  95   {\r
  96     return (SequenceI)hiddenSequences.get(new Integer(alignmentIndex));\r
  97   }\r
  98 \r
  99   public int findIndexWithoutHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
 100   {\r
 101     int index = 0;\r
 102     int hiddenSeqs = 0;\r
 103     while(index <= alignmentIndex)\r
 104     {\r
 105      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
 106      {\r
 107        hiddenSeqs ++;\r
 108      }\r
 109       index ++;\r
 110     };\r
 111 \r
 112     return (alignmentIndex - hiddenSeqs) ;\r
 113   }\r
 114 \r
 115   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
 116   {\r
 117     int index = 0;\r
 118     while(index <= alignmentIndex)\r
 119     {\r
 120      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
 121      {\r
 122        alignmentIndex ++;\r
 123      }\r
 124       index ++;\r
 125     };\r
 126 \r
 127     return alignmentIndex ;\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public AlignmentI getFullAlignment()\r
 131   {\r
 132     int isize = alignment.getHeight()+hiddenSequences.size();\r
 133     SequenceI [] seq = new Sequence[isize];\r
 134 \r
 135     Enumeration en = hiddenSequences.keys();\r
 136     while(en.hasMoreElements())\r
 137     {\r
 138       Integer key = (Integer)en.nextElement();\r
 139       seq[key.intValue()] = (SequenceI)hiddenSequences.get(key);\r
 140     }\r
 141 \r
 142     int index = 0;\r
 143     for(int i=0; i<isize; i++)\r
 144     {\r
 145       if(seq[i]!=null)\r
 146       {\r
 147         continue;\r
 148       }\r
 149 \r
 150       seq[i] = alignment.getSequenceAt(index);\r
 151       index++;\r
 152     }\r
 153 \r
 154     return new Alignment(seq);\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public boolean isHidden(SequenceI seq)\r
 158   {\r
 159     return hiddenSequences.containsValue(seq);\r
 160   }\r
 161 }\r