src/jalview/datamodel/HistoryItem.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 public class HistoryItem {\r
  25     public static final int EDIT = 0;\r
  26     public static final int SORT = 1;\r
  27     public static final int HIDE = 2;\r
  28     public static final int PASTE = 3;\r
  29     final int type;\r
  30     Vector sequences;\r
  31     Vector alignIndex;\r
  32     String description;\r
  33     Vector hiddenSeqs;\r
  34 \r
  35     public HistoryItem(String description, AlignmentI al, int type) {\r
  36         this.type = type;\r
  37         this.description = description;\r
  38         sequences = new Vector();\r
  39         alignIndex = new Vector();\r
  40         hiddenSeqs = new Vector();\r
  41 \r
  42         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++) {\r
  43             SequenceI seq = al.getSequenceAt(i);\r
  44             sequences.addElement(seq);\r
  45             alignIndex.addElement(i + "");\r
  46             hiddenSeqs.addElement(seq.getSequence().toString());\r
  47         }\r
  48     }\r
  49 \r
  50     public int getType() {\r
  51         return type;\r
  52     }\r
  53 \r
  54     public Vector getSequences() {\r
  55         return sequences;\r
  56     }\r
  57 \r
  58     public String getDescription() {\r
  59         return description;\r
  60     }\r
  61 \r
  62     public Vector getHidden() {\r
  63         return hiddenSeqs;\r
  64     }\r
  65 \r
  66     public int getAlignIndex(int seq) {\r
  67         return Integer.parseInt(alignIndex.elementAt(seq).toString());\r
  68     }\r
  69 }\r