src/jalview/datamodel/HistoryItem.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 public class HistoryItem\r
  25 {\r
  26   public static final int EDIT = 0;\r
  27   public static final int SORT = 1;\r
  28   public static final int HIDE = 2;\r
  29   public static final int PASTE= 3;\r
  30 \r
  31   final int type;\r
  32   Vector sequences;\r
  33   Vector alignIndex;\r
  34   String description;\r
  35   Vector hiddenSeqs;\r
  36 \r
  37   public HistoryItem(String description, AlignmentI al, int type)\r
  38   {\r
  39     this.type = type;\r
  40     this.description = description;\r
  41     sequences = new Vector();\r
  42     alignIndex = new Vector();\r
  43     hiddenSeqs = new Vector();\r
  44 \r
  45     for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
  46     {\r
  47       SequenceI seq = al.getSequenceAt(i);\r
  48       sequences.addElement(seq);\r
  49       alignIndex.addElement(i + "");\r
  50       hiddenSeqs.addElement(seq.getSequence().toString());\r
  51     }\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public int getType()\r
  55   {return type;}\r
  56 \r
  57   public Vector getSequences()\r
  58   {return sequences;}\r
  59 \r
  60   public String getDescription()\r
  61   {return description; }\r
  62 \r
  63   public Vector getHidden()\r
  64   { return hiddenSeqs; }\r
  65 \r
  66   public int getAlignIndex(int seq)\r
  67   {\r
  68     return Integer.parseInt(alignIndex.elementAt(seq).toString());\r
  69   }\r
  70 \r
  71 }\r