src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.util.BitSet;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7
   8 /**
   9  * Dummy contact matrix based on sequence distance
  10  *
  11  * @author jprocter
  12  *
  13  */
  14 public class SeqDistanceContactMatrix implements ContactMatrixI
  15 {
  16   private static final String SEQUENCE_DISTANCE = "SEQUENCE_DISTANCE";
  17
  18   private int width = 0;
  19
  20   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  21   {
  22     this.width = width;
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public float getMin()
  27   {
  28     return 0f;
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public float getMax()
  33   {
  34     return width;
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public ContactListI getContactList(final int column)
  39   {
  40     if (column < 0 || column >= width)
  41     {
  42       return null;
  43     }
  44     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  45     {
  46
  47       int p = column;
  48
  49       // @Override
  50       // public Color getColorForScore(int column)
  51       // {
  52       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  53       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  54       // }
  55       // @Override
  56       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  57       // {
  58       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  59       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  60       // Color.magenta);
  61       // }
  62
  63       @Override
  64       public int getContactHeight()
  65       {
  66         return width;
  67
  68       }
  69
  70       @Override
  71       public int getPosition()
  72       {
  73         return p;
  74       }
  75
  76       @Override
  77       public double getContactAt(int column)
  78       {
  79         return Math.abs(column - p);
  80       }
  81     });
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public boolean hasReferenceSeq()
  86   {
  87     // TODO Auto-generated method stub
  88     return false;
  89   }
  90
  91   @Override
  92   public SequenceI getReferenceSeq()
  93   {
  94     // TODO Auto-generated method stub
  95     return null;
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public String getAnnotDescr()
 100   {
 101     return "Sequence distance matrix";
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public String getAnnotLabel()
 106   {
 107     return "Sequence Distance";
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public String getType()
 112   {
 113     return SEQUENCE_DISTANCE;
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public int getWidth()
 118   {
 119     return width;
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public int getHeight()
 124   {
 125     return width;
 126   }
 127
 128   private List<BitSet> groups = null;
 129
 130   @Override
 131   public void updateGroups(List<BitSet> colGroups)
 132   {
 133     groups = colGroups;
 134   }
 135
 136   @Override
 137   public boolean hasGroups()
 138   {
 139     return groups != null;
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public List<BitSet> getGroups()
 144   {
 145     return groups;
 146   }
 147
 148   HashMap<BitSet, Color> colorMap = new HashMap<>();
 149
 150   @Override
 151   public Color getColourForGroup(BitSet bs)
 152   {
 153     if (bs == null)
 154     {
 155       return Color.white;
 156     }
 157     Color groupCol = colorMap.get(bs);
 158     if (groupCol == null)
 159     {
 160       return Color.white;
 161     }
 162     return groupCol;
 163   }
 164
 165   @Override
 166   public void setColorForGroup(BitSet bs, Color color)
 167   {
 168     colorMap.put(bs, color);
 169   }
 170 }